4z8l

Crystal structure of DCAF1/SIV-MND VPX/MND SAMHD1 NTD ternary complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 107.6 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein VPRBP

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1057–1396	片段：UNP residues 1057-1396	Vpx protein × 1 （Q7ZB17） SAM domain and HD domain-containing protein × 1 （H6WEA4） ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；1.6 M NaH2PO4, 0.4 M K2HPO4, 0.1 M Sodium Phosphate/Citrate buffer, pH 4.2	分辨率 2.60 Å R-free 0.228
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1057–1396	片段：UNP residues 1057-1396	Vpx protein × 1 （Q7ZB17） SAM domain and HD domain-containing protein × 1 （H6WEA4） ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；1.6 M NaH2PO4, 0.4 M K2HPO4, 0.1 M Sodium Phosphate/Citrate buffer, pH 4.2	分辨率 2.60 Å R-free 0.228

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4Z8L	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3WA0 Crystal structure of merlin complexed with DCAF1/VprBP 提交 2013-04-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1417–1506（90 aa）片段：UNP residues 1417-1506	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；277 K；0.2M ammonium fluoride, 23% PEG 3350, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.31 Å R-free 0.264
3WA0 Crystal structure of merlin complexed with DCAF1/VprBP 提交 2013-04-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1417–1506（90 aa）片段：UNP residues 1417-1506	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；277 K；0.2M ammonium fluoride, 23% PEG 3350, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.31 Å R-free 0.264
4CC9 Crystal structure of human SAMHD1 (amino acid residues 582-626) bound to Vpx isolated from sooty mangabey and human DCAF1 (amino acid residues 1058-1396) 提交 2013-10-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1058–1396（339 aa）片段：RESIDUES 1058-1396	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.2 M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1 M HEPES PH 7.5, 15% PEG 400	分辨率 2.47 Å R-free 0.216
4P7I Crystal structure of the Merlin FERM/DCAF1 complex 提交 2014-03-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 998–1058（61 aa）片段：UNP residues 998-1058	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289 K；20% Isopropanol and 5% PEG8000	分辨率 2.60 Å R-free 0.256
4P7I Crystal structure of the Merlin FERM/DCAF1 complex 提交 2014-03-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 998–1058（61 aa）片段：UNP residues 998-1058	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289 K；20% Isopropanol and 5% PEG8000	分辨率 2.60 Å R-free 0.256
4PXW Crystal structure of human DCAF1 WD40 repeats (Q1250L) 提交 2014-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1039–1401（363 aa）	突变：Q1250L	UNX UNKNOWN LIGAND × 22	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；0.1 M sodium hepes, 0.2 M lithium sulfate, 25% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K	分辨率 1.72 Å R-free 0.219
4PXW Crystal structure of human DCAF1 WD40 repeats (Q1250L) 提交 2014-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1039–1401（363 aa）	突变：Q1250L	UNX UNKNOWN LIGAND × 23	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；0.1 M sodium hepes, 0.2 M lithium sulfate, 25% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K	分辨率 1.72 Å R-free 0.219
5AJA Crystal structure of mandrill SAMHD1 (amino acid residues 1-114) bound to Vpx isolated from mandrill and human DCAF1 (amino acid residues 1058-1396) 提交 2015-02-20	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1058–1396（339 aa）片段：WD40-REPEAT DOMAIN, RESIDUES 1058-1396	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.16 M TRISODIUM CITRATE-HCL PH 5.2, 4% PEG 6000	分辨率 2.65 Å R-free 0.227
5JK7 The X-ray structure of the DDB1-DCAF1-Vpr-UNG2 complex 提交 2016-04-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1045–1396（352 aa）片段：UNP residues 1045-1396	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；289.15 K；100 mM Na Ctrate, pH 5.6, 11% PEG 20000	分辨率 3.49 Å R-free 0.206
5JK7 The X-ray structure of the DDB1-DCAF1-Vpr-UNG2 complex 提交 2016-04-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1045–1396（352 aa）片段：UNP residues 1045-1396	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；289.15 K；100 mM Na Ctrate, pH 5.6, 11% PEG 20000	分辨率 3.49 Å R-free 0.206
6N45 Crystal structure of the cryptic polo box domain of human activated Plk4 variant 1 提交 2018-11-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1475–1507（33 aa）链 B 1475–1507（33 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；4.3M Ammonium Acetate 0.1M BisTris propane pH 8.0	分辨率 2.64 Å R-free 0.314
