5otv

Extracellular domain of GLP-1 receptor in complex with GLP-1 variant Ala8Cyc/Thr11Hcs

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 68.7 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glucagon-like peptide 1 receptor

Homo sapiens

UniProt P43220

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 24–139 片段:extracellular domain, UNP residues 24-139 Glucagon × 1 (P01275) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;Morpheus from Molecular Dimensions, solution E5: 0.12 M Ethylene Glycols, 0.1 M Buffer System 2 pH 7.5, 205 (v/v) PEg500mme, 10% (w/v) PEG20000 分辨率 2.00 Å R-free 0.246
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 24–139 片段:extracellular domain, UNP residues 24-139 Glucagon × 1 (P01275) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;Morpheus from Molecular Dimensions, solution E5: 0.12 M Ethylene Glycols, 0.1 M Buffer System 2 pH 7.5, 205 (v/v) PEg500mme, 10% (w/v) PEG20000 分辨率 2.00 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 69 个其他 PDB 条目、78 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GLP1R_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–116; UniProt 24–139 作者链 C; PDB构建体 1–116; UniProt 24–139

Glucagon

物种未注明

UniProt P01275

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 98–128 突变:A8C, T11HCS 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Glucagon-like peptide 1 receptor × 1 (P43220) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;Morpheus from Molecular Dimensions, solution E5: 0.12 M Ethylene Glycols, 0.1 M Buffer System 2 pH 7.5, 205 (v/v) PEg500mme, 10% (w/v) PEG20000 分辨率 2.00 Å R-free 0.246
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 98–128 突变:A8C, T11HCS 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Glucagon-like peptide 1 receptor × 1 (P43220) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;Morpheus from Molecular Dimensions, solution E5: 0.12 M Ethylene Glycols, 0.1 M Buffer System 2 pH 7.5, 205 (v/v) PEg500mme, 10% (w/v) PEG20000 分辨率 2.00 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 33 个其他 PDB 条目、37 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GLUC_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–31; UniProt 98–128 作者链 D; PDB构建体 1–31; UniProt 98–128

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5otv

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5otv
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5otv
沉积日期 deposition_date2017-08-22
结构标题 titleExtracellular domain of GLP-1 receptor in complex with GLP-1 variant Ala8Cyc/Thr11Hcs
关键词 keywordsglucagon-like peptide 1, GPCR, cyclic peptides, signaling protein; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.37
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.56
零角强度 I(0) i016103600.00
分子量 molecular_weight29514.0 kDa
排除体积 excluded_volume36510 ų
包络体积 envelope_volume49075 ų
水化壳体积 shell_volume19595 ų
包络直径 envelope_diameter70.2
壳层 Rg shell_rg27.44
包络 Rg envelope_rg21.51
形状 Rg shape_rg21.52
总 Rg total_rg22.49
总原子数 total_atoms2084
残基数 n_residues256
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax68.7
Rg (实空间) rg_real22.28
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.46
I(0) (实空间) i0_real1.6100e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1660e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.30
I(0) (倒空间) i0_reciprocal16100000.0000
解质量估计 total_estimate0.9151
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.0
偏度 Skewness skewness0.126
峰度 Kurtosis kurtosis-0.609
角度范围 angular_range— – 0.3550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1288000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.965; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.996

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id5otvA01
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology1240 — Hormone receptor fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain
结构域编号 domain_id5otvC01
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology1240 — Hormone receptor fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)