5r69

XChem group deposition -- Crystal Structure of human YEATS4 in complex with XS038644e

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 73.7 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

YEATS domain-containing protein 4

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 18–190	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ZHA ~{N}-(5-oxidanylidene-7,8-dihydro-6~{H}-naphthalen-2-yl)ethanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M tris pH 7.5, 0.15M lithium sulfate, 40% PEG400	分辨率 1.83 Å R-free 0.248
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 18–190	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ZHA ~{N}-(5-oxidanylidene-7,8-dihydro-6~{H}-naphthalen-2-yl)ethanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M tris pH 7.5, 0.15M lithium sulfate, 40% PEG400	分辨率 1.83 Å R-free 0.248

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5R69	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5R68 XChem group deposition -- Crystal Structure of human YEATS4 in complex with FM000199e 提交 2020-02-29	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 18–190（173 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 RYD (1-methylbenzotriazol-5-yl)methanol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M tris pH 7.5, 0.15M lithium sulfate, 40% PEG400	分辨率 1.64 Å R-free 0.251
5R68 XChem group deposition -- Crystal Structure of human YEATS4 in complex with FM000199e 提交 2020-02-29	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 18–190（173 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 RYD (1-methylbenzotriazol-5-yl)methanol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M tris pH 7.5, 0.15M lithium sulfate, 40% PEG400	分辨率 1.64 Å R-free 0.251
5VNA Crystal structure of human YEATS domain 提交 2017-04-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–148（148 aa）片段：UNP residues 1-148	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.4；290 K；1.24 M ammonium sulfate, 100 mM CHES pH 9.4	分辨率 2.10 Å R-free 0.222
5VNA Crystal structure of human YEATS domain 提交 2017-04-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–148（148 aa）片段：UNP residues 1-148	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.4；290 K；1.24 M ammonium sulfate, 100 mM CHES pH 9.4	分辨率 2.10 Å R-free 0.222
5VNA Crystal structure of human YEATS domain 提交 2017-04-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–148（148 aa）片段：UNP residues 1-148	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.4；290 K；1.24 M ammonium sulfate, 100 mM CHES pH 9.4	分辨率 2.10 Å R-free 0.222
5VNA Crystal structure of human YEATS domain 提交 2017-04-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–148（148 aa）片段：UNP residues 1-148	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.4；290 K；1.24 M ammonium sulfate, 100 mM CHES pH 9.4	分辨率 2.10 Å R-free 0.222
5VNB YEATS in complex with histone H3 提交 2017-04-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–148（148 aa）片段：UNP residues 1-148	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.4；290 K；1.36 M ammonium sulfate, 100 mM CHES pH 9.4	分辨率 2.40 Å R-free 0.248
5VNB YEATS in complex with histone H3 提交 2017-04-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–148（148 aa）片段：UNP residues 1-148	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.4；290 K；1.36 M ammonium sulfate, 100 mM CHES pH 9.4	分辨率 2.40 Å R-free 0.248
5VNB YEATS in complex with histone H3 提交 2017-04-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–148（148 aa）片段：UNP residues 1-148	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.4；290 K；1.36 M ammonium sulfate, 100 mM CHES pH 9.4	分辨率 2.40 Å R-free 0.248
5VNB YEATS in complex with histone H3 提交 2017-04-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–148（148 aa）片段：UNP residues 1-148	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.4；290 K；1.36 M ammonium sulfate, 100 mM CHES pH 9.4	分辨率 2.40 Å R-free 0.248
5XTZ Crystal structure of GAS41 YEATS bound to H3K27ac peptide 提交 2017-06-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 15–159（145 aa）片段：UNP RESIDUES 15-159 链 B 15–159（145 aa）片段：UNP RESIDUES 15-159 链 C 15–159（145 aa）片段：UNP RESIDUES 15-159 链 D 15–159（145 aa）片段：UNP RESIDUES 15-159	未记录	ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；0.1 M sodium acetate trihydrate, pH 4.6, 4.0 M ammonium acetate	分辨率 2.10 Å R-free 0.233
5XTZ Crystal structure of GAS41 YEATS bound to H3K27ac peptide 提交 2017-06-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 15–159（145 aa）片段：UNP RESIDUES 15-159 链 B 15–159（145 aa）片段：UNP RESIDUES 15-159 链 C 15–159（145 aa）片段：UNP RESIDUES 15-159 链 D 15–159（145 aa）片段：UNP RESIDUES 15-159	未记录	ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；0.1 M sodium acetate trihydrate, pH 4.6, 4.0 M ammonium acetate	分辨率 2.10 Å R-free 0.233
5Y8V Crystal structure of GAS41 提交 2017-08-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 21–160（140 aa）片段：UNP residues 21-160	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6；291 K；0.1M MES pH 6.5, 1.6M MgSO4	分辨率 2.61 Å R-free 0.280
