5wg5

Human GRK2 in complex with Gbetagamma subunits and CCG224061

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 145.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-adrenergic receptor kinase 1

Homo sapiens

UniProt P25098

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–689 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62871) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63212) ZSO 5-{[(3S,4R)-4-(4-fluorophenyl)piperidin-3-yl]methoxy}-2H-indazole × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;277 K;50 mM MES pH 6, 8-15% PEG3350, 0.8-1.2 M NaCl 分辨率 3.10 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 19 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 ARBK1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–689; UniProt 1–689

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

Bos taurus

UniProt P62871

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–340 未记录 Beta-adrenergic receptor kinase 1 × 1 (P25098) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63212) ZSO 5-{[(3S,4R)-4-(4-fluorophenyl)piperidin-3-yl]methoxy}-2H-indazole × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;277 K;50 mM MES pH 6, 8-15% PEG3350, 0.8-1.2 M NaCl 分辨率 3.10 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 72 个其他 PDB 条目、73 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 GBB1_BOVIN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–340; UniProt 1–340

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

Bos taurus

UniProt P63212

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–71 突变:C68S Beta-adrenergic receptor kinase 1 × 1 (P25098) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62871) ZSO 5-{[(3S,4R)-4-(4-fluorophenyl)piperidin-3-yl]methoxy}-2H-indazole × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;277 K;50 mM MES pH 6, 8-15% PEG3350, 0.8-1.2 M NaCl 分辨率 3.10 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 215 个其他 PDB 条目、216 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 GBG2_BOVIN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–71; UniProt 1–71

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5wg5

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5wg5
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5wg5
沉积日期 deposition_date2017-07-13
结构标题 titleHuman GRK2 in complex with Gbetagamma subunits and CCG224061
关键词 keywords;beta-adrenergic receptor kinase 1 guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2, TRANSFERASE ;; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier42.32
回转半径 Rg (电子) rg_electron42.39
零角强度 I(0) i0208579000.00
分子量 molecular_weight116430.0 kDa
排除体积 excluded_volume145140 ų
包络体积 envelope_volume203870 ų
水化壳体积 shell_volume42366 ų
包络直径 envelope_diameter147.4
壳层 Rg shell_rg44.44
包络 Rg envelope_rg41.70
形状 Rg shape_rg42.38
总 Rg total_rg42.52
总原子数 total_atoms8175
残基数 n_residues1019
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax145.1
Rg (实空间) rg_real42.66
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.53
I(0) (实空间) i0_real2.0860e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.7730e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal42.33
I(0) (倒空间) i0_reciprocal208500000.0000
解质量估计 total_estimate0.8073
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary31.4
偏度 Skewness skewness0.432
峰度 Kurtosis kurtosis-0.678
角度范围 angular_range— – 0.1850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0003
最高正则化参数 α highest_alpha24500000.0000
实空间数据点数 n_real_points38
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.682; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.676; Smooth: 0.769

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_idd5wg5a1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.91 — Regulator of G-protein signaling, RGS
超家族 Superfamily superfamilya.91.1 — Regulator of G-protein signaling, RGS
家族 Family familya.91.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5wg5a2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit
结构域编号 domain_idd5wg5a3
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.55.1 — PH domain-like
家族 Family familyb.55.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5wg5b_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamilyb.69.4 — WD40 repeat-like
家族 Family familyb.69.4.1 — WD40-repeat
结构域编号 domain_idd5wg5g_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.137 — Non-globular all-alpha subunits of globular proteins
超家族 Superfamily superfamilya.137.3 — Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain
家族 Family familya.137.3.1 — Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id5wg5A01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1270
结构域编号 domain_id5wg5A02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology167 — Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2
结构域编号 domain_id5wg5A03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id5wg5A04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
结构域编号 domain_id5wg5A05
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)
结构域编号 domain_id5wg5B00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
结构域编号 domain_id5wg5G00
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology260 — G Protein Gi Gamma 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)