5m5t

Clathrin heavy chain N-terminal domain bound to a non-natural clathrin-box motif peptide (Amph4T1)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 105.9 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Clathrin heavy chain 1

Bos taurus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–363	未记录	Amphiphysin × 3 （O08838） GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；1 uL protein:peptide mix (14 mg/mL NTD and 3.4 mM peptide) plus 1 uL reservoir equilibrated against a 200 uL reservoir of 1.1 M sodium malonate pH 8.0	分辨率 1.70 Å R-free 0.185
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–363	未记录	Amphiphysin × 3 （O08838）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；1 uL protein:peptide mix (14 mg/mL NTD and 3.4 mM peptide) plus 1 uL reservoir equilibrated against a 200 uL reservoir of 1.1 M sodium malonate pH 8.0	分辨率 1.70 Å R-free 0.185

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5M5T	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B89 CLATHRIN HEAVY CHAIN PROXIMAL LEG SEGMENT (BOVINE) 提交 1999-05-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1074–1522（449 aa）片段：PROXIMAL LEG	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；250 MM SODIUM FORMATE, 100 MM TRIS-HCL, PH 8, pH 8.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.279
1UTC Clathrin terminal domain complexed with TLPWDLWTT 提交 2003-12-08	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–363（363 aa）片段：TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-363	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；VAPOUR DIFFUSION OVER A RESERVOIR CONTAINING 20% PEG8000, 200 MM MGCL2, 4 MM DTT,100 MM CAPS PH 9, DRIED UP DROP	分辨率 2.30 Å R-free 0.253
1UTC Clathrin terminal domain complexed with TLPWDLWTT 提交 2003-12-08	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–363（363 aa）片段：TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-363	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；VAPOUR DIFFUSION OVER A RESERVOIR CONTAINING 20% PEG8000, 200 MM MGCL2, 4 MM DTT,100 MM CAPS PH 9, DRIED UP DROP	分辨率 2.30 Å R-free 0.253
1XI4 Clathrin D6 Coat 提交 2004-09-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 216 PDB 声明：216-MERIC	链 A 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 B 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 C 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 D 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 E 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 F 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 G 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 H 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 I 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 25mM MES；pH 6.5；25mM MES cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFIED	分辨率 7.90 Å
1XI4 Clathrin D6 Coat 提交 2004-09-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 B 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 C 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 D 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 E 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 F 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 G 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 H 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 I 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 25mM MES；pH 6.5；25mM MES cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFIED	分辨率 7.90 Å
1XI4 Clathrin D6 Coat 提交 2004-09-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 B 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 C 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 D 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 E 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 F 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 G 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 H 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 I 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 25mM MES；pH 6.5；25mM MES cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFIED	分辨率 7.90 Å
1XI5 Clathrin D6 coat with auxilin J-domain 提交 2004-09-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 216 PDB 声明：216-MERIC	链 A 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 B 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 C 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 D 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 E 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 F 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 G 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 H 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 I 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20MM HEPES；pH 7；20MM HEPES cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFIED	分辨率 12.00 Å
