5f8a

Crystal structure of the ternary EcoRV-DNA-Lu complex with uncleaved DNA substrate. Lanthanide binding to EcoRV-DNA complex inhibits cleavage.

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 81.0 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Type-2 restriction enzyme EcoRV

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 2–245 链 B； UniProt 2–245	未记录	;DNA (5'-D(APAPAPGPAPTPAPTPCPTPTPT)-3') ; × 2 LU LUTETIUM (III) ION × 2 NA SODIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；285 K；4.5 mg/mL (monomer), protein(dimer):DNA - 1:1, Enzyme:Well - 3uL:3uL, Well - 500uL of 100 mM HEPES pH 7.4, 8% Ethylene glycol, 4% Polyethylene glycol 8000, 10% glycerol.	分辨率 1.76 Å R-free 0.199

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5F8A	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AZ0 ECORV ENDONUCLEASE/DNA COMPLEX 提交 1997-11-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–244（244 aa）链 B 1–244（244 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.00K	分辨率 2.00 Å R-free 0.246
1AZ3 ECORV ENDONUCLEASE, UNLIGANDED, FORM B 提交 1997-11-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–244（244 aa）链 B 1–244（244 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.40 Å R-free 0.315
1AZ4 ECORV ENDONUCLEASE, UNLIGANDED, FORM B, T93A MUTANT 提交 1997-11-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–245（244 aa）链 B 2–245（244 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.40 Å R-free 0.337
1B94 RESTRICTION ENDONUCLEASE ECORV WITH CALCIUM 提交 1999-02-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–244（244 aa）链 B 1–244（244 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 1.90 Å R-free 0.270
1B95 ANALYSIS OF A MUTATIONAL HOT-SPOT IN THE ECORV RESTRICTION ENDONUCLEASE: A CATALYTIC ROLE FOR A MAIN CHAIN CARBONYL GROUP 提交 1999-02-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–244（244 aa）链 B 1–244（244 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 2.05 Å R-free 0.282
1B96 ANALYSIS OF A MUTATIONAL HOT-SPOT IN THE ECORV RESTRICTION ENDONUCLEASE: A CATALYTIC ROLE FOR A MAIN CHAIN CARBONYL GROUP 提交 1999-02-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–244（244 aa）链 B 1–244（244 aa）	突变：Q69E 突变：Q69E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 2.30 Å R-free 0.282
1B97 ANALYSIS OF A MUTATIONAL HOT-SPOT IN THE ECORV RESTRICTION ENDONUCLEASE: A CATALYTIC ROLE FOR A MAIN CHAIN CARBONYL GROUP 提交 1999-02-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–244（244 aa）链 B 1–244（244 aa）	突变：Q69L 突变：Q69L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 1.90 Å R-free 0.279
1BGB ECORV ENDONUCLEASE COMPLEX WITH 5'-CGGGATATCCC DNA 提交 1998-05-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–244（244 aa）链 B 1–244（244 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；CRYSTALLIZED FROM 15% PEG 4K, 100 MM IMIDAZOLE, (PH 6.5), 150 MM NACL., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.00 Å R-free 0.246
1BSS ECORV-T93A/DNA/CA2+ 提交 1998-08-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–244（244 aa）链 B 1–244（244 aa）	突变：T93A 突变：T93A	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 2.15 Å R-free 0.246
1BSU STRUCTURAL AND ENERGETIC ORIGINS OF INDIRECT READOUT IN SITE-SPECIFIC DNA CLEAVAGE BY A RESTRICTION ENDONUCLEASE 提交 1998-08-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–244（244 aa）链 B 1–244（244 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；293 K；pH 7.5, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.258
1BUA STRUCTURAL AND ENERGETIC ORIGINS OF INDIRECT READOUT IN SITE-SPECIFIC DNA CLEAVAGE BY A RESTRICTION ENDONUCLEASE 提交 1998-09-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–244（244 aa）链 B 1–244（244 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.15 Å R-free 0.288
1EO3 INHIBITION OF ECORV ENDONUCLEASE BY DEOXYRIBO-3'-S-PHOSPHOROTHIOLATES: A HIGH RESOLUTION X-RAY CRYSTALLOGRAPHIC STUDY 提交 2000-03-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–244（244 aa）链 B 1–244（244 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4 ACY ACETIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；25% PEG 4000, 0.1M HEPES, 0.15M NaCl, 50 mM MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.00 Å R-free 0.290
1EO4 ECORV BOUND TO MN2+ AND COGNATE DNA CONTAINING A 3'S SUBSTITION AT THE CLEAVAGE SITE 提交 2000-03-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–244（244 aa）链 B 1–244（244 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 5 ACY ACETIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；25% PEG 4000, 0.1M HEPES, 0.15M NaCl, 50 mM MnCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 1.90 Å R-free 0.305
1EON ECORV BOUND TO 3'-S-PHOSPHOROTHIOLATE DNA AND CA2+ 提交 2000-03-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–244（244 aa）链 B 1–244（244 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 4 ACY ACETIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；25% PEG 4000, 0.1 M HEPES, 0.15 M NaCl, 50m M CaCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 1.60 Å R-free 0.281
1EOO ECORV BOUND TO COGNATE DNA 提交 2000-03-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–244（244 aa）链 B 1–244（244 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；297 K；1.5 M ammonium sulfate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K	分辨率 2.16 Å R-free 0.316
1EOP ECORV BOUND TO COGNATE DNA 提交 2000-03-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–244（244 aa）链 B 1–244（244 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；290 K；25% PEG 4000, 0.1 M acetate, 0.2 M tartrate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.60 Å R-free 0.302
