5ksu

Crystal structure of HLA-DQ2.5-CLIP1 at 2.73 resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 96.2 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain

Homo sapiens

UniProt P01909

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 24–216	片段：UNP residues 1-193	MHC class II HLA-DQ-beta-1 × 1 （O19712） HLA class II histocompatibility antigen gamma chain × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；PEG 8000, ammonium sulphate, sodium cacodylate, glycerol	分辨率 2.73 Å R-free 0.249
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 24–216	片段：UNP residues 1-193	MHC class II HLA-DQ-beta-1 × 1 （O19712） HLA class II histocompatibility antigen gamma chain × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；PEG 8000, ammonium sulphate, sodium cacodylate, glycerol	分辨率 2.73 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5KSU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1S9V Crystal structure of HLA-DQ2 complexed with deamidated gliadin peptide 提交 2004-02-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 24–216（193 aa）片段：residues (-1)-191	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.5；300 K；sodium acetate, ammonium acetate, ammonium sulfate, ethylene glycol, PEG 3350, pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 2.22 Å R-free 0.283
1S9V Crystal structure of HLA-DQ2 complexed with deamidated gliadin peptide 提交 2004-02-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 24–216（193 aa）片段：residues (-1)-191	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.5；300 K；sodium acetate, ammonium acetate, ammonium sulfate, ethylene glycol, PEG 3350, pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 2.22 Å R-free 0.283
4GG6 Protein complex 提交 2012-08-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 24–206（183 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAINS, UNP RESIDUES 24-206	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.2M SODIUM ACETATE, 0.1M MES PH 6.5, 17% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 3.20 Å R-free 0.285
4GG6 Protein complex 提交 2012-08-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 24–206（183 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAINS, UNP RESIDUES 24-206	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.2M SODIUM ACETATE, 0.1M MES PH 6.5, 17% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 3.20 Å R-free 0.285
4OZF JR5.1 protein complex 提交 2014-02-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 24–206（183 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Mother liquor: 0.15 - 0.25M CaOAc, 0.1M Tris/HCl, 12-18% PEG3350, Additives:2-3 mM reduced and oxidised Glutathione	分辨率 2.70 Å R-free 0.238
4OZG D2 protein complex 提交 2014-02-16	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 24–206（183 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Mother liquor: 0.15- 0.25M CaOAc, 0.1 M Tris/HCl, 12-18% PEG3350, Additives: 2-3 mM reduced and oxidised Glutathione	分辨率 3.00 Å R-free 0.241
4OZG D2 protein complex 提交 2014-02-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 24–206（183 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Mother liquor: 0.15- 0.25M CaOAc, 0.1 M Tris/HCl, 12-18% PEG3350, Additives: 2-3 mM reduced and oxidised Glutathione	分辨率 3.00 Å R-free 0.241
4OZH S16 protein complex 提交 2014-02-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 24–206（183 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Mother liquor: 0.15- 0.25M CaOAc, 0.1 M Tris/HCl, 12-18% PEG3350, Additives: 2-3 mM reduced and oxidised Glutathione	分辨率 2.80 Å R-free 0.243
4OZH S16 protein complex 提交 2014-02-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 24–206（183 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Mother liquor: 0.15- 0.25M CaOAc, 0.1 M Tris/HCl, 12-18% PEG3350, Additives: 2-3 mM reduced and oxidised Glutathione	分辨率 2.80 Å R-free 0.243
