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5ijn

Composite structure of the inner ring of the human nuclear pore complex (32 copies of Nup205)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 283.3 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP155

Homo sapiens

UniProt O75694

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 208 PDB 声明：208-meric（208） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–1391 链 B； UniProt 1–1391 链 E； UniProt 1–1391 链 K； UniProt 1–1391 链 Q； UniProt 1–1391 链 W； UniProt 1–1391 未记录 NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP93 × 32 （Q8N1F7） NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP205 × 32 （Q92621） NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP54 × 32 （Q7Z3B4） NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP58 × 32 （Q9BVL2） Nuclear pore glycoprotein p62 × 32 （P37198） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 21.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5IJN Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5A9Q Human nuclear pore complex 提交 2015-07-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 304 PDB 声明：304-meric
链 A 1–1391（1391 aa）
链 B 1–1391（1391 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 20MM TRIS, 0.2-0.4% TREHALOSE；pH 7.5；20MM TRIS, 0.2-0.4% TREHALOSE
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE-PROPANE MIXTURE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 23.00 Å
5IJO Alternative composite structure of the inner ring of the human nuclear pore complex (16 copies of Nup188, 16 copies of Nup205) 提交 2016-03-02 当前字段一致 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 208 PDB 声明：208-meric
链 A 1–1391（1391 aa）
链 B 1–1391（1391 aa）
链 E 1–1391（1391 aa）
链 K 1–1391（1391 aa）
链 Q 1–1391（1391 aa）
链 W 1–1391（1391 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 21.40 Å
7EYE Cryo-EM (SPA) structure of Nup155 N-terminus (19-863) at 5.1 Angstrom resolution 提交 2021-05-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–863（863 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Buffer was freshly made.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot for 3 seconds before plunging
分辨率 5.10 Å
7EYF Cryo-EM (SPA) structure of human Nup155 C-terminus (864-1337) at 5.3 Angstroms resolution 提交 2021-05-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 864–1391（528 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Buffer was freshly made.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot for 3 seconds before plunging
分辨率 5.30 Å
7EYQ Cryo-EM (SPA) structure of human Nup155 Longer N-terminus (19-1069) at 5.4 Angstrom resolution 提交 2021-05-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–1391（1391 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Buffer was freshly made.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot for 3 seconds before plunging
分辨率 5.40 Å
7PER Model of the inner ring of the human nuclear pore complex 提交 2021-08-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 192 PDB 声明：192-meric
链 E 1–1391（1391 aa）
链 K 1–1391（1391 aa）
链 Q 1–1391（1391 aa）
链 W 1–1391（1391 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Cells were grown on holey carbon, Au-mesh supports. Grids were rinsed briefly with PBS and manually blotted before plunging into liquid ethane.
分辨率 35.00 Å
7R1Y cryoEM structure of human Nup155 (residues 19-981) 提交 2022-02-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–1391（1390 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7R5J Human nuclear pore complex (dilated) 提交 2022-02-10 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 808 PDB 声明：808-meric
链 D0 1–1391（1391 aa）
链 D1 1–1391（1391 aa）
链 D2 1–1391（1391 aa）
链 D3 1–1391（1391 aa）
链 D4 1–1391（1391 aa）
链 D5 1–1391（1391 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 50.00 Å
7R5K Human nuclear pore complex (constricted) 提交 2022-02-10 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 808 PDB 声明：808-meric
链 D0 1–1391（1391 aa）
链 D1 1–1391（1391 aa）
链 D2 1–1391（1391 aa）
链 D3 1–1391（1391 aa）
链 D4 1–1391（1391 aa）
链 D5 1–1391（1391 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 12.00 Å

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NU155_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–1391； UniProt 1–1391 作者链 B； PDB构建体 1–1391； UniProt 1–1391 作者链 E； PDB构建体 1–1391； UniProt 1–1391 作者链 K； PDB构建体 1–1391； UniProt 1–1391 作者链 Q； PDB构建体 1–1391； UniProt 1–1391 作者链 W； PDB构建体 1–1391； UniProt 1–1391

NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP93

Homo sapiens

UniProt Q8N1F7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 208 PDB 声明：208-meric（208） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 1–819 链 I； UniProt 1–819 链 O； UniProt 1–819 链 U； UniProt 1–819 未记录 NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP155 × 48 （O75694） NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP205 × 32 （Q92621） NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP54 × 32 （Q7Z3B4） NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP58 × 32 （Q9BVL2） Nuclear pore glycoprotein p62 × 32 （P37198） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 21.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5IJN Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5IJO Alternative composite structure of the inner ring of the human nuclear pore complex (16 copies of Nup188, 16 copies of Nup205) 提交 2016-03-02 当前字段一致 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 208 PDB 声明：208-meric
链 C 1–819（819 aa）
链 I 1–819（819 aa）
链 O 1–819（819 aa）
链 U 1–819（819 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 21.40 Å
7MW0 Crystal structure of Homo sapiens NUP93 solenoid (residues 174-819) 提交 2021-05-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 174–819（646 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；294 K；0.075 M TRIS pH 8.5, 19 % (w/v) PEG 20000
分辨率 2.00 Å R-free 0.254
7MW1 Crystal structure of the Homo sapiens NUP93-NUP53 complex (NUP93 residues 174-819; NUP53 residues 84-150) 提交 2021-05-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 174–819（646 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；294 K；0.075 M TRIS pH 8.5, 17% (w/v) PEG 20000
分辨率 3.40 Å R-free 0.276
7MW1 Crystal structure of the Homo sapiens NUP93-NUP53 complex (NUP93 residues 174-819; NUP53 residues 84-150) 提交 2021-05-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 174–819（646 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；294 K；0.075 M TRIS pH 8.5, 17% (w/v) PEG 20000
分辨率 3.40 Å R-free 0.276
7PER Model of the inner ring of the human nuclear pore complex 提交 2021-08-11 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 192 PDB 声明：192-meric
链 C 1–819（819 aa）
链 I 1–819（819 aa）
链 O 1–819（819 aa）
链 U 1–819（819 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Cells were grown on holey carbon, Au-mesh supports. Grids were rinsed briefly with PBS and manually blotted before plunging into liquid ethane.
分辨率 35.00 Å
7R5J Human nuclear pore complex (dilated) 提交 2022-02-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 808 PDB 声明：808-meric
链 A0 1–819（819 aa）
链 A1 1–819（819 aa）
链 A2 1–819（819 aa）
链 A3 1–819（819 aa）
链 A4 1–819（819 aa）
链 A5 1–819（819 aa）
链 A6 1–819（819 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 50.00 Å
7R5K Human nuclear pore complex (constricted) 提交 2022-02-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 808 PDB 声明：808-meric
链 A0 1–819（819 aa）
链 A1 1–819（819 aa）
链 A2 1–819（819 aa）
链 A3 1–819（819 aa）
链 A4 1–819（819 aa）
链 A5 1–819（819 aa）
链 A6 1–819（819 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 12.00 Å

共 6 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NUP93_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–819； UniProt 1–819 作者链 I； PDB构建体 1–819； UniProt 1–819 作者链 O； PDB构建体 1–819； UniProt 1–819 作者链 U； PDB构建体 1–819； UniProt 1–819

NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP205

Homo sapiens

UniProt Q92621

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 208 PDB 声明：208-meric（208） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 1–2012 链 J； UniProt 1–2012 链 P； UniProt 1–2012 链 V； UniProt 1–2012 未记录 NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP155 × 48 （O75694） NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP93 × 32 （Q8N1F7） NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP54 × 32 （Q7Z3B4） NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP58 × 32 （Q9BVL2） Nuclear pore glycoprotein p62 × 32 （P37198） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 21.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5IJN Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5IJO Alternative composite structure of the inner ring of the human nuclear pore complex (16 copies of Nup188, 16 copies of Nup205) 提交 2016-03-02 构建体不同 突变/修饰不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 208 PDB 声明：208-meric
链 D 1–2012（2012 aa）
链 P 1–2012（2012 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 21.40 Å
7PER Model of the inner ring of the human nuclear pore complex 提交 2021-08-11 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 192 PDB 声明：192-meric
链 D 1–2012（2012 aa）
链 J 1–2012（2012 aa）
链 P 1–2012（2012 aa）
链 V 1–2012（2012 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Cells were grown on holey carbon, Au-mesh supports. Grids were rinsed briefly with PBS and manually blotted before plunging into liquid ethane.
分辨率 35.00 Å
7R5J Human nuclear pore complex (dilated) 提交 2022-02-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 808 PDB 声明：808-meric
链 C0 1–2012（2012 aa）
链 C1 1–2012（2012 aa）
链 C2 1–2012（2012 aa）
链 C3 1–2012（2012 aa）
链 C4 1–2012（2012 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 50.00 Å
7R5K Human nuclear pore complex (constricted) 提交 2022-02-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 808 PDB 声明：808-meric
链 C0 1–2012（2012 aa）
链 C1 1–2012（2012 aa）
链 C2 1–2012（2012 aa）
链 C3 1–2012（2012 aa）
链 C4 1–2012（2012 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 12.00 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NU205_HUMAN
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 D； PDB构建体 1–2012； UniProt 1–2012 作者链 J； PDB构建体 1–2012； UniProt 1–2012 作者链 P； PDB构建体 1–2012； UniProt 1–2012 作者链 V； PDB构建体 1–2012； UniProt 1–2012

NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP54

Homo sapiens

UniProt Q7Z3B4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 208 PDB 声明：208-meric（208） 与蛋白拷贝数一致 链 F； UniProt 1–507 链 L； UniProt 1–507 链 R； UniProt 1–507 链 X； UniProt 1–507 未记录 NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP155 × 48 （O75694） NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP93 × 32 （Q8N1F7） NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP205 × 32 （Q92621） NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP58 × 32 （Q9BVL2） Nuclear pore glycoprotein p62 × 32 （P37198） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 21.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5IJN Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4JNU Crystal structure of the human Nup57CCS3* coiled-coil segment, space group P21 提交 2013-03-15 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 453–491（39 aa） 片段：UNP residues 453-491
链 B 453–491（39 aa） 片段：UNP residues 453-491
链 C 453–491（39 aa） 片段：UNP residues 453-491
链 D 453–491（39 aa） 片段：UNP residues 453-491
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；294 K；0.1 M sodium acetate, pH 5.3, 1.9 M sodium formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 1.45 Å R-free 0.218
4JNV Crystal structure of the human Nup57CCS3* coiled-coil segment, space group C2 提交 2013-03-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 453–491（39 aa） 片段：UNP residues 453-491
链 B 453–491（39 aa） 片段：UNP residues 453-491
链 C 453–491（39 aa） 片段：UNP residues 453-491
链 D 453–491（39 aa） 片段：UNP residues 453-491
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；294 K；0.1 M sodium acetate, pH 5.3, 1.9 M sodium formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 1.85 Å R-free 0.277
4JO7 Crystal structure of the human Nup49CCS2+3* Nup57CCS3* complex with 2:2 stoichiometry 提交 2013-03-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 453–491（39 aa） 片段：UNP residues 453-491
链 D 453–491（39 aa） 片段：UNP residues 453-491
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.1 M MES, pH 6.5, 6.7% PEG20000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.0K
分辨率 1.75 Å R-free 0.214
4JO7 Crystal structure of the human Nup49CCS2+3* Nup57CCS3* complex with 2:2 stoichiometry 提交 2013-03-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 F 453–491（39 aa） 片段：UNP residues 453-491
链 H 453–491（39 aa） 片段：UNP residues 453-491
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.1 M MES, pH 6.5, 6.7% PEG20000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.0K
分辨率 1.75 Å R-free 0.214
4JO9 Crystal structure of the human Nup49CCS2+3* Nup57CCS3* complex 1:2 stoichiometry 提交 2013-03-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 453–491（39 aa） 片段：UNP residues 453-491
链 C 453–491（39 aa） 片段：UNP residues 453-491
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 3.8；294 K；0.1 M sodium citrate, pH 3.8, 0.07 M calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, temperature 294.0K
分辨率 2.50 Å R-free 0.294
5IJO Alternative composite structure of the inner ring of the human nuclear pore complex (16 copies of Nup188, 16 copies of Nup205) 提交 2016-03-02 当前字段一致 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 208 PDB 声明：208-meric
链 F 1–507（507 aa）
链 L 1–507（507 aa）
链 R 1–507（507 aa）
链 X 1–507（507 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 21.40 Å
7PER Model of the inner ring of the human nuclear pore complex 提交 2021-08-11 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 192 PDB 声明：192-meric
链 F 1–507（507 aa）
链 L 1–507（507 aa）
链 R 1–507（507 aa）
链 X 1–507（507 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Cells were grown on holey carbon, Au-mesh supports. Grids were rinsed briefly with PBS and manually blotted before plunging into liquid ethane.
分辨率 35.00 Å
7R5J Human nuclear pore complex (dilated) 提交 2022-02-10 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 808 PDB 声明：808-meric
链 H0 1–507（507 aa）
链 H1 1–507（507 aa）
链 H2 1–507（507 aa）
链 H3 1–507（507 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 50.00 Å
7R5K Human nuclear pore complex (constricted) 提交 2022-02-10 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 808 PDB 声明：808-meric
链 H0 1–507（507 aa）
链 H1 1–507（507 aa）
链 H2 1–507（507 aa）
链 H3 1–507（507 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 12.00 Å

