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5y36

Cryo-EM structure of SpCas9-sgRNA-DNA ternary complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 146.4 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1

Streptococcus pyogenes serotype M1

UniProt Q99ZW2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 单体 蛋白 × 1 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 1–1368 突变：D10A, H840A single-guide RNA × 1 complementary DNA strand × 1 non-complementary DNA strand × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；20mM Tris-Cl (pH 7.5), 100mM KCl, 5mM MgCl2, 1mM DTT cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before pluging 分辨率 5.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

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其他 PDB 相对当前条目 5Y36 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4CMP Crystal structure of S. pyogenes Cas9 提交 2014-01-16 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–1368（1368 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS PH 8.5, 0.3 M LITHIUM SULFATE, 15% PEG 3350
分辨率 2.62 Å R-free 0.286
4CMP Crystal structure of S. pyogenes Cas9 提交 2014-01-16 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–1368（1368 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS PH 8.5, 0.3 M LITHIUM SULFATE, 15% PEG 3350
分辨率 2.62 Å R-free 0.286
4CMQ Crystal structure of Mn-bound S.pyogenes Cas9 提交 2014-01-17 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–1368（1368 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 7 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS 8.5, 0.3 M LITHIUM SULFATE, 15% PEG 3350 SOAKED IN MOTHER LIQUOR SUPPLEMENTED WITH 20 MM MNCL2
分辨率 3.09 Å R-free 0.277
4CMQ Crystal structure of Mn-bound S.pyogenes Cas9 提交 2014-01-17 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–1368（1368 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 6 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS 8.5, 0.3 M LITHIUM SULFATE, 15% PEG 3350 SOAKED IN MOTHER LIQUOR SUPPLEMENTED WITH 20 MM MNCL2
分辨率 3.09 Å R-free 0.277
4OO8 Crystal structure of Streptococcus pyogenes Cas9 in complex with guide RNA and target DNA 提交 2014-01-31 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1368（1368 aa）
突变：D10A/C80L/H840A/C574E 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；12% PEG 3350, 100mM Tris-HCl, 200mM ammonium acetate, 150mM NaCl, 100mM NDSB-256, pH 8.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.254
4OO8 Crystal structure of Streptococcus pyogenes Cas9 in complex with guide RNA and target DNA 提交 2014-01-31 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 D 1–1368（1368 aa）
突变：D10A/C80L/H840A/C574E 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；12% PEG 3350, 100mM Tris-HCl, 200mM ammonium acetate, 150mM NaCl, 100mM NDSB-256, pH 8.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.254
4UN3 Crystal structure of Cas9 bound to PAM-containing DNA target 提交 2014-05-25 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1368（1368 aa）
突变：YES MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS-ACETATE PH 8.5, 0.3 M KSCN, 15% (W/V) PEG 3350
分辨率 2.59 Å R-free 0.252
4UN4 Crystal structure of Cas9 bound to PAM-containing DNA target with mismatches at positions 1-2 提交 2014-05-25 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric
链 B 1–1368（1368 aa）
突变：YES MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS-ACETATE, PH 8.5, 0.3 M KSCN, 15% (W/V) PEG 3350
分辨率 2.37 Å R-free 0.248
4UN5 Crystal structure of Cas9 bound to PAM-containing DNA target containing mismatches at positions 1-3 提交 2014-05-25 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric
链 B 1–1368（1368 aa）
突变：YES MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS-ACETATE PH 8.5, 0.3 M KSCN, 15% PEG (W/V) 3350
分辨率 2.40 Å R-free 0.246
5B2R Crystal structure of the Streptococcus pyogenes Cas9 VQR variant in complex with sgRNA and target DNA (TGA PAM) 提交 2016-02-02 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1368（1368 aa）
突变：D10A, C80L, C574E, H840A, D1135V, R1335Q, T1337R K POTASSIUM ION × 11 MG MAGNESIUM ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；15-17% PEG 3350, 0.4 M KSCN, 0.1 M Tris-acetate
分辨率 2.00 Å R-free 0.230
5B2S Crystal structure of the Streptococcus pyogenes Cas9 EQR variant in complex with sgRNA and target DNA (TGAG PAM) 提交 2016-02-02 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1368（1368 aa）
突变：D10A, C80L, C574E, H840A, D1135E, R1335Q, T1337R K POTASSIUM ION × 11 MG MAGNESIUM ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；15-17% PEG 3350, 0.4 M KSCN, 0.1 M Tris-acetate
分辨率 2.20 Å R-free 0.231
5B2T Crystal structure of the Streptococcus pyogenes Cas9 VRER variant in complex with sgRNA and target DNA (TGCG PAM) 提交 2016-02-02 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1368（1368 aa）
突变：D10A, C80L, C574E, H840A, D1135V, G1218R, R1335E, T1337R K POTASSIUM ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；15-17% PEG 3350, 0.4 M KSCN, 0.1 M Tris-acetate
分辨率 2.20 Å R-free 0.223
5F9R Crystal structure of catalytically-active Streptococcus pyogenes CRISPR-Cas9 in complex with single-guided RNA and double-stranded DNA primed for target DNA cleavage 提交 2015-12-10 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1368（1368 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；1.8 M ammonium sulfate, 100 mM Tris-HCl pH8.0 and 10 mM EDTA
分辨率 3.40 Å R-free 0.299