6ZUE Crystal structure of human DDB1 bound to human DCAF1 (amino acid residues 1046-1396) 提交 2020-07-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1046–1396（351 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；100 mM Tri-Na citrate pH 5.5 18% PEG 1000	分辨率 3.09 Å R-free 0.279
6ZX9 Crystal structure of SIV Vpr,fused to T4 lysozyme, isolated from moustached monkey, bound to human DDB1 and human DCAF1 (amino acid residues 1046-1396) 提交 2020-07-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1046–1396（351 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 8 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；8-10% PEG 4000 (w/v), 200 mM MgCl2, 100 mM HEPES-NaOH, pH 7.0-8.2.	分辨率 2.52 Å R-free 0.260
7OKQ Cryo-EM Structure of the DDB1-DCAF1-CUL4A-RBX1 Complex 提交 2021-05-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：Hexadecameric	链 B 2–1507（1506 aa）链 F 2–1507（1506 aa）链 J 2–1507（1506 aa）链 N 2–1507（1506 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.40 Å
7SSE Crystal structure of the WDR domain of human DCAF1 in complex with CYCA-117-70 提交 2021-11-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1077–1390（314 aa）链 B 1077–1390（314 aa）	突变：F1077A, R1079A 突变：F1077A, R1079A	B1I N-[(3R)-1-(3-fluorophenyl)piperidin-3-yl]-6-(morpholin-4-yl)pyrimidin-4-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；30% PEG3350 ,0.1M Ammonium Sulphate, 0.1M Bis-Tris pH5.5	分辨率 1.62 Å R-free 0.234
7UFV Crystal structure of the WDR domain of human DCAF1 in complex with OICR-6766 提交 2022-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1077–1390（314 aa）	突变：F1077A, R1079A	N6O (3P)-N-[(1S)-3-amino-1-(3-chlorophenyl)-3-oxopropyl]-3-(2-fluorophenyl)-1H-pyrazole-4-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；291 K；20% PEG3350, 0.2M Potassium Fluoride	分辨率 1.90 Å R-free 0.254
7UFV Crystal structure of the WDR domain of human DCAF1 in complex with OICR-6766 提交 2022-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1077–1390（314 aa）	突变：F1077A, R1079A	N6O (3P)-N-[(1S)-3-amino-1-(3-chlorophenyl)-3-oxopropyl]-3-(2-fluorophenyl)-1H-pyrazole-4-carboxamide × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；291 K；20% PEG3350, 0.2M Potassium Fluoride	分辨率 1.90 Å R-free 0.254
7V7B CryoEM structure of DDB1-VprBP complex in ARM-up conformation 提交 2021-08-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1507（1507 aa）链 C 1–1507（1507 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
7V7C CryoEM structure of DDB1-VprBP-Vpr-UNG2(94-313) complex 提交 2021-08-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–1507（1507 aa）链 E 1–1507（1507 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8F8E Crystal structure of the WDR domain of human DCAF1 in complex with OICR-8268 compound 提交 2022-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1077–1390（314 aa）	突变：F1077A, R1079A	XJI (3P)-N-[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-3-(4-chloro-2-fluorophenyl)-1H-pyrazole-4-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG3350, 0.2M di-Ammonium Citrate	分辨率 1.55 Å R-free 0.209
8F8E Crystal structure of the WDR domain of human DCAF1 in complex with OICR-8268 compound 提交 2022-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1077–1390（314 aa）	突变：F1077A, R1079A	XJI (3P)-N-[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-3-(4-chloro-2-fluorophenyl)-1H-pyrazole-4-carboxamide × 1 CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG3350, 0.2M di-Ammonium Citrate	分辨率 1.55 Å R-free 0.209
8OG5 Crystal structure of human DCAF1 WD40 repeats (Q1250L) in complex with compound 1 提交 2023-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1039–1401（363 aa）	突变：Q1250L	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ACT ACETATE ION × 1 LQH 5-(2-fluorophenyl)-2,3-dihydroimidazo[2,1-a]isoquinoline × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES pH6.5, 2.13M Lithium acetate	分辨率 2.20 Å R-free 0.235
8OG6 Crystal structure of human DCAF1 WD40 repeats (Q1250L) in complex with compound 1 提交 2023-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1039–1401（363 aa）	突变：Q1250L	LQH 5-(2-fluorophenyl)-2,3-dihydroimidazo[2,1-a]isoquinoline × 2 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1M Tris pH 7.0, 2.13M Lithium acetate	分辨率 2.25 Å R-free 0.231
8OG7 Crystal structure of human DCAF1 WD40 repeats (Q1250L) in complex with compound 2 提交 2023-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1039–1401（363 aa）	突变：Q1250L	ACT ACETATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 VMR (4~{R})-4-[3-(4-chloranylphenoxy)phenyl]pyrrolidin-2-imine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES pH6.5, 2.13M Lithium acetate	分辨率 2.64 Å R-free 0.206