1XI5 Clathrin D6 coat with auxilin J-domain 提交 2004-09-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 B 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 C 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 D 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 E 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 F 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 G 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 H 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 I 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20MM HEPES；pH 7；20MM HEPES cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFIED	分辨率 12.00 Å
1XI5 Clathrin D6 coat with auxilin J-domain 提交 2004-09-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 B 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 C 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 D 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 E 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 F 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 G 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 H 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 I 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20MM HEPES；pH 7；20MM HEPES cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFIED	分辨率 12.00 Å
3GC3 Crystal Structure of Arrestin2S and Clathrin 提交 2009-02-21	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–363（363 aa）片段：WD domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；100 mM bis_tris propane 4 -4.5 M ammonium acetate 4.5% ethylene glycol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.251
3GD1 Structure of an Arrestin/Clathrin complex reveals a novel clathrin binding domain that modulates receptor trafficking 提交 2009-02-23	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 I 1–363（363 aa）片段：WD domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；293 K；100mM Bicine, 7% O-(2-aminopropyl)-O'-(2-methoxyethyl)polypropylene glycol 500, 6% polyethylene glycol 8000, 4% acetone, 1% ethylene glycol and 10 mM strontium chloride, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.50 Å R-free 0.254
3IYV Clathrin D6 coat as full-length Triskelions 提交 2010-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 216 PDB 声明：216-meric	链 A 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630 链 B 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630 链 C 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630 链 D 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630 链 E 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630 链 F 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630 链 G 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630 链 H 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630 链 I 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 25MM MES；pH 6.5；25MM MES cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFIED	分辨率 7.90 Å
3IYV Clathrin D6 coat as full-length Triskelions 提交 2010-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630 链 B 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630 链 C 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630 链 D 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630 链 E 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630 链 F 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630 链 G 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630 链 H 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630 链 I 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 25MM MES；pH 6.5；25MM MES cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFIED	分辨率 7.90 Å
3IYV Clathrin D6 coat as full-length Triskelions 提交 2010-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630 链 B 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630 链 C 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630 链 D 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630 链 E 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630 链 F 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630 链 G 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630 链 H 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630 链 I 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 25MM MES；pH 6.5；25MM MES cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFIED	分辨率 7.90 Å
