8s5a

;The crystal structure of FAN1 Nuclease bound to 5' phosphorylated p(dG)/3'(dT-dT-dT-dT) double flap DNA ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 93.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8s5a
沉积日期 deposition_date	2024-02-23
结构标题 title	;The crystal structure of FAN1 Nuclease bound to 5' phosphorylated p(dG)/3'(dT-dT-dT-dT) double flap DNA ;
关键词 keywords	nuclease FAN1, DNA; DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.14 Å
零角强度 I(0) i0	122779000.00
分子量 molecular_weight	80353.0 kDa
排除体积 excluded_volume	97564 Å³
包络体积 envelope_volume	131350 Å³
水化壳体积 shell_volume	37884 Å³
包络直径 envelope_diameter	98.8 Å
壳层 Rg shell_rg	36.24 Å
包络 Rg envelope_rg	28.69 Å
形状 Rg shape_rg	29.14 Å
总 Rg total_rg	29.77 Å
总原子数 total_atoms	5604
残基数 n_residues	632
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	93.5 Å
Rg (实空间) rg_real	29.34 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2280e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5780e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	122800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8953
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.244
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.337
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	18620000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.906; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.923

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Fanconi-associated nuclease 1
分子量 formula_weight	74162.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.21.-,3.1.4.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5620

GPMGAHMTRNGPGQTTGHPYYLRSFLVVLKTVLENEDDMLLFDEQEKGIVTKFYQLSATGQKLYVRLFQRKLSWIKMTKLEYEEIALDLTPVIEELTNAGFLQTESELQELSEVLELLSAPELKSLAKTFHLVNPNGQKQQLVDAFLKLAKQHSVIGAVILKRAKALAGQSVRICKGPRAVFSRILLLFSLTDSMEDEDAACGGQGQLSTVLLVNLGRMEFPSYTINRKTHIFQDRDDLIRYAAATHMLSDISSAMANGNWEEAKELAQCAKRDWNRLKNHPSLRCHEDLPLFLRCFTVGWIYTRILSRFVEILQRLHMYEEAVRELESLLSQRIYCPDSRGRWWDRLALNLHQHLKRLEPTIKCITEGLADPEVRTGHRLSLYQRAVRLRESPSCKKFKHLFQQLPEMAVQDVKHVTITGRLCPQRGMCASVFVMEAGEAADPTTVLCSVEELALAHYRRSGFDQGIHGEGSTFSTLYGLLLWDIIFMDGIPDVFRNACQAFPLDLCTDSFFTSRRPALEARLQLIHDAPEESLRAWVAATWHEQEGRVASLVSWDRFTSLQQAQDLVSCLGGPVLSGVCRHLAADFRHCRGGLPDLVVWNSQSRHFKLVEVKGPNDRLSHKQMIWLAELQKLGAEVEVCHVVAVGAKSQSLS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APAPCPAPCPGPCPCPTPAPGPAPCPTPCPCPTPCP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	5718.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B

AACACGCCTAGACTCCTCA

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PGPAPGPGPCPGPTPG)-3') ;
分子量 formula_weight	2507.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

GAGGCGTG

Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPTPTPGPAPGPGPAPGPTPCPTP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	4925.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

TTTGAGGAGTCTTTTT

Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	16

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	91.626 Å
晶胞边长 b length_b	100.547 Å
晶胞边长 c length_c	112.879 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.645 Å
最低分辨率 resolution_low	43.395 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2343
R_free r_free	0.2731

fit	/app/data/saxs_computation/s5/8s5a/8s5a.fit
pddf	/app/data/pr_computation/s5/8s5a/8s5a.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/s5/8s5a/8s5a.dat

;The crystal structure of FAN1 Nuclease bound to 5' phosphorylated p(dG)/3'(dT-dT-dT-dT) double flap DNA ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)