SAXSdb — 4ufs

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LEUCINE-RICH REPEAT-CONTAINING G-PROTEIN COUPLED RECEPTOR 5

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 32–487 链 A； UniProt 538–544	片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 32-487 AND RESIDUES 538-544	R-SPONDIN-2 × 1 （Q8BFU0） E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE ZNRF3 × 1 （Q5SSZ7）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；0.100 M AMMONIUM ACETATE, 0.600 M SODIUM CHLORIDE, 0.050 M MES PH 6.0, 0.005 M MAGNESIUM SULPHATE	分辨率 4.80 Å R-free 0.313

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4UFS	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4BSR Structure of the ectodomain of LGR5 in complex with R-spondin-1 (Fu1Fu2) in P22121 crystal form 提交 2013-06-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 22–543（522 aa）片段：EXTRACELLULAR LRR DOMAIN, RESIDUES 22-543 链 B 22–543（522 aa）片段：EXTRACELLULAR LRR DOMAIN, RESIDUES 22-543	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.20 Å R-free 0.258
4BSS Structure of the ectodomain of LGR5 in complex with R-spondin-1 (Fu1Fu2) in P21 crystal form 提交 2013-06-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 22–543（522 aa）片段：EXTRACELLULAR LRR DOMAIN, RESIDUES 22-543 链 B 22–543（522 aa）片段：EXTRACELLULAR LRR DOMAIN, RESIDUES 22-543	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.20 Å R-free 0.290
4BSS Structure of the ectodomain of LGR5 in complex with R-spondin-1 (Fu1Fu2) in P21 crystal form 提交 2013-06-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 22–543（522 aa）片段：EXTRACELLULAR LRR DOMAIN, RESIDUES 22-543 链 F 22–543（522 aa）片段：EXTRACELLULAR LRR DOMAIN, RESIDUES 22-543	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.20 Å R-free 0.290
4BST Structure of the ectodomain of LGR5 in complex with R-spondin-1 (Fu1Fu2) in P6122 crystal form 提交 2013-06-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 22–543（522 aa）片段：EXTRACELLULAR LRR DOMAIN, RESIDUES 22-543 链 B 22–543（522 aa）片段：EXTRACELLULAR LRR DOMAIN, RESIDUES 22-543	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 4.30 Å R-free 0.268
4BSU Structure of the ectodomain of LGR5 in complex with R-spondin-1 (Fu1Fu2) in C2 crystal form 提交 2013-06-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 22–543（522 aa）链 F 22–543（522 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.20 Å R-free 0.287
4BSU Structure of the ectodomain of LGR5 in complex with R-spondin-1 (Fu1Fu2) in C2 crystal form 提交 2013-06-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 22–543（522 aa）链 B 22–543（522 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.20 Å R-free 0.287
4KNG Crystal structure of human LGR5-RSPO1-RNF43 提交 2013-05-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 32–557（526 aa）片段：extracellular domain 链 B 32–557（526 aa）片段：extracellular domain	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；10% PEG4000, 0.2M ammonium sulfate, 7% Sucrose and 0.1 M TRIS pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.276
4UFR Structure of the ectodomain of LGR5 in complex with R-spondin-2 (Fu1Fu2) 提交 2015-03-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 32–487（456 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 32-487 AND RESIDUES 538-544 链 A 538–544（7 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 32-487 AND RESIDUES 538-544 链 C 32–487（456 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 32-487 AND RESIDUES 538-544 链 C 538–544（7 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 32-487 AND RESIDUES 538-544	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CL CHLORIDE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；25 %W/V PEG3350, 0.200 M LITHIUM SULPHATE, 0.100 M BIS-TRIS PH 5.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.262

共 6 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LGR5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–458； UniProt 32–487 作者链 A； PDB构建体 466–472； UniProt 538–544

R-SPONDIN-2

HOMO SAPIENS

UniProt Q8BFU0

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 39–144	片段：FU1-FU2, RESIDUES 39-144	LEUCINE-RICH REPEAT-CONTAINING G-PROTEIN COUPLED RECEPTOR 5 × 1 （O75473） E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE ZNRF3 × 1 （Q5SSZ7）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；0.100 M AMMONIUM ACETATE, 0.600 M SODIUM CHLORIDE, 0.050 M MES PH 6.0, 0.005 M MAGNESIUM SULPHATE	分辨率 4.80 Å R-free 0.313

