5unf

XFEL structure of human angiotensin II type 2 receptor (Monoclinic form) in complex with compound 1 (N-benzyl-N-(2-ethyl-4-oxo-3-{[2'-(2H-tetrazol-5-yl)[1,1'-biphenyl]-4-yl])

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 108.4 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chimera protein of Type-2 angiotensin II receptor and Soluble cytochrome b562

Homo sapiens

UniProt P0ABE7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 23–128 链 B; UniProt 23–128 片段:UNP P0ABE7 residues 23-128 and UNP P50052 35-335 linked via LINKER resdiues GSGS 突变:M1007W, H1102I, R1106L 8ES N-benzyl-N-(2-ethyl-4-oxo-3-{[2'-(2H-tetrazol-5-yl)[1,1'-biphenyl]-4-yl]methyl}-3,4-dihydroquinazolin-6-yl)thiophene-2-carboxamide × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;pH 8;293 K;100 mM Tris-HCl, pH 8.0, 25 mM potassium formate, 25% (v/v) PEG400, and 0.3% (v/v) (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol 分辨率 2.80 Å R-free 0.256

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 714 个其他 PDB 条目、822 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 C562_ECOLX
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–106; UniProt 23–128 作者链 B; PDB构建体 1–106; UniProt 23–128

Chimera protein of Type-2 angiotensin II receptor and Soluble cytochrome b562

Homo sapiens

UniProt P50052

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 35–335 链 B; UniProt 35–335 片段:UNP P0ABE7 residues 23-128 and UNP P50052 35-335 linked via LINKER resdiues GSGS 突变:M1007W, H1102I, R1106L 8ES N-benzyl-N-(2-ethyl-4-oxo-3-{[2'-(2H-tetrazol-5-yl)[1,1'-biphenyl]-4-yl]methyl}-3,4-dihydroquinazolin-6-yl)thiophene-2-carboxamide × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;pH 8;293 K;100 mM Tris-HCl, pH 8.0, 25 mM potassium formate, 25% (v/v) PEG400, and 0.3% (v/v) (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol 分辨率 2.80 Å R-free 0.256

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AGTR2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 111–411; UniProt 35–335 作者链 B; PDB构建体 111–411; UniProt 35–335

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5unf

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5unf
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5unf
沉积日期 deposition_date2017-01-30
结构标题 titleXFEL structure of human angiotensin II type 2 receptor (Monoclinic form) in complex with compound 1 (N-benzyl-N-(2-ethyl-4-oxo-3-{[2'-(2H-tetrazol-5-yl)[1,1'-biphenyl]-4-yl])
关键词 keywords;human Angiotensin II receptor complex, GPCR signaling, GPCR, BRIL, membrane protein, LCP, XFEL, blood pressure regulation, monoclinic crystal, compound 1 (cpd 1), SIGNALING PROTEIN ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.12
回转半径 Rg (电子) rg_electron31.81
零角强度 I(0) i0104916000.00
分子量 molecular_weight88504.0 kDa
排除体积 excluded_volume113670 ų
包络体积 envelope_volume147250 ų
水化壳体积 shell_volume38930 ų
包络直径 envelope_diameter117.1
壳层 Rg shell_rg38.41
包络 Rg envelope_rg31.86
形状 Rg shape_rg31.79
总 Rg total_rg32.50
总原子数 total_atoms6243
残基数 n_residues785
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax108.4
Rg (实空间) rg_real33.11
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.90
I(0) (实空间) i0_real1.0490e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7070e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal33.12
I(0) (倒空间) i0_reciprocal104900000.0000
解质量估计 total_estimate0.7047
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary40.7
偏度 Skewness skewness0.273
峰度 Kurtosis kurtosis-0.485
角度范围 angular_range— – 0.2400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha12650000.0000
实空间数据点数 n_real_points49
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.929; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.145; Positv: 1.000; Valcen: 0.981; Smooth: 0.954

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id5unfA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c/b562
结构域编号 domain_id5unfB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c/b562
结构域编号 domain_id5unfB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1070 — Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)