5Y8V Crystal structure of GAS41 提交 2017-08-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–160（140 aa）片段：UNP residues 21-160	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6；291 K；0.1M MES pH 6.5, 1.6M MgSO4	分辨率 2.61 Å R-free 0.280
5Y8V Crystal structure of GAS41 提交 2017-08-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 21–160（140 aa）片段：UNP residues 21-160	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6；291 K；0.1M MES pH 6.5, 1.6M MgSO4	分辨率 2.61 Å R-free 0.280
5Y8V Crystal structure of GAS41 提交 2017-08-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 21–160（140 aa）片段：UNP residues 21-160	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6；291 K；0.1M MES pH 6.5, 1.6M MgSO4	分辨率 2.61 Å R-free 0.280
7EIF Crystal structure of GAS41 YEATS domain 提交 2021-03-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–159（141 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM Bis-Tris buffer (pH 5.9) containing 3.3 M NaCl	分辨率 1.58 Å R-free 0.158
7JFY GAS41 YEATS domain in complex with 5 提交 2020-07-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–148（148 aa）链 B 1–148（148 aa）链 C 1–148（148 aa）链 D 1–148（148 aa）	未记录	V91 N-(5-{3-[(2S)-1,3-thiazolidin-2-yl]azetidine-1-carbonyl}thiophen-2-yl)-L-prolinamide × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；277 K；0.1 M Tris, pH 7.3, 0.2 M magnesium chloride, 2.2 M sodium chloride	分辨率 2.10 Å R-free 0.264
8DKB Crystal Structure of human YEATS4 in complex with Pfizer small molecule compound 3b 提交 2022-07-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–149（149 aa）	未记录	SJI N-ethyl-1-{(3S,4S)-1-[(1-hydroxycyclohexyl)methyl]-3-methylpiperidin-4-yl}-2-methyl-1H-benzimidazole-5-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.6), 2% (v/v) tacsimate (pH 5.0), and 16% PEG 3350, 0.1M Ammonium sulfate	分辨率 2.58 Å R-free 0.226
8DKB Crystal Structure of human YEATS4 in complex with Pfizer small molecule compound 3b 提交 2022-07-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–149（149 aa）	未记录	SJI N-ethyl-1-{(3S,4S)-1-[(1-hydroxycyclohexyl)methyl]-3-methylpiperidin-4-yl}-2-methyl-1H-benzimidazole-5-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.6), 2% (v/v) tacsimate (pH 5.0), and 16% PEG 3350, 0.1M Ammonium sulfate	分辨率 2.58 Å R-free 0.226
8DKB Crystal Structure of human YEATS4 in complex with Pfizer small molecule compound 3b 提交 2022-07-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–149（149 aa）	未记录	SJI N-ethyl-1-{(3S,4S)-1-[(1-hydroxycyclohexyl)methyl]-3-methylpiperidin-4-yl}-2-methyl-1H-benzimidazole-5-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.6), 2% (v/v) tacsimate (pH 5.0), and 16% PEG 3350, 0.1M Ammonium sulfate	分辨率 2.58 Å R-free 0.226
8DKB Crystal Structure of human YEATS4 in complex with Pfizer small molecule compound 3b 提交 2022-07-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–149（149 aa）	未记录	SJI N-ethyl-1-{(3S,4S)-1-[(1-hydroxycyclohexyl)methyl]-3-methylpiperidin-4-yl}-2-methyl-1H-benzimidazole-5-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.6), 2% (v/v) tacsimate (pH 5.0), and 16% PEG 3350, 0.1M Ammonium sulfate	分辨率 2.58 Å R-free 0.226
8DKB Crystal Structure of human YEATS4 in complex with Pfizer small molecule compound 3b 提交 2022-07-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 1–149（149 aa）	未记录	SJI N-ethyl-1-{(3S,4S)-1-[(1-hydroxycyclohexyl)methyl]-3-methylpiperidin-4-yl}-2-methyl-1H-benzimidazole-5-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.6), 2% (v/v) tacsimate (pH 5.0), and 16% PEG 3350, 0.1M Ammonium sulfate	分辨率 2.58 Å R-free 0.226
8DKB Crystal Structure of human YEATS4 in complex with Pfizer small molecule compound 3b 提交 2022-07-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 1–149（149 aa）	未记录	SJI N-ethyl-1-{(3S,4S)-1-[(1-hydroxycyclohexyl)methyl]-3-methylpiperidin-4-yl}-2-methyl-1H-benzimidazole-5-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.6), 2% (v/v) tacsimate (pH 5.0), and 16% PEG 3350, 0.1M Ammonium sulfate	分辨率 2.58 Å R-free 0.226
8DKB Crystal Structure of human YEATS4 in complex with Pfizer small molecule compound 3b 提交 2022-07-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 1–149（149 aa）	未记录	SJI N-ethyl-1-{(3S,4S)-1-[(1-hydroxycyclohexyl)methyl]-3-methylpiperidin-4-yl}-2-methyl-1H-benzimidazole-5-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.6), 2% (v/v) tacsimate (pH 5.0), and 16% PEG 3350, 0.1M Ammonium sulfate	分辨率 2.58 Å R-free 0.226
8DKB Crystal Structure of human YEATS4 in complex with Pfizer small molecule compound 3b 提交 2022-07-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 H 1–149（149 aa）	未记录	SJI N-ethyl-1-{(3S,4S)-1-[(1-hydroxycyclohexyl)methyl]-3-methylpiperidin-4-yl}-2-methyl-1H-benzimidazole-5-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.6), 2% (v/v) tacsimate (pH 5.0), and 16% PEG 3350, 0.1M Ammonium sulfate	分辨率 2.58 Å R-free 0.226