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4UFS	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4C99 Mouse ZNRF3 ectodomain in complex with mouse RSPO2 Fu1-Fu2 crystal form I 提交 2013-10-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 37–144（108 aa）片段：FU1-FU2, RESIDUES 37-144 链 D 37–144（108 aa）片段：FU1-FU2, RESIDUES 37-144	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å R-free 0.323
4UFR Structure of the ectodomain of LGR5 in complex with R-spondin-2 (Fu1Fu2) 提交 2015-03-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 39–144（106 aa）片段：FU1-FU2, RESIDUES 39-144 链 D 39–144（106 aa）片段：FU1-FU2, RESIDUES 39-144	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CL CHLORIDE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；25 %W/V PEG3350, 0.200 M LITHIUM SULPHATE, 0.100 M BIS-TRIS PH 5.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.262
8XFP the pentamerA complex of LGR4-RSPO2-ZNRF3(delta RING) 提交 2023-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 41–141（101 aa）链 J 41–141（101 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.21 Å
8XFS LGR4-RSPO2-ZNRF3 RING domain (1:2:2) 提交 2023-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 41–141（101 aa）链 D 41–141（101 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8Y69 LGR4-RSPO2-ZNRF3 (2:2:2) 提交 2024-02-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 G 41–141（101 aa）链 J 41–141（101 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.38 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RSPO2_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 4–109； UniProt 39–144

E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE ZNRF3

HOMO SAPIENS

UniProt Q5SSZ7

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 53–205	片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205	LEUCINE-RICH REPEAT-CONTAINING G-PROTEIN COUPLED RECEPTOR 5 × 1 （O75473） R-SPONDIN-2 × 1 （Q8BFU0）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；0.100 M AMMONIUM ACETATE, 0.600 M SODIUM CHLORIDE, 0.050 M MES PH 6.0, 0.005 M MAGNESIUM SULPHATE	分辨率 4.80 Å R-free 0.313

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4UFS	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4C86 mouse ZNRF3 ectodomain crystal form I 提交 2013-09-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 53–205（153 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205 链 B 53–205（153 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.276
4C8A mouse ZNRF3 ectodomain crystal form II 提交 2013-09-30	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 53–205（153 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.70 Å R-free 0.299
4C8A mouse ZNRF3 ectodomain crystal form II 提交 2013-09-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 53–205（153 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205 链 B 53–205（153 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.70 Å R-free 0.299
4C8C mouse ZNRF3 ectodomain crystal form III 提交 2013-09-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 53–205（153 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205 链 B 53–205（153 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å R-free 0.320
4C8F mouse ZNRF3 ectodomain crystal form IV 提交 2013-09-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 53–205（153 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205 链 D 53–205（153 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.69 Å R-free 0.341
4C8F mouse ZNRF3 ectodomain crystal form IV 提交 2013-09-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 53–205（153 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205 链 C 53–205（153 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.69 Å R-free 0.341
4C8P mouse ZNRF3 ectodomain crystal form V, disulfide-bridged S90C variant 提交 2013-10-01	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 53–205（153 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å R-free 0.286
4C99 Mouse ZNRF3 ectodomain in complex with mouse RSPO2 Fu1-Fu2 crystal form I 提交 2013-10-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 53–205（153 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205 链 C 53–205（153 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å R-free 0.323
4C9A Mouse ZNRF3 ectodomain in complex with Xenopus RSPO2 Fu1-Fu2 (Seleno Met) crystal form I 提交 2013-10-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–165（165 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 1-165 链 C 1–165（165 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 1-165	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å R-free 0.273
4C9E Mouse ZNRF3 ectodomain in complex with Xenopus RSPO2 Fu1-Fu2 (Seleno Met) crystal form II 提交 2013-10-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 53–205（153 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205 链 C 53–205（153 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å R-free 0.334
4C9E Mouse ZNRF3 ectodomain in complex with Xenopus RSPO2 Fu1-Fu2 (Seleno Met) crystal form II 提交 2013-10-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 53–205（153 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205 链 G 53–205（153 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å R-free 0.334
4CDJ Structure of ZNRF3 ectodomain 提交 2013-11-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 53–205（153 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 FMT FORMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.2 M AMMONIUM FORMATE AT PH 6.6 WITH 20% W/V PEG3350	分辨率 1.50 Å R-free 0.177
4CDJ Structure of ZNRF3 ectodomain 提交 2013-11-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 53–205（153 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.2 M AMMONIUM FORMATE AT PH 6.6 WITH 20% W/V PEG3350	分辨率 1.50 Å R-free 0.177
4CDK Structure of ZNRF3-RSPO1 提交 2013-11-01	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 53–205（153 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.2M SODIUM BROMIDE AND 20% W/V PEG 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.246
4CDK Structure of ZNRF3-RSPO1 提交 2013-11-01	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 53–205（153 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.2M SODIUM BROMIDE AND 20% W/V PEG 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.246
4CDK Structure of ZNRF3-RSPO1 提交 2013-11-01	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 53–205（153 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.2M SODIUM BROMIDE AND 20% W/V PEG 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.246
4CDK Structure of ZNRF3-RSPO1 提交 2013-11-01	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 53–205（153 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.2M SODIUM BROMIDE AND 20% W/V PEG 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.246