4OZI S2 protein complex 提交 2014-02-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 24–206（183 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Mother liquor: 0.15- 0.25M CaOAc, 0.1 M Tris/HCl, 12-18% PEG3350, Additives: 2-3 mM reduced and oxidised Glutathione	分辨率 3.20 Å R-free 0.243
4OZI S2 protein complex 提交 2014-02-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 24–206（183 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Mother liquor: 0.15- 0.25M CaOAc, 0.1 M Tris/HCl, 12-18% PEG3350, Additives: 2-3 mM reduced and oxidised Glutathione	分辨率 3.20 Å R-free 0.243
5KSA Bel602-DQ8.5-glia-gamma1 complex 提交 2016-07-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 24–206（183 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1 M Ca-Acetate, 21 % PEG3350, Tris pH 8.0	分辨率 2.00 Å R-free 0.206
5KSB T15-DQ8.5-glia-gamma1 complex 提交 2016-07-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 24–206（183 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；8% Tacsimate pH 7.5, 20% PEG3350	分辨率 2.90 Å R-free 0.254
5KSB T15-DQ8.5-glia-gamma1 complex 提交 2016-07-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 24–206（183 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；8% Tacsimate pH 7.5, 20% PEG3350	分辨率 2.90 Å R-free 0.254
6MFF HLA-DQ2-glia-omega1 提交 2018-09-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 24–206（183 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；23% PEG3350 and 0.1 M NaH2PO4, pH 6	分辨率 2.60 Å R-free 0.250
6MFG HLA-DQ2-glia-alpha1 提交 2018-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 24–206（183 aa）链 C 24–206（183 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；23% PEG3350 and 0.1 M NaH2PO4, pH 6	分辨率 2.00 Å R-free 0.222
6U3M DQ2-P.fluor-alpha1a 提交 2019-08-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 24–206（183 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；18% PEG3350 and 0.15M NH4H2PO4	分辨率 1.90 Å R-free 0.220
6U3M DQ2-P.fluor-alpha1a 提交 2019-08-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 24–206（183 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；18% PEG3350 and 0.15M NH4H2PO4	分辨率 1.90 Å R-free 0.220
7SG0 W316 TCR in complex with HLA-DQ2-omega1 提交 2021-10-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 24–206（183 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；24% PEG3350, 0.25 M (NH4)2SO4 and 0.1 M Tris/HCl at pH 8.0	分辨率 3.00 Å R-free 0.230
7SG1 XPA5 TCR in complex with HLA-DQ2-alpha1 提交 2021-10-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 24–206（183 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Mother liquor: 16-18% PEG3350, 0.12-0.14 M CaOAc, 0.1 M Tris/HCl at pH 8.0, Additives: 2 mM reduced and oxidised Glutathione	分辨率 3.10 Å R-free 0.258
7SG1 XPA5 TCR in complex with HLA-DQ2-alpha1 提交 2021-10-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 24–206（183 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Mother liquor: 16-18% PEG3350, 0.12-0.14 M CaOAc, 0.1 M Tris/HCl at pH 8.0, Additives: 2 mM reduced and oxidised Glutathione	分辨率 3.10 Å R-free 0.258
7SG2 XPA5 TCR in complex with HLA-DQ2-omega1 提交 2021-10-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 24–206（183 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ACT ACETATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Mother liquor: 16-18% PEG3350, 0.12-0.14 M CaOAc, 0.1 M Tris/HCl at pH 8.0, Additives: 2 mM reduced and oxidised Glutathione	分辨率 3.10 Å R-free 0.259
7SG2 XPA5 TCR in complex with HLA-DQ2-omega1 提交 2021-10-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 24–206（183 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Mother liquor: 16-18% PEG3350, 0.12-0.14 M CaOAc, 0.1 M Tris/HCl at pH 8.0, Additives: 2 mM reduced and oxidised Glutathione	分辨率 3.10 Å R-free 0.259
8VSP Cryo-EM structure of human invariant chain in complex with HLA-DQ 提交 2024-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–254（254 aa）链 D 1–254（254 aa）链 G 1–254（254 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.12 Å