共 8 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NUP54_HUMAN
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 F； PDB构建体 1–507； UniProt 1–507 作者链 L； PDB构建体 1–507； UniProt 1–507 作者链 R； PDB构建体 1–507； UniProt 1–507 作者链 X； PDB构建体 1–507； UniProt 1–507

NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP58

Homo sapiens

UniProt Q9BVL2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 208 PDB 声明：208-meric（208） 与蛋白拷贝数一致 链 G； UniProt 1–599 链 M； UniProt 1–599 链 S； UniProt 1–599 链 Y； UniProt 1–599 未记录 NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP155 × 48 （O75694） NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP93 × 32 （Q8N1F7） NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP205 × 32 （Q92621） NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP54 × 32 （Q7Z3B4） Nuclear pore glycoprotein p62 × 32 （P37198） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 21.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5IJN Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4JO7 Crystal structure of the human Nup49CCS2+3* Nup57CCS3* complex with 2:2 stoichiometry 提交 2013-03-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 341–428（88 aa） 片段：UNP residues 341-428
链 C 341–428（88 aa） 片段：UNP residues 341-428
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.1 M MES, pH 6.5, 6.7% PEG20000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.0K
分辨率 1.75 Å R-free 0.214
4JO7 Crystal structure of the human Nup49CCS2+3* Nup57CCS3* complex with 2:2 stoichiometry 提交 2013-03-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 341–428（88 aa） 片段：UNP residues 341-428
链 G 341–428（88 aa） 片段：UNP residues 341-428
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.1 M MES, pH 6.5, 6.7% PEG20000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.0K
分辨率 1.75 Å R-free 0.214
4JO9 Crystal structure of the human Nup49CCS2+3* Nup57CCS3* complex 1:2 stoichiometry 提交 2013-03-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 341–426（86 aa） 片段：UNP residues 341-426
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 3.8；294 K；0.1 M sodium citrate, pH 3.8, 0.07 M calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, temperature 294.0K
分辨率 2.50 Å R-free 0.294
4JQ5 Crystal structure of the human Nup49CCS2+3* coiled-coil segment 提交 2013-03-20 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 341–425（85 aa） 片段：UNP residues 341-425
链 B 341–425（85 aa） 片段：UNP residues 341-425
链 C 341–425（85 aa） 片段：UNP residues 341-425
链 D 341–425（85 aa） 片段：UNP residues 341-425
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；294 K；10% glycerol, 28% dioxane, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.0K
分辨率 2.19 Å R-free 0.293
4JQ5 Crystal structure of the human Nup49CCS2+3* coiled-coil segment 提交 2013-03-20 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 341–425（85 aa） 片段：UNP residues 341-425
链 F 341–425（85 aa） 片段：UNP residues 341-425
链 G 341–425（85 aa） 片段：UNP residues 341-425
链 H 341–425（85 aa） 片段：UNP residues 341-425
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；294 K；10% glycerol, 28% dioxane, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.0K
分辨率 2.19 Å R-free 0.293
4JQ5 Crystal structure of the human Nup49CCS2+3* coiled-coil segment 提交 2013-03-20 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 I 341–425（85 aa） 片段：UNP residues 341-425
链 J 341–425（85 aa） 片段：UNP residues 341-425
链 K 341–425（85 aa） 片段：UNP residues 341-425
链 L 341–425（85 aa） 片段：UNP residues 341-425
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；294 K；10% glycerol, 28% dioxane, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.0K
分辨率 2.19 Å R-free 0.293
5IJO Alternative composite structure of the inner ring of the human nuclear pore complex (16 copies of Nup188, 16 copies of Nup205) 提交 2016-03-02 当前字段一致 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 208 PDB 声明：208-meric
链 G 1–599（599 aa）
链 M 1–599（599 aa）
链 S 1–599（599 aa）
链 Y 1–599（599 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 21.40 Å
7PER Model of the inner ring of the human nuclear pore complex 提交 2021-08-11 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 192 PDB 声明：192-meric
链 G 1–599（599 aa）
链 M 1–599（599 aa）
链 S 1–599（599 aa）
链 Y 1–599（599 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Cells were grown on holey carbon, Au-mesh supports. Grids were rinsed briefly with PBS and manually blotted before plunging into liquid ethane.
分辨率 35.00 Å
7R5J Human nuclear pore complex (dilated) 提交 2022-02-10 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 808 PDB 声明：808-meric
链 I0 1–599（599 aa）
链 I1 1–599（599 aa）
链 I2 1–599（599 aa）
链 I3 1–599（599 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 50.00 Å
7R5K Human nuclear pore complex (constricted) 提交 2022-02-10 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 808 PDB 声明：808-meric
链 I0 1–599（599 aa）
链 I1 1–599（599 aa）
链 I2 1–599（599 aa）
链 I3 1–599（599 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 12.00 Å