8OG8 Crystal structure of human DCAF1 WD40 repeats (Q1250L) in complex with compound 3 提交 2023-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1039–1401（363 aa）	突变：Q1250L	VM8 5-(2-methyl-1-phenyl-propan-2-yl)imidazo[2,1-a]isoquinoline × 2 ACT ACETATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES pH6.5, 2.13M Lithium acetate	分辨率 2.11 Å R-free 0.212
8OG9 Crystal structure of human DCAF1 WD40 repeats (Q1250L) in complex with compound 4 提交 2023-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1039–1401（363 aa）	突变：Q1250L	VM3 5-[1-(4-chlorophenyl)cyclopropyl]imidazo[2,1-a]isoquinoline × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES pH6.5, 2.13M Lithium acetate	分辨率 2.94 Å R-free 0.240
8OGA Crystal structure of human DCAF1 WD40 repeats (Q1250L) in complex with compound 6 提交 2023-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 P 1079–1393（315 aa）	突变：Q1250L	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 VLW 5-[1-(4-methoxyphenyl)cyclopropyl]-8-(4-methylpiperazin-1-yl)-2,3-dihydroimidazo[2,1-a]isoquinoline × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M Tris pH 7.5, 1.66M Lithium acetate	分辨率 2.20 Å R-free 0.209
8OGB Crystal structure of human DCAF1 WD40 repeats (Q1250L) in complex with compound 8 提交 2023-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1039–1401（363 aa）	突变：Q1250L	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 VN5 ~{N}'-[2-[1-(4-methoxyphenyl)cyclopropyl]-7-(4-methylpiperazin-1-yl)quinazolin-4-yl]ethane-1,2-diamine × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M Tris pH 7.5, 2.13M Lithium acetate	分辨率 2.27 Å R-free 0.212
8OGC Crystal structure of human DCAF1 WD40 repeats (Q1250L) in complex with compound 11 提交 2023-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1039–1401（363 aa）	突变：Q1250L	DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 VMZ 1-[4-[4-(2-azanylethylamino)-2-[1-(4-chlorophenyl)cyclopentyl]quinazolin-7-yl]piperazin-1-yl]ethanone × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M Tris pH 7.5, 2.18M Lithium acetate	分辨率 2.09 Å R-free 0.202
8OO5 Crystal structure of human DCAF1 WD40 repeats (Q1250L) in complex with compound 13 提交 2023-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 P 1079–1393（315 aa）	突变：Q1250L	VUF 1-[4-[4-(2-azanylethylamino)-2-[1-(4-chlorophenyl)cyclohexyl]quinazolin-7-yl]piperazin-1-yl]ethanone × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；1.91M LiSO4, 0.1M Tris pH 7.5	分辨率 2.25 Å R-free 0.220
8OOD Crystal structure of human DCAF1 WD40 repeats (Q1250L) in complex with compound 15 提交 2023-04-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1039–1401（363 aa）	突变：Q1250L	MG MAGNESIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 VY3 ~{N}-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[3-[4-[4-(2-azanylethylamino)-2-[1-(4-chlorophenyl)cyclopentyl]quinazolin-7-yl]piperazin-1-yl]-3-oxidanylidene-propoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethyl]ethanamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；2.13M LiSO4, 0.1M Tris pH 7.5	分辨率 1.50 Å R-free 0.186
9B9H Crystal structure of the ternary complex of DCAF1 and WDR5 with PROTAC, OICR-40333 提交 2024-04-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1080–1390（311 aa）片段：residues 1080-1390	未记录	A1AM2 N-{(1P)-5'-({(17E)-18-[(3P)-4-{[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]carbamoyl}-3-(4-chloro-2-fluorophenyl)-1H-pyrrol-2-yl]-16-oxo-3,6,9,12-tetraoxa-15-azaoctadec-17-en-1-yl}carbamoyl)-2'-fluoro-4-[(3R,5S)-3,4,5-trimethylpiperazin-1-yl][1,1'-biphenyl]-3-yl}-6-oxo-4-(trifluoromethyl)-1,6-dihydropyridine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；5% w/v 1-ethyl-3-methylimidazolium ethyl sulfate, 15% w/v polyethylene glycol 20,000, pH 7.9	分辨率 2.06 Å R-free 0.229
9B9T Crystal structure of the ternary complex of DCAF1 and WDR5 with PROTAC, OICR-40407 提交 2024-04-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1080–1390（311 aa）片段：residues 1080-1390	未记录	A1ANM N-{(1P)-5'-[(17-{(4P)-4-[(2P)-4-{[(1R)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]carbamoyl}-3-(4-chloro-2-fluorophenyl)-1H-pyrrol-2-yl]-1H-pyrazol-1-yl}-16-oxo-3,6,9,12-tetraoxa-15-azaheptadecan-1-yl)carbamoyl]-2'-fluoro-4-[(3R,5S)-3,4,5-trimethylpiperazin-1-yl][1,1'-biphenyl]-3-yl}-6-oxo-4-(trifluoromethyl)-1,6-dihydropyridine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M sodium acetate trihydrate, pH 4.6, 2.0 M sodium formate	分辨率 2.05 Å R-free 0.196
