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6acd

Trypsin-cleaved and low pH-treated SARS-CoV spike glycoprotein and ACE2 complex, ACE2-free conformation with one RBD in up conformation

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 163.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spike glycoprotein

Human SARS coronavirus

UniProt P59594

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–1196 链 B； UniProt 1–1196 链 C； UniProt 1–1196 未记录 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 5.8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6ACD Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1WNC Crystal structure of the SARS-CoV Spike protein fusion core 提交 2004-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 900–948（49 aa） 片段：residues 900-1184
链 A 1144–1185（42 aa） 片段：residues 900-1184
链 B 900–948（49 aa） 片段：residues 900-1184
链 B 1144–1185（42 aa） 片段：residues 900-1184
链 C 900–948（49 aa） 片段：residues 900-1184
链 C 1144–1185（42 aa） 片段：residues 900-1184
链 D 900–948（49 aa） 片段：residues 900-1184
链 D 1144–1185（42 aa） 片段：residues 900-1184
链 E 900–948（49 aa） 片段：residues 900-1184
链 E 1144–1185（42 aa） 片段：residues 900-1184
链 F 900–948（49 aa） 片段：residues 900-1184
链 F 1144–1185（42 aa） 片段：residues 900-1184
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 2.5；291 K；PEG4000, pH 2.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.80 Å R-free 0.273
1WNC Crystal structure of the SARS-CoV Spike protein fusion core 提交 2004-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 900–948（49 aa） 片段：residues 900-1184
链 A 1144–1185（42 aa） 片段：residues 900-1184
链 B 900–948（49 aa） 片段：residues 900-1184
链 B 1144–1185（42 aa） 片段：residues 900-1184
链 C 900–948（49 aa） 片段：residues 900-1184
链 C 1144–1185（42 aa） 片段：residues 900-1184
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 2.5；291 K；PEG4000, pH 2.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.80 Å R-free 0.273
1WNC Crystal structure of the SARS-CoV Spike protein fusion core 提交 2004-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 900–948（49 aa） 片段：residues 900-1184
链 D 1144–1185（42 aa） 片段：residues 900-1184
链 E 900–948（49 aa） 片段：residues 900-1184
链 E 1144–1185（42 aa） 片段：residues 900-1184
链 F 900–948（49 aa） 片段：residues 900-1184
链 F 1144–1185（42 aa） 片段：residues 900-1184
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 2.5；291 K；PEG4000, pH 2.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.80 Å R-free 0.273
1WYY Post-fusion hairpin conformation of the sars coronavirus spike glycoprotein 提交 2005-02-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 885–981（97 aa） 片段：residues 885-1189
链 A 1145–1189（45 aa） 片段：residues 885-1189
未记录 CL CHLORIDE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；PEG 8000, LiSO4, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.20 Å R-free 0.249
1WYY Post-fusion hairpin conformation of the sars coronavirus spike glycoprotein 提交 2005-02-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 885–981（97 aa） 片段：residues 885-1189
链 B 1145–1189（45 aa） 片段：residues 885-1189
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；PEG 8000, LiSO4, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.20 Å R-free 0.249
1WYY Post-fusion hairpin conformation of the sars coronavirus spike glycoprotein 提交 2005-02-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 885–981（97 aa） 片段：residues 885-1189
链 B 1145–1189（45 aa） 片段：residues 885-1189
未记录 CL CHLORIDE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；PEG 8000, LiSO4, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.20 Å R-free 0.249
1ZV7 A structure-based mechanism of SARS virus membrane fusion 提交 2005-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1150–1193（44 aa） 片段：residues 1150-1193
链 B 1150–1193（44 aa） 片段：residues 1150-1193
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；PEG MME 2000, Nickel chloride, Tris-HCL, pH 8.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.70 Å R-free 0.258
1ZV8 A structure-based mechanism of SARS virus membrane fusion 提交 2005-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 901–950（50 aa） 片段：residues 901-950
链 B 1150–1185（36 aa） 片段：residues 1150-1185
链 C 901–950（50 aa） 片段：residues 901-950
链 D 1150–1185（36 aa） 片段：residues 1150-1185
链 E 901–950（50 aa） 片段：residues 901-950
链 F 1150–1185（36 aa） 片段：residues 1150-1185
未记录 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；298 K；PEG 8000, zinc acetate, sodium cacodylate, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.94 Å R-free 0.274
1ZV8 A structure-based mechanism of SARS virus membrane fusion 提交 2005-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 G 901–950（50 aa） 片段：residues 901-950
链 H 1150–1185（36 aa） 片段：residues 1150-1185
链 I 901–950（50 aa） 片段：residues 901-950
链 J 1150–1185（36 aa） 片段：residues 1150-1185
链 K 901–950（50 aa） 片段：residues 901-950
链 L 1150–1185（36 aa） 片段：residues 1150-1185
未记录 NA SODIUM ION × 4 CAC CACODYLATE ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；298 K；PEG 8000, zinc acetate, sodium cacodylate, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.94 Å R-free 0.274
