SAXSdb — 5mq7

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

Aquifex aeolicus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 360	无其他共同聚合物	待复核

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RISB_AQUAE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 0A； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 0B； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 0C； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 0D； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 0E； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 0X； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 1A； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 1B； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 1C； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 1D； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 1E； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 1X； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 2A； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 2B； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 2C； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 2D； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 2E； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 2X； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 3A； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 3B； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 3C； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 3D； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 3E； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 3X； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 4A； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 4B； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 4C； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 4D； PDB构建体 1–154； 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PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 pA； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 pB； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 pC； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 pD； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 pE； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 pX； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 qA； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 qB； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 qC； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 qD； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 qE； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 qX； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 rA； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 rB； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 rC； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 rD； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 rE； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 rX； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 sA； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 sB； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 sC； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 sD； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 sE； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 sX； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 tA； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 tB； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 tC； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 tD； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 tE； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 tX； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 uA； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 uB； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 uC； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 uD； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 uE； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 uX； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 vA； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 vB； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 vC； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 vD； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 vE； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 vX； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 wA； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 wB； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 wC； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 wD； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 wE； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 wX； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 xA； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 xB； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 xC； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 xD； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 xE； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 xX； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5mq7
沉积日期 deposition_date	2016-12-20
结构标题 title	Structure of AaLS-13
关键词 keywords	cryo-EM, porous protein cage, icosahedral symmetry, engineered lumazine synthase, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5mq7__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5mq7__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5mq7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	176.90 Å
总 Rg	176.90 Å
原子数	286920
残基数	57960
排除体积	4657300 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5mq7__assembly_1__model_1`	360-meric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
分子量 formula_weight	17569.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.5.1.78
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	360

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	;0A,0B,0C,0D,0E,0X,1A,1B,1C,1D,1E,1X,2A,2B,2C,2D,2E,2X,3A,3B,3C,3D,3E,3X,4A,4B,4C,4D,4E,4X,5A,5B,5C,5D,5E,5X,6A,6B,6C,6D,6E,6X,7A,7B,7C,7D,7E,7X,8A,8B,8C,8D,8E,8X,9A,9B,9C,9D,9E,9X,AA,AB,AC,AD,AE,AX,BA,BB,BC,BD,BE,BX,CA,CB,CC,CD,CE,CX,DA,DB,DC,DD,DE,DX,EA,EB,EC,ED,EE,EX,FA,FB,FC,FD,FE,FX,GA,GB,GC,GD,GE,GX,HA,HB,HC,HD,HE,HX,IA,IB,IC,ID,IE,IX,JA,JB,JC,JD,JE,JX,KA,KB,KC,KD,KE,KX,LA,LB,LC,LD,LE,LX,MA,MB,MC,MD,ME,MX,NA,NB,NC,ND,NE,NX,OA,OB,OC,OD,OE,OX,PA,PB,PC,PD,PE,PX,QA,QB,QC,QD,QE,QX,RA,RB,RC,RD,RE,RX,SA,SB,SC,SD,SE,SX,TA,TB,TC,TD,TE,TX,UA,UB,UC,UD,UE,UX,VA,VB,VC,VD,VE,VX,WA,WB,WC,WD,WE,WX,XA,XB,XC,XD,XE,XX,YA,YB,YC,YD,YE,YX,ZA,ZB,ZC,ZD,ZE,ZX,aA,aB,aC,aD,aE,aX,bA,bB,bC,bD,bE,bX,cA,cB,cC,cD,cE,cX,dA,dB,dC,dD,dE,dX,eA,eB,eC,eD,eE,eX,fA,fB,fC,fD,fE,fX,gA,gB,gC,gD,gE,gX,hA,hB,hC,hD,hE,hX,iA,iB,iC,iD,iE,iX,jA,jB,jC,jD,jE,jX,kA,kB,kC,kD,kE,kX,lA,lB,lC,lD,lE,lX,mA,mB,mC,mD,mE,mX,nA,nB,nC,nD,nE,nX,oA,oB,oC,oD,oE,oX,pA,pB,pC,pD,pE,pX,qA,qB,qC,qD,qE,qX,rA,rB,rC,rD,rE,rX,sA,sB,sC,sD,sE,sX,tA,tB,tC,tD,tE,tX,uA,uB,uC,uD,uE,uX,vA,vB,vC,vD,vE,vX,wA,wB,wC,wD,wE,wX,xA,xB,xC,xD,xE,xX ;
原子数 atom_count	286920

MEIYEGKLTAEGLRFGIVASRFNHALVGRLVEGAIDCIVRHGGREEDITLVCVPGSWEIPVAAGELARKEDIDAVIAIGVLIEGAEPHFDYIASEVSKGLANLSLELRKPISFGDITDDELEEAIECAGTEHGNKGWEAALSAIEMANLFKSLRLEHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Aquifex aeolicus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	63363
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	5.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	9900

Structure of AaLS-13

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5mq7__assembly_1__model_1

5mq7__assembly_1__model_1 | I(q)

5mq7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

Structure of AaLS-13

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5mq7__assembly_1__model_1

5mq7__assembly_1__model_1 | I(q)

5mq7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)