5fx5

Novel inhibitors of human rhinovirus 3C protease

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 53.3 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RHINOVIRUS 3C PROTEASE

HUMAN RHINOVIRUS 2

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1508–1687	片段：3C PROTEASE, RESIDUES 1508-1687	GOL GLYCEROL × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 HOV ethyl (4R)-4-[[(2S,3R)-1-[(2S)-3-methyl-2-[(5-methyl-1,2-oxazol-3-yl)carbonylamino]butanoyl]-3-phenyl-pyrrolidin-2-yl]carbonylamino]-5-[(3S)-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]pentanoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：30% PEG400, 100 MM TRIS-HCL PH 8.5, 200 MM MGCL2	分辨率 1.70 Å R-free 0.211

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5FX5	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A3R FAB FRAGMENT (ANTIBODY 8F5) COMPLEXED WITH PEPTIDE FROM HUMAN RHINOVIRUS (SEROTYPE 2) VIRAL CAPSID PROTEIN VP2 (RESIDUES 156-170) 提交 1998-01-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 P 225–239（15 aa）片段：RESIDUES 156 - 170	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；FAB-PEPTIDE COMPLEX WAS CRYSTALLIZED FROM 0.9 M SODIUM CITRATE, 25 MM SODIUM CHLORIDE, 50 MM TRIS-HCL, PH 7.75, pH 7.5	分辨率 2.10 Å
1CQQ TYPE 2 RHINOVIRUS 3C PROTEASE WITH AG7088 INHIBITOR 提交 1999-08-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1508–1687（180 aa）	未记录	AG7 4-{2-(4-FLUORO-BENZYL)-6-METHYL-5-[(5-METHYL-ISOXAZOLE-3-CARBONYL)-AMINO]-4-OXO-HEPTANOYLAMINO}-5-(2-OXO-PYRROLIDIN-3-YL)-PENTANOIC ACID ETHYL ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；286 K；20% PEG10K, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 13K	分辨率 1.85 Å
1FPN HUMAN RHINOVIRUS SEROTYPE 2 (HRV2) 提交 2000-08-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 240 PDB 声明：240-MERIC	链 1 568–856（289 aa）链 2 70–330（261 aa）链 3 331–567（237 aa）链 4 2–69（68 aa）	未记录	DAO LAURIC ACID × 60	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；ammonium sulphate, potassium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.60 Å
1FPN HUMAN RHINOVIRUS SEROTYPE 2 (HRV2) 提交 2000-08-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 1 568–856（289 aa）链 2 70–330（261 aa）链 3 331–567（237 aa）链 4 2–69（68 aa）	未记录	DAO LAURIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；ammonium sulphate, potassium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.60 Å
1FPN HUMAN RHINOVIRUS SEROTYPE 2 (HRV2) 提交 2000-08-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 1 568–856（289 aa）链 2 70–330（261 aa）链 3 331–567（237 aa）链 4 2–69（68 aa）	未记录	DAO LAURIC ACID × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；ammonium sulphate, potassium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.60 Å
1FPN HUMAN RHINOVIRUS SEROTYPE 2 (HRV2) 提交 2000-08-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 1 568–856（289 aa）链 2 70–330（261 aa）链 3 331–567（237 aa）链 4 2–69（68 aa）	未记录	DAO LAURIC ACID × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；ammonium sulphate, potassium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.60 Å
1FPN HUMAN RHINOVIRUS SEROTYPE 2 (HRV2) 提交 2000-08-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 1 568–856（289 aa）链 2 70–330（261 aa）链 3 331–567（237 aa）链 4 2–69（68 aa）	未记录	DAO LAURIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；ammonium sulphate, potassium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.60 Å
1FPN HUMAN RHINOVIRUS SEROTYPE 2 (HRV2) 提交 2000-08-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 1 568–856（289 aa）链 2 70–330（261 aa）链 3 331–567（237 aa）链 4 2–69（68 aa）	未记录	DAO LAURIC ACID × 15	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；ammonium sulphate, potassium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.60 Å
1V9U Human Rhinovirus 2 bound to a fragment of its cellular receptor protein 提交 2004-02-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 300 PDB 声明：complete icosahedral assembly	链 1 568–856（289 aa）链 2 70–330（261 aa）链 3 331–567（237 aa）链 4 2–69（68 aa）	未记录	DAO LAURIC ACID × 60 CA CALCIUM ION × 60	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Ammonim sulfate, sodium/potassium phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.60 Å R-free 0.295