1ZVA A structure-based mechanism of SARS virus membrane fusion 提交 2005-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 926–962（37 aa） 片段：residues 926-962 and residues 1150-1183
链 A 1150–1183（34 aa） 片段：residues 926-962 and residues 1150-1183
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；PEG 1500, sodium formate, pH 8.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.50 Å R-free 0.246
1ZVB A structure-based mechanism of SARS virus membrane fusion 提交 2005-06-01 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 940–973（34 aa） 片段：residues 940-973
链 B 940–973（34 aa） 片段：residues 940-973
链 C 940–973（34 aa） 片段：residues 940-973
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；PEG 4000, isopropanol, sodium citrate, pH 5.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.70 Å R-free 0.239
2AJF Structure of SARS coronavirus spike receptor-binding domain complexed with its receptor 提交 2005-08-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 323–502（180 aa） 片段：receptor-binding domain, residues 323-502
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；100 mM Tris pH 8.2, 24% PEG6000, 150 mM NaCl, 10% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, pH 7.5, pH 7.50
分辨率 2.90 Å R-free 0.275
2AJF Structure of SARS coronavirus spike receptor-binding domain complexed with its receptor 提交 2005-08-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 323–502（180 aa） 片段：receptor-binding domain, residues 323-502
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；100 mM Tris pH 8.2, 24% PEG6000, 150 mM NaCl, 10% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, pH 7.5, pH 7.50
分辨率 2.90 Å R-free 0.275
2BEQ Structure of a Proteolytically Resistant Core from the Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus S2 Fusion Protein 提交 2004-11-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 914–949（36 aa） 片段：RESIDUES 914-949
链 B 914–949（36 aa） 片段：RESIDUES 914-949
链 C 914–949（36 aa） 片段：RESIDUES 914-949
链 D 1148–1193（46 aa） 片段：RESIDUES 1148-1193
链 E 1148–1193（46 aa） 片段：RESIDUES 1148-1193
链 F 1148–1193（46 aa） 片段：RESIDUES 1148-1193
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；30% PEG8K, PH 7.0 100MM SODIUM CACODYLATE PH 6.5, 200MM SODIUM ACETATE
分辨率 1.60 Å R-free 0.241
2BEZ Structure of a proteolitically resistant core from the severe acute respiratory syndrome coronavirus S2 fusion protein 提交 2004-12-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 896–972（77 aa） 片段：RESIDUES 896-972
链 F 1142–1183（42 aa） 片段：RESIDUES 1142-1183
未记录 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1M TRIS-HCL, PH 7.0, 1.8M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M NACL
分辨率 1.60 Å R-free 0.244
2DD8 Crystal Structure of SARS-CoV Spike Receptor-Binding Domain Complexed with Neutralizing Antibody 提交 2006-01-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 S 317–518（202 aa） 片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN, residues 317-518
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；15v/v% Glycerol, 20% PEG 6000, 100mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.261
2DD8 Crystal Structure of SARS-CoV Spike Receptor-Binding Domain Complexed with Neutralizing Antibody 提交 2006-01-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 S 317–518（202 aa） 片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN, residues 317-518
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；15v/v% Glycerol, 20% PEG 6000, 100mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.261
2FXP Solution Structure of the SARS-Coronavirus HR2 Domain 提交 2006-02-06 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1140–1193（54 aa） 片段：HR2 domain, residues 1140-1193
链 B 1140–1193（54 aa） 片段：HR2 domain, residues 1140-1193
链 C 1140–1193（54 aa） 片段：HR2 domain, residues 1140-1193
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）10 mM；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM monomer, 10 mM PO4, pH 7.0, 30% TFE
分辨率未提供
2GHV Crystal structure of SARS spike protein receptor binding domain 提交 2006-03-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 317–512（196 aa） 片段：RBD of spike protein S1 (318-510)
链 E 317–512（196 aa） 片段：RBD of spike protein S1 (318-510)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；290 K；4% PEG4000, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 2.20 Å R-free 0.213
2GHW Crystal structure of SARS spike protein receptor binding domain in complex with a neutralizing antibody, 80R 提交 2006-03-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 317–510（194 aa） 片段：RBD of spike protein S1 (318-510)
未记录 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；290 K；12.5% PEG4000, 0.1M sodium acetate, 0.2M ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 2.30 Å R-free 0.295
2GHW Crystal structure of SARS spike protein receptor binding domain in complex with a neutralizing antibody, 80R 提交 2006-03-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 317–510（194 aa） 片段：RBD of spike protein S1 (318-510)
