SAXSdb — 5b4w

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Plexin-B1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 20–535	片段：UNP residues 20-535	Synthesized cyclic peptide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；0.1M tri-sodium citrate, 13% PEG 8000	分辨率 2.60 Å R-free 0.265
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 20–535	片段：UNP residues 20-535	Synthesized cyclic peptide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；0.1M tri-sodium citrate, 13% PEG 8000	分辨率 2.60 Å R-free 0.265
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 20–535	片段：UNP residues 20-535	Synthesized cyclic peptide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；0.1M tri-sodium citrate, 13% PEG 8000	分辨率 2.60 Å R-free 0.265
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 20–535	片段：UNP residues 20-535	Synthesized cyclic peptide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；0.1M tri-sodium citrate, 13% PEG 8000	分辨率 2.60 Å R-free 0.265
5	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 20–535	片段：UNP residues 20-535	Synthesized cyclic peptide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；0.1M tri-sodium citrate, 13% PEG 8000	分辨率 2.60 Å R-free 0.265
6	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 20–535	片段：UNP residues 20-535	Synthesized cyclic peptide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；0.1M tri-sodium citrate, 13% PEG 8000	分辨率 2.60 Å R-free 0.265

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5B4W	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2JPH NMR solution structure of the Rho GTPase binding domain of human plexin-b1 提交 2007-05-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1743–1862（120 aa）片段：Sequence database residues 1743-1862	突变：W1830F	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient NMR样品组成 1.75 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 90%H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.25 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; 80% 2H] protein, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2OS6 Solution structure of LARG PDZ domain in complex with C-terminal octa-peptide of Plexin B1 提交 2007-02-05	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2128–2135（8 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；293 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM phosphate buffer, 50mM NaCl；压力 1 NMR样品组成 0.8mM 15N, 13C-labeled LARG PDZ domain, 5mM EDTA, 1mM DTT, 7.6mM synthetic peptide, 50mM phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O \| 50mM phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O NMR样品组成 0.8mM 15N, 13C-labeled LARG PDZ domain, 5mM EDTA, 1mM DTT, 7.6mM synthetic peptide, 50mM phosphate buffer, 99.9% D2O \| 50mM phosphate buffer, 99.9% D2O	分辨率未提供
2R2O Crystal structure of the effector domain of human Plexin B1 提交 2007-08-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1743–1862（120 aa）片段：Effector domain: Residues 1743-1862 链 B 1743–1862（120 aa）片段：Effector domain: Residues 1743-1862	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UNX UNKNOWN LIGAND × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；291 K；2.6M Sodium chloride, 18% Ethylene glycol, 0.1M Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.269
2REX Crystal structure of the effector domain of PLXNB1 bound with Rnd1 GTPase 提交 2007-09-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1743–1862（120 aa）片段：Residues 1743-1862	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 15 MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 3350, 0.2M Calcium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.248
2REX Crystal structure of the effector domain of PLXNB1 bound with Rnd1 GTPase 提交 2007-09-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1743–1862（120 aa）片段：Residues 1743-1862	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 15 MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 3350, 0.2M Calcium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.248
2REX Crystal structure of the effector domain of PLXNB1 bound with Rnd1 GTPase 提交 2007-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1743–1862（120 aa）片段：Residues 1743-1862 链 C 1743–1862（120 aa）片段：Residues 1743-1862	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 30 MG MAGNESIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 3350, 0.2M Calcium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.248
2REX Crystal structure of the effector domain of PLXNB1 bound with Rnd1 GTPase 提交 2007-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1743–1862（120 aa）片段：Residues 1743-1862 链 C 1743–1862（120 aa）片段：Residues 1743-1862	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 60 MG MAGNESIUM ION × 4 CA CALCIUM ION × 4 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 3350, 0.2M Calcium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.248
2REX Crystal structure of the effector domain of PLXNB1 bound with Rnd1 GTPase 提交 2007-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1743–1862（120 aa）片段：Residues 1743-1862 链 C 1743–1862（120 aa）片段：Residues 1743-1862	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 30 MG MAGNESIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 3350, 0.2M Calcium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.248
3HM6 Crystal structure of the cytoplasmic domain of human plexin B1 提交 2009-05-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 1511–2135（625 aa）片段：Cytoplasmic domain (UNP residues 1511-2135)	突变：S1625T	UNX UNKNOWN LIGAND × 19	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；16% peg-2000 mme, 0.1M TRIS, 0.2M TMAO, pH 8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 2.40 Å R-free 0.262
3OL2 Receptor-ligand structure of Human Semaphorin 4D with Plexin B1. 提交 2010-08-25	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 20–535（516 aa）片段：Extracellular domainsl (1-2)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；294 K；0.1 M Tris,0.2 M calcium acetate, 6% v/v glycerol, 20% PEG3000, pH 7, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K	分辨率 2.99 Å R-free 0.237
3SU8 Crystal structure of a truncated intracellular domain of Plexin-B1 in complex with Rac1 提交 2011-07-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 1533–2135（603 aa）片段：UNP residues 1533-2135	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.20 Å R-free 0.238
3SUA Crystal structure of the intracellular domain of Plexin-B1 in complex with Rac1 提交 2011-07-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1511–2135（625 aa）片段：UNP residues 1533-2135	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 4.39 Å R-free 0.264
3SUA Crystal structure of the intracellular domain of Plexin-B1 in complex with Rac1 提交 2011-07-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1511–2135（625 aa）片段：UNP residues 1533-2135	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 4.39 Å R-free 0.264
3SUA Crystal structure of the intracellular domain of Plexin-B1 in complex with Rac1 提交 2011-07-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1511–2135（625 aa）片段：UNP residues 1533-2135	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 4.39 Å R-free 0.264
3SUA Crystal structure of the intracellular domain of Plexin-B1 in complex with Rac1 提交 2011-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 1511–2135（625 aa）片段：UNP residues 1533-2135 链 E 1511–2135（625 aa）片段：UNP residues 1533-2135 链 F 1511–2135（625 aa）片段：UNP residues 1533-2135	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 4.39 Å R-free 0.264
7VF3 Plexin B1 extracellular fragment in complex with lasso-grafted PB1m7 peptide 提交 2021-09-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 19–535（517 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；0.1M sodium acetate buffer, 20% PEG 400, 0.2M Calcium acetate	分辨率 2.29 Å R-free 0.226
7VF3 Plexin B1 extracellular fragment in complex with lasso-grafted PB1m7 peptide 提交 2021-09-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 19–535（517 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；0.1M sodium acetate buffer, 20% PEG 400, 0.2M Calcium acetate	分辨率 2.29 Å R-free 0.226
7VG7 Plexin B1 extracellular fragment in complex with lasso-grafted PB1m6A9 peptide 提交 2021-09-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 19–535（517 aa）	突变：T19S	PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M MES or HEPES, 14-16% PEG 3350	分辨率 2.50 Å R-free 0.243
8B3K Crystal structure of human Plexin-B1 (20-535) in the unbound state 提交 2022-09-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–535（516 aa）链 B 20–535（516 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 14 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；1.0 M sodium acetate, 0.2 M cadmium sulphate, 0.1 M HEPES, pH 7.5	分辨率 2.69 Å R-free 0.245

共 11 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PLXB1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 33–548； UniProt 20–535 作者链 B； PDB构建体 33–548； UniProt 20–535 作者链 C； PDB构建体 33–548； UniProt 20–535 作者链 D； PDB构建体 33–548； UniProt 20–535 作者链 E； PDB构建体 33–548； UniProt 20–535 作者链 F； PDB构建体 33–548； UniProt 20–535

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5b4w
沉积日期 deposition_date	2016-04-19
结构标题 title	Crystal structure of Plexin inhibitor complex
关键词 keywords	Plexin, Inhibitor, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	52.71 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	52.78 Å
零角强度 I(0) i0	1353740000.00
分子量 molecular_weight	300720.0 kDa
排除体积 excluded_volume	373610 Å³
包络体积 envelope_volume	532610 Å³
水化壳体积 shell_volume	87115 Å³
包络直径 envelope_diameter	182.2 Å
壳层 Rg shell_rg	53.50 Å
包络 Rg envelope_rg	51.64 Å
形状 Rg shape_rg	52.77 Å
总 Rg total_rg	52.82 Å
总原子数 total_atoms	21187
残基数 n_residues	2752
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	186.4 Å
Rg (实空间) rg_real	52.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.22 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3540e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6640e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	52.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1353000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8666
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	62.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.392
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.361
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	145300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.811; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.832

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Plexin-B1
分子量 formula_weight	61933.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	21235

MDSKGSSQKGSRLLLLLVVSNLLLCQGVVSGSLQPLPPTAFTPNGTYLQHLARDPTSGTLYLGATNFLFQLSPGLQLEATVSTGPVLDSRDCLPPVMPDECPQAQPTNNPNQLLLVSPGALVVCGSVHQGVCEQRRLGQLEQLLLRPERPGDTQYVAANDPAVSTVGLVAQGLAGEPLLFVGRGYTSRGVGGGIPPITTRALWPPDPQAAFSYEETAKLAVGRLSEYSHHFVSAFARGASAYFLFLRRDLQAQSRAFRAYVSRVCLRDQHYYSYVELPLACEGGRYGLIQAAAVATSREVAHGEVLFAAFSSAAPPTVGRPPSAAAGASGASALCAFPLDEVDRLANRTRDACYTREGRAEDGTEVAYIEYDVNSDCAQLPVDTLDAYPCGSDHTPSPMASRVPLEATPILEWPGIQLTAVAVTMEDGHTIAFLGDSQGQLHRVYLGPGSDGHPYSTQSIQQGSAVSRDLTFDGTFEHLYVMTQSTLLKVPVASCAQHLDCASCLAHRDPYCGWCVLLGRCSRRSECSRGQGPEQWLWSFQPELGCLQTRENLYFQGKDGGGGGSHMGVAMPGAEDDVV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Synthesized cyclic peptide
分子量 formula_weight	2019.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I,J,K,L

XWRPRVARWTGQIIYCSX

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	7

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	48

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id	5b4wA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	5b4wB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	5b4wC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	5b4wD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	5b4wE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	5b4wE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1680 — ligand-binding face of the semaphorins, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ligand-binding face of the semaphorins, domain 2

结构域编号 domain_id	5b4wF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	92.426 Å
晶胞边长 b length_b	217.924 Å
晶胞边长 c length_c	106.475 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	115.30 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	40.805 Å
R 因子 r_factor	0.2266
R_work r_work	0.2245
R_free r_free	0.2653

fit	/app/data/saxs_computation/b4/5b4w/5b4w.fit
pddf	/app/data/pr_computation/b4/5b4w/5b4w.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/b4/5b4w/5b4w.dat

Crystal structure of Plexin inhibitor complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Plexin-B1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

CATH v4.4 (7 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)