共 7 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NUP58_HUMAN
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 G； PDB构建体 1–599； UniProt 1–599 作者链 M； PDB构建体 1–599； UniProt 1–599 作者链 S； PDB构建体 1–599； UniProt 1–599 作者链 Y； PDB构建体 1–599； UniProt 1–599

Nuclear pore glycoprotein p62

Homo sapiens

UniProt P37198

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 208 PDB 声明：208-meric（208） 与蛋白拷贝数一致 链 H； UniProt 1–522 链 N； UniProt 1–522 链 T； UniProt 1–522 链 Z； UniProt 1–522 未记录 NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP155 × 48 （O75694） NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP93 × 32 （Q8N1F7） NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP205 × 32 （Q92621） NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP54 × 32 （Q7Z3B4） NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP58 × 32 （Q9BVL2） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 21.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5IJN Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5IJO Alternative composite structure of the inner ring of the human nuclear pore complex (16 copies of Nup188, 16 copies of Nup205) 提交 2016-03-02 当前字段一致 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 208 PDB 声明：208-meric
链 H 1–522（522 aa）
链 N 1–522（522 aa）
链 T 1–522（522 aa）
链 Z 1–522（522 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 21.40 Å
7PER Model of the inner ring of the human nuclear pore complex 提交 2021-08-11 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 192 PDB 声明：192-meric
链 H 1–522（522 aa）
链 N 1–522（522 aa）
链 T 1–522（522 aa）
链 Z 1–522（522 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Cells were grown on holey carbon, Au-mesh supports. Grids were rinsed briefly with PBS and manually blotted before plunging into liquid ethane.
分辨率 35.00 Å
7R5J Human nuclear pore complex (dilated) 提交 2022-02-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 808 PDB 声明：808-meric
链 J0 1–522（522 aa）
链 J1 1–522（522 aa）
链 J2 1–522（522 aa）
链 J3 1–522（522 aa）
链 J4 1–522（522 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 50.00 Å
7R5K Human nuclear pore complex (constricted) 提交 2022-02-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 808 PDB 声明：808-meric
链 J0 1–522（522 aa）
链 J1 1–522（522 aa）
链 J2 1–522（522 aa）
链 J3 1–522（522 aa）
链 J4 1–522（522 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 12.00 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NUP62_HUMAN
Isoform —
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 H； PDB构建体 1–522； UniProt 1–522 作者链 N； PDB构建体 1–522； UniProt 1–522 作者链 T； PDB构建体 1–522； UniProt 1–522 作者链 Z； PDB构建体 1–522； UniProt 1–522

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5ijn

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5ijn
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5ijn
沉积日期 deposition_date2016-03-02
结构标题 titleComposite structure of the inner ring of the human nuclear pore complex (32 copies of Nup205)
关键词 keywordsNuclear pore complex, Nucleocytoplasmic transport, Transport protein; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier— Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron108.00 Å
零角强度 I(0) i01394240000000.00
分子量 molecular_weight8318000.0 kDa
排除体积 excluded_volume9592000 ų
包络体积 envelope_volume4773200 ų
水化壳体积 shell_volume374190 ų
包络直径 envelope_diameter399.0 Å
壳层 Rg shell_rg103.70 Å
包络 Rg envelope_rg101.20 Å
形状 Rg shape_rg108.00 Å
总 Rg total_rg108.00 Å
总原子数 total_atoms594304
残基数 n_residues119904
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax283.3 Å
Rg (实空间) rg_real104.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.54 Å
I(0) (实空间) i0_real1.3270e+12
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.4220e+10
Rg (倒空间) rg_reciprocal110.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1404000000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9004
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary121.4 Å
偏度 Skewness skewness0.104
峰度 Kurtosis kurtosis-0.502
角度范围 angular_range— – 0.0700 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha1.1860
最高正则化参数 α highest_alpha3842000000.0000
实空间数据点数 n_real_points15
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.002; Oscil: 0.998; Stabil: 0.965; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.822; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)