9B9W Crystal structure of the ternary complex of DCAF1 and WDR5 with PROTAC, OICR-40792 提交 2024-04-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1080–1390（311 aa）片段：residues 1080-1390	未记录	A1ANN (4P)-N-[(1R)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-5-[(25E)-1-{(1P)-6-fluoro-3'-[4-fluoro-2-(trifluoromethyl)benzamido]-4'-[(3R,5S)-3,4,5-trimethylpiperazin-1-yl][1,1'-biphenyl]-3-yl}-1,24-dioxo-5,8,11,14,17,20-hexaoxa-2,23-diazahexacos-25-en-26-yl]-1H-pyrrole-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；35% v/v tacsimate, pH 7.0	分辨率 1.92 Å R-free 0.183
9BA2 Crystal structure of the binary complex of DCAF1 and WDR5 提交 2024-04-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1080–1390（311 aa）片段：residues 1080-1390	未记录	IMD IMIDAZOLE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.2 M imidazole, pH 7.4, 20% w/v polyethylene glycol 4,000	分辨率 2.97 Å R-free 0.266
9BHR Crystal structure of the WDR domain of human DCAF1 in complex with OICR-40155 compound 提交 2024-04-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1077–1390（314 aa）	未记录	A1API (4P)-N-[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-5-{(1E)-3-[(2-methoxyethyl)amino]-3-oxoprop-1-en-1-yl}-1H-pyrrole-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG3350, 0.2 M Magnesium formate	分辨率 1.62 Å R-free 0.187
9BHR Crystal structure of the WDR domain of human DCAF1 in complex with OICR-40155 compound 提交 2024-04-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1077–1390（314 aa）	未记录	A1API (4P)-N-[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-5-{(1E)-3-[(2-methoxyethyl)amino]-3-oxoprop-1-en-1-yl}-1H-pyrrole-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG3350, 0.2 M Magnesium formate	分辨率 1.62 Å R-free 0.187
9BHS Crystal structure of the WDR domain of human DCAF1 in complex with OICR-9939 compound 提交 2024-04-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1077–1390（314 aa）	未记录	A1APJ (4P)-N-[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-5-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)-1H-pyrrole-3-carboxamide × 1 UNL UNKNOWN LIGAND × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；30% PEG2000 Monoethyl Ether, 0.2 M Potassium Bromide	分辨率 1.43 Å R-free 0.170
9BHS Crystal structure of the WDR domain of human DCAF1 in complex with OICR-9939 compound 提交 2024-04-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1077–1390（314 aa）	未记录	A1APJ (4P)-N-[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-5-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)-1H-pyrrole-3-carboxamide × 1 UNL UNKNOWN LIGAND × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；30% PEG2000 Monoethyl Ether, 0.2 M Potassium Bromide	分辨率 1.43 Å R-free 0.170
9C1Q Crystal structure of the WDR domain of human DCAF1 in complex with OICR-39512 compound 提交 2024-05-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1077–1390（314 aa）	未记录	A1ATT (4P)-N-[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-5-(3-methoxyprop-1-yn-1-yl)-1H-pyrrole-3-carboxamide × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 4 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG3350, 0.2 M Magnesium formate	分辨率 1.80 Å R-free 0.191
9D4E Crystal structure of the human DCAF1 WDR domain in complex with OICR-41103 提交 2024-08-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1077–1390（314 aa）	未记录	A1A1Q (4P)-N-[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-5-[(1E)-3-oxo-3-(piperidin-1-yl)prop-1-en-1-yl]-1H-pyrrole-3-carboxamide × 1 CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% w/v PEG 3350, 0.2 M di-Ammonium Citrate	分辨率 1.70 Å R-free 0.206
9D4E Crystal structure of the human DCAF1 WDR domain in complex with OICR-41103 提交 2024-08-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1077–1390（314 aa）	未记录	A1A1Q (4P)-N-[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-5-[(1E)-3-oxo-3-(piperidin-1-yl)prop-1-en-1-yl]-1H-pyrrole-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% w/v PEG 3350, 0.2 M di-Ammonium Citrate	分辨率 1.70 Å R-free 0.206
9DLW Crystal structure of the ternary complex of DCAF1 and WDR5 with PROTAC, OICR-41114 提交 2024-09-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1080–1390（311 aa）片段：residues 1080-1390	未记录	A1BAF N-{(1P)-5'-({(32E)-33-[(3P)-4-{[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]carbamoyl}-3-(4-chloro-2-fluorophenyl)-1H-pyrrol-2-yl]-31-oxo-3,6,9,12,15,18,21,24,27-nonaoxa-30-azatritriacont-32-en-1-yl}carbamoyl)-2'-fluoro-4-[(3R,5S)-3,4,5-trimethylpiperazin-1-yl][1,1'-biphenyl]-3-yl}-6-oxo-4-(trifluoromethyl)-1,6-dihydropyridine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.9；294 K；1.8 M Sodium phosphate monobasic monohydrate, potassium phosphate dibasic / pH 6.9	分辨率 2.07 Å R-free 0.242