8W83 HLA-DQ2.5-alpha1 gliadin peptide in complex with DQN0344AE02 提交 2023-08-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 24–206（183 aa）	突变：C47S	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；0.1 M HEPES (pH7.5), 25.0 %w/v Polyethylene glycol 1,000, and 20 %v/v Glycerol as cryoprotectant	分辨率 2.82 Å R-free 0.321
8W83 HLA-DQ2.5-alpha1 gliadin peptide in complex with DQN0344AE02 提交 2023-08-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 24–206（183 aa）	突变：C47S	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；0.1 M HEPES (pH7.5), 25.0 %w/v Polyethylene glycol 1,000, and 20 %v/v Glycerol as cryoprotectant	分辨率 2.82 Å R-free 0.321
8W83 HLA-DQ2.5-alpha1 gliadin peptide in complex with DQN0344AE02 提交 2023-08-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 K 24–206（183 aa）	突变：C47S	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；0.1 M HEPES (pH7.5), 25.0 %w/v Polyethylene glycol 1,000, and 20 %v/v Glycerol as cryoprotectant	分辨率 2.82 Å R-free 0.321
8W83 HLA-DQ2.5-alpha1 gliadin peptide in complex with DQN0344AE02 提交 2023-08-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 O 24–206（183 aa）	突变：C47S	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；0.1 M HEPES (pH7.5), 25.0 %w/v Polyethylene glycol 1,000, and 20 %v/v Glycerol as cryoprotectant	分辨率 2.82 Å R-free 0.321
8W84 HLA-DQ2.5-alpha2 gliadin peptide in complex with DQN0344AE02 提交 2023-08-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 24–206（183 aa）	突变：C47S	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；293 K；80 mM di-Sodium malonate (pH4.0), 9.6 %w/v Polyethylene glycol 3,350, and 25 %v/v Ethylene glycol as cryoprotectant	分辨率 2.10 Å R-free 0.325
8W85 HLA-DQ2.5-gamma2 gliadin peptide in complex with DQN0385AE01 提交 2023-08-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 24–206（183 aa）	突变：C47S	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M Ammonium sulfate, 10.0 %w/v Polyethylene glycol 3,350, and 30 %v/v Ethylene glycol as cryoprotectant	分辨率 2.77 Å R-free 0.300
8W85 HLA-DQ2.5-gamma2 gliadin peptide in complex with DQN0385AE01 提交 2023-08-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 24–206（183 aa）	突变：C47S	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M Ammonium sulfate, 10.0 %w/v Polyethylene glycol 3,350, and 30 %v/v Ethylene glycol as cryoprotectant	分辨率 2.77 Å R-free 0.300
8W86 HLA-DQ2.5-B/C hordein peptide in complex with DQN0385AE02 提交 2023-08-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 24–206（183 aa）	突变：C47S	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；294 K；0.1 M MES monohydrate (pH5.5), 12.0 %w/v Polyethylene glycol 8,000, 0.1 M Calcium acetate hydrate, and 30 %v/v Ethylene glycol as cryoprotectant	分辨率 2.24 Å R-free 0.280
8W86 HLA-DQ2.5-B/C hordein peptide in complex with DQN0385AE02 提交 2023-08-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 24–206（183 aa）	突变：C47S	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；294 K；0.1 M MES monohydrate (pH5.5), 12.0 %w/v Polyethylene glycol 8,000, 0.1 M Calcium acetate hydrate, and 30 %v/v Ethylene glycol as cryoprotectant	分辨率 2.24 Å R-free 0.280
9EJG Peptide-independent T cell receptor recognition of HLA-DQ2 提交 2024-11-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 24–206（183 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 FMT FORMIC ACID × 5 GOL GLYCEROL × 2 ACT ACETATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；8% Tacsimate, pH 8.0, 20-24% w/v PEG3350	分辨率 2.20 Å R-free 0.225
9EJH Peptide-independent T cell receptor recognition of HLA-DQ2 提交 2024-11-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 24–206（183 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ACT ACETATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；8% Tacsimate, pH 8.0, 20-24% w/v PEG3350	分辨率 2.45 Å R-free 0.232

