5d80

Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

V-type proton ATPase catalytic subunit A

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） V-type proton ATPase subunit H × 1 （P41807） V-type proton ATPase subunit G × 3 （P48836） V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） V-type proton ATPase subunit H × 1 （P41807） V-type proton ATPase subunit G × 3 （P48836） V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VATA_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–283； UniProt 1–283 作者链 A； PDB构建体 284–617； UniProt 738–1071 作者链 B； PDB构建体 1–283； UniProt 1–283 作者链 B； PDB构建体 284–617； UniProt 738–1071 作者链 C； PDB构建体 1–283； UniProt 1–283 作者链 C； PDB构建体 284–617； UniProt 738–1071 作者链 a； PDB构建体 1–283； UniProt 1–283 作者链 a； PDB构建体 284–617； UniProt 738–1071 作者链 b； PDB构建体 1–283； UniProt 1–283 作者链 b； PDB构建体 284–617； UniProt 738–1071 作者链 c； PDB构建体 1–283； UniProt 1–283 作者链 c； PDB构建体 284–617； UniProt 738–1071

V-type proton ATPase subunit B

物种未注明

UniProt P16140

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 （P17255） V-type proton ATPase subunit H × 1 （P41807） V-type proton ATPase subunit G × 3 （P48836） V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 （P17255） V-type proton ATPase subunit H × 1 （P41807） V-type proton ATPase subunit G × 3 （P48836） V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	VATB_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–517； UniProt 1–517 作者链 E； PDB构建体 1–517； UniProt 1–517 作者链 F； PDB构建体 1–517； UniProt 1–517 作者链 d； PDB构建体 1–517； UniProt 1–517 作者链 e； PDB构建体 1–517； UniProt 1–517 作者链 f； PDB构建体 1–517； UniProt 1–517

V-type proton ATPase subunit H

物种未注明

UniProt P41807

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 （P17255） V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） V-type proton ATPase subunit G × 3 （P48836） V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 （P17255） V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） V-type proton ATPase subunit G × 3 （P48836） V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	VATH_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–478； UniProt 1–478 作者链 h； PDB构建体 1–478； UniProt 1–478

V-type proton ATPase subunit G

物种未注明

UniProt P48836

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 （P17255） V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） V-type proton ATPase subunit H × 1 （P41807） V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 （P17255） V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） V-type proton ATPase subunit H × 1 （P41807） V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	VATG_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 10–122； UniProt 2–114 作者链 L； PDB构建体 10–122； UniProt 2–114 作者链 N； PDB构建体 10–122； UniProt 2–114 作者链 j； PDB构建体 10–122； UniProt 2–114 作者链 l； PDB构建体 10–122； UniProt 2–114 作者链 n； PDB构建体 10–122； UniProt 2–114

V-type proton ATPase subunit E

物种未注明

UniProt P22203

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 （P17255） V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） V-type proton ATPase subunit H × 1 （P41807） V-type proton ATPase subunit G × 3 （P48836） V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 （P17255） V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） V-type proton ATPase subunit H × 1 （P41807） V-type proton ATPase subunit G × 3 （P48836） V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	VATE_YEAST
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–233； UniProt 1–233 作者链 K； PDB构建体 1–233； UniProt 1–233 作者链 M； PDB构建体 1–233； UniProt 1–233 作者链 i； PDB构建体 1–233； UniProt 1–233 作者链 k； PDB构建体 1–233； UniProt 1–233 作者链 m； PDB构建体 1–233； UniProt 1–233

V-type proton ATPase subunit D

物种未注明

UniProt P32610

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 （P17255） V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） V-type proton ATPase subunit H × 1 （P41807） V-type proton ATPase subunit G × 3 （P48836） V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 （P17255） V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） V-type proton ATPase subunit H × 1 （P41807） V-type proton ATPase subunit G × 3 （P48836） V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	VATD_YEAST
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–256； UniProt 1–256 作者链 g； PDB构建体 1–256； UniProt 1–256