9NSN Crystal structure of the ternary complex of DCAF1 and WDR5 with PROTAC, OICR-41059 提交 2025-03-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1080–1390（311 aa）片段：residues 1080-1390	未记录	A1B0X N-{(1P)-5'-({(26E)-27-[(3P)-4-{[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]carbamoyl}-3-(4-chloro-2-fluorophenyl)-1H-pyrrol-2-yl]-25-oxo-3,6,9,12,15,18,21-heptaoxa-24-azaheptacos-26-en-1-yl}carbamoyl)-2'-fluoro-4-[(3R,5S)-3,4,5-trimethylpiperazin-1-yl][1,1'-biphenyl]-3-yl}-6-oxo-4-(trifluoromethyl)-5,6-dihydropyridine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；0.15 M cesium chloride, 15% PEG3350	分辨率 1.85 Å R-free 0.234
9NSO Crystal structure of the ternary complex of DCAF1 and WDR5 with PROTAC, OICR-41060 提交 2025-03-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1080–1390（311 aa）片段：residues 1080-1390	未记录	A1B0Y (4P)-N-[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-5-[(34E)-1-{(1P)-6-fluoro-3'-[4-fluoro-2-(trifluoromethyl)benzamido]-4'-[(3R,5S)-3,4,5-trimethylpiperazin-1-yl][1,1'-biphenyl]-3-yl}-1,33-dioxo-5,8,11,14,17,20,23,26,29-nonaoxa-2,32-diazapentatriacont-34-en-35-yl]-1H-pyrrole-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 4.2, 0.4 M potassium phosphate dibasic, 1.6 M sodium phosphate monobasic monohydrate	分辨率 1.85 Å R-free 0.218
9PLY Crystal structure of the human DCAF1 WDR domain in complex with OICR-40156 提交 2025-07-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1077–1390（314 aa）链 B 1077–1390（314 aa）	未记录	A1CI0 (4P)-N-[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-5-{(1E)-3-[(3-methoxypropyl)amino]-3-oxoprop-1-en-1-yl}-1H-pyrrole-3-carboxamide × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG 3350, 0.2 M Magnesium formate	分辨率 1.40 Å R-free 0.174
9Y4Q Crystal structure of the human DCAF1 WDR domain in complex with OICR-40102 提交 2025-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1077–1390（314 aa）链 B 1077–1390（314 aa）	未记录	A1CR9 (4P)-N-[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-5-(pyrimidin-5-yl)-1H-pyrrole-3-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；3.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.0	分辨率 1.48 Å R-free 0.193
9Y76 Crystal structure of the human DCAF1 WDR domain in complex with OICR-40120 提交 2025-09-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1077–1390（314 aa）	未记录	A1CSX (4P,5M)-N-[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-5-{1-[2-(morpholin-4-yl)ethyl]-1H-pyrazol-4-yl}-1H-pyrrole-3-carboxamide × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG3350, 0.2 M magnesium formate	分辨率 1.56 Å R-free 0.208
9Y76 Crystal structure of the human DCAF1 WDR domain in complex with OICR-40120 提交 2025-09-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1077–1390（314 aa）	未记录	A1CSX (4P,5M)-N-[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-5-{1-[2-(morpholin-4-yl)ethyl]-1H-pyrazol-4-yl}-1H-pyrrole-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG3350, 0.2 M magnesium formate	分辨率 1.56 Å R-free 0.208
9YDG Crystal structure of the human DCAF1 WDR domain in complex with OICR-41074 提交 2025-09-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1080–1390（311 aa）	未记录	A1CU7 (4P)-N-[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-5-[(1E)-3-(morpholin-4-yl)-3-oxoprop-1-en-1-yl]-1H-pyrrole-3-carboxamide × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% w/v PEG 3350, 0.2 M Potassium Fluoride	分辨率 1.54 Å R-free 0.218
9YDG Crystal structure of the human DCAF1 WDR domain in complex with OICR-41074 提交 2025-09-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1080–1390（311 aa）	未记录	A1CU7 (4P)-N-[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-5-[(1E)-3-(morpholin-4-yl)-3-oxoprop-1-en-1-yl]-1H-pyrrole-3-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% w/v PEG 3350, 0.2 M Potassium Fluoride	分辨率 1.54 Å R-free 0.218
9YE4 Crystal structure of the human DCAF1 WDR domain in complex with OICR-41110 提交 2025-09-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1080–1390（311 aa）	未记录	A1CVQ (4P)-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-N-[(1S)-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-2-cyanoethyl]-5-[(1E)-3-oxo-3-(piperidin-1-yl)prop-1-en-1-yl]-1H-pyrrole-3-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；25% w/v PEG 3350, 0.1 M Ammonium Sulphate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5	分辨率 1.74 Å R-free 0.224
