5nd4

Microtubule-bound MKLP2 motor domain in the presence of ADP.AlFx

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 107.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Kinesin-like protein KIF20A

Mus musculus

UniProt P97329

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 21–521 未记录 Tubulin alpha chain × 1 (F2Z4C1) Tubulin beta-2B chain × 1 (Q6B856) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 TA1 TAXOL × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KI20A_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–501; UniProt 21–521

Tubulin alpha chain

物种未注明

UniProt F2Z4C1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–439 未记录 Kinesin-like protein KIF20A × 1 (P97329) Tubulin beta-2B chain × 1 (Q6B856) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 TA1 TAXOL × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 F2Z4C1_BOVIN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–412; UniProt 2–439

Tubulin beta-2B chain

物种未注明

UniProt Q6B856

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–427 未记录 Kinesin-like protein KIF20A × 1 (P97329) Tubulin alpha chain × 1 (F2Z4C1) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 TA1 TAXOL × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 273 个其他 PDB 条目、275 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TBB2B_BOVIN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–426; UniProt 2–427

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5nd4

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5nd4
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5nd4
沉积日期 deposition_date2017-03-07
结构标题 titleMicrotubule-bound MKLP2 motor domain in the presence of ADP.AlFx
关键词 keywordsKinesin, Mitosis, Microtubules, Motor protein; MOTOR PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.71
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.14
零角强度 I(0) i0292680000.00
分子量 molecular_weight134370.0 kDa
排除体积 excluded_volume166720 ų
包络体积 envelope_volume203860 ų
水化壳体积 shell_volume51057 ų
包络直径 envelope_diameter115.1
壳层 Rg shell_rg40.46
包络 Rg envelope_rg32.29
形状 Rg shape_rg32.15
总 Rg total_rg32.73
总原子数 total_atoms9435
残基数 n_residues1175
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax107.1
Rg (实空间) rg_real32.57
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.68
I(0) (实空间) i0_real2.9270e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.9430e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.64
I(0) (倒空间) i0_reciprocal292700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8928
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary37.9
偏度 Skewness skewness0.237
峰度 Kurtosis kurtosis-0.450
角度范围 angular_range— – 0.2400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha92880000.0000
实空间数据点数 n_real_points49
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.872; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.986

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)