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；290 K；12.5% PEG4000, 0.1M sodium acetate, 0.2M ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 2.30 Å R-free 0.295
2RUM Solution structure of Fusion peptide 提交 2014-11-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 770–788（19 aa）
突变：Y2W 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4.7；315 K
NMR样品组成 125 mM [U-99% 2H] DPC-1, 0.5 mM Fusion Peptide-2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2RUN Solution Structure of Pre Transmembrane domain 提交 2014-11-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1185–1202（18 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4.7；315 K
NMR样品组成 0.5 mM Pre transmembrane domain-1, 125 mM [U-99% 2H] DPC-2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2RUO Solution Structure of Internal Fusion Peptide 提交 2014-11-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 873–888（16 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4.7；315 K
NMR样品组成 0.5 mM Internal fusion peptide-1, 125 mM [U-99% 2H] DPC-2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
3BGF X-ray crystal structure of the SARS coronavirus spike receptor binding domain in complex with F26G19 Fab 提交 2007-11-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 318–510（193 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；0.1 M MES, 14% PEG 20000, 10-15% glycerol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.00 Å R-free 0.286
3BGF X-ray crystal structure of the SARS coronavirus spike receptor binding domain in complex with F26G19 Fab 提交 2007-11-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 S 318–510（193 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；0.1 M MES, 14% PEG 20000, 10-15% glycerol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.00 Å R-free 0.286
3D0G Crystal structure of spike protein receptor-binding domain from the 2002-2003 SARS coronavirus human strain complexed with human-civet chimeric receptor ACE2 提交 2008-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 324–502（179 aa） 片段：residues 324-502
链 F 324–502（179 aa） 片段：residues 324-502
未记录 NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 5 ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；100 mM Tris, 22% PEG6000, 100 mM NaCl, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.279
3D0H Crystal structure of spike protein receptor-binding domain from the 2002-2003 SARS coronavirus civet strain complexed with human-civet chimeric receptor ACE2 提交 2008-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 324–502（179 aa） 片段：residues 324-502
链 F 324–502（179 aa） 片段：residues 324-502
未记录 NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 5 ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；100 mM Tris, 22% PEG6000, 100 mM NaCl, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 298K
分辨率 3.10 Å R-free 0.302
3D0H Crystal structure of spike protein receptor-binding domain from the 2002-2003 SARS coronavirus civet strain complexed with human-civet chimeric receptor ACE2 提交 2008-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 324–502（179 aa） 片段：residues 324-502
未记录 NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；100 mM Tris, 22% PEG6000, 100 mM NaCl, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 298K
分辨率 3.10 Å R-free 0.302
3D0H Crystal structure of spike protein receptor-binding domain from the 2002-2003 SARS coronavirus civet strain complexed with human-civet chimeric receptor ACE2 提交 2008-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 324–502（179 aa） 片段：residues 324-502
未记录 NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 4 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；100 mM Tris, 22% PEG6000, 100 mM NaCl, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 298K
分辨率 3.10 Å R-free 0.302
3D0I Crystal structure of spike protein receptor-binding domain from the 2005-2006 SARS coronavirus civet strain complexed with human-civet chimeric receptor ACE2 提交 2008-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 324–502（179 aa） 片段：residues 324-502
链 F 324–502（179 aa） 片段：residues 324-502
未记录 NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 5 ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；100 mM Tris, 22% PEG6000, 100 mM NaCl, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 298K
分辨率 2.90 Å R-free 0.278
3D0I Crystal structure of spike protein receptor-binding domain from the 2005-2006 SARS coronavirus civet strain complexed with human-civet chimeric receptor ACE2 提交 2008-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 324–502（179 aa） 片段：residues 324-502
未记录 NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；100 mM Tris, 22% PEG6000, 100 mM NaCl, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 298K
分辨率 2.90 Å R-free 0.278
3D0I Crystal structure of spike protein receptor-binding domain from the 2005-2006 SARS coronavirus civet strain complexed with human-civet chimeric receptor ACE2 提交 2008-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 324–502（179 aa） 片段：residues 324-502