9YE4 Crystal structure of the human DCAF1 WDR domain in complex with OICR-41110 提交 2025-09-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1080–1390（311 aa）	未记录	A1CVQ (4P)-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-N-[(1S)-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-2-cyanoethyl]-5-[(1E)-3-oxo-3-(piperidin-1-yl)prop-1-en-1-yl]-1H-pyrrole-3-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；25% w/v PEG 3350, 0.1 M Ammonium Sulphate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5	分辨率 1.74 Å R-free 0.224
9YV4 Crystal structure of the human DCAF1 WDR domain in complex with OICR-41109 提交 2025-10-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1080–1390（311 aa）	未记录	A1CY9 (4P)-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-N-[(1S)-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-2-cyanoethyl]-5-[(1E)-3-oxo-3-(pyrrolidin-1-yl)prop-1-en-1-yl]-1H-pyrrole-3-carboxamide × 1 NA SODIUM ION × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；25% w/v PEG 3350, 0.2 M Magnesium Chloride, 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.194
9YV4 Crystal structure of the human DCAF1 WDR domain in complex with OICR-41109 提交 2025-10-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1080–1390（311 aa）	未记录	A1CY9 (4P)-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-N-[(1S)-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-2-cyanoethyl]-5-[(1E)-3-oxo-3-(pyrrolidin-1-yl)prop-1-en-1-yl]-1H-pyrrole-3-carboxamide × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；25% w/v PEG 3350, 0.2 M Magnesium Chloride, 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.194
9ZL9 Crystal structure of DCAF1 in complex with SDIPTAC C7 提交 2025-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1077–1390（314 aa）链 B 1077–1390（314 aa）链 C 1077–1390（314 aa）链 D 1077–1390（314 aa）链 E 1077–1390（314 aa）链 F 1077–1390（314 aa）	突变：F1077A, R1079A 突变：F1077A, R1079A 突变：F1077A, R1079A 突变：F1077A, R1079A 突变：F1077A, R1079A 突变：F1077A, R1079A	A1C24 (4P)-N-[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-1H-pyrrole-3-carboxamide × 4 A1C23 (4P,4'P)-5,5'-[(1E,30E)-3,29-dioxo-7,10,13,16,19,22,25-heptaoxa-4,28-diazahentriaconta-1,30-diene-1,31-diyl]bis{N-[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-1H-pyrrole-3-carboxamide} × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；294.15 K；0.2 M sodium fluoride, 20% w/v PEG 3350, pH 7.3	分辨率 2.60 Å R-free 0.317
9ZLE Crystal structure of DCAF1 in complex with SDIPTAC C8 提交 2025-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1077–1390（314 aa）链 B 1077–1390（314 aa）链 C 1077–1390（314 aa）链 D 1077–1390（314 aa）链 E 1077–1390（314 aa）链 F 1077–1390（314 aa）	突变：F1077A, R1079A 突变：F1077A, R1079A 突变：F1077A, R1079A 突变：F1077A, R1079A 突变：F1077A, R1079A 突变：F1077A, R1079A	A1C24 (4P)-N-[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-1H-pyrrole-3-carboxamide × 4 A1C25 (4P,4'P)-5,5'-[(1E,33E)-3,32-dioxo-7,10,13,16,19,22,25,28-octaoxa-4,31-diazatetratriaconta-1,33-diene-1,34-diyl]bis{N-[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-1H-pyrrole-3-carboxamide} × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；294.15 K；1.0 M ammonium tartrate dibasic, 0.1 M sodium acetate trihydrate, pH 4.6	分辨率 2.55 Å R-free 0.305
9ZLG Crystal structure of DCAF1 in complex with SDIPTAC C9 提交 2025-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1077–1390（314 aa）链 B 1077–1390（314 aa）链 C 1077–1390（314 aa）链 D 1077–1390（314 aa）链 E 1077–1390（314 aa）链 F 1077–1390（314 aa）链 G 1077–1390（314 aa）链 H 1077–1390（314 aa）	突变：F1077A, R1079A 突变：F1077A, R1079A 突变：F1077A, R1079A 突变：F1077A, R1079A 突变：F1077A, R1079A 突变：F1077A, R1079A 突变：F1077A, R1079A 突变：F1077A, R1079A	A1C24 (4P)-N-[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-1H-pyrrole-3-carboxamide × 4 A1C26 (4P,4'P)-5,5'-[(1E,36E)-3,35-dioxo-7,10,13,16,19,22,25,28,31-nonaoxa-4,34-diazaheptatriaconta-1,36-diene-1,37-diyl]bis{N-[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-1H-pyrrole-3-carboxamide} × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294.15 K；5% w/v 1-ethyl-3-methylimidazolium acetate, 15% w/v PEG 20,000, pH 6.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.289
9ZLI Crystal structure of DCAF1 in complex with SDIPTAC C11 提交 2025-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1077–1390（314 aa）链 B 1077–1390（314 aa）链 C 1077–1390（314 aa）链 D 1077–1390（314 aa）链 E 1077–1390（314 aa）链 F 1077–1390（314 aa）	突变：F1077A, R1079A 突变：F1077A, R1079A 突变：F1077A, R1079A 突变：F1077A, R1079A 突变：F1077A, R1079A 突变：F1077A, R1079A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.07 Å R-free 0.278