共 10 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ZNRF3_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 4–156； UniProt 53–205

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4ufs
沉积日期 deposition_date	2015-03-18
结构标题 title	Low resolution structure R-spondin-2 (Fu1Fu2) in complex with the ectodomains of LGR5 and ZNRF3
关键词 keywords	SIGNALING PROTEIN, WNT, LGR, RSPO; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.20 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.70 Å
零角强度 I(0) i0	103235000.00
分子量 molecular_weight	79559.0 kDa
排除体积 excluded_volume	99401 Å³
包络体积 envelope_volume	135660 Å³
水化壳体积 shell_volume	36981 Å³
包络直径 envelope_diameter	102.3 Å
壳层 Rg shell_rg	37.71 Å
包络 Rg envelope_rg	30.11 Å
形状 Rg shape_rg	30.70 Å
总 Rg total_rg	31.35 Å
总原子数 total_atoms	5582
残基数 n_residues	716
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	100.7 Å
Rg (实空间) rg_real	31.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.74 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0320e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4480e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.16 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	103200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8978
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	41.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.212
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.491
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	28630000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.916; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.929

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	LEUCINE-RICH REPEAT-CONTAINING G-PROTEIN COUPLED RECEPTOR 5
分子量 formula_weight	54108.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5582

ETLRGCPTHCHCEPDGRMLLRVDCSDLGLSELPSNLSVFTSYLDLSMNNISQLLPNPLPSLRFLEELRLAGNALTYIPKGAFTGLYSLKVLMLQNNQLRHVPTEALQNLRSLQSLRLDANHISYVPPSCFSGLHSLRHLWLDDNALTEIPVQAFRSLSALQAMTLALNKIHHIPDYAFGNLSSLVVLHLHNNRIHSLGKKCFDGLHSLETLDLNYNNLDEFPTAIRTLSNLKELGFHSNNIRSIPEKAFVGNPSLITIHFYDNPIQFVGRSAFQHLPELRTLTLNGASQITEFPDLTGTANLESLTLTGAQISSLPQTVCNQLPNLQVLDLSYNLLEDLPSFSVCQKLQKIDLRHNEIYEIKVDTFQQLLSLRSLNLAWNKIAIIHPNAFSTLPSLIKLDLSSNLLSSFPITGLHGLTHLKLTGNHALQSLISSENFPELKVIEMPYAYQCCAFGVCENNGNNGDSVQCSPSGTHHHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	HOMO SAPIENS

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	R-SPONDIN-2
分子量 formula_weight	13946.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

ETGICKGCLSCSKDNGCSRCQQKLFFFLRREGMRQYGECLHSCPSGYYGHRAPDMNRCARCRIENCDSCFSKDFCTKCKVGFYLHRGRCFDECPDGFAPLDETMECVEGTHHHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	HOMO SAPIENS

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE ZNRF3
分子量 formula_weight	18203.6 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

ETGKETAFVEVVLFESSPSGDYTTHTTGLTGRFSRAGAMLSAEGEIVQMHPLGLCNNNDEEDLYEYGWVGVVKLEQPELDPKPCLTVLGKAKRAVQRGATAVIFDVSENPEAIDQLNQGSEDPLKRPVVYVKGADAIKLMNIVNKQKVARARIQHLGTKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	HOMO SAPIENS

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	188.609 Å
晶胞边长 b length_b	188.609 Å
晶胞边长 c length_c	165.292 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 4 2 2
空间群编号 int_tables_number	97
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.800 Å
最低分辨率 resolution_low	133.370 Å
R 因子 r_factor	0.2722
R_work r_work	0.2699
R_free r_free	0.3126

fit	/app/data/saxs_computation/uf/4ufs/4ufs.fit
pddf	/app/data/pr_computation/uf/4ufs/4ufs.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/uf/4ufs/4ufs.dat

Low resolution structure R-spondin-2 (Fu1Fu2) in complex with the ectodomains of LGR5 and ZNRF3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LEUCINE-RICH REPEAT-CONTAINING G-PROTEIN COUPLED RECEPTOR 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

R-SPONDIN-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE ZNRF3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)