1V9U Human Rhinovirus 2 bound to a fragment of its cellular receptor protein 提交 2004-02-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 1 568–856（289 aa）链 2 70–330（261 aa）链 3 331–567（237 aa）链 4 2–69（68 aa）	未记录	DAO LAURIC ACID × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Ammonim sulfate, sodium/potassium phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.60 Å R-free 0.295
1V9U Human Rhinovirus 2 bound to a fragment of its cellular receptor protein 提交 2004-02-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：25-meric	链 1 568–856（289 aa）链 2 70–330（261 aa）链 3 331–567（237 aa）链 4 2–69（68 aa）	未记录	DAO LAURIC ACID × 5 CA CALCIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Ammonim sulfate, sodium/potassium phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.60 Å R-free 0.295
1V9U Human Rhinovirus 2 bound to a fragment of its cellular receptor protein 提交 2004-02-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 1 568–856（289 aa）链 2 70–330（261 aa）链 3 331–567（237 aa）链 4 2–69（68 aa）	未记录	DAO LAURIC ACID × 6 CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Ammonim sulfate, sodium/potassium phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.60 Å R-free 0.295
1V9U Human Rhinovirus 2 bound to a fragment of its cellular receptor protein 提交 2004-02-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 1 568–856（289 aa）链 2 70–330（261 aa）链 3 331–567（237 aa）链 4 2–69（68 aa）	未记录	DAO LAURIC ACID × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Ammonim sulfate, sodium/potassium phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.60 Å R-free 0.295
1V9U Human Rhinovirus 2 bound to a fragment of its cellular receptor protein 提交 2004-02-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 150 PDB 声明：150-meric	链 1 568–856（289 aa）链 2 70–330（261 aa）链 3 331–567（237 aa）链 4 2–69（68 aa）	未记录	DAO LAURIC ACID × 30 CA CALCIUM ION × 30	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Ammonim sulfate, sodium/potassium phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.60 Å R-free 0.295
2HRV 2A CYSTEINE PROTEINASE FROM HUMAN RHINOVIRUS 2 提交 1999-04-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 851–992（142 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.00	分辨率 1.95 Å R-free 0.250
2HRV 2A CYSTEINE PROTEINASE FROM HUMAN RHINOVIRUS 2 提交 1999-04-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 851–992（142 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.00	分辨率 1.95 Å R-free 0.250
2XYA Non-covalent inhibtors of rhinovirus 3C protease. 提交 2010-11-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1508–1687（180 aa）	未记录	7L4 2-PHENYLQUINOLIN-4-OL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å R-free 0.288
3DPR Human rhinovirus 2 bound to a concatamer of the VLDL receptor module V3 提交 2008-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 300 PDB 声明：300-MERIC	链 A 568–856（289 aa）链 B 70–330（261 aa）链 C 331–567（237 aa）链 D 2–69（68 aa）	未记录	DAO LAURIC ACID × 60 CA CALCIUM ION × 60	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；Ammonium sulphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.441
3DPR Human rhinovirus 2 bound to a concatamer of the VLDL receptor module V3 提交 2008-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 568–856（289 aa）链 B 70–330（261 aa）链 C 331–567（237 aa）链 D 2–69（68 aa）	未记录	DAO LAURIC ACID × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；Ammonium sulphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.441
3DPR Human rhinovirus 2 bound to a concatamer of the VLDL receptor module V3 提交 2008-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：25-meric	链 A 568–856（289 aa）链 B 70–330（261 aa）链 C 331–567（237 aa）链 D 2–69（68 aa）	未记录	DAO LAURIC ACID × 5 CA CALCIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；Ammonium sulphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.441