共 46 个其他 PDB 条目、59 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VPRBP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–341； UniProt 1057–1396 作者链 D； PDB构建体 2–341； UniProt 1057–1396

Vpx protein

Simian immunodeficiency virus

UniProt Q7ZB17

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–89	未记录	Protein VPRBP × 1 （Q9Y4B6） SAM domain and HD domain-containing protein × 1 （H6WEA4） ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；1.6 M NaH2PO4, 0.4 M K2HPO4, 0.1 M Sodium Phosphate/Citrate buffer, pH 4.2	分辨率 2.60 Å R-free 0.228
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–89	未记录	Protein VPRBP × 1 （Q9Y4B6） SAM domain and HD domain-containing protein × 1 （H6WEA4） ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；1.6 M NaH2PO4, 0.4 M K2HPO4, 0.1 M Sodium Phosphate/Citrate buffer, pH 4.2	分辨率 2.60 Å R-free 0.228

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 4Z8L	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5AJA Crystal structure of mandrill SAMHD1 (amino acid residues 1-114) bound to Vpx isolated from mandrill and human DCAF1 (amino acid residues 1058-1396) 提交 2015-02-20	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–99（99 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.16 M TRISODIUM CITRATE-HCL PH 5.2, 4% PEG 6000	分辨率 2.65 Å R-free 0.227

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q7ZB17_SIV
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 4–92； UniProt 1–89 作者链 E； PDB构建体 4–92； UniProt 1–89