3LVG Crystal structure of a clathrin heavy chain and clathrin light chain complex 提交 2010-02-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1074–1675（602 aa）链 B 1074–1675（602 aa）链 C 1074–1675（602 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；200mM citrate, 16-22% glycerol, 2% trifluoroethanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 7.94 Å R-free 0.425
3LVH Crystal structure of a clathrin heavy chain and clathrin light chain complex 提交 2010-02-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1074–1675（602 aa）片段：Hub 链 B 1074–1675（602 aa）片段：Hub 链 C 1074–1675（602 aa）片段：Hub	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；200mM citrate, 16-22% glycerol, 2% trifluoroethanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 9.00 Å R-free 0.487
3QIL Crystal structure analysis of the clathrin trimerization domain 提交 2011-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1521–1624（104 aa）片段：CLATHRIN TRIMERIZATION DOMAIN 链 B 1521–1624（104 aa）片段：CLATHRIN TRIMERIZATION DOMAIN 链 C 1521–1624（104 aa）片段：CLATHRIN TRIMERIZATION DOMAIN	突变：C1528A, T1585L 突变：C1528A, T1585L 突变：C1528A, T1585L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；NaCl, Imidazole, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.92 Å R-free 0.386
3QIL Crystal structure analysis of the clathrin trimerization domain 提交 2011-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1521–1624（104 aa）片段：CLATHRIN TRIMERIZATION DOMAIN 链 E 1521–1624（104 aa）片段：CLATHRIN TRIMERIZATION DOMAIN 链 F 1521–1624（104 aa）片段：CLATHRIN TRIMERIZATION DOMAIN	突变：C1528A, T1585L 突变：C1528A, T1585L 突变：C1528A, T1585L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；NaCl, Imidazole, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.92 Å R-free 0.386
3QIL Crystal structure analysis of the clathrin trimerization domain 提交 2011-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 1521–1624（104 aa）片段：CLATHRIN TRIMERIZATION DOMAIN 链 H 1521–1624（104 aa）片段：CLATHRIN TRIMERIZATION DOMAIN 链 I 1521–1624（104 aa）片段：CLATHRIN TRIMERIZATION DOMAIN	突变：C1528A, T1585L 突变：C1528A, T1585L 突变：C1528A, T1585L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；NaCl, Imidazole, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.92 Å R-free 0.386
3QIL Crystal structure analysis of the clathrin trimerization domain 提交 2011-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 1521–1624（104 aa）片段：CLATHRIN TRIMERIZATION DOMAIN 链 K 1521–1624（104 aa）片段：CLATHRIN TRIMERIZATION DOMAIN 链 L 1521–1624（104 aa）片段：CLATHRIN TRIMERIZATION DOMAIN	突变：C1528A, T1585L 突变：C1528A, T1585L 突变：C1528A, T1585L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；NaCl, Imidazole, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.92 Å R-free 0.386
3QIL Crystal structure analysis of the clathrin trimerization domain 提交 2011-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 M 1521–1624（104 aa）片段：CLATHRIN TRIMERIZATION DOMAIN 链 N 1521–1624（104 aa）片段：CLATHRIN TRIMERIZATION DOMAIN 链 O 1521–1624（104 aa）片段：CLATHRIN TRIMERIZATION DOMAIN	突变：C1528A, T1585L 突变：C1528A, T1585L 突变：C1528A, T1585L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；NaCl, Imidazole, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.92 Å R-free 0.386
3QIL Crystal structure analysis of the clathrin trimerization domain 提交 2011-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 P 1521–1624（104 aa）片段：CLATHRIN TRIMERIZATION DOMAIN 链 Q 1521–1624（104 aa）片段：CLATHRIN TRIMERIZATION DOMAIN 链 R 1521–1624（104 aa）片段：CLATHRIN TRIMERIZATION DOMAIN	突变：C1528A, T1585L 突变：C1528A, T1585L 突变：C1528A, T1585L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；NaCl, Imidazole, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.92 Å R-free 0.386
3QIL Crystal structure analysis of the clathrin trimerization domain 提交 2011-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 S 1521–1624（104 aa）片段：CLATHRIN TRIMERIZATION DOMAIN 链 T 1521–1624（104 aa）片段：CLATHRIN TRIMERIZATION DOMAIN 链 U 1521–1624（104 aa）片段：CLATHRIN TRIMERIZATION DOMAIN	突变：C1528A, T1585L 突变：C1528A, T1585L 突变：C1528A, T1585L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；NaCl, Imidazole, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.92 Å R-free 0.386
3QIL Crystal structure analysis of the clathrin trimerization domain 提交 2011-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 V 1521–1624（104 aa）片段：CLATHRIN TRIMERIZATION DOMAIN 链 W 1521–1624（104 aa）片段：CLATHRIN TRIMERIZATION DOMAIN 链 X 1521–1624（104 aa）片段：CLATHRIN TRIMERIZATION DOMAIN	突变：C1528A, T1585L 突变：C1528A, T1585L 突变：C1528A, T1585L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；NaCl, Imidazole, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.92 Å R-free 0.386