3DPR Human rhinovirus 2 bound to a concatamer of the VLDL receptor module V3 提交 2008-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 A 568–856（289 aa）链 B 70–330（261 aa）链 C 331–567（237 aa）链 D 2–69（68 aa）	未记录	DAO LAURIC ACID × 6 CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；Ammonium sulphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.441
3DPR Human rhinovirus 2 bound to a concatamer of the VLDL receptor module V3 提交 2008-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 568–856（289 aa）链 B 70–330（261 aa）链 C 331–567（237 aa）链 D 2–69（68 aa）	未记录	DAO LAURIC ACID × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；Ammonium sulphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.441
3DPR Human rhinovirus 2 bound to a concatamer of the VLDL receptor module V3 提交 2008-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 300 PDB 声明：300-meric	链 A 568–856（289 aa）链 B 70–330（261 aa）链 C 331–567（237 aa）链 D 2–69（68 aa）	未记录	DAO LAURIC ACID × 60 CA CALCIUM ION × 60	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；Ammonium sulphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.441
3TN9 X-ray structure of the HRV2 empty capsid (B-particle) 提交 2011-09-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 180 PDB 声明：180-MERIC	链 1 568–856（289 aa）链 2 70–330（261 aa）链 3 331–567（237 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M sodium acetate pH 6.5 - 8.0, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.265
3TN9 X-ray structure of the HRV2 empty capsid (B-particle) 提交 2011-09-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 1 568–856（289 aa）链 2 70–330（261 aa）链 3 331–567（237 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M sodium acetate pH 6.5 - 8.0, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.265
3TN9 X-ray structure of the HRV2 empty capsid (B-particle) 提交 2011-09-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 1 568–856（289 aa）链 2 70–330（261 aa）链 3 331–567（237 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M sodium acetate pH 6.5 - 8.0, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.265
3TN9 X-ray structure of the HRV2 empty capsid (B-particle) 提交 2011-09-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 1 568–856（289 aa）链 2 70–330（261 aa）链 3 331–567（237 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M sodium acetate pH 6.5 - 8.0, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.265
3TN9 X-ray structure of the HRV2 empty capsid (B-particle) 提交 2011-09-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 1 568–856（289 aa）链 2 70–330（261 aa）链 3 331–567（237 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M sodium acetate pH 6.5 - 8.0, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.265
3TN9 X-ray structure of the HRV2 empty capsid (B-particle) 提交 2011-09-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 45 PDB 声明：45-meric	链 1 568–856（289 aa）链 2 70–330（261 aa）链 3 331–567（237 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M sodium acetate pH 6.5 - 8.0, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.265
3VDD Structure of HRV2 capsid complexed with antiviral compound BTA798 提交 2012-01-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 240 PDB 声明：240-MERIC	链 A 568–850（283 aa）片段：UNP residues 568-850 链 B 70–330（261 aa）片段：UNP residues 70-330 链 C 331–567（237 aa）片段：UNP residues 331-567 链 D 1–69（69 aa）片段：UNP residues 1-69	未记录	BT8 3-ethoxy-6-{2-[1-(6-methylpyridazin-3-yl)piperidin-4-yl]ethoxy}-1,2-benzoxazole × 60	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；298 K；0.4-0.7 M ammonium sulfate, pH 7.5, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.273
3VDD Structure of HRV2 capsid complexed with antiviral compound BTA798 提交 2012-01-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 568–850（283 aa）片段：UNP residues 568-850 链 B 70–330（261 aa）片段：UNP residues 70-330 链 C 331–567（237 aa）片段：UNP residues 331-567 链 D 1–69（69 aa）片段：UNP residues 1-69	未记录	BT8 3-ethoxy-6-{2-[1-(6-methylpyridazin-3-yl)piperidin-4-yl]ethoxy}-1,2-benzoxazole × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；298 K；0.4-0.7 M ammonium sulfate, pH 7.5, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.273