SAM domain and HD domain-containing protein

Mandrillus sphinx

UniProt H6WEA4

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–115	片段：N-terminal	Protein VPRBP × 1 （Q9Y4B6） Vpx protein × 1 （Q7ZB17） ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；1.6 M NaH2PO4, 0.4 M K2HPO4, 0.1 M Sodium Phosphate/Citrate buffer, pH 4.2	分辨率 2.60 Å R-free 0.228
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–115	片段：N-terminal	Protein VPRBP × 1 （Q9Y4B6） Vpx protein × 1 （Q7ZB17） ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；1.6 M NaH2PO4, 0.4 M K2HPO4, 0.1 M Sodium Phosphate/Citrate buffer, pH 4.2	分辨率 2.60 Å R-free 0.228

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 4Z8L	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5AJA Crystal structure of mandrill SAMHD1 (amino acid residues 1-114) bound to Vpx isolated from mandrill and human DCAF1 (amino acid residues 1058-1396) 提交 2015-02-20	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–114（114 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, UNP 1-114	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.16 M TRISODIUM CITRATE-HCL PH 5.2, 4% PEG 6000	分辨率 2.65 Å R-free 0.227

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H6WEA4_MANSP
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 4–118； UniProt 1–115 作者链 F； PDB构建体 4–118； UniProt 1–115

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4z8l
沉积日期 deposition_date	2015-04-09
结构标题 title	Crystal structure of DCAF1/SIV-MND VPX/MND SAMHD1 NTD ternary complex
关键词 keywords	HIV, antiviral defense, Viral Protein-VPX-BINDING PROTEIN complex; Viral Protein/VPX-BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.58 Å
零角强度 I(0) i0	197338000.00
分子量 molecular_weight	109670.0 kDa
排除体积 excluded_volume	135940 Å³
包络体积 envelope_volume	175470 Å³
水化壳体积 shell_volume	44327 Å³
包络直径 envelope_diameter	120.0 Å
壳层 Rg shell_rg	39.88 Å
包络 Rg envelope_rg	32.36 Å
形状 Rg shape_rg	32.59 Å
总 Rg total_rg	33.11 Å
总原子数 total_atoms	7714
残基数 n_residues	955
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	107.6 Å
Rg (实空间) rg_real	33.02 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.76 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9730e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8940e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.07 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	197300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8986
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.227
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.473
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	54010000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.908; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.957

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein VPRBP
分子量 formula_weight	39777.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	7828

ARASFPKYGGVDGGCFDRHLIFSRFRPISVFREANEDESGFTCCAFSARERFLMLGTCTGQLKLYNVFSGQEEASYNCHNSAITHLEPSRDGSLLLTSATWSQPLSALWGMKSVFDMKHSFTEDHYVEFSKHSQDRVIGTKGDIAHIYDIQTGNKLLTLFNPDLANNYKRNCATFNPTDDLVLNDGVLWDVRSAQAIHKFDKFNMNISGVFHPNGLEVIINTEIWDLRTFHLLHTVPALDQCRVVFNHTGTVMYGAMLQADDEDDLMEERMKSPFGSSFRTFNATDYKPIATIDVKRNIFDLCTDTKDCYLAVIENQGSMDALNMDTVCRLYEVGRQRLAELEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Baculoviridae

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Vpx protein
分子量 formula_weight	12204.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

SEFMAERAPEAPEGAGEVGLEQWLETSLERINREARLHFHPEFLFRLWNTCVEHWHDRHQRSLDYAKYRYLLLMHKAMYTHMQQGCPCRNGRLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Simian immunodeficiency virus
通用名 common_name	SIV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11723
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	SAM domain and HD domain-containing protein
分子量 formula_weight	13197.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

SEFMQQADSDQPSKRPRFDDSPRTPSSTPSAEADCSPGVELHPDYKTWGPEQVCFFLRRGGFGEPALLKNIRENKITGALLPCLDESHFENLGVSSLGERKKLLSYIQRSGQIHVDTM

来源 Source

来源生物 organism	Mandrillus sphinx
通用名 common_name	Mandrill
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9561
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	114

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4z8lA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	4z8lB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	4730 —

结构域编号 domain_id	4z8lD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	4z8lE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	4730 —

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	74.490 Å
晶胞边长 b length_b	74.490 Å
晶胞边长 c length_c	178.180 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31
空间群编号 int_tables_number	144
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	43.695 Å
R 因子 r_factor	0.2015
R_work r_work	0.1992
R_free r_free	0.2277

fit	/app/data/saxs_computation/z8/4z8l/4z8l.fit
pddf	/app/data/pr_computation/z8/4z8l/4z8l.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/z8/4z8l/4z8l.dat

Crystal structure of DCAF1/SIV-MND VPX/MND SAMHD1 NTD ternary complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein VPRBP

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Vpx protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAM domain and HD domain-containing protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)