4ro2

Crystal Structure of CNG mimicking NaK-ETPP mutant cocrystallized with Methylammonium

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 90.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Potassium channel protein

Bacillus cereus ATCC 14579

UniProt Q81HW2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 20–110 链 B; UniProt 20–110 片段:residues 20-110 突变:D66E, G67T, N68P, F69P 3P8 methylammonium ion × 2 GLY GLYCINE × 34 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;100mM MES pH 6.5, 25mM Glycine, 40-44% MPD, 100mM MACl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP 分辨率 2.70 Å R-free 0.283
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 20–110 链 D; UniProt 20–110 片段:residues 20-110 突变:D66E, G67T, N68P, F69P 3P8 methylammonium ion × 2 GLY GLYCINE × 22 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;100mM MES pH 6.5, 25mM Glycine, 40-44% MPD, 100mM MACl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP 分辨率 2.70 Å R-free 0.283

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 44 个其他 PDB 条目、81 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q81HW2_BACCR
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–92; UniProt 20–110 作者链 B; PDB构建体 3–92; UniProt 20–110 作者链 C; PDB构建体 3–92; UniProt 20–110 作者链 D; PDB构建体 3–92; UniProt 20–110

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4ro2

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4ro2
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4ro2
沉积日期 deposition_date2014-10-27
结构标题 titleCrystal Structure of CNG mimicking NaK-ETPP mutant cocrystallized with Methylammonium
关键词 keywordsAlpha helical membrane protein, ion channel, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.39
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.65
零角强度 I(0) i020803600.00
分子量 molecular_weight37982.0 kDa
排除体积 excluded_volume48929 ų
包络体积 envelope_volume62501 ų
水化壳体积 shell_volume22519 ų
包络直径 envelope_diameter100.8
壳层 Rg shell_rg29.99
包络 Rg envelope_rg25.06
形状 Rg shape_rg24.64
总 Rg total_rg25.42
总原子数 total_atoms2696
残基数 n_residues346
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax90.2
Rg (实空间) rg_real25.52
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.90
I(0) (实空间) i0_real2.0800e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.2950e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.48
I(0) (倒空间) i0_reciprocal20800000.0000
解质量估计 total_estimate0.7687
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary30.1
偏度 Skewness skewness0.509
峰度 Kurtosis kurtosis-0.059
角度范围 angular_range— – 0.3150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2483000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.731; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.800; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id4ro2A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70
结构域编号 domain_id4ro2B00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70
结构域编号 domain_id4ro2C00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70
结构域编号 domain_id4ro2D00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)