3VDD Structure of HRV2 capsid complexed with antiviral compound BTA798 提交 2012-01-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 A 568–850（283 aa）片段：UNP residues 568-850 链 B 70–330（261 aa）片段：UNP residues 70-330 链 C 331–567（237 aa）片段：UNP residues 331-567 链 D 1–69（69 aa）片段：UNP residues 1-69	未记录	BT8 3-ethoxy-6-{2-[1-(6-methylpyridazin-3-yl)piperidin-4-yl]ethoxy}-1,2-benzoxazole × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；298 K；0.4-0.7 M ammonium sulfate, pH 7.5, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.273
3VDD Structure of HRV2 capsid complexed with antiviral compound BTA798 提交 2012-01-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 568–850（283 aa）片段：UNP residues 568-850 链 B 70–330（261 aa）片段：UNP residues 70-330 链 C 331–567（237 aa）片段：UNP residues 331-567 链 D 1–69（69 aa）片段：UNP residues 1-69	未记录	BT8 3-ethoxy-6-{2-[1-(6-methylpyridazin-3-yl)piperidin-4-yl]ethoxy}-1,2-benzoxazole × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；298 K；0.4-0.7 M ammonium sulfate, pH 7.5, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.273
3VDD Structure of HRV2 capsid complexed with antiviral compound BTA798 提交 2012-01-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 568–850（283 aa）片段：UNP residues 568-850 链 B 70–330（261 aa）片段：UNP residues 70-330 链 C 331–567（237 aa）片段：UNP residues 331-567 链 D 1–69（69 aa）片段：UNP residues 1-69	未记录	BT8 3-ethoxy-6-{2-[1-(6-methylpyridazin-3-yl)piperidin-4-yl]ethoxy}-1,2-benzoxazole × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；298 K；0.4-0.7 M ammonium sulfate, pH 7.5, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.273
3VDD Structure of HRV2 capsid complexed with antiviral compound BTA798 提交 2012-01-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 120 PDB 声明：120-meric	链 A 568–850（283 aa）片段：UNP residues 568-850 链 B 70–330（261 aa）片段：UNP residues 70-330 链 C 331–567（237 aa）片段：UNP residues 331-567 链 D 1–69（69 aa）片段：UNP residues 1-69	未记录	BT8 3-ethoxy-6-{2-[1-(6-methylpyridazin-3-yl)piperidin-4-yl]ethoxy}-1,2-benzoxazole × 30	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；298 K；0.4-0.7 M ammonium sulfate, pH 7.5, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.273
4L3B X-ray structure of the HRV2 A particle uncoating intermediate 提交 2013-06-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 180 PDB 声明：180-meric	链 A 568–856（289 aa）片段：UNP residues 568-856 链 B 70–330（261 aa）片段：UNP residues 70-330 链 C 331–567（237 aa）片段：UNP residues 331-567	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.5 M ammonium sulfate, 1 M sodium/potassium phosphate, 5% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 6.50 Å R-free 0.320
4L3B X-ray structure of the HRV2 A particle uncoating intermediate 提交 2013-06-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 568–856（289 aa）片段：UNP residues 568-856 链 B 70–330（261 aa）片段：UNP residues 70-330 链 C 331–567（237 aa）片段：UNP residues 331-567	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.5 M ammonium sulfate, 1 M sodium/potassium phosphate, 5% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 6.50 Å R-free 0.320
4L3B X-ray structure of the HRV2 A particle uncoating intermediate 提交 2013-06-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 A 568–856（289 aa）片段：UNP residues 568-856 链 B 70–330（261 aa）片段：UNP residues 70-330 链 C 331–567（237 aa）片段：UNP residues 331-567	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.5 M ammonium sulfate, 1 M sodium/potassium phosphate, 5% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 6.50 Å R-free 0.320
4L3B X-ray structure of the HRV2 A particle uncoating intermediate 提交 2013-06-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 568–856（289 aa）片段：UNP residues 568-856 链 B 70–330（261 aa）片段：UNP residues 70-330 链 C 331–567（237 aa）片段：UNP residues 331-567	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.5 M ammonium sulfate, 1 M sodium/potassium phosphate, 5% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 6.50 Å R-free 0.320