未记录 NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 4 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；100 mM Tris, 22% PEG6000, 100 mM NaCl, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 298K
分辨率 2.90 Å R-free 0.278
3SCI Crystal structure of spike protein receptor-binding domain from a predicted SARS coronavirus human strain complexed with human receptor ACE2 提交 2011-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 306–527（222 aa） 片段：receptor binding domain (UNP residues 306-527)
未记录 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；295 K；100 mM Tris, pH 8.5, 20% PEG6000, 100 mM sodium chloride, EVAPORATION, temperature 295K
分辨率 2.90 Å R-free 0.283
3SCI Crystal structure of spike protein receptor-binding domain from a predicted SARS coronavirus human strain complexed with human receptor ACE2 提交 2011-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 306–527（222 aa） 片段：receptor binding domain (UNP residues 306-527)
未记录 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；295 K；100 mM Tris, pH 8.5, 20% PEG6000, 100 mM sodium chloride, EVAPORATION, temperature 295K
分辨率 2.90 Å R-free 0.283
3SCJ Crystal structure of spike protein receptor-binding domain from a predicted SARS coronavirus civet strain complexed with human receptor ACE2 提交 2011-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 323–502（180 aa） 片段：receptor binding domain (UNP residues 323-502)
未记录 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；295 K；100 mM Tris, pH 8.5, 20% PEG6000, 100 mM sodium chloride, EVAPORATION, temperature 295K
分辨率 3.00 Å R-free 0.278
3SCJ Crystal structure of spike protein receptor-binding domain from a predicted SARS coronavirus civet strain complexed with human receptor ACE2 提交 2011-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 323–502（180 aa） 片段：receptor binding domain (UNP residues 323-502)
未记录 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；295 K；100 mM Tris, pH 8.5, 20% PEG6000, 100 mM sodium chloride, EVAPORATION, temperature 295K
分辨率 3.00 Å R-free 0.278
3SCK Crystal structure of spike protein receptor-binding domain from a predicted SARS coronavirus civet strain complexed with human-civet chimeric receptor ACE2 提交 2011-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 324–502（179 aa） 片段：receptor binding domain (UNP residues 324-502)
未记录 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；295 K；20 mM Tris, pH 8.5, 20% PEG6000, 100 mM sodium chloride, EVAPORATION, temperature 295K
分辨率 3.00 Å R-free 0.285
3SCK Crystal structure of spike protein receptor-binding domain from a predicted SARS coronavirus civet strain complexed with human-civet chimeric receptor ACE2 提交 2011-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 324–502（179 aa） 片段：receptor binding domain (UNP residues 324-502)
未记录 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；295 K；20 mM Tris, pH 8.5, 20% PEG6000, 100 mM sodium chloride, EVAPORATION, temperature 295K
分辨率 3.00 Å R-free 0.285
3SCL Crystal structure of spike protein receptor-binding domain from SARS coronavirus epidemic strain complexed with human-civet chimeric receptor ACE2 提交 2011-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 324–502（179 aa） 片段：receptor binding domain (UNP residues 324-502)
未记录 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；295 K；100 mM Tris, pH 8.5, 20% PEG6000, 100 mM sodium chloride, EVAPORATION, temperature 295K
分辨率 3.00 Å R-free 0.292
3SCL Crystal structure of spike protein receptor-binding domain from SARS coronavirus epidemic strain complexed with human-civet chimeric receptor ACE2 提交 2011-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 324–502（179 aa） 片段：receptor binding domain (UNP residues 324-502)
未记录 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；295 K；100 mM Tris, pH 8.5, 20% PEG6000, 100 mM sodium chloride, EVAPORATION, temperature 295K
分辨率 3.00 Å R-free 0.292
5WRG SARS-CoV spike glycoprotein 提交 2016-12-01 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1196（1196 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-1196
链 B 1–1196（1196 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-1196
链 C 1–1196（1196 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-1196
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
5X4S Structure of the N-terminal domain (NTD)of SARS-CoV spike protein 提交 2017-02-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 14–292（279 aa） 片段：UNP residues 14-292
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；1.3 M Na/K hydrogen phosphate
分辨率 2.20 Å R-free 0.282
5XJK NMR Structure and Localization of a Large Fragment of the SARS-CoV Fusion Protein: Implications in Viral Cell Fusion 提交 2017-05-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 758–821（64 aa） 片段：UNP RESIDUES 758-821
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1
NMR样品组成 0.2 M [U-13C; U-15N] Large Fragment of the SARS-CoV Fusion Protein, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
5XLR Structure of SARS-CoV spike glycoprotein 提交 2017-05-11 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1196（1196 aa）
