4y0f

Crystal Structure of Human TDP-43 RRM1 Domain in Complex with an Unmodified Single-stranded DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 71.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TAR DNA-binding protein 43

Homo sapiens

UniProt Q13148

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 单体 蛋白 × 1 DNA 1 PDB 声明:dimeric(2) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 101–191 片段:UNP residues 101-191 ;DNA (5'-D(*GP*TP*TP*GP*AP*GP*CP*GP*TP*T)-3') ; × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;298 K;0.12M ammonium acetate, 0.08M BIS-TRIS, pH 5.5, 20% PEG 3350 分辨率 2.65 Å R-free 0.288
2 蛋白–DNA 单体 蛋白 × 1 DNA 1 PDB 声明:dimeric(2) 与全部聚合物数一致 链 B; UniProt 101–191 片段:UNP residues 101-191 ;DNA (5'-D(*GP*TP*TP*GP*AP*GP*CP*GP*TP*T)-3') ; × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;298 K;0.12M ammonium acetate, 0.08M BIS-TRIS, pH 5.5, 20% PEG 3350 分辨率 2.65 Å R-free 0.288

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 41 个其他 PDB 条目、50 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TADBP_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 13–103; UniProt 101–191 作者链 B; PDB构建体 13–103; UniProt 101–191

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4y0f

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4y0f
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4y0f
沉积日期 deposition_date2015-02-06
结构标题 titleCrystal Structure of Human TDP-43 RRM1 Domain in Complex with an Unmodified Single-stranded DNA
关键词 keywordsRNA recognition motif 1 Complex, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.55
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.36
零角强度 I(0) i011080600.00
分子量 molecular_weight22349.0 kDa
排除体积 excluded_volume26892 ų
包络体积 envelope_volume34415 ų
水化壳体积 shell_volume15164 ų
包络直径 envelope_diameter72.7
壳层 Rg shell_rg25.18
包络 Rg envelope_rg20.36
形状 Rg shape_rg20.36
总 Rg total_rg21.04
总原子数 total_atoms2816
残基数 n_residues169
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax71.4
Rg (实空间) rg_real20.65
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.50
I(0) (实空间) i0_real1.1080e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3720e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.63
I(0) (倒空间) i0_reciprocal11080000.0000
解质量估计 total_estimate0.7724
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary19.7
偏度 Skewness skewness0.472
峰度 Kurtosis kurtosis-0.288
角度范围 angular_range— – 0.3850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2914000.0000
实空间数据点数 n_real_points70
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.730; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.847; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id4y0fA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily330 — RRM (RNA recognition motif) domain
结构域编号 domain_id4y0fB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily330 — RRM (RNA recognition motif) domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)