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UniProt名称	DQA1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–193； UniProt 24–216 作者链 D； PDB构建体 1–193； UniProt 24–216

MHC class II HLA-DQ-beta-1

Homo sapiens

UniProt O19712

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–198	片段：UNP residues 1-198	HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain × 1 （P01909） HLA class II histocompatibility antigen gamma chain × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；PEG 8000, ammonium sulphate, sodium cacodylate, glycerol	分辨率 2.73 Å R-free 0.249
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–198	片段：UNP residues 1-198	HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain × 1 （P01909） HLA class II histocompatibility antigen gamma chain × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；PEG 8000, ammonium sulphate, sodium cacodylate, glycerol	分辨率 2.73 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 5KSU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5KSV Crystal structure of HLA-DQ2.5-CLIP2 提交 2016-07-10	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–198（198 aa）片段：UNP residues 1-198	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.1 M BIS-TRIS, pH 5.5, 22% PEG 3350	分辨率 2.19 Å R-free 0.210
6MFF HLA-DQ2-glia-omega1 提交 2018-09-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–192（192 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；23% PEG3350 and 0.1 M NaH2PO4, pH 6	分辨率 2.60 Å R-free 0.250
6MFG HLA-DQ2-glia-alpha1 提交 2018-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–192（192 aa）链 F 1–192（192 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；23% PEG3350 and 0.1 M NaH2PO4, pH 6	分辨率 2.00 Å R-free 0.222
6U3M DQ2-P.fluor-alpha1a 提交 2019-08-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–192（192 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；18% PEG3350 and 0.15M NH4H2PO4	分辨率 1.90 Å R-free 0.220
6U3M DQ2-P.fluor-alpha1a 提交 2019-08-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–192（192 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；18% PEG3350 and 0.15M NH4H2PO4	分辨率 1.90 Å R-free 0.220
6U3N LS2.8/3.15 - DQ2-P.fluor-alpha1a complex 提交 2019-08-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–192（192 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；22% PEG3350, 0.2M Na-K Tartrate, 0.1M MES pH6.5	分辨率 2.80 Å
6U3O JR51 DQ2-p.aeru-alpha2a complex 提交 2019-08-22	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 1–192（192 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；23%PEG3350, 0.01mM Na-Acetate, 0.1 M Tris pH8.0	分辨率 2.74 Å
6U3O JR51 DQ2-p.aeru-alpha2a complex 提交 2019-08-22	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 1–192（192 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；23%PEG3350, 0.01mM Na-Acetate, 0.1 M Tris pH8.0	分辨率 2.74 Å
6XP6 3C11-DQ2-glia-a2 complex 提交 2020-07-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–192（192 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 7 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；10% PEG 4000 20% 2-propanol 0.1M HEPES	分辨率 2.40 Å R-free 0.212
6XP6 3C11-DQ2-glia-a2 complex 提交 2020-07-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 E 1–192（192 aa）	未记录	IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 5 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；10% PEG 4000 20% 2-propanol 0.1M HEPES	分辨率 2.40 Å R-free 0.212
7SG0 W316 TCR in complex with HLA-DQ2-omega1 提交 2021-10-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–192（192 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；24% PEG3350, 0.25 M (NH4)2SO4 and 0.1 M Tris/HCl at pH 8.0	分辨率 3.00 Å R-free 0.230
7SG1 XPA5 TCR in complex with HLA-DQ2-alpha1 提交 2021-10-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–192（192 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Mother liquor: 16-18% PEG3350, 0.12-0.14 M CaOAc, 0.1 M Tris/HCl at pH 8.0, Additives: 2 mM reduced and oxidised Glutathione	分辨率 3.10 Å R-free 0.258
7SG1 XPA5 TCR in complex with HLA-DQ2-alpha1 提交 2021-10-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 G 1–192（192 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Mother liquor: 16-18% PEG3350, 0.12-0.14 M CaOAc, 0.1 M Tris/HCl at pH 8.0, Additives: 2 mM reduced and oxidised Glutathione	分辨率 3.10 Å R-free 0.258