5FQ5 Crystal structure of Cas9-sgRNA-DNA complex solved by native SAD phasing 提交 2015-12-07 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric
链 B 1–1368（1368 aa）
突变：YES MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 13 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS-ACETATE PH 8.5, 0.3 M KSCN, 15% PEG (W/V) 3350
分辨率 2.14 Å R-free 0.225
5FW1 Crystal structure of SpyCas9 variant VQR bound to sgRNA and TGAG PAM target DNA 提交 2016-02-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1368（1368 aa）
突变：YES K POTASSIUM ION × 13 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS PH 8.5, 0.3 M KSCN, 15% (W/V) PEG 3400
分辨率 2.50 Å R-free 0.254
5FW2 Crystal structure of SpCas9 variant EQR bound to sgRNA and TGAG PAM target DNA 提交 2016-02-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1368（1368 aa）
突变：YES MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 10 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS PH 8.5 0.3M KSCN 15% (W/V) PEG 3400
分辨率 2.68 Å R-free 0.231
5FW3 Crystal structure of SpCas9 variant VRER bound to sgRNA and TGCG PAM target DNA 提交 2016-02-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1368（1368 aa）
突变：YES MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 11 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS PH 8.5 0.3M KSCN 15% (W/V) PEG 3400
分辨率 2.70 Å R-free 0.242
5VW1 Crystal structure of SpyCas9-sgRNA-AcrIIA4 ternary complex 提交 2017-05-21 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1368（1368 aa）
突变：D10A/H840A PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.2；293 K；0.1 M HEPES (pH 7.5), and 15% PEG3350 (v/v)
分辨率 2.60 Å R-free 0.226
5XBL Structure of nuclease in complex with associated protein 提交 2017-03-20 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1368（1368 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Tris-HCl, pH 6.5, 0.2 M MgCl2 and 14% (w/v) Polyethylene glycol (PEG) 4000
分辨率 3.05 Å R-free 0.277
6AEB Crystal structure of xCas9 in complex with sgRNA and target DNA (AAG PAM) 提交 2018-08-04 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1368（1368 aa）
突变：D10A, A263T, R324L, S409I, E480K, E543D, M694I, H840A, E1219V 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Hepes, PH 7.5, 0.2M Ammonium sulfate, 10% ispropanol, and 16% (w/v) PEG4000
分辨率 3.00 Å R-free 0.283
6AEB Crystal structure of xCas9 in complex with sgRNA and target DNA (AAG PAM) 提交 2018-08-04 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 F 1–1368（1368 aa）
突变：D10A, A263T, R324L, S409I, E480K, E543D, M694I, H840A, E1219V 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Hepes, PH 7.5, 0.2M Ammonium sulfate, 10% ispropanol, and 16% (w/v) PEG4000
分辨率 3.00 Å R-free 0.283
6AEG Crystal structure of xCas9 in complex with sgRNA and target DNA (GAT PAM) 提交 2018-08-04 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1368（1368 aa）
突变：D10A, A263T, R324L, S409I, E480K, E543D, M694I, H840A, E1219V 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Hepes, pH 7.5, 0.2M Ammonium sulfate, 10% ispropanol, 16% (w/v) PEG4000, 30%(v/v) (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol
分辨率 2.70 Å R-free 0.263
6AI6 Crystal structure of SpCas9-NG 提交 2018-08-21 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1368（1368 aa）
突变：N863A, L1111R, D1135V, G1218R, E1219F, A1322R, R1355V, T1357R K POTASSIUM ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；Tris-acetate, pH 8.0, KSCN, PEG 3350
分辨率 2.70 Å R-free 0.243
6IFO Crystal structure of AcrIIA2-SpyCas9-sgRNA ternary complex 提交 2018-09-20 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1368（1368 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；289 K；0.1 M Bis-Tris, pH 6.0, 15% PEG 20000
分辨率 3.31 Å R-free 0.268
6IFO Crystal structure of AcrIIA2-SpyCas9-sgRNA ternary complex 提交 2018-09-20 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 B 1–1368（1368 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；289 K；0.1 M Bis-Tris, pH 6.0, 15% PEG 20000
分辨率 3.31 Å R-free 0.268
6K3Z Crystal structure of dCas9 in complex with sgRNA and DNA (TGA PAM) 提交 2019-05-22 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1368（1368 aa）
突变：H840A, D10A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；289 K；0.2M Ammonium phosphate dibasic, 20%(w/v) Polyethylene glycol 3,350
分辨率 3.20 Å R-free 0.276
6K4P Crystal structure of xCas9 in complex with sgRNA and DNA (TGG PAM) 提交 2019-05-25 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1368（1368 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；289 K；0.2M Ammonium phosphate dibasic, 20%(w/v) Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.90 Å R-free 0.269
6K4Q Crystal structure of xCas9 in complex with sgRNA and DNA (CGG PAM) 提交 2019-05-26 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1368（1368 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；289 K；0.2M Ammonium phosphate dibasic, 20%(w/v) Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.70 Å R-free 0.275
6K4S Crystal structure of xCas9 in complex with sgRNA and DNA (TGC PAM) 提交 2019-05-26 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1368（1368 aa）
突变：D10A, C80L, A262T, R324L, S409T, E480K, E543D, C574E, M694I, H840A, E1219V 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；289 K；0.2 M Ammonium phosphate dibasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 3.01 Å R-free 0.285
6K4U Crystal structure of xCas9 in complex with sgRNA and DNA (TGA PAM) 提交 2019-05-27 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1368（1368 aa）
