9d2b

Symmetry-expanded reconstruction of augmin T-II bonsai on the microtubule

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 139.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9d2b
沉积日期 deposition_date	2024-08-08
结构标题 title	Symmetry-expanded reconstruction of augmin T-II bonsai on the microtubule
关键词 keywords	Microtubule, augmin, CH, spindle, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.00 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.01 Å
零角强度 I(0) i0	451286000.00
分子量 molecular_weight	171830.0 kDa
排除体积 excluded_volume	213840 Å³
包络体积 envelope_volume	272930 Å³
水化壳体积 shell_volume	57304 Å³
包络直径 envelope_diameter	145.6 Å
壳层 Rg shell_rg	44.61 Å
包络 Rg envelope_rg	41.14 Å
形状 Rg shape_rg	41.01 Å
总 Rg total_rg	41.17 Å
总原子数 total_atoms	12067
残基数 n_residues	1520
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	139.3 Å
Rg (实空间) rg_real	41.15 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.68 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.5130e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.5860e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.01 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	451200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8527
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	39.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.425
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.413
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	128800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.824; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.869; Smooth: 0.741

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Tubulin alpha-1B chain
分子量 formula_weight	50204.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,A
原子数 atom_count	12067

MRECISIHVGQAGVQIGNACWELYCLEHGIQPDGQMPSDKTIGGGDDSFNTFFSETGAGKHVPRAVFVDLEPTVIDEVRTGTYRQLFHPEQLITGKEDAANNYARGHYTIGKEIIDLVLDRIRKLADQCTGLQGFLVFHSFGGGTGSGFTSLLMERLSVDYGKKSKLEFSIYPAPQVSTAVVEPYNSILTTHTTLEHSDCAFMVDNEAIYDICRRNLDIERPTYTNLNRLISQIVSSITASLRFDGALNVDLTEFQTNLVPYPRIHFPLATYAPVISAEKAYHEQLSVAEITNACFEPANQMVKCDPRHGKYMACCLLYRGDVVPKDVNAAIATIKTKRSIQFVDWCPTGFKVGINYQPPTVVPGGDLAKVQRAVCMLSNTTAIAEAWARLDHKFDLMYAKRAFVHWYVGEGMEEGEFSEAREDMAALEKDYEEVGVDSVEGEGEEEGEEY

Entity 2 polymer

描述 description	Tubulin beta-2B chain
分子量 formula_weight	49999.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MREIVHIQAGQCGNQIGAKFWEVISDEHGIDPTGSYHGDSDLQLERINVYYNEATGNKYVPRAILVDLEPGTMDSVRSGPFGQIFRPDNFVFGQSGAGNNWAKGHYTEGAELVDSVLDVVRKESESCDCLQGFQLTHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRIMNTFSVMPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENTDETYCIDNEALYDICFRTLKLTTPTYGDLNHLVSATMSGVTTCLRFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGFAPLTSRGSQQYRALTVPELTQQMFDSKNMMAACDPRHGRYLTVAAIFRGRMSMKEVDEQMLNVQNKNSSYFVEWIPNNVKTAVCDIPPRGLKMSATFIGNSTAIQELFKRISEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATADEQGEFEEEEGEDEA

Entity 3 polymer

描述 description	HAUS augmin like complex subunit 6 L homeolog isoform X1
分子量 formula_weight	33562.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MGSSHHHHHHSGRENLYFQGSMQSGSRPHLAWQREHMWLALQGLGFESGAEAANAGKTLVHVTFGVNMFDKPNKDAFYVVFHFLFGKLDNVRCKEVFRYCWPPLDKKRDAEFRKACCEWLKKISDEVGAGFPQVVASIFLSPGGPKFVHLLYHFARYVMLQHIKRDADAGNVFISEALQSKIQDPQKALARNKLARQKYLKVLQKENLVIEEYQRKAQLLIKQIRDMRSEHVALQNQQKLAEKVDRKISDKDENIQKTRCMWNTIMQMLKEMEKEVDVVDAVVRGNIDQ

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 4 polymer

描述 description	HAUS augmin like complex subunit 7 S homeolog
分子量 formula_weight	31848.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MADPWSHPQFEKGGTGGKELGAAVELYERLQMLSCPCLEGVYLTDPQSIYELLCTPSSHRLDILQWLCSRIYPPVQEQLSSLKESQTDTKVKEIAKLCFDLMLCHFDDLDLIRGHASPFKQISFIGQLLDVIQYPDTISSNVILESLSHSTEKNVVTCIRENEELLKELFSSPHFQATLSPECNPWPADFKPLLNAEESLQKRATQSSKGKDMSNSVEALLEISSSLKALKEECVDLCSSVTDGDKVIQSLRLALTDFHQLTIAFNQIYANEFQWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 5 polymer

描述 description	HAUS augmin-like complex subunit 8
分子量 formula_weight	28742.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MRSMSEAGVAPIEDGSQNSSGGSSGDAALKKSKGGAKVVKSRYMQIGRSKVSKNSLANTTVCSGGKVPERGSGGTPTRRSLAPHKAKITAAVPLPALDGSIFTKEDLQSTLLDGHRIARPDLDLSVINDRTLQKITPRPVVTSEQKKPKRDTTPVNLVPEDMVEMIESQTLLLTYLTIKMQKNLFRLEEKAERNLLLVNDQKDQLQETIHMMKRDLTLLQREERLRDLIEKQDEVLTPVVTSKDPFKDNYTTFATALDST

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 6 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 8 non-polymer

描述 description	PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER
分子量 formula_weight	521.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.08 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	1772567

fit	/app/data/saxs_computation/d2/9d2b/9d2b.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d2/9d2b/9d2b.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d2/9d2b/9d2b.dat

Symmetry-expanded reconstruction of augmin T-II bonsai on the microtubule

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)