链 B 1–1196（1196 aa）
链 C 1–1196（1196 aa）
突变：R667A 突变：R667A 突变：R667A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
5ZVM Crystal Structure of the Human Coronavirus SARS HR1 motif in complex with pan-CoVs inhibitor EK1 提交 2018-05-11 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 892–970（79 aa） 片段：UNP residues 892-970
链 B 892–970（79 aa） 片段：UNP residues 892-970
链 C 892–970（79 aa） 片段：UNP residues 892-970
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.5；293 K；0.2M Li2SO4, 0.1M BIS-Tris, pH 5.5, 25% PEG3350
分辨率 3.30 Å R-free 0.301
6ACC Trypsin-cleaved and low pH-treated SARS-CoV spike glycoprotein and ACE2 complex, ACE2-free conformation with three RBD in down conformation 提交 2018-07-26 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1196（1196 aa）
链 B 1–1196（1196 aa）
链 C 1–1196（1196 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
6ACG Trypsin-cleaved and low pH-treated SARS-CoV spike glycoprotein and ACE2 complex, ACE2-bound conformation 1 提交 2018-07-26 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1196（1196 aa）
链 B 1–1196（1196 aa）
链 C 1–1196（1196 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.40 Å
6ACJ Trypsin-cleaved and low pH-treated SARS-CoV spike glycoprotein and ACE2 complex, ACE2-bound conformation 2 提交 2018-07-26 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1196（1196 aa）
链 B 1–1196（1196 aa）
链 C 1–1196（1196 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
6ACK Trypsin-cleaved and low pH-treated SARS-CoV spike glycoprotein and ACE2 complex, ACE2-bound conformation 3 提交 2018-07-26 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1196（1196 aa）
链 B 1–1196（1196 aa）
链 C 1–1196（1196 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
6CRV SARS Spike Glycoprotein, Stabilized variant, C3 symmetry 提交 2018-03-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 14–1190（1177 aa）
链 B 14–1190（1177 aa）
链 C 14–1190（1177 aa）
突变：K968P, V969P 突变：K968P, V969P 突变：K968P, V969P NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
6CRW SARS Spike Glycoprotein, Stabilized variant, single upwards S1 CTD conformation 提交 2018-03-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 14–1190（1177 aa）
链 B 14–1190（1177 aa）
链 C 14–1190（1177 aa）
突变：K968P, V969P 突变：K968P, V969P 突变：K968P, V969P NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
6CRX SARS Spike Glycoprotein, Stabilized variant, two S1 CTDs in the upwards conformation 提交 2018-03-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 14–1190（1177 aa）
链 B 14–1190（1177 aa）
链 C 14–1190（1177 aa）
突变：K968P, V968P 突变：K968P, V968P 突变：K968P, V968P NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
6CRZ SARS Spike Glycoprotein, Trypsin-cleaved, Stabilized variant, C3 symmetry 提交 2018-03-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 14–1190（1177 aa）
链 B 14–1190（1177 aa）
链 C 14–1190（1177 aa）
突变：K968P, V968P 突变：K968P, V968P 突变：K968P, V968P NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
6CS0 SARS Spike Glycoprotein, Trypsin-cleaved, Stabilized variant, one S1 CTD in an upwards conformation 提交 2018-03-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 14–1190（1177 aa）
链 B 14–1190（1177 aa）
链 C 14–1190（1177 aa）
突变：K968P, V968P 突变：K968P, V968P 突变：K968P, V968P NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6CS1 SARS Spike Glycoprotein, Trypsin-cleaved, Stabilized variant, two S1 CTDs in an upwards conformation 提交 2018-03-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 14–1190（1177 aa）
链 B 14–1190（1177 aa）
链 C 14–1190（1177 aa）
突变：K968P, V969P 突变：K968P, V969P 突变：K968P, V969P NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
6CS2 SARS Spike Glycoprotein - human ACE2 complex, Stabilized variant, all ACE2-bound particles 提交 2018-03-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 14–1190（1177 aa）
链 B 14–1190（1177 aa）
链 C 14–1190（1177 aa）
突变：K968P, V969P 突变：K968P, V969P 突变：K968P, V969P NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
6M3W Post-fusion structure of SARS-CoV spike glycoprotein 提交 2020-03-04 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 688–1178（491 aa）
链 B 688–1178（491 aa）
链 C 688–1178（491 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
6NB6 SARS-CoV complex with human neutralizing S230 antibody Fab fragment (state 1) 提交 2018-12-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 14–1193（1180 aa）
链 B 14–1193（1180 aa）
链 C 14–1193（1180 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 17 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
6NB7 SARS-CoV complex with human neutralizing S230 antibody Fab fragment (state 2) 提交 2018-12-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 14–1193（1180 aa）
链 B 14–1193（1180 aa）
链 C 14–1193（1180 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
6VW1 Structure of SARS-CoV-2 chimeric receptor-binding domain complexed with its receptor human ACE2 提交 2020-02-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 306–441（136 aa）
链 E 505–521（17 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Tris, PEG 6000, and 100 mM NaCl.