突变：D10A, A262T, R324L, S409T, E480K, E543D, M694I, H840A, E1219V 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；289 K；0.2 M Ammonium phosphate dibasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 3.20 Å R-free 0.282
6K57 Crystal structure of dCas9 in complex with sgRNA and DNA (CGA PAM) 提交 2019-05-28 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1368（1368 aa）
突变：D10A, H840A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；289 K；0.2M Ammonium phosphate dibasic, 20%(w/v) Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.98 Å R-free 0.274
6O0X Conformational states of Cas9-sgRNA-DNA ternary complex in the presence of magnesium 提交 2019-02-17 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1368（1368 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.28 Å
6O0Y Conformational states of Cas9-sgRNA-DNA ternary complex in the presence of magnesium 提交 2019-02-17 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1368（1368 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.37 Å
6O0Z Conformational states of Cas9-sgRNA-DNA ternary complex in the presence of magnesium 提交 2019-02-17 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1368（1368 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
6O56 HNH Nuclease from S. pyogenes Cas9 提交 2019-03-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 775–908（134 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M [imidazole and MES] pH 6.5, 25% (v/v) [2-methyl-2,4-pentanediol, PEG1000, and PEG3350], 0.3 M [diethylene glycol, triethylene glycol, tetraethylene glycol, pentaethlyene glycol]
分辨率 1.90 Å R-free 0.253
6O56 HNH Nuclease from S. pyogenes Cas9 提交 2019-03-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 775–908（134 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M [imidazole and MES] pH 6.5, 25% (v/v) [2-methyl-2,4-pentanediol, PEG1000, and PEG3350], 0.3 M [diethylene glycol, triethylene glycol, tetraethylene glycol, pentaethlyene glycol]
分辨率 1.90 Å R-free 0.253
7OX7 Target-bound SpCas9 complex with TRAC chimeric RNA-DNA guide 提交 2021-06-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1368（1368 aa）
突变：D10A, H840A MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 14 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris-acetate pH 8.5, 0.3-0.5 M KSCN, 17-19% PEG3350
分辨率 2.60 Å R-free 0.229
7OX8 Target-bound SpCas9 complex with TRAC full RNA guide 提交 2021-06-22 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1368（1368 aa）
突变：D10A, H840A MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris-acetate pH 8.5, 0.3-0.5 M KSCN, 17-19% PEG3350
分辨率 2.75 Å R-free 0.248
7OX9 Target-bound SpCas9 complex with AAVS1 all-RNA guide 提交 2021-06-22 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1368（1368 aa）
突变：D10A, H840A MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 11 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris-acetate pH 8.5, 0.3-0.5 M KSCN, 17-19% PEG3350
分辨率 2.45 Å R-free 0.233
7OXA Target-bound SpCas9 complex with AAVS1 chimeric RNA-DNA guide 提交 2021-06-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1368（1368 aa）
突变：D10A, H840A MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 14 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris-acetate pH 8.5, 0.3-0.5 M KSCN, 17-19% PEG3350
分辨率 2.15 Å R-free 0.226
7QQO SpCas9 bound to AAVS1 off-target1 DNA substrate 提交 2022-01-10 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1368（1368 aa）
突变：D10A, H840A MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris-acetate pH 8.5, 0.3-0.5 M KSCN, 17-19% PEG3350
分辨率 3.00 Å R-free 0.247
7QQP SpCas9 bound to AAVS1 off-target3 DNA substrate 提交 2022-01-10 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1368（1368 aa）
突变：D10A, H840A MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 10 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris-acetate pH 8.5, 0.3-0.5 M KSCN, 17-19% PEG3350
分辨率 2.60 Å R-free 0.225
7QQQ SpCas9 bound to AAVS1 off-target4 DNA substrate 提交 2022-01-10 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1368（1368 aa）
突变：D10A, H840A MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 13 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris-acetate pH 8.5, 0.3-0.5 M KSCN, 17-19% PEG3350
分辨率 2.65 Å R-free 0.235
7QQR SpCas9 bound to AAVS1 off-target5 DNA substrate 提交 2022-01-10 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1368（1368 aa）
突变：D10A, H840A MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 13 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris-acetate pH 8.5, 0.3-0.5 M KSCN, 17-19% PEG3350
分辨率 2.75 Å R-free 0.231
7QQS SpCas9 bound to FANCF on-target DNA substrate 提交 2022-01-10 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1368（1368 aa）
突变：D10A, H840A MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 10 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris-acetate pH 8.5, 0.3-0.5 M KSCN, 17-19% PEG3350
分辨率 2.40 Å R-free 0.229
7QQT SpCas9 bound to FANCF off-target1 DNA substrate 提交 2022-01-10 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1368（1368 aa）
突变：D10A, H840A MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 10 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris-acetate pH 8.5, 0.3-0.5 M KSCN, 17-19% PEG3350
分辨率 2.50 Å R-free 0.238
7QQU SpCas9 bound to FANCF off-target2 DNA substrate 提交 2022-01-10 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1368（1368 aa）
突变：D10A, H840A MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 13 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris-acetate pH 8.5, 0.3-0.5 M KSCN, 17-19% PEG3350
分辨率 2.45 Å R-free 0.231
7QQV SpCas9 bound to FANCF off-target3 DNA substrate 提交 2022-01-10 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1368（1368 aa）
突变：D10A, H840A MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 10 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris-acetate pH 8.5, 0.3-0.5 M KSCN, 17-19% PEG3350
分辨率 2.25 Å R-free 0.230
7QQW SpCas9 bound to FANCF off-target4 DNA substrate 提交 2022-01-10 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1368（1368 aa）
突变：D10A, H840A MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 10 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris-acetate pH 8.5, 0.3-0.5 M KSCN, 17-19% PEG3350
分辨率 3.10 Å R-free 0.234
7QQX SpCas9 bound to FANCF off-target5 DNA substrate 提交 2022-01-10 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1368（1368 aa）
突变：D10A, H840A MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris-acetate pH 8.5, 0.3-0.5 M KSCN, 17-19% PEG3350
分辨率 2.40 Å R-free 0.216
7QQZ SpCas9 bound to FANCF off-target7 DNA substrate 提交 2022-01-10 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1368（1368 aa）
突变：D10A, H840A MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 11 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris-acetate pH 8.5, 0.3-0.5 M KSCN, 17-19% PEG3350
分辨率 2.25 Å R-free 0.247
7QR0 SpCas9 bound to TRAC off-target1 DNA substrate 提交 2022-01-10 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1368（1368 aa）
突变：D10A, H840A MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 17 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris-acetate pH 8.5, 0.3-0.5 M KSCN, 17-19% PEG3350
分辨率 2.30 Å R-free 0.224
7QR1 SpCas9 bound to TRAC off-target2 DNA substrate 提交 2022-01-10 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1368（1368 aa）
突变：D10A, H840A MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 14 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1 M Tris-acetate pH 8.5, 0.3-0.5 M KSCN, 17-19% PEG3350
分辨率 2.60 Å R-free 0.231
7QR5 SpCas9 bound to FANCF off-target6 DNA substrate 提交 2022-01-17 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1368（1368 aa）
突变：D10A, H840A MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 11 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris-acetate pH 8.5, 0.3-0.5 M KSCN, 17-19% PEG3350
分辨率 3.30 Å R-free 0.254
7QR7 SpCas9 bound to AAVS1 off-target2 DNA substrate 提交 2022-01-10 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1368（1368 aa）
突变：D10, H840A MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 13 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris-acetate pH 8.5, 0.3-0.5 M KSCN, 17-19% PEG3350
分辨率 3.00 Å R-free 0.245
7QR8 SpCas9 bound to PTPRC off-target1 DNA substrate 提交 2022-01-10 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1368（1368 aa）
突变：D10A, H840A MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 10 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris-acetate pH 8.5, 0.3-0.5 M KSCN, 17-19% PEG3350
分辨率 2.75 Å R-free 0.250
7S36 Cas9:sgRNA:DNA (S. pyogenes) with 0 RNA:DNA base pairs, closed-protein/bent-DNA conformation 提交 2021-09-04 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 P 1–1368（1368 aa）
突变：T1337C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7S37 Cas9:sgRNA (S. pyogenes) in the open-protein conformation 提交 2021-09-04 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 P 1–1368（1368 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7S38 Cas9:sgRNA:DNA (S. pyogenes) forming a 3-base-pair R-loop 提交 2021-09-04 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 P 1–1368（1368 aa）
突变：T1337C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7S3H Cas9:sgRNA:DNA (S. pyogenes) with 0 RNA:DNA base pairs, open-protein/linear-DNA conformation 提交 2021-09-06 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 P 1–1368（1368 aa）
突变：T1337C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
7S4U Cryo-EM structure of Cas9 in complex with 12-14MM DNA substrate, 5 minute time-point 提交 2021-09-09 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1368（1368 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.56 Å
7S4V Cas9 bound to 12-14MM DNA, 60 min time-point, kinked conformation 提交 2021-09-09 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1368（1368 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.28 Å
7S4X Cas9:gRNA in complex with 18-20MM DNA, 1 minute time-point, kinked active conformation 提交 2021-09-09 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1368（1368 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.76 Å
7V59 Cryo-EM structure of spyCas9-sgRNA-DNA dimer 提交 2021-08-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric
链 B 3–1364（1362 aa）
链 E 3–1364（1362 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.26 Å
7VK9 Crystal structure of xCas9 P411T 提交 2021-09-29 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–1368（1368 aa）
突变：P411T,R324L,S409I,E480K,A262T,E543D,M694I,E1219V 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1M Sodium Cacodylate pH 7.0, 1M Sodium citrate tribasic dehydrate
分辨率 2.90 Å R-free 0.234
7Z4C SpCas9 bound to 6 nucleotide complementary DNA substrate 提交 2022-03-03 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1368（1368 aa）
突变：D10, H840 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.87 Å
7Z4D Crystal structure of SpCas9 bound to a 10 nucleotide complementary DNA substrate 提交 2022-03-03 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1368（1368 aa）
突变：D10A, H840A K POTASSIUM ION × 10 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 0.8-1.2M ammonium formate, 12-14% PEG4000
分辨率 3.10 Å R-free 0.276
7Z4D Crystal structure of SpCas9 bound to a 10 nucleotide complementary DNA substrate 提交 2022-03-03 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 E 1–1368（1368 aa）
突变：D10A, H840A K POTASSIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 0.8-1.2M ammonium formate, 12-14% PEG4000
分辨率 3.10 Å R-free 0.276
7Z4E SpCas9 bound to 8-nucleotide complementary DNA substrate 提交 2022-03-03 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1368（1368 aa）
突变：D10A, H840A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.14 Å
7Z4G SpCas9 bound to 12-nucleotide complementary DNA substrate 提交 2022-03-03 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1368（1368 aa）
突变：D10A, H840A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.64 Å
7Z4H SpCas9 bound to 14-nucleotide complementary DNA substrate 提交 2022-03-03 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1368（1368 aa）
突变：D10A, H840A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.49 Å
7Z4I SpCas9 bound to 16-nucleotide complementary DNA substrate 提交 2022-03-03 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1368（1368 aa）
突变：D10A, H840A K POTASSIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.12 Å
7Z4J SpCas9 bound to 18-nucleotide complementary DNA substrate in the catalytic state 提交 2022-03-03 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric
链 B 1–1368（1368 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 2.99 Å
7Z4K SpCas9 bound to 10-nucleotide complementary DNA substrate 提交 2022-03-04 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1368（1368 aa）
突变：D10A, H840A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.81 Å
7Z4L SpCas9 bound to 18-nucleotide complementary DNA substrate in the checkpoint state 提交 2022-03-04 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1368（1368 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 2.54 Å
7ZO1 SpCas9 bound to CD34 off-target9 DNA substrate 提交 2022-04-23 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1368（1368 aa）
突变：D10A, H840A MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris-acetate pH 8.5, 0.3-0.5 M KSCN, 17-19% PEG3350
分辨率 2.40 Å R-free 0.250
8FZT SpCas9 with dual-guide RNA and target DNA 提交 2023-01-30 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric
链 E 1–1368（1368 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.03 Å
8G1I SpCas9 with sgRNA and target DNA 提交 2023-02-02 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1368（1368 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.12 Å
8KAG Crystal structure of SpyCas9 in complex with sgRNA and target RNA 提交 2023-08-03 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 1–1368（1368 aa）
突变：A10D,A840H 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；1.7 M Ammonium citrate tribasic, 0.1 M HEPES pH 7.0
分辨率 3.88 Å R-free 0.320
8KAH Crystal structure of SpyCas9-crRNA-tracrRNA complex bound to 18nt target DNA 提交 2023-08-03 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric
链 B 1–1368（1368 aa）
突变：A10D,A840H 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；1.0 M Sodium chloride, 0.1 M Sodium citrate pH 6.0, 13.25% PEG4000
分辨率 3.36 Å R-free 0.255
8KAH Crystal structure of SpyCas9-crRNA-tracrRNA complex bound to 18nt target DNA 提交 2023-08-03 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric
链 F 1–1368（1368 aa）
突变：A10D,A840H 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；1.0 M Sodium chloride, 0.1 M Sodium citrate pH 6.0, 13.25% PEG4000
分辨率 3.36 Å R-free 0.255
8KAI Crystal structure of SpyCas9-crRNA-tracrRNA complex bound to 17nt target DNA 提交 2023-08-03 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric
链 B 1–1368（1368 aa）
突变：A10D,A840H 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；1.0 M Sodium chloride, 0.1 M Sodium citrate pH 6.0, 13% PEG4000
分辨率 3.49 Å R-free 0.294
8KAI Crystal structure of SpyCas9-crRNA-tracrRNA complex bound to 17nt target DNA 提交 2023-08-03 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric
链 F 1–1368（1368 aa）
突变：A10D,A840H 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；1.0 M Sodium chloride, 0.1 M Sodium citrate pH 6.0, 13% PEG4000
分辨率 3.49 Å R-free 0.294
8KAJ Crystal structure of SpyCas9-crRNA-tracrRNA complex bound to 16nt target DNA 提交 2023-08-03 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric
链 B 1–1368（1368 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；1.0 M Sodium chloride, 0.1 M Sodium citrate pH 6.0, 12.75% PEG4000
分辨率 3.42 Å R-free 0.246
8KAJ Crystal structure of SpyCas9-crRNA-tracrRNA complex bound to 16nt target DNA 提交 2023-08-03 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric
链 F 1–1368（1368 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；1.0 M Sodium chloride, 0.1 M Sodium citrate pH 6.0, 12.75% PEG4000
分辨率 3.42 Å R-free 0.246
8KAK Crystal structure of SpyCas9 in complex with sgRNA and 18nt target DNA 提交 2023-08-03 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1368（1368 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.15 M Ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.0, 14.75% PEG4000
分辨率 3.60 Å R-free 0.297