8I60 Crystal structure of GAS41 YEATS domain in complex with histone H3K27cr 提交 2023-01-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 11–150（140 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；288 K；Ammonium sulfate	分辨率 2.30 Å R-free 0.291
8I60 Crystal structure of GAS41 YEATS domain in complex with histone H3K27cr 提交 2023-01-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 11–150（140 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；288 K；Ammonium sulfate	分辨率 2.30 Å R-free 0.291
8IIY Crystal structure of MBP fused GAS41 YEATS domain in complex with H3K14ac peptide 提交 2023-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 19–159（141 aa）	突变：D108A, K109A, E198A, N199A, K265A	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM Tris buffer (pH 8.5) containing 20% (w/v) PEG monomethyl ether 2000, 200 mM trimethylamine N-oxide	分辨率 2.15 Å R-free 0.247
8IIZ Crystal structure of MBP fused GAS41 YEATS domain in complex with H3K27ac peptide 提交 2023-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 19–159（141 aa）	突变：D108A, K109A, E198A, N199A, K265A	GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM Tris buffer (pH 8.5) containing 20% (w/v) PEG monomethyl ether 2000, 200 mM trimethylamine N-oxide	分辨率 2.10 Å R-free 0.301
8IJ0 Crystal structure of GAS41 YEATS domain in complex with H3K9ac peptide 提交 2023-02-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 19–159（141 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 3 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM Na-HEPES buffer (pH 7.5) containing 5% (w/v) PEG 400 and 2 M ammonium sulfate	分辨率 1.52 Å R-free 0.189
8IJ0 Crystal structure of GAS41 YEATS domain in complex with H3K9ac peptide 提交 2023-02-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 19–159（141 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 3 SO4 SULFATE ION × 4 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM Na-HEPES buffer (pH 7.5) containing 5% (w/v) PEG 400 and 2 M ammonium sulfate	分辨率 1.52 Å R-free 0.189
8X15 Structure of nucleosome-bound SRCAP-C in the apo state 提交 2023-11-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：25-meric	链 W 1–227（227 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8X19 Structure of nucleosome-bound SRCAP-C in the ADP-BeFx-bound state 提交 2023-11-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：25-meric	链 W 1–227（227 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8X1C Structure of nucleosome-bound SRCAP-C in the ADP-bound state 提交 2023-11-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：25-meric	链 W 1–227（227 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9O4Y GAS41 YEATS domain in complex with DLG-1 提交 2025-04-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–148（148 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 SO4 SULFATE ION × 1 A1B9P N-[5-(3-{(5M)-5-[3-(aminomethyl)phenyl]-1,3-thiazol-2-yl}azetidine-1-carbonyl)thiophen-2-yl]-L-prolinamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；1260 mM Ammonium sulfate, 100 mM HEPES, pH 7.5, 25% Glycerol	分辨率 2.30 Å R-free 0.258
9O4Y GAS41 YEATS domain in complex with DLG-1 提交 2025-04-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–148（148 aa）	未记录	A1B9P N-[5-(3-{(5M)-5-[3-(aminomethyl)phenyl]-1,3-thiazol-2-yl}azetidine-1-carbonyl)thiophen-2-yl]-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；1260 mM Ammonium sulfate, 100 mM HEPES, pH 7.5, 25% Glycerol	分辨率 2.30 Å R-free 0.258
9O4Y GAS41 YEATS domain in complex with DLG-1 提交 2025-04-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–148（148 aa）	未记录	A1B9P N-[5-(3-{(5M)-5-[3-(aminomethyl)phenyl]-1,3-thiazol-2-yl}azetidine-1-carbonyl)thiophen-2-yl]-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；1260 mM Ammonium sulfate, 100 mM HEPES, pH 7.5, 25% Glycerol	分辨率 2.30 Å R-free 0.258
9O4Y GAS41 YEATS domain in complex with DLG-1 提交 2025-04-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–148（148 aa）	未记录	A1B9P N-[5-(3-{(5M)-5-[3-(aminomethyl)phenyl]-1,3-thiazol-2-yl}azetidine-1-carbonyl)thiophen-2-yl]-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；1260 mM Ammonium sulfate, 100 mM HEPES, pH 7.5, 25% Glycerol	分辨率 2.30 Å R-free 0.258
9X8S Crystal structure of the human GAS41 YEATS domain in complex with an acetylated YFV capsid peptide (K4ac) 提交 2025-10-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 15–146（132 aa）链 B 15–146（132 aa）链 C 15–146（132 aa）链 D 15–146（132 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；Sodium sulfate , Bis-Tris propane (pH= 6.5), PEG 3350	分辨率 1.70 Å R-free 0.206
9X8U Crystal structure of the human GAS41 YEATS domain in complex with an acetylated YFV capsid peptide (K8ac) 提交 2025-10-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 15–145（131 aa）链 B 15–145（131 aa）链 C 15–145（131 aa）链 D 15–145（131 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；Sodium sulfate , Bis-Tris propane (pH= 6.5), PEG 3350	分辨率 3.00 Å R-free 0.266