4L3B X-ray structure of the HRV2 A particle uncoating intermediate 提交 2013-06-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 568–856（289 aa）片段：UNP residues 568-856 链 B 70–330（261 aa）片段：UNP residues 70-330 链 C 331–567（237 aa）片段：UNP residues 331-567	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.5 M ammonium sulfate, 1 M sodium/potassium phosphate, 5% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 6.50 Å R-free 0.320
4L3B X-ray structure of the HRV2 A particle uncoating intermediate 提交 2013-06-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 45 PDB 声明：45-meric	链 A 568–856（289 aa）片段：UNP residues 568-856 链 B 70–330（261 aa）片段：UNP residues 70-330 链 C 331–567（237 aa）片段：UNP residues 331-567	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.5 M ammonium sulfate, 1 M sodium/potassium phosphate, 5% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 6.50 Å R-free 0.320
5FX6 Novel inhibitors of human rhinovirus 3C protease 提交 2016-02-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1508–1687（180 aa）片段：3C PROTEASE, RESIDUES 1508-1687	未记录	6OY ethyl (4R)-4-[[(2S,4S)-1-[(2S)-3-methyl-2-[(5-methyl-1,2-oxazol-3-yl)carbonylamino]butanoyl]-4-phenyl-pyrrolidin-2-yl]carbonylamino]-5-[(3S)-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]pentanoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.2 M CACL2, 0,1 M TRIS PH 8.5, 25% PEG4000	分辨率 1.45 Å R-free 0.186
6FFN Structure-based design and synthesis of macrocyclic human rhinovirus 3C protease inhibitors 提交 2018-01-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1508–1687（180 aa）	未记录	D8K ~{N}-[(5~{S},8~{S},11~{S},15~{R})-8-[(4-fluorophenyl)methyl]-5-(hydroxymethyl)-2,7,10,14-tetrakis(oxidanylidene)-1,6,9,13-tetrazabicyclo[13.3.0]octadecan-11-yl]-5-methyl-1,2-oxazole-3-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；2.0 M Ammonium Sulfate 0.1 M Na Acetate, pH 4.5,	分辨率 1.75 Å R-free 0.170
6FFS Structure-based design and synthesis of macrocyclic human rhinovirus 3C protease inhibitors 提交 2018-01-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1508–1687（180 aa）	未记录	D8E ~{N}-[(2~{S},5~{S},14~{S})-2-[(4-fluorophenyl)methyl]-5-(hydroxymethyl)-9-methyl-3,8,15-tris(oxidanylidene)-1,4,9-triazacyclopentadec-14-yl]-5-methyl-1,2-oxazole-3-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；2.0 M Ammonium Sulfate 0.1 M Na Acetate, pH 4.5	分辨率 1.86 Å R-free 0.172
7ARA Rhinovirus A2 2A protease in complex with zVAM.fmk 提交 2020-10-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 851–992（142 aa）链 B 851–992（142 aa）	未记录	S7N (phenylmethyl) ~{N}-[(2~{R})-3-methyl-1-[[(2~{S})-1-[[(3~{S})-1-methylsulfanyl-4-oxidanylidene-pentan-3-yl]amino]-1-oxidanylidene-propan-2-yl]amino]-1-oxidanylidene-butan-2-yl]carbamate × 1 ZN ZINC ION × 2 S7Q (phenylmethyl) ~{N}-[(2~{S})-3-methyl-1-[[(2~{R})-1-[[(3~{R})-1-methylsulfanyl-4-oxidanylidene-pentan-3-yl]amino]-1-oxidanylidene-propan-2-yl]amino]-1-oxidanylidene-butan-2-yl]carbamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；7.5 % PEG8000, 0.3 M KCNS, 5 % 2-methyl-2-butanol, 10 % glycerol, 10 mM b-mercaptoethanol and 50 mM sodium-potassium phosphate buffer pH 8.0	分辨率 2.24 Å R-free 0.257
8AY4 Human rhinovirus 2 virion in situ 提交 2022-09-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 240 PDB 声明：240-meric	链 A 582–850（269 aa）链 B 81–330（250 aa）链 C 331–567（237 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.70 Å
8AY5 Human rhinovirus 2 empty particle in situ 提交 2022-09-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 180 PDB 声明：180-meric	链 A 600–850（251 aa）链 B 81–330（250 aa）链 C 331–567（237 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.10 Å
9G0B Rhinovirus A2 uncoating intermediate revealing the natural pocket factor (pH 5.8 and 4 degrees Celsius) 提交 2024-07-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 240 PDB 声明：240-meric	链 A 568–850（283 aa）链 B 70–330（261 aa）链 C 331–567（237 aa）链 D 2–69（68 aa）	未记录	DAO LAURIC ACID × 60	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 5.8；0.1 M phosphate buffer, pH 5.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLG_HRV2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–182； UniProt 1508–1687