V-type proton ATPase subunit F

物种未注明

UniProt P39111

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 （P17255） V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） V-type proton ATPase subunit H × 1 （P41807） V-type proton ATPase subunit G × 3 （P48836） V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 （P17255） V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） V-type proton ATPase subunit H × 1 （P41807） V-type proton ATPase subunit G × 3 （P48836） V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	VATF_YEAST
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 O； PDB构建体 1–118； UniProt 1–118 作者链 o； PDB构建体 1–118； UniProt 1–118

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5d80
沉积日期 deposition_date	2015-08-14
结构标题 title	Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form
关键词 keywords	Hydrolase, Autoinhibition; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5d80__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5d80__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5d80__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	56.87 Å
Rg（电子密度）	57.02 Å
总 Rg	57.13 Å
原子数	23747
残基数	4813
排除体积	381960 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5d80__assembly_1__model_1`	pentadecameric （15）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5d80__assembly_2__model_1`	pentadecameric （15）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	V-type proton ATPase catalytic subunit A
分子量 formula_weight	67796.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.14,3.1.-.-
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,a,b,c
原子数 atom_count	47363

MAGAIENARKEIKRISLEDHAESEYGAIYSVSGPVVIAENMIGCAMYELVKVGHDNLVGEVIRIDGDKATIQVYEETAGLTVGDPVLRTGKPLSVELGPGLMETIYDGIQRPLKAIKEESQSIYIPRGIDTPALDRTIKWQFTPGKFQVGDHISGGDIYGSVFENSLISSHKILLPPRSRGTITWIAPAGEYTLDEKILEVEFDGKKSDFTLYHTWPVRVPRPVTEKLSADYPLLTGQRVLDALFPCVQGGTTCIPGAFGCGKTVISQSLSKYSNSDAIIYVGCGERGNEMAEVLMEFPELYTEMSGTKEPIMKRTTLVANTSNMPVAAREASIYTGITLAEYFRDQGKNVSMIADSSSRWAEALREISGRLGEMPADQGFPAYLGAKLASFYERAGKAVALGSPDRTGSVSIVAAVSPAGGDFSDPVTTATLGITQVFWGLDKKLAQRKHFPSINTSVSYSKYTNVLNKFYDSNYPEFPVLRDRMKEILSNAEELEQVVQLVGKSALSDSDKITLDVATLIKEDFLQQNGYSTYDAFCPIWKTFDMMRAFISYHDEAQKAVANGANWSKLADSTGDVKHAVSSSKFFEPSRGEKEVHGEFEKLLSTMQERFAESTD

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit B
分子量 formula_weight	57815.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.14
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F,d,e,f

MVLSDKELFAINKKAVEQGFNVKPRLNYNTVSGVNGPLVILEKVKFPRYNEIVNLTLPDGTVRQGQVLEIRGDRAIVQVFEGTSGIDVKKTTVEFTGESLRIPVSEDMLGRIFDGSGRPIDNGPKVFAEDYLDINGSPINPYARIYPEEMISTGVSAIDTMNSIARGQKIPIFSASGLPHNEIAAQICRQAGLVRPTKDVHDGHEENFSIVFAAMGVNLETARFFKQDFEENGSLERTSLFLNLANDPTIERIITPRLALTTAEYLAYQTERHVLTILTDMSSYADALREVSAAREEVPGRRGYPGYMYTDLSTIYERAGRVEGRNGSITQIPILTMPNDDITHPIPDLTGYITEGQIFVDRQLHNKGIYPPINVLPSLSRLMKSAIGEGMTRKDHGDVSNQLYAKYAIGKDAAAMKAVVGEEALSIEDKLSLEFLEKFEKTFITQGAYEDRTVFESLDQAWSLLRIYPKEMLNRISPKILDEFYDRARDDADEDEEDPDTRSSGKKKDASQEESLI