5M5R Clathrin heavy chain N-terminal domain bound to beta2 adaptin clathrin box motif 提交 2016-10-22	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–363（363 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.7；293 K；1 uL protein plus peptide mix (14 mg/mL NTD and 3.4 mM peptide) plus 2 uL reservoir equilibrated against a 200 uL reservoir of 0.94 M sodium malonate pH 6.7	分辨率 1.76 Å R-free 0.205
5M5S Clathrin heavy chain N-terminal domain bound to amphiphysin clathrin-box motif 提交 2016-10-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–363（363 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；1 uL protein:peptide mix (14 mg/mL NTD and 3.4 mM peptide) plus 2 uL reservoir equilibrated against a 200 uL reservoir of 0.85 M sodium malonate pH 7.5	分辨率 1.88 Å R-free 0.234
5M5S Clathrin heavy chain N-terminal domain bound to amphiphysin clathrin-box motif 提交 2016-10-22	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–363（363 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；1 uL protein:peptide mix (14 mg/mL NTD and 3.4 mM peptide) plus 2 uL reservoir equilibrated against a 200 uL reservoir of 0.85 M sodium malonate pH 7.5	分辨率 1.88 Å R-free 0.234
5M5U Clathrin heavy chain N-terminal domain bound to a clathrin-box motif from hepatitis D virus large antigen (clade 1) 提交 2016-10-22	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–363（363 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；400 nL protein:peptide mix (14 mg/mL NTD and 3.4 mM) plus 200 nL reservoir equilibrated against a 80 uL reservoir of 1.21 M sodium malonate pH 7.0	分辨率 2.15 Å R-free 0.207
5M5U Clathrin heavy chain N-terminal domain bound to a clathrin-box motif from hepatitis D virus large antigen (clade 1) 提交 2016-10-22	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–363（363 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；400 nL protein:peptide mix (14 mg/mL NTD and 3.4 mM) plus 200 nL reservoir equilibrated against a 80 uL reservoir of 1.21 M sodium malonate pH 7.0	分辨率 2.15 Å R-free 0.207
5M5V Clathrin heavy chain N-terminal domain bound to a clathrin-box motif from hepatitis D virus large antigen (clade 2) 提交 2016-10-22	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–363（363 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；200 nL protein:peptide (20 mg/mL NTD and 3.6 mM peptide) plus 400 nL reservoir equilibrated against a 80 uL reservoir of 1.75 M sodium malonate pH 7.0	分辨率 1.96 Å R-free 0.193
5M5V Clathrin heavy chain N-terminal domain bound to a clathrin-box motif from hepatitis D virus large antigen (clade 2) 提交 2016-10-22	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–363（363 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；200 nL protein:peptide (20 mg/mL NTD and 3.6 mM peptide) plus 400 nL reservoir equilibrated against a 80 uL reservoir of 1.75 M sodium malonate pH 7.0	分辨率 1.96 Å R-free 0.193
5M61 Clathrin heavy chain N-terminal domain bound to an extended amphiphysin clathrin-box motif 提交 2016-10-23	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–363（363 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.1；293 K；1 uL protein:peptide mix (14 mg/mL protein, 3.4 mM peptide) plus 2 uL of 1.04 M sodium malonate pH 7.1, 0.2 M sodium perchlorate equilibrated against a 200 uL reservoir of 1.15 M sodium malonate pH 7.1	分辨率 1.84 Å R-free 0.182
5M61 Clathrin heavy chain N-terminal domain bound to an extended amphiphysin clathrin-box motif 提交 2016-10-23	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–363（363 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.1；293 K；1 uL protein:peptide mix (14 mg/mL protein, 3.4 mM peptide) plus 2 uL of 1.04 M sodium malonate pH 7.1, 0.2 M sodium perchlorate equilibrated against a 200 uL reservoir of 1.15 M sodium malonate pH 7.1	分辨率 1.84 Å R-free 0.182
6WCJ Asymmetric vertex of the clathrin minicoat cage 提交 2020-03-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 A 1–1675（1675 aa）链 C 1–1675（1675 aa）链 D 1–1675（1675 aa）链 G 1–1675（1675 aa）链 H 1–1675（1675 aa）链 I 1–1675（1675 aa）链 K 1–1675（1675 aa）链 L 1–1675（1675 aa）链 M 1–1675（1675 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.30 Å
9F8T Clathrin terminal domain complexed with C-terminus of AAK1L 提交 2024-05-07	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–363（363 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293.15 K；20% PEG 3,350; 100 mM Bis-Tris propane, pH 6.0; 200 mM sodium citrate; 10 mM DTT	分辨率 1.71 Å R-free 0.209

