5gam

Foot region of the yeast spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP

Method: ELECTRON MICROSCOPY
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pre-mRNA-splicing factor 8

物种未注明

UniProt P33334

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 10 RNA 2 U5 snRNA × 1 Pre-mRNA-splicing factor SNU114 × 1 (P36048) ;U6 snRNA, 5' end ; × 1 Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B × 1 (P40018) Small nuclear ribonucleoprotein E × 1 (Q12330) Small nuclear ribonucleoprotein F × 1 (P54999) Small nuclear ribonucleoprotein G × 1 (P40204) Unknown polypeptide × 1 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 × 1 (P43321) Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 × 1 (Q02260) Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 × 1 (Q06217) GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 PRP8_YEAST
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–735; UniProt 1–735

Pre-mRNA-splicing factor SNU114

物种未注明

UniProt P36048

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 10 RNA 2 U5 snRNA × 1 Pre-mRNA-splicing factor 8 × 1 (P33334) ;U6 snRNA, 5' end ; × 1 Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B × 1 (P40018) Small nuclear ribonucleoprotein E × 1 (Q12330) Small nuclear ribonucleoprotein F × 1 (P54999) Small nuclear ribonucleoprotein G × 1 (P40204) Unknown polypeptide × 1 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 × 1 (P43321) Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 × 1 (Q02260) Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 × 1 (Q06217) GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 SN114_YEAST
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–1008; UniProt 1–1008

Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B

物种未注明

UniProt P40018

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 10 RNA 2 U5 snRNA × 1 Pre-mRNA-splicing factor 8 × 1 (P33334) Pre-mRNA-splicing factor SNU114 × 1 (P36048) ;U6 snRNA, 5' end ; × 1 Small nuclear ribonucleoprotein E × 1 (Q12330) Small nuclear ribonucleoprotein F × 1 (P54999) Small nuclear ribonucleoprotein G × 1 (P40204) Unknown polypeptide × 1 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 × 1 (P43321) Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 × 1 (Q02260) Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 × 1 (Q06217) GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 RSMB_YEAST
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 b; PDB构建体 1–196; UniProt 1–196

Small nuclear ribonucleoprotein E

物种未注明

UniProt Q12330

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 10 RNA 2 U5 snRNA × 1 Pre-mRNA-splicing factor 8 × 1 (P33334) Pre-mRNA-splicing factor SNU114 × 1 (P36048) ;U6 snRNA, 5' end ; × 1 Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B × 1 (P40018) Small nuclear ribonucleoprotein F × 1 (P54999) Small nuclear ribonucleoprotein G × 1 (P40204) Unknown polypeptide × 1 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 × 1 (P43321) Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 × 1 (Q02260) Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 × 1 (Q06217) GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 RUXE_YEAST
Isoform —
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 e; PDB构建体 1–94; UniProt 1–94

Small nuclear ribonucleoprotein F

物种未注明

UniProt P54999

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 10 RNA 2 U5 snRNA × 1 Pre-mRNA-splicing factor 8 × 1 (P33334) Pre-mRNA-splicing factor SNU114 × 1 (P36048) ;U6 snRNA, 5' end ; × 1 Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B × 1 (P40018) Small nuclear ribonucleoprotein E × 1 (Q12330) Small nuclear ribonucleoprotein G × 1 (P40204) Unknown polypeptide × 1 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 × 1 (P43321) Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 × 1 (Q02260) Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 × 1 (Q06217) GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 RUXF_YEAST
Isoform —
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 f; PDB构建体 1–86; UniProt 1–86

Small nuclear ribonucleoprotein G

物种未注明

UniProt P40204

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 10 RNA 2 U5 snRNA × 1 Pre-mRNA-splicing factor 8 × 1 (P33334) Pre-mRNA-splicing factor SNU114 × 1 (P36048) ;U6 snRNA, 5' end ; × 1 Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B × 1 (P40018) Small nuclear ribonucleoprotein E × 1 (Q12330) Small nuclear ribonucleoprotein F × 1 (P54999) Unknown polypeptide × 1 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 × 1 (P43321) Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 × 1 (Q02260) Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 × 1 (Q06217) GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 RUXG_YEAST
Isoform —
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 g; PDB构建体 1–77; UniProt 1–77

Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3

物种未注明

UniProt P43321

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 10 RNA 2 U5 snRNA × 1 Pre-mRNA-splicing factor 8 × 1 (P33334) Pre-mRNA-splicing factor SNU114 × 1 (P36048) ;U6 snRNA, 5' end ; × 1 Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B × 1 (P40018) Small nuclear ribonucleoprotein E × 1 (Q12330) Small nuclear ribonucleoprotein F × 1 (P54999) Small nuclear ribonucleoprotein G × 1 (P40204) Unknown polypeptide × 1 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 × 1 (Q02260) Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 × 1 (Q06217) GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SMD3_YEAST
Isoform —
PDB实体 10
链与序列区间 作者链 d; PDB构建体 1–101; UniProt 1–101

Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1

物种未注明

UniProt Q02260

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 10 RNA 2 U5 snRNA × 1 Pre-mRNA-splicing factor 8 × 1 (P33334) Pre-mRNA-splicing factor SNU114 × 1 (P36048) ;U6 snRNA, 5' end ; × 1 Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B × 1 (P40018) Small nuclear ribonucleoprotein E × 1 (Q12330) Small nuclear ribonucleoprotein F × 1 (P54999) Small nuclear ribonucleoprotein G × 1 (P40204) Unknown polypeptide × 1 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 × 1 (P43321) Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 × 1 (Q06217) GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SMD1_YEAST
Isoform —
PDB实体 11
链与序列区间 作者链 h; PDB构建体 1–146; UniProt 1–146

Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2

物种未注明

UniProt Q06217

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 10 RNA 2 U5 snRNA × 1 Pre-mRNA-splicing factor 8 × 1 (P33334) Pre-mRNA-splicing factor SNU114 × 1 (P36048) ;U6 snRNA, 5' end ; × 1 Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B × 1 (P40018) Small nuclear ribonucleoprotein E × 1 (Q12330) Small nuclear ribonucleoprotein F × 1 (P54999) Small nuclear ribonucleoprotein G × 1 (P40204) Unknown polypeptide × 1 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 × 1 (P43321) Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 × 1 (Q02260) GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 SMD2_YEAST
Isoform —
PDB实体 12
链与序列区间 作者链 j; PDB构建体 1–110; UniProt 1–110

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5gam
沉积日期 deposition_date2015-12-15
结构标题 titleFoot region of the yeast spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP
关键词 keywordsTranscription, pre-mRNA splicing, snRNP, GTPase, U5 snRNA, Prp8, spliceosome; TRANSCRIPTION
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5gam__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5gam__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 109 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

5gam__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)47.05 Å
Rg(电子密度)46.94 Å
总 Rg47.15 Å
原子数19123
残基数2186
排除体积331040 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 5gam__assembly_1__model_1 Dodecameric (12) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (13)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id5gamd00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 —
结构域编号 domain_id5game00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 —
结构域编号 domain_id5gamf00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 —
结构域编号 domain_id5gamg00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 —
结构域编号 domain_id5gamh00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 —
结构域编号 domain_id5gamj00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 —
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7. 引用文献 (2)