8KAK Crystal structure of SpyCas9 in complex with sgRNA and 18nt target DNA 提交 2023-08-03 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 F 1–1368（1368 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.15 M Ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.0, 14.75% PEG4000
分辨率 3.60 Å R-free 0.297
8KAL Crystal structure of SpyCas9 in complex with sgRNA and 17nt target DNA 提交 2023-08-03 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1368（1368 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.0, 12.625% PEG8000
分辨率 3.16 Å R-free 0.288
8KAL Crystal structure of SpyCas9 in complex with sgRNA and 17nt target DNA 提交 2023-08-03 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 G 1–1368（1368 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.0, 12.625% PEG8000
分辨率 3.16 Å R-free 0.288
8KAM Crystal structure of SpyCas9 in complex with sgRNA and 16nt target DNA 提交 2023-08-03 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1368（1368 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.15 M Ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.0, 14.75% PEG4000
分辨率 3.91 Å R-free 0.290
8SCA Rec3 Domain from S. pyogenes Cas9 提交 2023-04-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 497–713（217 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 0.2 M sodium chloride, 25% PEG3350
分辨率 1.67 Å R-free 0.209
8SPQ SpRY-Cas9:gRNA complex targeting TGG PAM DNA 提交 2023-05-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric
链 A 2–1368（1367 aa）
突变：A61R,L1111R,D1135L,S1136W,G1218K,E1219Q,N1317R,A1322R R1333P,R1335Q,T1337R MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.26 Å
8SQH SpRY-Cas9:gRNA complex targeting TTC PAM DNA 提交 2023-05-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric
链 A 2–1368（1367 aa）
突变：A61R, L1111R, D1135L, S1136W, G1218K, E1219Q, N1317R, A1322R, R1333P, R1335Q, T1337R MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.69 Å
8SRS SpRY-Cas9:gRNA complex targeting TAC PAM DNA 提交 2023-05-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric
链 A 2–1368（1367 aa）
突变：A61R,L1111R,D1135L,S1136W,G1218K,E1219Q,N1317R,A1322R R1333P,R1335Q,T1337R MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.79 Å
8T6O SpRY-Cas9:gRNA complex targeting TAC PAM DNA with 0 bp R-loop 提交 2023-06-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–1368（1367 aa）
突变：A61R,L1111R,D1135L,S1136W,G1218K,E1219Q,N1317R,A1322R R1333P,R1335Q,T1337R 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8T6P SpRY-Cas9:gRNA complex targeting TAC PAM DNA with 2 bp R-loop 提交 2023-06-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–1368（1367 aa）
突变：A61R, L1111R, D1135L, S1136W, G1218K, E1219Q, N1317R, A1322R, R1333P, R1335Q, T1337R 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.15 Å
8T6S SpRY-Cas9:gRNA complex targeting TAC PAM DNA with 10 bp R-loop 提交 2023-06-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–1368（1367 aa）
突变：A61R, L1111R, D1135L, S1136W, G1218K, E1219Q, N1317R, A1322R, R1333P, R1335Q, T1337R 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.28 Å
8T6T SpRY-Cas9:gRNA complex targeting TAC PAM DNA with 13 bp R-loop 提交 2023-06-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–1368（1367 aa）
突变：A61R, L1111R, D1135L, S1136W, G1218K, E1219Q, N1317R, A1322R, R1333P, R1335Q, T1337R 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.04 Å
8T6X SpRY-Cas9:gRNA complex targeting TAC PAM DNA with 18 bp R-loop 提交 2023-06-19 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–1368（1367 aa）
突变：A61R, L1111R, D1135L, S1136W, G1218K, E1219Q, N1317R, A1322R, R1333P, R1335Q, T1337R MG MAGNESIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.08 Å
8T6Y SpRY-Cas9:gRNA complex bound to non-target DNA with 1 bp R-loop 提交 2023-06-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–1368（1367 aa）
突变：A61R, L1111R, D1135L, S1136W, G1218K, E1219Q, N1317R, A1322R, R1333P, R1335Q, T1337R 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.88 Å
8T76 SpRY-Cas9:gRNA complex targeting TAC PAM DNA with 3 bp R-loop 提交 2023-06-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–1368（1367 aa）
突变：A61R, L1111R, D1135L, S1136W, G1218K, E1219Q, N1317R, A1322R, R1333P, R1335Q, T1337R 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.42 Å
8T77 SpRY-Cas9:gRNA complex bound to non-target DNA with 6 bp R-loop 提交 2023-06-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–1368（1367 aa）
突变：A61R, L1111R, D1135L, S1136W, G1218K, E1219Q, N1317R, A1322R, R1333P, R1335Q, T1337R 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.25 Å
8T78 SpRY-Cas9:gRNA complex bound to non-target DNA with 8 bp R-loop 提交 2023-06-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–1368（1367 aa）
突变：A61R, L1111R, D1135L, S1136W, G1218K, E1219Q, N1317R, A1322R, R1333P, R1335Q, T1337R 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.02 Å
8T79 SpRY-Cas9:gRNA complex bound to non-target DNA with 10 bp R-loop 提交 2023-06-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 3–1366（1364 aa）
突变：A61R, L1111R, D1135L, S1136W, G1218K, E1219Q, N1317R, A1322R, R1333P, R1335Q, T1337R 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.04 Å
8T7S SpRYmer bound to NAC PAM DNA 提交 2023-06-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：heptameric
链 A 2–1368（1367 aa）
链 G 2–1368（1367 aa）
突变：A61R, L1111R, D1135L, S1136W, G1218K, E1219Q, N1317R, A1322R, R1333P, R1335Q, T1337R 突变：A61R, L1111R, D1135L, S1136W, G1218K, E1219Q, N1317R, A1322R, R1333P, R1335Q, T1337R MG MAGNESIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.01 Å