共 17 个其他 PDB 条目、35 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CLH1_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–365； UniProt 1–363 作者链 B； PDB构建体 3–365； UniProt 1–363

Amphiphysin

物种未注明

UniProt O08838

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 349–358 链 G； UniProt 349–358 链 I； UniProt 349–358	片段：UNP residues 349-358	Clathrin heavy chain 1 × 1 （P49951） GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；1 uL protein:peptide mix (14 mg/mL NTD and 3.4 mM peptide) plus 1 uL reservoir equilibrated against a 200 uL reservoir of 1.1 M sodium malonate pH 8.0	分辨率 1.70 Å R-free 0.185
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 349–358 链 H； UniProt 349–358 链 J； UniProt 349–358	片段：UNP residues 349-358	Clathrin heavy chain 1 × 1 （P49951）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；1 uL protein:peptide mix (14 mg/mL NTD and 3.4 mM peptide) plus 1 uL reservoir equilibrated against a 200 uL reservoir of 1.1 M sodium malonate pH 8.0	分辨率 1.70 Å R-free 0.185

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 5M5T	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2VJ0 Crystal structure of the alpha-adaptin appendage domain, from the AP2 adaptor complex, in complex with an FXDNF peptide from amphiphysin1 and a WVXF peptide from synaptojanin P170 提交 2007-12-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 Q 324–330（7 aa）片段：PEPTIDE CONTAINING FXDNF MOTIF, RESIDUES 324-330	未记录	BEN BENZAMIDINE × 1 DTD DITHIANE DIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；1.2M AMMONIUM SULPHATE, 3% ISOPROPANOL AND 0.05M SODIUM CITRATE PH 6.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.208

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AMPH_RAT
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–10； UniProt 349–358 作者链 F； PDB构建体 1–10； UniProt 349–358 作者链 G； PDB构建体 1–10； UniProt 349–358 作者链 H； PDB构建体 1–10； UniProt 349–358 作者链 I； PDB构建体 1–10； UniProt 349–358 作者链 J； PDB构建体 1–10； UniProt 349–358

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5m5t
沉积日期 deposition_date	2016-10-22
结构标题 title	Clathrin heavy chain N-terminal domain bound to a non-natural clathrin-box motif peptide (Amph4T1)
关键词 keywords	endocytosis; ENDOCYTOSIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.08 Å
零角强度 I(0) i0	111478000.00
分子量 molecular_weight	84956.0 kDa
排除体积 excluded_volume	106860 Å³
包络体积 envelope_volume	132550 Å³
水化壳体积 shell_volume	36656 Å³
包络直径 envelope_diameter	114.2 Å
壳层 Rg shell_rg	37.05 Å
包络 Rg envelope_rg	31.01 Å
形状 Rg shape_rg	31.05 Å
总 Rg total_rg	31.67 Å
总原子数 total_atoms	5968
残基数 n_residues	763
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	105.9 Å
Rg (实空间) rg_real	31.79 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.19 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1150e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9250e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.74 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	111500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8705
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.458
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.378
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	24800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.795; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.965; Smooth: 0.963

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Clathrin heavy chain 1
分子量 formula_weight	40540.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7161

GSMAQILPIRFQEHLQLQNLGINPANIGFSTLTMESDKFICIREKVGEQAQVVIIDMNDPSNPIRRPISADSAIMNPASKVIALKAGKTLQIFNIEMKSKMKAHTMTDDVTFWKWISLNTVALVTDNAVYHWSMEGESQPVKMFDRHSSLAGCQIINYRTDAKQKWLLLTGISAQQNRVVGAMQLYSVDRKVSQPIEGHAASFAQFKMEGNAEESTLFCFAVRGQAGGKLHIIEVGTPPTGNQPFPKKAVDVFFPPEAQNDFPVAMQISEKHDVVFLITKYGYIHLYDLETGTCIYMNRISGETIFVTAPHEATAGIIGVNRKGQVLSVCVEEENIIPYITNVLQNPDLALRMAVRNNLAGAEEL

来源 Source

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	Bovine
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Amphiphysin
分子量 formula_weight	1207.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H,I,J

ETLLDLDFLE

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1019

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5m5tA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — Clathrin heavy-chain terminal domain

结构域编号 domain_id	5m5tB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — Clathrin heavy-chain terminal domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	137.810 Å
晶胞边长 b length_b	130.970 Å
晶胞边长 c length_c	79.120 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	116.17 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	33.590 Å
R 因子 r_factor	0.1593
R_work r_work	0.1580
R_free r_free	0.1851

fit	/app/data/saxs_computation/m5/5m5t/5m5t.fit
pddf	/app/data/pr_computation/m5/5m5t/5m5t.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/m5/5m5t/5m5t.dat

Clathrin heavy chain N-terminal domain bound to a non-natural clathrin-box motif peptide (Amph4T1)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Clathrin heavy chain 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Amphiphysin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)