5dc0

CRYSTAL STRUCTURE OF MONOBODY GG3/ABL1 SH2 DOMAIN COMPLEX

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 61.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein kinase ABL1

Homo sapiens

UniProt P00519

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 131–251 未记录 Fibronectin × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;291 K;0.1M sodium tartrate pH=8 and 25% w/v polyethylene glycol 3350 分辨率 2.23 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 80 个其他 PDB 条目、156 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ABL1_HUMAN
Isoform P00519-2
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–121; UniProt 131–251

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5dc0

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5dc0
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5dc0
沉积日期 deposition_date2015-08-22
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF MONOBODY GG3/ABL1 SH2 DOMAIN COMPLEX
关键词 keywordsENGINEERED BINDING PROTEIN, ANTIBODY MIMIC, PROTEIN-PROTEIN COMPLEX, SH2 DOMAIN, TYROSINE-PROTEIN KINASE, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.55
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.54
零角强度 I(0) i07753270.00
分子量 molecular_weight20641.0 kDa
排除体积 excluded_volume25875 ų
包络体积 envelope_volume31104 ų
水化壳体积 shell_volume14731 ų
包络直径 envelope_diameter63.0
壳层 Rg shell_rg23.40
包络 Rg envelope_rg18.69
形状 Rg shape_rg18.52
总 Rg total_rg19.39
总原子数 total_atoms1463
残基数 n_residues189
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax61.6
Rg (实空间) rg_real19.54
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.47
I(0) (实空间) i0_real7.7530e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1290e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.55
I(0) (倒空间) i0_reciprocal7753000.0000
解质量估计 total_estimate0.8295
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary21.7
偏度 Skewness skewness0.281
峰度 Kurtosis kurtosis-0.527
角度范围 angular_range— – 0.4050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1355000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.939; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.971; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd5dc0a_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.2 — Fibronectin type III
家族 Family familyb.1.2.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5dc0b_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.93 — SH2-like
超家族 Superfamily superfamilyd.93.1 — SH2 domain
家族 Family familyd.93.1.1 — SH2 domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id5dc0A00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id5dc0B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology505 — SHC Adaptor Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — SH2 domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)