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit H
分子量 formula_weight	54482.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.14
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,h

MGATKILMDSTHFNEIRSIIRSRSVAWDALARSEELSEIDASTAKALESILVKKNIGDGLSSSNNAHSGFKVNGKTLIPLIHLLSTSDNEDCKKSVQNLIAELLSSDKYGDDTVKFFQEDPKQLEQLFDVSLKGDFQTVLISGFNVVSLLVQNGLHNVKLVEKLLKNNNLINILQNIEQMDTCYVCIRLLQELAVIPEYRDVIWLHEKKFMPTLFKILQRATDSQLATRIVATNSNHLGIQLQYHSLLLIWLLTFNPVFANELVQKYLSDFLDLLKLVKITIKEKVSRLCISIILQCCSTRVKQHKKVIKQLLLLGNALPTVQSLSERKYSDEELRQDISNLKEILENEYQELTSFDEYVAELDSKLLCWSPPHVDNGFWSDNIDEFKKDNYKIFRQLIELLQAKVRNGDVNAKQEKIIIQVALNDITHVVELLPESIDVLDKTGGKADIMELLNHSDSRVKYEALKATQAIIGYTFK

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit G
分子量 formula_weight	13735.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.14
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,L,N,j,l,n

MDYKDDDDKSQKNGIATLLQAEKEAHEIVSKARKYRQDKLKQAKTDAAKEIDSYKIQKDKELKEFEQKNAGGVGELEKKAEAGVQGELAEIKKIAEKKKDDVVKILIETVIKPSAEVHINAL

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit E
分子量 formula_weight	26508.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.14
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,K,M,i,k,m

MSSAITALTPNQVNDELNKMQAFIRKEAEEKAKEIQLKADQEYEIEKTNIVRNETNNIDGNFKSKLKKAMLSQQITKSTIANKMRLKVLSAREQSLDGIFEETKEKLSGIANNRDEYKPILQSLIVEALLKLLEPKAIVKALERDVDLIESMKDDIMREYGEKAQRAPLEEIVISNDYLNKDLVSGGVVVSNASDKIEINNTLEERLKLLSEEALPAIRLELYGPSKTRKFFD

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit D
分子量 formula_weight	29235.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.14
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,g

MSGNREQVFPTRMTLGLMKTKLKGANQGYSLLKRKSEALTKRFRDITKRIDDAKQKMGRVMQTAAFSLAEVSYATGENIGYQVQESVSTARFKVRARQENVSGVYLSQFESYIDPEINDFRLTGLGRGGQQVQRAKEIYSRAVETLVELASLQTAFIILDEVIKVTNRRVNAIEHVIIPRTENTIAYINSELDELDREEFYRLKKVQEKKQNETAKLDAEMKLKRDRAEQDASEVAADEEPQGETLVADQEDDVIF

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit F
分子量 formula_weight	13479.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.14
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	o,O

MAEKRTLIAVIADEDTTTGLLLAGIGQITPETQEKNFFVYQEGKTTKEEITDKFNHFTEERDDIAILLINQHIAENIRARVDSFTNAFPAILEIPSKDHPYDPEKDSVLKRVRKLFGE

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晶胞边长 a length_a	468.020 Å
晶胞边长 b length_b	159.650 Å
晶胞边长 c length_c	248.270 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	113.75 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	6.202 Å
最低分辨率 resolution_low	39.720 Å
R 因子 r_factor	0.2573
R_work r_work	0.2545
R_free r_free	0.3018

Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

V-type proton ATPase catalytic subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

V-type proton ATPase subunit B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

V-type proton ATPase subunit H

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

V-type proton ATPase subunit G

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

V-type proton ATPase subunit E

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

V-type proton ATPase subunit D

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

V-type proton ATPase subunit F

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5d80__assembly_1__model_1

5d80__assembly_1__model_1 | I(q)

5d80__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer