SAXSdb — 5exr

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA primase small subunit

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DNA primase large subunit × 1 （P49643） DNA polymerase alpha catalytic subunit × 1 （P09884） DNA polymerase alpha subunit B × 1 （Q14181） ZINC ION × 3 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DNA primase large subunit × 1 （P49643） DNA polymerase alpha catalytic subunit × 1 （P09884） DNA polymerase alpha subunit B × 1 （Q14181） ZINC ION × 3 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PRI1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–420； UniProt 1–420 作者链 E； PDB构建体 1–420； UniProt 1–420

DNA primase large subunit

Homo sapiens

UniProt P49643

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DNA primase small subunit × 1 （P49642） DNA polymerase alpha catalytic subunit × 1 （P09884） DNA polymerase alpha subunit B × 1 （Q14181） ZINC ION × 3 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DNA primase small subunit × 1 （P49642） DNA polymerase alpha catalytic subunit × 1 （P09884） DNA polymerase alpha subunit B × 1 （Q14181） ZINC ION × 3 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PRI2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–509； UniProt 1–509 作者链 F； PDB构建体 1–509； UniProt 1–509

DNA polymerase alpha catalytic subunit

Homo sapiens

UniProt P09884

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DNA primase small subunit × 1 （P49642） DNA primase large subunit × 1 （P49643） DNA polymerase alpha subunit B × 1 （Q14181） ZINC ION × 3 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DNA primase small subunit × 1 （P49642） DNA primase large subunit × 1 （P49643） DNA polymerase alpha subunit B × 1 （Q14181） ZINC ION × 3 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	DPOLA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–1128； UniProt 335–1462 作者链 G； PDB构建体 1–1128； UniProt 335–1462

DNA polymerase alpha subunit B

Homo sapiens

UniProt Q14181

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DNA primase small subunit × 1 （P49642） DNA primase large subunit × 1 （P49643） DNA polymerase alpha catalytic subunit × 1 （P09884） ZINC ION × 3 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DNA primase small subunit × 1 （P49642） DNA primase large subunit × 1 （P49643） DNA polymerase alpha catalytic subunit × 1 （P09884） ZINC ION × 3 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	DPOA2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–597； UniProt 2–598 作者链 H； PDB构建体 1–597； UniProt 2–598

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5exr
沉积日期 deposition_date	2015-11-24
结构标题 title	Crystal structure of human primosome
关键词 keywords	human primosome, complex, primase, DNA polymerase alpha, primer, DNA replication, DNA, RNA, replicase, REPLICATION; REPLICATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5exr__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5exr__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5exr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	47.37 Å
Rg（电子密度）	46.76 Å
总 Rg	47.02 Å
原子数	18829
残基数	2324
排除体积	337470 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5exr__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5exr__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA primase small subunit
分子量 formula_weight	49981.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	37658

METFDPTELPELLKLYYRRLFPYSQYYRWLNYGGVIKNYFQHREFSFTLKDDIYIRYQSFNNQSDLEKEMQKMNPYKIDIGAVYSHRPNQHNTVKLGAFQAQEKELVFDIDMTDYDDVRRCCSSADICPKCWTLMTMAIRIIDRALKEDFGFKHRLWVYSGRRGVHCWVCDESVRKLSSAVRSGIVEYLSLVKGGQDVKKKVHLSEKIHPFIRKSINIIKKYFEEYALVNQDILENKESWDKILALVPETIHDELQQSFQKSHNSLQRWEHLKKVASRYQNNIKNDKYGPWLEWEIMLQYCFPRLDINVSKGINHLLKSPFSVHPKTGRISVPIDLQKVDQFDPFTVPTISFICRELDAISTNEEEKEENEAESDVKHRTRDYKKTSLAPYVKVFEHFLENLDKSRKGELLKKSDLQKDF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA primase large subunit
分子量 formula_weight	58890.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

MEFSGRKWRKLRLAGDQRNASYPHCLQFYLQPPSENISLIEFENLAIDRVKLLKSVENLGVSYVKGTEQYQSKLESELRKLKFSYRENLEDEYEPRRRDHISHFILRLAYCQSEELRRWFIQQEMDLLRFRFSILPKDKIQDFLKDSQLQFEAISDEEKTLREQEIVASSPSLSGLKLGFESIYKIPFADALDLFRGRKVYLEDGFAYVPLKDIVAIILNEFRAKLSKALALTARSLPAVQSDERLQPLLNHLSHSYTGQDYSTQGNVGKISLDQIDLLSTKSFPPCMRQLHKALRENHHLRHGGRMQYGLFLKGIGLTLEQALQFWKQEFIKGKMDPDKFDKGYSYNIRHSFGKEGKRTDYTPFSCLKIILSNPPSQGDYHGCPFRHSDPELLKQKLQSYKISPGGISQILDLVKGTHYQVACQKYFEMIHNVDDCGFSLNHPNQFFCESQRILNGGKDIKKEPIQPETPQPKPSVQKTKDASSALASLNSSLEMDMEGLEDYFSEDS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA polymerase alpha catalytic subunit
分子量 formula_weight	129308.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
突变 mutation	V516A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