1RV5 COMPLEX OF ECORV ENDONUCLEASE WITH D(AAAGAT)/D(ATCTT) 提交 1998-06-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–244（244 aa）链 B 1–244（244 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.272
1RVA MG2+ BINDING TO THE ACTIVE SITE OF ECO RV ENDONUCLEASE: A CRYSTALLOGRAPHIC STUDY OF COMPLEXES WITH SUBSTRATE AND PRODUCT DNA AT 2 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1994-10-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–244（244 aa）链 B 1–244（244 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1RVB MG2+ BINDING TO THE ACTIVE SITE OF ECO RV ENDONUCLEASE: A CRYSTALLOGRAPHIC STUDY OF COMPLEXES WITH SUBSTRATE AND PRODUCT DNA AT 2 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1994-10-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–244（244 aa）链 B 1–244（244 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
1RVC MG2+ BINDING TO THE ACTIVE SITE OF ECO RV ENDONUCLEASE: A CRYSTALLOGRAPHIC STUDY OF COMPLEXES WITH SUBSTRATE AND PRODUCT DNA AT 2 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1994-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 1–244（244 aa）链 B 1–244（244 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
1RVE THE CRYSTAL STRUCTURE OF ECORV ENDONUCLEASE AND OF ITS COMPLEXES WITH COGNATE AND NON-COGNATE DNA FRAGMENTS 提交 1992-02-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–244（244 aa）链 B 1–244（244 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1STX Structure of the K38A mutant of EcoRV bound to cognate DNA and Mn2+ 提交 2004-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 1–244（244 aa）链 B 1–244（244 aa）	突变：K38A 突变：K38A	MN MANGANESE (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；290 K；17% PEG 4000, 0.1M HEPES pH 7.5, 0.15M NaCl 50mM MnCl2, Vapor diffusion, temperature 290K	分辨率 2.10 Å R-free 0.262
1SUZ The structure of K92A EcoRV bound to cognate DNA and Mg2+ 提交 2004-03-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–244（244 aa）链 B 1–244（244 aa）	突变：K92A 突变：K92A	MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；295 K；17% PEG 4K, 0.1M tartrate, 0.1M HPETES, 50mM MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 22K	分辨率 1.80 Å R-free 0.244
1SX5 K38A EcoRV bound to cleaved DNA and Mn2+: P1 crystal form 提交 2004-03-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 1–244（244 aa）链 B 1–244（244 aa）	突变：K38A 突变：K38A	MN MANGANESE (II) ION × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；315 K；PEG 4000, 0.1M HEPES, 0.15M NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 315K	分辨率 1.50 Å R-free 0.254
1SX8 EcoRV bound to cognate DNA and Mn2+ 提交 2004-03-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–244（244 aa）链 B 1–244（244 aa）	突变：K92A 突变：K92A	MN MANGANESE (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；PEG 4000, 0.1M HEPES, 0.15M NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K	分辨率 2.15 Å R-free 0.254
2B0D EcoRV Restriction Endonuclease/GAATTC/Ca2+ 提交 2005-09-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 0–244（245 aa）链 B 0–244（245 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；297 K；PEG 4K, Hepes, NaCl, CaCl2, Glycerol, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 297K	分辨率 2.00 Å R-free 0.302
2B0E EcoRV Restriction Endonuclease/GAAUTC/Ca2+ 提交 2005-09-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 0–244（245 aa）链 B 0–244（245 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；297 K；PEG 4K, Hepes, NaCl, CaCl2, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 297K	分辨率 1.90 Å R-free 0.314
2GE5 EcoRV Restriction Endonuclease C-terminal deletion mutant/GATATC/Ca2+ 提交 2006-03-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–219（219 aa）片段：residues 1-219 链 B 1–219（219 aa）片段：residues 1-219	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；250 mM NaCl, 8-12% PEG 4k, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.40 Å R-free 0.284
2RVE THE CRYSTAL STRUCTURE OF ECORV ENDONUCLEASE AND OF ITS COMPLEXES WITH COGNATE AND NON-COGNATE DNA SEGMENTS 提交 1991-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–244（244 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；pH 6.00, VAPOR DIFFUSION	分辨率 3.00 Å
2RVE THE CRYSTAL STRUCTURE OF ECORV ENDONUCLEASE AND OF ITS COMPLEXES WITH COGNATE AND NON-COGNATE DNA SEGMENTS 提交 1991-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 1–244（244 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；pH 6.00, VAPOR DIFFUSION	分辨率 3.00 Å
4RVE THE CRYSTAL STRUCTURE OF ECORV ENDONUCLEASE AND OF ITS COMPLEXES WITH COGNATE AND NON-COGNATE DNA SEGMENTS 提交 1993-02-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–244（244 aa）链 B 1–244（244 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；pH 7.00, VAPOR DIFFUSION	分辨率 3.00 Å
4RVE THE CRYSTAL STRUCTURE OF ECORV ENDONUCLEASE AND OF ITS COMPLEXES WITH COGNATE AND NON-COGNATE DNA SEGMENTS 提交 1993-02-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–244（244 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；pH 7.00, VAPOR DIFFUSION	分辨率 3.00 Å
5HLK Crystal structure of the ternary EcoRV-DNA-Lu complex with cleaved DNA substrate. 提交 2016-01-15	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 2–245（244 aa）链 B 2–245（244 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 NA SODIUM ION × 4 LU LUTETIUM (III) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；9.4 mg/mL, 3:3 Enzyme:Well, 100 mM HEPES pH 7.5, 8% Ethylene glycol, 7% Polyethylene glycol 8000, 10% glycerol	分辨率 2.00 Å R-free 0.228

