4x6r

An Isoform-specific Myristylation Switch Targets RIIb PKA Holoenzymes to Membranes

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 96.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

Mus musculus

UniProt P05132

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–351 突变:K7C 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit × 1 (P00514) SO4 SULFATE ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 TAM TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE × 1 GOL GLYCEROL × 2 MYR MYRISTIC ACID × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:BATCH MODE;298 K;Crystallization of RIb(91-379,R333K): myrC(K7C) heterodimer :RC heterodimer that was concentrated to 14 mg/mL and screened against different ammonium sulfate concentrations ranging from 0.8-2.5 M in 0.1 M sodium citrate buffer and also varying the pH from 5.0-6.0 using the hanging drop vapor diffusion method. The crystal used for structure determination was obtained from a 4 uL drop containing 1:1 protein to well solution with the well solution containing 1.6 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium citrate at pH 5.5 分辨率 2.40 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 84 个其他 PDB 条目、99 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KAPCA_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–350; UniProt 2–351

cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit

Bos taurus

UniProt P00514

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 91–380 突变:R333K cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha × 1 (P05132) SO4 SULFATE ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 TAM TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE × 1 GOL GLYCEROL × 2 MYR MYRISTIC ACID × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:BATCH MODE;298 K;Crystallization of RIb(91-379,R333K): myrC(K7C) heterodimer :RC heterodimer that was concentrated to 14 mg/mL and screened against different ammonium sulfate concentrations ranging from 0.8-2.5 M in 0.1 M sodium citrate buffer and also varying the pH from 5.0-6.0 using the hanging drop vapor diffusion method. The crystal used for structure determination was obtained from a 4 uL drop containing 1:1 protein to well solution with the well solution containing 1.6 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium citrate at pH 5.5 分辨率 2.40 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 25 个其他 PDB 条目、46 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KAP0_BOVIN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–290; UniProt 91–380

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4x6r

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4x6r
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4x6r
沉积日期 deposition_date2014-12-09
结构标题 titleAn Isoform-specific Myristylation Switch Targets RIIb PKA Holoenzymes to Membranes
关键词 keywordsPKA, membrane binding, molecular switch, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.82
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.72
零角强度 I(0) i090157100.00
分子量 molecular_weight74601.0 kDa
排除体积 excluded_volume93393 ų
包络体积 envelope_volume115830 ų
水化壳体积 shell_volume34861 ų
包络直径 envelope_diameter101.3
壳层 Rg shell_rg34.86
包络 Rg envelope_rg28.12
形状 Rg shape_rg27.70
总 Rg total_rg28.49
总原子数 total_atoms5246
残基数 n_residues637
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax96.6
Rg (实空间) rg_real28.78
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.63
I(0) (实空间) i0_real9.0160e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4310e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.80
I(0) (倒空间) i0_reciprocal90160000.0000
解质量估计 total_estimate0.8860
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary33.4
偏度 Skewness skewness0.327
峰度 Kurtosis kurtosis-0.276
角度范围 angular_range— – 0.2750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha17590000.0000
实空间数据点数 n_real_points56
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.852; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.974

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd4x6ra_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id4x6rA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
结构域编号 domain_id4x6rA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id4x6rB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Jelly Rolls
结构域编号 domain_id4x6rB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Jelly Rolls

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)