分辨率 2.68 Å R-free 0.229
6VW1 Structure of SARS-CoV-2 chimeric receptor-binding domain complexed with its receptor human ACE2 提交 2020-02-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 306–441（136 aa）
链 F 505–521（17 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Tris, PEG 6000, and 100 mM NaCl.
分辨率 2.68 Å R-free 0.229
6WAQ Crystal structure of the SARS-CoV-1 RBD bound by the cross-reactive single-domain antibody SARS VHH-72 提交 2020-03-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 320–502（183 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M LiSO4, 0.1 M LiCl, 8% PEG 8000
分辨率 2.20 Å R-free 0.236
6WAQ Crystal structure of the SARS-CoV-1 RBD bound by the cross-reactive single-domain antibody SARS VHH-72 提交 2020-03-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 320–502（183 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M LiSO4, 0.1 M LiCl, 8% PEG 8000
分辨率 2.20 Å R-free 0.236
7FC6 Crystal structure of SARS-CoV RBD and horse ACE2 提交 2021-07-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 S 321–512（192 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.03M Citric acid/0.07M BIS-TRIS propane pH7.6, 20% w/v polyethylene glycol 3350
分辨率 2.65 Å R-free 0.235
7RKS Structure of the SARS-CoV receptor binding domain in complex with the human neutralizing antibody Fab fragment, C118 提交 2021-07-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 R 321–510（190 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2M sodium fluoride, 20% PEG 3,350
分辨率 2.70 Å R-free 0.247
7RKS Structure of the SARS-CoV receptor binding domain in complex with the human neutralizing antibody Fab fragment, C118 提交 2021-07-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 S 321–510（190 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2M sodium fluoride, 20% PEG 3,350
分辨率 2.70 Å R-free 0.247
7SG4 Structure of SARS-CoV S protein in complex with Receptor Binding Domain antibody DH1047 提交 2021-10-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1190（1190 aa）
链 B 1–1190（1190 aa）
链 C 1–1190（1190 aa）
突变：K968P, V969P 突变：K968P, V969P 突变：K968P, V969P NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 47 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.43 Å
7WR9 Local CryoEM structure of the SARS-CoV S2P in complex with BD55-3152 Fab 提交 2022-01-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 323–502（180 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.24 Å
7WSF Cryo-EM structure of SARS-CoV spike receptor-binding domain in complex with minke whale ACE2 提交 2022-01-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 321–502（182 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.87 Å
7WSG Cryo-EM structure of SARS-CoV spike receptor-binding domain in complex with sea lion ACE2 提交 2022-01-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 321–502（182 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.03 Å
7X2J Crystal structure of nanobody Nb70 with SARS-CoV RBD 提交 2022-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 S 306–516（211 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.4；291.15 K；0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 4.4, 21% w/v Polyethylene glycol 3350
分辨率 2.40 Å R-free 0.235
7X7V Cryo-EM structure of SARS-CoV spike protein in complex with three nAbs X01, X10 and X17 提交 2022-03-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 E 320–508（189 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.83 Å
7Y3N Crystal structure of SARS-CoV receptor binding domain in complex with human antibody BIOLS56 提交 2022-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 306–527（222 aa） 片段：receptor binding domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.9；291 K；20% v/v 2-Propanol, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.9, 20% w/v Polyethylene glycol 4000
分辨率 2.97 Å R-free 0.263
7Y3N Crystal structure of SARS-CoV receptor binding domain in complex with human antibody BIOLS56 提交 2022-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 306–527（222 aa） 片段：receptor binding domain
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.9；291 K；20% v/v 2-Propanol, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.9, 20% w/v Polyethylene glycol 4000
分辨率 2.97 Å R-free 0.263
7Y3N Crystal structure of SARS-CoV receptor binding domain in complex with human antibody BIOLS56 提交 2022-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 306–527（222 aa） 片段：receptor binding domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.9；291 K；20% v/v 2-Propanol, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.9, 20% w/v Polyethylene glycol 4000
分辨率 2.97 Å R-free 0.263
7ZH1 SARS CoV Spike protein, Closed C3 conformation 提交 2022-04-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 14–1193（1180 aa）
链 B 14–1193（1180 aa）
链 C 14–1193（1180 aa）
未记录 EIC LINOLEIC ACID × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 2.48 Å
