4xmn

Structure of the yeast coat nucleoporin complex, space group P212121

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein transport protein SEC13

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Nucleoporin NUP145 × 1 （P49687） Nucleoporin NUP84 × 1 （P52891） Nucleoporin NUP120 × 1 （P35729） Nucleoporin NUP85 × 1 （P46673） Antibody 87 light chain × 1 Antibody 87 heavy chain × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SEC13_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–297； UniProt 2–297

Nucleoporin NUP145

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P49687

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Protein transport protein SEC13 × 1 （Q04491） Nucleoporin NUP84 × 1 （P52891） Nucleoporin NUP120 × 1 （P35729） Nucleoporin NUP85 × 1 （P46673） Antibody 87 light chain × 1 Antibody 87 heavy chain × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NU145_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 15–652； UniProt 680–1317

Nucleoporin NUP84

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P52891

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Protein transport protein SEC13 × 1 （Q04491） Nucleoporin NUP145 × 1 （P49687） Nucleoporin NUP120 × 1 （P35729） Nucleoporin NUP85 × 1 （P46673） Antibody 87 light chain × 1 Antibody 87 heavy chain × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NUP84_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 5–454； UniProt 2–451

Nucleoporin NUP120

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P35729

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Protein transport protein SEC13 × 1 （Q04491） Nucleoporin NUP145 × 1 （P49687） Nucleoporin NUP84 × 1 （P52891） Nucleoporin NUP85 × 1 （P46673） Antibody 87 light chain × 1 Antibody 87 heavy chain × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NU120_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 9–1045； UniProt 1–1037

Nucleoporin NUP85

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P46673

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Protein transport protein SEC13 × 1 （Q04491） Nucleoporin NUP145 × 1 （P49687） Nucleoporin NUP84 × 1 （P52891） Nucleoporin NUP120 × 1 （P35729） Antibody 87 light chain × 1 Antibody 87 heavy chain × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NUP85_YEAST
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 14–684； UniProt 73–743

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4xmn
沉积日期 deposition_date	2015-01-14
结构标题 title	Structure of the yeast coat nucleoporin complex, space group P212121
关键词 keywords	STRUCTURAL PROTEIN, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4xmn__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4xmn__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4xmn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	94.03 Å
Rg（电子密度）	97.23 Å
总 Rg	97.52 Å
原子数	19816
残基数	2641
排除体积	350020 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4xmn__assembly_1__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein transport protein SEC13
分子量 formula_weight	33129.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	19816

MVVIANAHNELIHDAVLDYYGKRLATCSSDKTIKIFEVEGETHKLIDTLTGHEGPVWRVDWAHPKFGTILASCSYDGKVLIWKEENGRWSQIAVHAVHSASVNSVQWAPHEYGPLLLVASSDGKVSVVEFKENGTTSPIIIDAHAIGVNSASWAPATIEEDGEHNGTKESRKFVTGGADNLVKIWKYNSDAQTYVLESTLEGHSDWVRDVAWSPTVLLRSYLASVSQDRTCIIWTQDNEQGPWKKTLLKEEKFPDVLWRASWSLSGNVLALSGGDNKVTLWKENLEGKWEPAGEVHQ

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Nucleoporin NUP145
分子量 formula_weight	75087.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGSSHHHHHHSDQPDADFEGIEASPKLDVSKDWVEQLILAGSSLRSVFATSKEFDGPCQNEIDLLFSECNDEIDNAKLIMKERRFTASYTFAKFSTGSMLLTKDIVGKSGVSIKRLPTELQRKFLFDDVYLDKEIEKVTIEARKSNPYPQISESSLLFKDALDYMEKTSSDYNLWKLSSILFDPVSYPYKTDNDQVKMALLKKERHCRLTSWIVSQIGPEIEEKIRNSSNEIEQIFLYLLLNDVVRASKLAIESKNGHLSVLISYLGSNDPRIRDLAELQLQKWSTGGCSIDKNISKIYKLLSGSPFEGLFSLKELESEFSWLCLLNLTLCYGQIDEYSLESLVQSHLDKFSLPYDDPIGVIFQLYAANENTEKLYKEVRQRTNALDVQFCWYLIQTLRFNGTRVFSKETSDEATFAFAAQLEFAQLHGHSLFVSCFLNDDKAAEDTIKRLVMREITLLRASTNDHILNRLKIPSQLIFNAQALKDRYEGNYLSEVQNLLLGSSYDLAEMAIVTSLGPRLLLSNNPVQNNELKTLREILNEFPDSERDKWSVSINVFEVYLKLVLDNVETQETIDSLISGMKIFYDQYKHCREVAACCNVMSQEIVSKILEKNNPSIGDSKAKLLELPLGQPEKAYLRGEFAQDLMKCTYKI

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Nucleoporin NUP84
分子量 formula_weight	52435.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

GPHMELSPTYQTERFTKFSDTLKEFKIEQNNEQNPIDPFNIIREFRSAAGQLALDLANSGDESNVISSKDWELEARFWHLVELLLVFRNADLDLDEMELHPYNSRGLFEKKLMQDNKQLYQIWIVMVWLKENTYVMERPKNVPTSKWLNSITSGGLKSCDLDFPLRENTNVLDVKDKEEDHIFFKYIYELILAGAIDEALEEAKLSDNISICMILCGIQEYLNPVIDTQIANEFNTQQGIKKHSLWRRTVYSLSQQAGLDPYERAIYSYLSGAIPNQEVLQYSDWESDLHIHLNQILQTEIENYLLENNQVGTDELILPLPSHALTVQEVLNRVASRHPSESEHPIRVLMASVILDSLPSVIHSSVEMLLDVVKGTEASNDIIDKPYLLRIVTHLAICLDIINPGSVEEVDKSKLITTYISLLKLQGLYENIPIYATFLNESDCLEACSFILSS

