SAXSdb — 4y5o

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Malcavernin

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 304–400	未记录	Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 3 × 1 （Q99759）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M potassium phosphate and 20% PEG 3350	分辨率 2.35 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4Y5O	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4FQN Crystal structure of the CCM2 C-terminal Harmonin Homology Domain (HHD) 提交 2012-06-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 283–379（97 aa）片段：C-terminal domain (unp residues 283-379) 链 B 283–379（97 aa）片段：C-terminal domain (unp residues 283-379)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；2.072M ammonium sulfate, 0.2M potassium formate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.219
4FQN Crystal structure of the CCM2 C-terminal Harmonin Homology Domain (HHD) 提交 2012-06-25	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 283–379（97 aa）片段：C-terminal domain (unp residues 283-379)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；2.072M ammonium sulfate, 0.2M potassium formate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.219
4FQN Crystal structure of the CCM2 C-terminal Harmonin Homology Domain (HHD) 提交 2012-06-25	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 283–379（97 aa）片段：C-terminal domain (unp residues 283-379)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；2.072M ammonium sulfate, 0.2M potassium formate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.219
4TVQ CCM3 in complex with CCM2 LD-like motif 提交 2014-06-27	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 224–239（16 aa）片段：INTERDOMAIN LINKER LD-LIKE MOTIF RESIDUES 224-239	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；15-20% PEG3350, 0.1-0.2M POTASSIUM FLUORIDE, PH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.277
4WJ7 CCM2 PTB domain in complex with KRIT1 NPxY/F3 提交 2014-09-29	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 51–228（178 aa）片段：PTB domain (UNP residues 51-228)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；20% (w/v) PEG 6000, 0.1M HEPES	分辨率 2.75 Å R-free 0.251
4WJ7 CCM2 PTB domain in complex with KRIT1 NPxY/F3 提交 2014-09-29	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 51–228（178 aa）片段：PTB domain (UNP residues 51-228)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；20% (w/v) PEG 6000, 0.1M HEPES	分辨率 2.75 Å R-free 0.251
4WJ7 CCM2 PTB domain in complex with KRIT1 NPxY/F3 提交 2014-09-29	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 51–228（178 aa）片段：PTB domain (UNP residues 51-228)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；20% (w/v) PEG 6000, 0.1M HEPES	分辨率 2.75 Å R-free 0.251
4WJ7 CCM2 PTB domain in complex with KRIT1 NPxY/F3 提交 2014-09-29	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 51–228（178 aa）片段：PTB domain (UNP residues 51-228)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；20% (w/v) PEG 6000, 0.1M HEPES	分辨率 2.75 Å R-free 0.251
4YKC Crystal structure of cerebral cavernous malformation 2 C-terminal adaptor domain 提交 2015-03-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 290–444（155 aa）片段：C-terminal adaptor domain, UNP residues 290-444	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；45% Tacsimate	分辨率 2.70 Å R-free 0.267
4YKD Crystal structure of truncated cerebral cavernous malformation 2 C-terminal adaptor domain 提交 2015-03-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 290–376（87 aa）片段：truncated fragment of C-terminal adaptor domain, UNP residues 290-376	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M Bis-Tris, 30%(w/v) polyethylene glycol 550, 50 mM calcium chloride	分辨率 1.93 Å R-free 0.235
4YL6 Crystal structure of truncated cerebral cavernous malformation 2 C-terminal adaptor domain in complex with an internal helix of mitogen-activated protein kinase kinase kinase 3 提交 2015-03-05	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 290–376（87 aa）片段：truncated fragment of C-terminal adaptor domain, UNP residues 290-376	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；3.5 M Sodium Formate	分辨率 2.10 Å R-free 0.237
9PVG Co-crystal structure of two CCM2 PTB domains bound to a KRIT1 peptide encompassing NPxF2 and NPxF3 提交 2025-08-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 51–228（178 aa）片段：PTB domain (UNP residues 51-228) 链 D 51–228（178 aa）片段：PTB domain (UNP residues 51-228)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M TrisHCl pH 7, 20% PEG3350	分辨率 3.00 Å R-free 0.297
9PVG Co-crystal structure of two CCM2 PTB domains bound to a KRIT1 peptide encompassing NPxF2 and NPxF3 提交 2025-08-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 51–228（178 aa）片段：PTB domain (UNP residues 51-228) 链 C 51–228（178 aa）片段：PTB domain (UNP residues 51-228)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M TrisHCl pH 7, 20% PEG3350	分辨率 3.00 Å R-free 0.297

共 7 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CCM2_HUMAN
Isoform	Q9BSQ5-2
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–98； UniProt 304–400

Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 3

Homo sapiens

UniProt Q99759

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–124	未记录	Malcavernin × 1 （Q9BSQ5）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M potassium phosphate and 20% PEG 3350	分辨率 2.35 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4Y5O	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2C60 crystal structure of human mitogen-activated protein kinase kinase kinase 3 isoform 2 phox domain at 1.25 A resolution 提交 2005-11-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 37–124（88 aa）片段：PHOX DOMAIN, RESIDUES 37-124	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；150 NANOLITRE SITTING DROPS, 0.2 KSCN, 20% PEG3350, 10% ETHYLENE GLYCOL	分辨率 1.25 Å R-free 0.182
2JRH Solution structure of human MEKK3 PB1 domain cis isomer 提交 2007-06-26	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 42–126（85 aa）片段：OPR, PB1 domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K；压力 1 NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] MEKK3 PB1-cis, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8 mM [U-100% 15N] MEKK3 PB1-cis, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2O2V Crystal Structure of the Complex of Human Mitogen Activated Protein Kinase Kinase 5 Phox Domain (MAP2K5-phox) with Human Mitogen Activated Protein Kinase Kinase Kinase 3 (MAP3K3B-phox) 提交 2006-11-30	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 37–124（88 aa）片段：MAP3K3B-phox	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；277 K；0.02M CaCl2, 0.1M Na(CH3COO), 30% MPD, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.83 Å R-free 0.224
2PPH solution structure of human MEKK3 PB1 domain 提交 2007-04-30	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 42–126（85 aa）片段：PB1 domain (Residues 42-126)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K；压力 1 NMR样品组成 0.5mM 15N,13C-labeled MEKK3 PB1 50mM phosphate buffer (pH 6.0), 1mM EDTA,10%(v/v) D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
4YL6 Crystal structure of truncated cerebral cavernous malformation 2 C-terminal adaptor domain in complex with an internal helix of mitogen-activated protein kinase kinase kinase 3 提交 2015-03-05	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–22（22 aa）片段：UNP residues 1-22	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；3.5 M Sodium Formate	分辨率 2.10 Å R-free 0.237

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	M3K3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–126； UniProt 1–124

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4y5o
沉积日期 deposition_date	2015-02-11
结构标题 title	CCM2 HHD in complex with MEKK3 NPB1
关键词 keywords	Complex, kinase, scaffold, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.91 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.81 Å
零角强度 I(0) i0	7837370.00
分子量 molecular_weight	20517.0 kDa
排除体积 excluded_volume	25712 Å³
包络体积 envelope_volume	30595 Å³
水化壳体积 shell_volume	15537 Å³
包络直径 envelope_diameter	60.9 Å
壳层 Rg shell_rg	22.51 Å
包络 Rg envelope_rg	17.08 Å
形状 Rg shape_rg	16.78 Å
总 Rg total_rg	17.87 Å
总原子数 total_atoms	1443
残基数 n_residues	181
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	60.9 Å
Rg (实空间) rg_real	17.85 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.8370e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0290e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	7837000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8517
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.305
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.192
角度范围 angular_range	— – 0.4450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2246000.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.694; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.993

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Malcavernin
分子量 formula_weight	11162.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1471

GSKTISESELSASATELLQDYMLTLRTKLSSQEIQQFAALLHEYRNGASIHEFCINLRQLYGDSRKFLLLGLRPFIPEKDSQHFENFLETIGVKDGRG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 3
分子量 formula_weight	14680.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.25
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GSMDEQEALNSIMNDLVALQMNRRHRMPGYETMKNKDTGHSNRQSDVRIKFEHNGERRIIAFSRPVKYEDVEHKVTTVFGQPLDLHYMNNELSILLKNQDDLDKAIDILDRSSSMKSLRILLLSQD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	20

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	4y5oA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1160 — Paired amphipathic helix 2 (pah2 repeat)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	43.310 Å
晶胞边长 b length_b	45.349 Å
晶胞边长 c length_c	61.533 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.95 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.350 Å
最低分辨率 resolution_low	36.811 Å
R 因子 r_factor	0.2087
R_work r_work	0.2075
R_free r_free	0.2323

fit	/app/data/saxs_computation/y5/4y5o/4y5o.fit
pddf	/app/data/pr_computation/y5/4y5o/4y5o.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/y5/4y5o/4y5o.dat

CCM2 HHD in complex with MEKK3 NPB1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Malcavernin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)