7ZH2 SARS CoV Spike protein, Closed C1 conformation 提交 2022-04-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 14–1193（1180 aa）
链 B 14–1193（1180 aa）
链 C 14–1193（1180 aa）
未记录 EIC LINOLEIC ACID × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 2.71 Å
7ZH5 SARS CoV Spike protein, Open conformation 提交 2022-04-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 14–1193（1180 aa）
链 B 14–1193（1180 aa）
链 C 14–1193（1180 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 23 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.30 Å
8H0X Structure of SARS-CoV-1 Spike Protein with Engineered x1 Disulfide (S370C and D967C), Locked-1 Conformation 提交 2022-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 15–1193（1179 aa）
链 B 15–1193（1179 aa）
链 C 15–1193（1179 aa）
突变：S370C, D967C 突变：S370C, D967C 突变：S370C, D967C EIC LINOLEIC ACID × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 42 BLA BILIVERDINE IX ALPHA × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；Gibco PBS C10010
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.57 Å
8H0Y Structure of SARS-CoV-1 Spike Protein with Engineered x1 Disulfide (S370C and D967C), Locked-112 Conformation 提交 2022-09-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 15–1193（1179 aa）
链 B 15–1193（1179 aa）
链 C 15–1193（1179 aa）
未记录 EIC LINOLEIC ACID × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 46 BLA BILIVERDINE IX ALPHA × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；Gibco PBS C10010
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.85 Å
8H0Z Structure of SARS-CoV-1 Spike Protein with Engineered x1 Disulfide (S370C and D967C), Locked-122 Conformation 提交 2022-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 15–1193（1179 aa）
链 B 15–1193（1179 aa）
链 C 15–1193（1179 aa）
突变：S370C, D967C 突变：S370C, D967C 突变：S370C, D967C NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 39 BLA BILIVERDINE IX ALPHA × 3 EIC LINOLEIC ACID × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；Gibco PBS C10010
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.99 Å
8H10 Structure of SARS-CoV-1 Spike Protein with Engineered x1 Disulfide (S370C and D967C), Locked-2 Conformation 提交 2022-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 15–1193（1179 aa）
链 B 15–1193（1179 aa）
链 C 15–1193（1179 aa）
突变：S370C, D967C 突变：S370C, D967C 突变：S370C, D967C NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 42 BLA BILIVERDINE IX ALPHA × 3 EIC LINOLEIC ACID × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；Gibco PBS C10010
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.99 Å
8H11 Structure of SARS-CoV-1 Spike Protein with Engineered x1 Disulfide (S370C and D967C), Closed Conformation 提交 2022-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 15–1193（1179 aa）
链 B 15–1193（1179 aa）
链 C 15–1193（1179 aa）
突变：S370C, D967C 突变：S370C, D967C 突变：S370C, D967C NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 37 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；Gibco PBS C10010
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.72 Å
8H12 Structure of SARS-CoV-1 Spike Protein with Engineered x2 Disulfide (G400C and V969C), Locked-2 Conformation 提交 2022-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 15–1193（1179 aa）
链 B 15–1193（1179 aa）
链 C 15–1193（1179 aa）
突变：G400C, V969C 突变：G400C, V969C 突变：G400C, V969C NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 39 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；Gibco PBS C10010
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.45 Å
8H13 Structure of SARS-CoV-1 Spike Protein with Engineered x2 Disulfide (G400C and V969C), Closed Conformation 提交 2022-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 15–1193（1179 aa）
链 B 15–1193（1179 aa）
链 C 15–1193（1179 aa）
突变：G400C, V969C 突变：G400C, V969C 突变：G400C, V969C NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；Gibco PBS C10010
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.05 Å
8H14 Structure of SARS-CoV-1 Spike Protein with Engineered x3 Disulfide (D414C and V969C), Locked-1 Conformation 提交 2022-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 15–1193（1179 aa）
链 B 15–1193（1179 aa）
链 C 15–1193（1179 aa）
突变：D414C and V969C 突变：D414C and V969C 突变：D414C and V969C NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 42 EIC LINOLEIC ACID × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；Gibco PBS C10010
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.39 Å
8H15 Structure of SARS-CoV-1 Spike Protein (S/native) at pH 5.5, Closed Conformation 提交 2022-09-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 15–1193（1179 aa）
链 B 15–1193（1179 aa）
链 C 15–1193（1179 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5.54；Gibco PBS C10010
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.14 Å
8H16 Structure of SARS-CoV-1 Spike Protein (S/native) at pH 5.5, Open Conformation 提交 2022-09-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 15–1193（1179 aa）