ADEEQVFHFYWLDAYEDQYNQPGVVFLFGKVWIESAETHVSCCVMVKNIERTLYFLPREMKIDLNTGKETGTPISMKDVYEEFDEKIATKYKIMKFKSKPVEKNYAFEIPDVPEKSEYLEVKYSAEMPQLPQDLKGETFSHVFGTNTSSLELFLMNRKIKGPCWLEVKSPQLLNQPVSWCKAEAMALKPDLVNVIKDVSPPPLVVMAFSMKTMQNAKNHQNEIIAMAALVHHSFALDKAAPKPPFQSHFCVVSKPKDCIFPYAFKEVIEKKNVKVEVAATERTLLGFFLAKVHKIDPDIIVGHNIYGFELEVLLQRINVCKAPHWSKIGRLKRSNMPKLGGRSGFGERNATCGRMICDVEISAKELIRCKSYHLSELVQQILKTERVVIPMENIQNMYSESSQLLYLLEHTWKDAKFILQIMCELNVLPLALQITNIAGNIMSRTLMGGRSERNEFLLLHAFYENNYIVPDKQIFRKPQQKLGDEDEEIDGDTNKYKKGRKKAAYAGGLVLDPKVGFYDKFILLLDFNSLYPSIIQEFNICFTTVQRVASEAQKVTEDGEQEQIPELPDPSLEMGILPREIRKLVERRKQVKQLMKQQDLNPDLILQYDIRQKALKLTANSMYGCLGFSYSRFYAKPLAALVTYKGREILMHTKEMVQKMNLEVIYGDTDSIMINTNSTNLEEVFKLGNKVKSEVNKLYKLLEIDIDGVFKSLLLLKKKKYAALVVEPTSDGNYVTKQELKGLDIVRRDWCDLAKDTGNFVIGQILSDQSRDTIVENIQKRLIEIGENVLNGSVPVSQFEINKALTKDPQDYPDKKSLPHVHVALWINSQGGRKVKAGDTVSYVICQDGSNLTASQRAYAPEQLQKQDNLTIDTQYYLAQQIHPVVARICEPIDGIDAVLIATWLGLDPTQFRVHHYHKDEENDALLGGPAQLTDEEKYRDCERFKCPCPTCGTENIYDNVFDGSGTDMEPSLYRCSNIDCKASPLTFTVQLSNKLIMDIRRFIKKYYDGWLICEEPTCRNRTRHLPLQFSRTGPLCPACMKATLQPEYSDKSLYTQLCFYRYIFDAECALEKLTTDHEKDKLKKQFFTPKVLQDYRKLKNTAEQFLSRSGYSEVNLSKLFAGCAVKS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA polymerase alpha subunit B
分子量 formula_weight	65884.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

SASAQQLAEELQIFGLDCEEALIEKLVELCVQYGQNEEGMVGELIAFCTSTHKVGLTSEILNSFEHEFLSKRLSKARHSTCKDSGHAGARDIVSIQELIEVEEEEEILLNSYTTPSKGSQKRAISTPETPLTKRSVSTRSPHQLLSPSSFSPSATPSQKYNSRSNRGEVVTSFGLAQGVSWSGRGGAGNISLKVLGCPEALTGSYKSMFQKLPDIREVLTCKIEELGSELKEHYKIEAFTPLLAPAQEPVTLLGQIGCDSNGKLNNKSVILEGDREHSSGAQIPVDLSELKEYSLFPGQVVIMEGINTTGRKLVATKLYEGVPLPFYQPTEEDADFEQSMVLVACGPYTTSDSITYDPLLDLIAVINHDRPDVCILFGPFLDAKHEQVENCLLTSPFEDIFKQCLRTIIEGTRSSGSHLVFVPSLRDVHHEPVYPQPPFSYSDLSREDKKQVQFVSEPCSLSINGVIFGLTSTDLLFHLGAEEISSSSGTSDRFSRILKHILTQRSYYPLYPPQEDMAIDYESFYVYAQLPVTPDVLIIPSELRYFVKDVLGCVCVNPGRLTKGQVGGTFARLYLRRPAADGAERQSPCIAVQVVRI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	5exrA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	920 — DNA primase, PRIM domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA primase, PRIM domain

结构域编号 domain_id	5exrC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2820 —

结构域编号 domain_id	5exrC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	5exrE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	920 — DNA primase, PRIM domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA primase, PRIM domain

结构域编号 domain_id	5exrG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2820 —

结构域编号 domain_id	5exrG02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

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晶胞边长 a length_a	113.096 Å
晶胞边长 b length_b	210.164 Å
晶胞边长 c length_c	172.565 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.56 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.600 Å
最低分辨率 resolution_low	39.940 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2680
R_free r_free	0.3260

Crystal structure of human primosome

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA primase small subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA primase large subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA polymerase alpha catalytic subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA polymerase alpha subunit B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5exr__assembly_1__model_1

5exr__assembly_1__model_1 | I(q)

5exr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)