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5fx5
沉积日期 deposition_date	2016-02-24
结构标题 title	Novel inhibitors of human rhinovirus 3C protease
关键词 keywords	TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.25 Å
零角强度 I(0) i0	8079140.00
分子量 molecular_weight	21052.0 kDa
排除体积 excluded_volume	26495 Å³
包络体积 envelope_volume	29387 Å³
水化壳体积 shell_volume	15741 Å³
包络直径 envelope_diameter	52.0 Å
壳层 Rg shell_rg	21.81 Å
包络 Rg envelope_rg	15.67 Å
形状 Rg shape_rg	15.22 Å
总 Rg total_rg	16.50 Å
总原子数 total_atoms	1481
残基数 n_residues	180
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	53.3 Å
Rg (实空间) rg_real	16.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.22 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.0790e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.6490e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	8079000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8806
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.072
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.406
角度范围 angular_range	— – 0.4800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3078000.0000
实空间数据点数 n_real_points	78
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.821; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.996

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RHINOVIRUS 3C PROTEASE
分子量 formula_weight	20125.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.22.28
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1708

GSGPEEEFGMSLIKHNSCVITTENGKFTGLGVYDRFVVVPTHADPGKEIQVDGITTKVIDSYDLYNKNGIKLEITVLKLDRNEKFRDIRRYIPNNEDDYPNCNLALLANQPEPTIINVGDVVSYGNILLSGNQTARMLKYSYPTKSGYCGGVLYKIGQVLGIHVGGNGRDGFSAMLLRSYFT

来源 Source

来源生物 organism	HUMAN RHINOVIRUS 2
通用名 common_name	HRV2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12130
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	;ethyl (4R)-4-[[(2S,3R)-1-[(2S)-3-methyl-2-[(5-methyl-1,2-oxazol-3-yl)carbonylamino]butanoyl]-3-phenyl-pyrrolidin-2-yl]carbonylamino]-5-[(3S)-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]pentanoate ;
分子量 formula_weight	609.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	182

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d5fx5a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.4 — Viral cysteine protease of trypsin fold

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5fx5A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	5fx5A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	70.580 Å
晶胞边长 b length_b	77.639 Å
晶胞边长 c length_c	34.134 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	22.520 Å
R 因子 r_factor	0.1750
R_work r_work	0.1730
R_free r_free	0.2110

fit	/app/data/saxs_computation/fx/5fx5/5fx5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fx/5fx5/5fx5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fx/5fx5/5fx5.dat