8TZZ SpG Cas9 with NGC PAM DNA target 提交 2023-08-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric
链 A 2–1367（1366 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.56 Å
8U3Y SpG Cas9 with NGG PAM DNA target 提交 2023-09-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric
链 A 3–1366（1364 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8WUS SpCas9-MMLV RT-pegRNA-target DNA complex (termination) 提交 2023-10-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric
链 A 2–1368（1367 aa）
突变：H10A, H840A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8WUT SpCas9-MMLV RT-pegRNA-target DNA complex (initiation) 提交 2023-10-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric
链 A 2–1368（1367 aa）
突变：D10A, H840A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8WUU SpCas9-pegRNA-target DNA complex (pre-initiation) 提交 2023-10-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric
链 A 2–1368（1367 aa）
突变：D10A, H840A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8WUV SpCas9-MMLV RT-pegRNA-target DNA complex (elongation 16-nt) 提交 2023-10-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric
链 A 2–1368（1367 aa）
突变：D10A, H840A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8YE6 Cryo-EM structure of Cas9-sgRNA-A32 complex 提交 2024-02-22 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1368（1368 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 2.95 Å
8YE9 Cryo-EM structure of Cas9-sgRNA-A25 complex 提交 2024-02-22 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1368（1368 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 3.43 Å
8YGJ SpCas9-MMLV RT-pegRNA-target DNA complex (elongation 28-nt) 提交 2024-02-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric
链 A 2–1368（1367 aa）
突变：H10A, H840A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8YNY Structure of Cas9-sgRNA ribonucleoprotein bound to nucleosome 提交 2024-03-12 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：13-meric
链 X 1–1368（1368 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.52 Å
9B2K SpCas9 with dual-guide RNA in open conformation 提交 2024-03-15 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 P 1–1368（1368 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.67 Å
9C9P Cas9 ternary complex, 14-nt sgRNA, State I (linear) 提交 2024-06-14 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1368（1368 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9CGU Cas9 ternary complex, 14-nt sgRNA, State II (kinked) 提交 2024-07-01 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1368（1368 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9EAK SpCas9 with 17-bp R-loop containing 2 terminal mismatches (State I - pre-activation) 提交 2024-11-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1368（1368 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.76 Å
9EAL SpCas9 with 17-bp R-loop containing 2 terminal mismatches (State II - precleavage) 提交 2024-11-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1368（1368 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.83 Å
9ED9 SpCas9 with 17-bp R-loop containing 2 terminal mismatches (State III - checkpoint) 提交 2024-11-16 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1368（1368 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.95 Å
9EDA SpCas9 with 17-bp R-loop containing 2 terminal mismatches (State IV - product) 提交 2024-11-16 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1368（1368 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.88 Å
9EDB SpCas9 with 17-bp R-loop containing 2 terminal mismatches (State V - dissociated) 提交 2024-11-16 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1368（1368 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9H4J dCas9 bound to on-target EMX1-1 (-)SC DNA minicircle 提交 2024-10-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1368（1368 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9H4K dCas9 bound to off-target 1 EMX1-1 (-)SC DNA minicircle 提交 2024-10-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1368（1368 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
9H4L dCas9 bound to off-target 2 EMX1-1 (-)SC DNA minicircle 提交 2024-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–1366（1365 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
9H4M wtCas9 bound to off-target 1 EMX1-1 (-)SC DNA minicircle 提交 2024-10-20 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1368（1368 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9JL1 SpCas9 with mini-gRNA conformation 提交 2024-09-17 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1368（1368 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
9JL2 Classical conformation for the spCas9 with gRNA and target DNA complex 提交 2024-09-17 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1368（1368 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9JL4 Apo-spCas9 conformation 提交 2024-09-17 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–1368（1368 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
9K4C SuperFi Cas9 - 22nt sgRNA - DNA ternary complex 提交 2024-10-21 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1368（1368 aa）
突变：Y1010D, Y1013D, Y1016D, V1018D, R1019D, Q1027D, K1031D 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.84 Å
9K4D SuperFi Cas9 - 20nt sgRNA - DNA ternary complex 提交 2024-10-21 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1368（1368 aa）