7SG2 XPA5 TCR in complex with HLA-DQ2-omega1 提交 2021-10-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–192（192 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ACT ACETATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Mother liquor: 16-18% PEG3350, 0.12-0.14 M CaOAc, 0.1 M Tris/HCl at pH 8.0, Additives: 2 mM reduced and oxidised Glutathione	分辨率 3.10 Å R-free 0.259
7SG2 XPA5 TCR in complex with HLA-DQ2-omega1 提交 2021-10-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 G 1–192（192 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Mother liquor: 16-18% PEG3350, 0.12-0.14 M CaOAc, 0.1 M Tris/HCl at pH 8.0, Additives: 2 mM reduced and oxidised Glutathione	分辨率 3.10 Å R-free 0.259
8W83 HLA-DQ2.5-alpha1 gliadin peptide in complex with DQN0344AE02 提交 2023-08-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–190（190 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；0.1 M HEPES (pH7.5), 25.0 %w/v Polyethylene glycol 1,000, and 20 %v/v Glycerol as cryoprotectant	分辨率 2.82 Å R-free 0.321
8W83 HLA-DQ2.5-alpha1 gliadin peptide in complex with DQN0344AE02 提交 2023-08-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 H 1–190（190 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；0.1 M HEPES (pH7.5), 25.0 %w/v Polyethylene glycol 1,000, and 20 %v/v Glycerol as cryoprotectant	分辨率 2.82 Å R-free 0.321
8W83 HLA-DQ2.5-alpha1 gliadin peptide in complex with DQN0344AE02 提交 2023-08-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 L 1–190（190 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；0.1 M HEPES (pH7.5), 25.0 %w/v Polyethylene glycol 1,000, and 20 %v/v Glycerol as cryoprotectant	分辨率 2.82 Å R-free 0.321
8W83 HLA-DQ2.5-alpha1 gliadin peptide in complex with DQN0344AE02 提交 2023-08-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 P 1–190（190 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；0.1 M HEPES (pH7.5), 25.0 %w/v Polyethylene glycol 1,000, and 20 %v/v Glycerol as cryoprotectant	分辨率 2.82 Å R-free 0.321
8W84 HLA-DQ2.5-alpha2 gliadin peptide in complex with DQN0344AE02 提交 2023-08-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–190（190 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；293 K；80 mM di-Sodium malonate (pH4.0), 9.6 %w/v Polyethylene glycol 3,350, and 25 %v/v Ethylene glycol as cryoprotectant	分辨率 2.10 Å R-free 0.325
8W85 HLA-DQ2.5-gamma2 gliadin peptide in complex with DQN0385AE01 提交 2023-08-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–190（190 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M Ammonium sulfate, 10.0 %w/v Polyethylene glycol 3,350, and 30 %v/v Ethylene glycol as cryoprotectant	分辨率 2.77 Å R-free 0.300
8W85 HLA-DQ2.5-gamma2 gliadin peptide in complex with DQN0385AE01 提交 2023-08-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 H 1–190（190 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M Ammonium sulfate, 10.0 %w/v Polyethylene glycol 3,350, and 30 %v/v Ethylene glycol as cryoprotectant	分辨率 2.77 Å R-free 0.300
8W86 HLA-DQ2.5-B/C hordein peptide in complex with DQN0385AE02 提交 2023-08-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–190（190 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；294 K；0.1 M MES monohydrate (pH5.5), 12.0 %w/v Polyethylene glycol 8,000, 0.1 M Calcium acetate hydrate, and 30 %v/v Ethylene glycol as cryoprotectant	分辨率 2.24 Å R-free 0.280
8W86 HLA-DQ2.5-B/C hordein peptide in complex with DQN0385AE02 提交 2023-08-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 H 1–190（190 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；294 K；0.1 M MES monohydrate (pH5.5), 12.0 %w/v Polyethylene glycol 8,000, 0.1 M Calcium acetate hydrate, and 30 %v/v Ethylene glycol as cryoprotectant	分辨率 2.24 Å R-free 0.280
9EJG Peptide-independent T cell receptor recognition of HLA-DQ2 提交 2024-11-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–194（194 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 FMT FORMIC ACID × 5 GOL GLYCEROL × 2 ACT ACETATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；8% Tacsimate, pH 8.0, 20-24% w/v PEG3350	分辨率 2.20 Å R-free 0.225
9EJH Peptide-independent T cell receptor recognition of HLA-DQ2 提交 2024-11-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–192（192 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ACT ACETATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；8% Tacsimate, pH 8.0, 20-24% w/v PEG3350	分辨率 2.45 Å R-free 0.232