共 31 个其他 PDB 条目、33 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	T2E5_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–244； UniProt 2–245 作者链 B； PDB构建体 1–244； UniProt 2–245

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5f8a
沉积日期 deposition_date	2015-12-09
结构标题 title	Crystal structure of the ternary EcoRV-DNA-Lu complex with uncleaved DNA substrate. Lanthanide binding to EcoRV-DNA complex inhibits cleavage.
关键词 keywords	Hydrolase, Protein-DNA complex, Lutetium, HYDROLASE-DNA complex; HYDROLASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.07 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.54 Å
零角强度 I(0) i0	75691200.00
分子量 molecular_weight	64876.0 kDa
排除体积 excluded_volume	79518 Å³
包络体积 envelope_volume	92035 Å³
水化壳体积 shell_volume	31571 Å³
包络直径 envelope_diameter	81.1 Å
壳层 Rg shell_rg	31.58 Å
包络 Rg envelope_rg	23.80 Å
形状 Rg shape_rg	23.59 Å
总 Rg total_rg	24.21 Å
总原子数 total_atoms	4544
残基数 n_residues	512
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	81.0 Å
Rg (实空间) rg_real	23.96 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.47 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.5690e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0180e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.98 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	75690000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8718
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	0
主峰位置 r_peak_primary	— Å
偏度 Skewness skewness	0.255
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.316
角度范围 angular_range	— – 0.3300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	18450000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.777; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.998

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APAPAPGPAPTPAPTPCPTPTPT)-3') ;
分子量 formula_weight	3660.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,D
原子数 atom_count	4874

AAAGATATCTTT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Type-2 restriction enzyme EcoRV
分子量 formula_weight	28559.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.21.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

SLRSDLINALYDENQKYDVCGIISAEGKIYPLGSDTKVLSTIFELFSRPIINKIAEKHGYIVEEPKQQNHYPDFTLYKPSEPNKKIAIDIKTTYTNKENEKIKFTLGGYTSFIRNNTKNIVYPFDQYIAHWIIGYVYTRVATRKSSLKTYNINELNEIPKPYKGVKVFLQDKWVIAGDLAGSGNTTNIGSIHAHYKDFVEGKGIFDSEDEFLDYWRNYERTSQLRNDKYNNISEYRNWIYRGRK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	LUTETIUM (III) ION
分子量 formula_weight	175.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	301

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5f8aA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	600 — ECO RV Endonuclease; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA mismatch repair MutH/Restriction endonuclease, type II

结构域编号 domain_id	5f8aB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	600 — ECO RV Endonuclease; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA mismatch repair MutH/Restriction endonuclease, type II

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	46.430 Å
晶胞边长 b length_b	52.860 Å
晶胞边长 c length_c	65.310 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	70.61 °
晶胞夹角 β angle_beta	73.24 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	81.81 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.760 Å
最低分辨率 resolution_low	36.673 Å
R 因子 r_factor	0.1640
R_work r_work	0.1603
R_free r_free	0.1991

fit	/app/data/saxs_computation/f8/5f8a/5f8a.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f8/5f8a/5f8a.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f8/5f8a/5f8a.dat

Crystal structure of the ternary EcoRV-DNA-Lu complex with uncleaved DNA substrate. Lanthanide binding to EcoRV-DNA complex inhibits cleavage.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Type-2 restriction enzyme EcoRV

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)