突变：Y1010D, Y1013D, Y1016D, V1018D, R1019D, Q1027D, K1031D 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.53 Å
9K4E SuperFi Cas9 - mismatch 22nt sgRNA - DNA ternary complex class1 提交 2024-10-21 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1368（1368 aa）
突变：Y1010D, Y1013D, Y1016D, V1018D, R1019D, Q1027D, K1031D 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9K4F SuperFi Cas9 - mismatch 22nt sgRNA - DNA ternary complex class2 提交 2024-10-21 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1368（1368 aa）
突变：Y1010D, Y1013D, Y1016D, V1018D, R1019D, Q1027D, K1031D 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.27 Å
9K4H SuperFi Cas9 - mismatch 22nt sgRNA - DNA ternary complex class3 提交 2024-10-21 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1368（1368 aa）
突变：Y1010D, Y1013D, Y1016D, V1018D, R1019D, Q1027D, K1031D 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.36 Å
9KJ6 Crystal Structure of SpCas9 ternary complex, amino acids (1242-1263) replaced with Gly-Ser linker 提交 2024-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1241（1241 aa）
链 A 1264–1368（105 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295.15 K；0.07 M HEPES (pH 7.5), 0.18 M potassium acetate, 14% (v/v) PEG 3350
分辨率 3.59 Å R-free 0.271
9LKJ Structure of Cas9-sgRNA-A27 提交 2025-01-16 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 C 1–1368（1368 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 2.68 Å
9W7Q SuperFi Cas9 - 20nt sgRNA - DNA ternary complex Class A 提交 2025-08-06 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1368（1368 aa）
突变：Y1010D, Y1013D, Y1016D, V1018D, R1019D, Q1027D, K1031D 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.79 Å
9W7T SuperFi Cas9 - 20nt sgRNA - DNA ternary complex Class B 提交 2025-08-06 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1368（1368 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.91 Å
9W7U SuperFi Cas9 - 20nt sgRNA - DNA ternary complex Class C 提交 2025-08-06 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1368（1368 aa）
突变：Y1010D, Y1013D, Y1016D, V1018D, R1019D, Q1027D, K1031D 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.83 Å
9W7V SuperFi Cas9 - 20nt sgRNA - DNA ternary complex Class D 提交 2025-08-07 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1368（1368 aa）
突变：Y1010D, Y1013D, Y1016D, V1018D, R1019D, Q1027D, K1031D 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.81 Å
9W9D SuperFi Cas9 - 22nt sgRNA - DNA ternary complex 提交 2025-08-09 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1368（1368 aa）
突变：Y1010D, Y1013D, Y1016D, V1018D, R1019D, Q1027D, K1031D 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
9WA9 SuperFi Cas9 - 22nt sgRNA - DNA ternary complex Class B 提交 2025-08-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1368（1368 aa）
突变：Y1010D, Y1013D, Y1016D, V1018D, R1019D, Q1027D, K1031D 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.12 Å
9WAA SuperFi Cas9 - 22nt sgRNA - DNA ternary complex Class C 提交 2025-08-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1368（1368 aa）
突变：Y1010D, Y1013D, Y1016D, V1018D, R1019D, Q1027D, K1031D 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.17 Å
9WAW SuperFi Cas9 - 20nt sgRNA - DNA ternary complex Class E 提交 2025-08-12 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1368（1368 aa）
突变：Y1010D, Y1013D, Y1016D, V1018D, R1019D, Q1027D, K1031D 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.95 Å
9ZQ6 Structure of SpyCas9 in complex with the anti-CRISPR protein AcrIIA26 提交 2025-12-17 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1368（1368 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.98 Å

共 134 个其他 PDB 条目、146 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CAS9_STRP1
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–1368； UniProt 1–1368

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5y36

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5y36
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5y36
沉积日期 deposition_date2017-07-27
结构标题 titleCryo-EM structure of SpCas9-sgRNA-DNA ternary complex
关键词 keywordsGenome editting, CRIPSR-Cas9, DNA cleavage mechanism, HYDROLASE-DNA-RNA complex, HYDROLASE-RNA-DNA complex; HYDROLASE/RNA/DNA
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier40.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron39.85 Å
零角强度 I(0) i0954298000.00
分子量 molecular_weight215690.0 kDa
排除体积 excluded_volume254250 ų
包络体积 envelope_volume385450 ų
水化壳体积 shell_volume77593 ų
包络直径 envelope_diameter155.2 Å
壳层 Rg shell_rg47.73 Å
包络 Rg envelope_rg39.44 Å
形状 Rg shape_rg39.83 Å
总 Rg total_rg40.30 Å
总原子数 total_atoms14960
残基数 n_residues1549
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax146.4 Å
Rg (实空间) rg_real42.24 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real9.5370e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4630e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal40.65 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal954400000.0000
解质量估计 total_estimate0.6675
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary48.8 Å
偏度 Skewness skewness0.534
峰度 Kurtosis kurtosis0.326
角度范围 angular_range— – 0.1950 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha1.5420
最高正则化参数 α highest_alpha189600000.0000
实空间数据点数 n_real_points40
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.708; Stabil: 0.893; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.901
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)