共 16 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O19712_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–198； UniProt 1–198 作者链 E； PDB构建体 1–198； UniProt 1–198

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5ksu
沉积日期 deposition_date	2016-07-10
结构标题 title	Crystal structure of HLA-DQ2.5-CLIP1 at 2.73 resolution
关键词 keywords	HLA, MHC, DQ2.5, CLIP, celiac disease, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.70 Å
零角强度 I(0) i0	116279000.00
分子量 molecular_weight	85342.0 kDa
排除体积 excluded_volume	106960 Å³
包络体积 envelope_volume	140030 Å³
水化壳体积 shell_volume	39623 Å³
包络直径 envelope_diameter	102.6 Å
壳层 Rg shell_rg	37.00 Å
包络 Rg envelope_rg	28.10 Å
形状 Rg shape_rg	28.69 Å
总 Rg total_rg	29.55 Å
总原子数 total_atoms	6023
残基数 n_residues	749
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	96.2 Å
Rg (实空间) rg_real	29.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1630e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7660e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	116300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8887
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	39.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.052
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.508
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13330000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.859; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.982

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain
分子量 formula_weight	22423.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	6139

EDIVADHVASYGVNLYQSYGPSGQYTHEFDGDEQFYVDLGRKETVWCLPVLRQFRFDPQFALTNIAVLKHNLNSLIKRSNSTAATNEVPEVTVFSKSPVTLGQPNILICLVDNIFPPVVNITWLSNGHSVTEGVSETSFLSKSDHSFFKISYLTLLPSAEESYDCKVEHWGLDKPLLKHWEPEIPAPMSELTEVDIEGR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	unidentified baculovirus

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	MHC class II HLA-DQ-beta-1
分子量 formula_weight	23784.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

RDSPEDFVYQFKGMCYFTNGTERVRLVSRSIYNREEIVRFDSDVGEFRAVTLLGLPAAEYWNSQKDILERKRAAVDRVCRHNYQLELRTTLQRRVEPTVTISPSRTEALNHHNLLVCSVTDFYPAQIKVRWFRNDQEETAGVVSTPLIRNGDWTFQILVMLEMTPQRGDVYTCHVEHPSLQSPITVEWRAQSESAQSKVDIEGR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	unidentified baculovirus

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	HLA class II histocompatibility antigen gamma chain
分子量 formula_weight	1676.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

PVSKMRMATPLLMQA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	unidentified baculovirus

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	116

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d5ksua1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamily	d.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family family	d.19.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5ksua2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d5ksub1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamily	d.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family family	d.19.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5ksub2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5ksud1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamily	d.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family family	d.19.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5ksud2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d5ksue1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamily	d.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family family	d.19.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5ksue2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	5ksuA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	320 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1

结构域编号 domain_id	5ksuA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5ksuB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	320 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1

结构域编号 domain_id	5ksuB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5ksuD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	320 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1

结构域编号 domain_id	5ksuD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5ksuE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	320 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1

结构域编号 domain_id	5ksuE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	128.860 Å
晶胞边长 b length_b	69.210 Å
晶胞边长 c length_c	146.690 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	110.29 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.730 Å
最低分辨率 resolution_low	39.164 Å
R 因子 r_factor	0.1931
R_work r_work	0.1900
R_free r_free	0.2491

fit	/app/data/saxs_computation/ks/5ksu/5ksu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ks/5ksu/5ksu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ks/5ksu/5ksu.dat

Crystal structure of HLA-DQ2.5-CLIP1 at 2.73 resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

MHC class II HLA-DQ-beta-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)