链 B 15–1193（1179 aa）
链 C 15–1193（1179 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 32 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5.54；Gibco PBS C10010
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.36 Å
8JAG Cryo-EM structure of SARS-CoV-1 RBD in complex with W328-6H2 (local refinement) 提交 2023-05-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1255（1255 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.55 Å
8KDM Structure of SARS-CoV Spike protein complexed with antibody PW5-5 提交 2023-08-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 1–1190（1190 aa）
链 B 1–1190（1190 aa）
链 C 1–1190（1190 aa）
突变：S577A, K968P, V969P 突变：S577A, K968P, V969P 突变：S577A, K968P, V969P 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.87 Å
8KDS Trimer state of SARS-CoV Spike protein complexed with antibody PW5-535 提交 2023-08-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 1–1190（1190 aa）
链 B 1–1190（1190 aa）
链 C 1–1190（1190 aa）
突变：S577A, K968P, V969P 突变：S577A, K968P, V969P 突变：S577A, K968P, V969P 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.05 Å
8KDT The local refined map of SARS-CoV Spike protein complexed with antibody PW5-5 提交 2023-08-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1190（1190 aa）
突变：S577A, K968P, V969P 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.04 Å
8KEK Monomer state of SARS-CoV Spike protein complexed with antibody PW5-535 提交 2023-08-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1190（1190 aa）
突变：K968P, V969P, S577A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
8VPF Structure of SARS-CoV spike in complex with CoV1-65 Fab (NTD-bound) 提交 2024-01-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 1–1190（1190 aa）
链 B 1–1190（1190 aa）
链 C 1–1190（1190 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；1X TBS
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8WCG Crystal structure of SARS-CoV-1 RBD in complex with nanobody aSR29 and aSR347 提交 2023-09-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 320–516（197 aa）
链 B 320–516（197 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；20% w/v PEG4000, 0.1 M Tris 8.0
分辨率 2.60 Å R-free 0.279
8WOZ Cryo-EM structure of SARS-CoV RBD in complex with rabbit ACE2 提交 2023-10-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 306–527（222 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.25 Å
8XZB The structure of fox ACE2 and SARS-CoV RBD complex 提交 2024-01-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 306–527（222 aa） 片段：RBD
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.12 Å

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UniProt名称 SPIKE_CVHSA
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–1196； UniProt 1–1196 作者链 B； PDB构建体 1–1196； UniProt 1–1196 作者链 C； PDB构建体 1–1196； UniProt 1–1196

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6acd

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6acd
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6acd
沉积日期 deposition_date2018-07-26
结构标题 titleTrypsin-cleaved and low pH-treated SARS-CoV spike glycoprotein and ACE2 complex, ACE2-free conformation with one RBD in up conformation
关键词 keywordsSARS-CoV, spike, glycoprotein, Class I fusion protein, membrane fusion, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier50.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron49.97 Å
零角强度 I(0) i01748320000.00
分子量 molecular_weight352640.0 kDa
排除体积 excluded_volume442430 ų
包络体积 envelope_volume637520 ų
水化壳体积 shell_volume104620 ų
包络直径 envelope_diameter172.4 Å
壳层 Rg shell_rg55.17 Å
包络 Rg envelope_rg48.98 Å
形状 Rg shape_rg50.02 Å
总 Rg total_rg49.97 Å
总原子数 total_atoms24845
残基数 n_residues3187
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax163.4 Å
Rg (实空间) rg_real50.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.18 Å
I(0) (实空间) i0_real1.7480e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.0540e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal50.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1749000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8891
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary58.0 Å
偏度 Skewness skewness0.216
峰度 Kurtosis kurtosis-0.442
角度范围 angular_range— – 0.1550 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha220500000.0000
实空间数据点数 n_real_points32
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.896; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.875
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id6acdA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Spike glycoprotein, N-terminal domain
结构域编号 domain_id6acdB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Spike glycoprotein, N-terminal domain
结构域编号 domain_id6acdC01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Spike glycoprotein, N-terminal domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)