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Nucleoporin NUP120
分子量 formula_weight	121607.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MHHHHHHSMACLSRIDANLLQYYEKPEPNNTVDLYVSNNSNNNGLKEGDKSISTPVPQPYGSEYSNCLLLSNSEYICYHFSSRSTLLTFYPLSDAYHGKTINIHLPNASMNQRYTLTIQEVEQQLLVNVILKDGSFLTLQLPLSFLFSSANTLNGEWFHLQNPYDFTVRVPHFLFYVSPQFSVVFLEDGGLLGLKKVDGVHYEPLLFNDNSYLKSLTRFFSRSSKSDYDSVISCKLFHERYLIVLTQNCHLKIWDLTSFTLIQDYDMVSQSDSDPSHFRKVEAVGEYLSLYNNTLVTLLPLENGLFQMGTLLVDSSGILTYTFQNNIPTNLSASAIWSIVDLVLTRPLELNVEASYLNLIVLWKSGTASKLQILNVNDESFKNYEWIESVNKSLVDLQSEHDLDIVTKTGDVERGFCNLKSRYGTQIFERAQQILSENKIIMAHNEDEEYLANLETILRDVKTAFNEASSITLYGDEIILVNCFQPYNHSLYKLNTTVENWFYNMHSETDGSELFKYLRTLNGFASTLSNDVLRSISKKFLDIITGELPDSMTTVEKFTDIFKNCLENQFEITNLKILFDELNSFDIPVVLNDLINNQMKPGIFWKKDFISAIKFDGFTSIISLESLHQLLSIHYRITLQVLLTFVLFDLDTEIFGQHISTLLDLHYKQFLLLNLYRQDKCLLAEVLLKDSSEFSFGVKFFNYGQLIAYIDSLNSNVYNASITENSFFMTFFRSYIIENTSHKNIRFFLENVECPFYLRHNEVQEFMFAMTLFSCGNFDQSYEIFQLHDYPEAINDKLPTFLEDLKSENYHGDSIWKDLLCTFTVPYRHSAFYYQLSLLFDRNNSQEFALKCISKSAEYSLKEIQIEELQDFKEKQHIHYLNLLIHFRMFEEVLDVLRLGHECLSDTVRTNFLQLLLQEDIYSRDFFSTLLRLCNAHSDNGELYLRTVDIKIVDSILSQNLRSGDWECFKKLYCFRMLNKSERAAAEVLYQYILMQADLDVIRKRKCYLMVINVLSSFDSAYDQWILNGSKVVTLTDLRDELRGL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Nucleoporin NUP85
分子量 formula_weight	79188.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MGSSHHHHHHSDQPLSYQNMAFITAKDKYKLYPVRIPRLDTSKEFSAYVSGLFEIYRDLGDDRVFNVPTIGVVNSNFAKEHNATVNLAMEAILNELEVFIGRVKDQDGRVNRFYELEESLTVLNCLRTMYFILDGQDVEENRSEFIESLLNWINRSDGEPDEEYIEQVFSVKDSTAGKKVFETQYFWKLLNQLVLRGLLSQAIGCIERSDLLPYLSDTCAVSFDAVSDSIELLKQYPKDSSSTFREWKNLVLKLSQAFGSSATDISGELRDYIEDFLLVIGGNQRKILQYSRTWYESFCGFLLYYIPSLELSAEYLQMSLEANVVDITNDWEQPCVDIISGKIHSILPVMESLDSCTAAFTAMICEAKGLIENIFEGEKNSDDYSNEDNEMLEDLFSYRNGMASYMLNSFAFELCSLGDKELWPVAIGLIALSATGTRSAKKMVIAELLPHYPFVTNDDIEWMLSICVEWRLPEIAKEIYTTLGNQMLSAHNIIESIANFSRAGKYELVKSYSWLLFEASCMEGQKLDDPVLNAIVSKNSPAEDDVIIPQDILDCVVTNSMRQTLAPYAVLSQFYELRDREDWGQALRLLLLLIEFPYLPKHYLVLLVAKFLYPIFLLDDKKLMDEDSVATVIEVIETKWDDADEKSSNLYETIIEADKSLPSSMATLLKNLRKKLNFKLCQAFM

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Antibody 87 light chain
分子量 formula_weight	23461.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MASDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSVSSAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASSLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSSSSLITFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDSQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Antibody 87 heavy chain
分子量 formula_weight	28615.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MKKNIAFLLASMFVFSIATNAYAEISEVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFNFSSSSIHWVRQAPGKGLEWVASISSYYGYTSYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARYETLYWPYQNSGMDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTGGSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

▶

晶胞边长 a length_a	117.130 Å
晶胞边长 b length_b	179.950 Å
晶胞边长 c length_c	441.180 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	7.600 Å
最低分辨率 resolution_low	49.606 Å
R 因子 r_factor	0.3212
R_work r_work	0.3183
R_free r_free	0.3473

Structure of the yeast coat nucleoporin complex, space group P212121

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein transport protein SEC13

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Nucleoporin NUP145

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Nucleoporin NUP84

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Nucleoporin NUP120

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Nucleoporin NUP85

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4xmn__assembly_1__model_1

4xmn__assembly_1__model_1 | I(q)

4xmn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)