共 18 个其他 PDB 条目、41 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	YETS4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–174； UniProt 18–190 作者链 B； PDB构建体 2–174； UniProt 18–190

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5r69
沉积日期 deposition_date	2020-02-29
结构标题 title	XChem group deposition -- Crystal Structure of human YEATS4 in complex with XS038644e
关键词 keywords	SGC - Diamond I04-1 fragment screening, PanDDA, XChemExplorer, HISTONE READER, YEATS DOMAIN, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.49 Å
零角强度 I(0) i0	15278600.00
分子量 molecular_weight	31528.0 kDa
排除体积 excluded_volume	40290 Å³
包络体积 envelope_volume	48485 Å³
水化壳体积 shell_volume	19346 Å³
包络直径 envelope_diameter	75.2 Å
壳层 Rg shell_rg	27.69 Å
包络 Rg envelope_rg	21.50 Å
形状 Rg shape_rg	21.44 Å
总 Rg total_rg	22.57 Å
总原子数 total_atoms	2233
残基数 n_residues	265
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	73.7 Å
Rg (实空间) rg_real	22.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.39 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5280e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0440e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	15280000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9000
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.214
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.441
角度范围 angular_range	— – 0.3500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3984000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.907; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.983

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	YEATS domain-containing protein 4
分子量 formula_weight	21306.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A
原子数 atom_count	2372

MGVTIVKPIVYGNVARYFGKKREEDGHTHQWTVYVKPYRNEDMSAYVKKIQFKLHESYGNPLRVVTKPPYEITETGWGEFEIIIKIFFIDPNERPVTLYHLLKLFQSDTNAMLGKKTVVSEFYDEMIFQDPTAMMQQLLTTSRQLTLGAYKHETEFAELEVKTREKLEAAKKKTAHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	~{N}-(5-oxidanylidene-7,8-dihydro-6~{H}-naphthalen-2-yl)ethanamide
分子量 formula_weight	203.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	127

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d5r69a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.7 — C2 domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.7.1 — C2 domain (Calcium/lipid-binding domain, CaLB)
家族 Family family	b.7.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5r69b_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.7 — C2 domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.7.1 — C2 domain (Calcium/lipid-binding domain, CaLB)
家族 Family family	b.7.1.0 — automated matches

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	45.600 Å
晶胞边长 b length_b	47.440 Å
晶胞边长 c length_c	58.450 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	67.58 °
晶胞夹角 β angle_beta	68.56 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	69.02 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.830 Å
最低分辨率 resolution_low	42.450 Å
R 因子 r_factor	0.2296
R_work r_work	0.2286
R_free r_free	0.2476

fit	/app/data/saxs_computation/r6/5r69/5r69.fit
pddf	/app/data/pr_computation/r6/5r69/5r69.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/r6/5r69/5r69.dat