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6axy

Structure of the V11I/T58A/I124A mutant of the HIV-1 capsid protein

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 78.2 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HIV-1 capsid protein

Human immunodeficiency virus 1

UniProt B6DRA0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 133–363 突变：V11I, T58A, I124A IOD IODIDE ION × 42 CL CHLORIDE ION × 54 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG3350, NaI, Sodium cacodylate, Glycerol 分辨率 2.78 Å R-free 0.260

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6AXY Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5MCX The structure of the mature HIV-1 CA hexamer in intact virus particles 提交 2016-11-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric
链 A 133–353（221 aa）
链 B 133–353（221 aa）
链 C 133–353（221 aa）
链 D 133–353（221 aa）
链 E 133–353（221 aa）
链 F 133–353（221 aa）
链 G 133–353（221 aa）
链 I 133–353（221 aa）
链 J 133–353（221 aa）
链 K 133–353（221 aa）
链 L 133–353（221 aa）
链 N 133–353（221 aa）
链 O 133–353（221 aa）
链 P 133–353（221 aa）
链 Q 133–353（221 aa）
链 R 133–353（221 aa）
链 S 133–353（221 aa）
链 U 133–353（221 aa）
链 V 133–353（221 aa）
链 W 133–353（221 aa）
链 Y 133–353（221 aa）
链 Z 133–353（221 aa）
链 b 133–353（221 aa）
链 c 133–353（221 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；10nm colloidal gold was added to the sample prior to plunge freezing
分辨率 6.80 Å
5MCY The structure of the mature HIV-1 CA pentamer in intact virus particles 提交 2016-11-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric
链 A 133–353（221 aa）
链 B 133–353（221 aa）
链 F 133–353（221 aa）
链 G 133–353（221 aa）
链 M 133–353（221 aa）
链 N 133–353（221 aa）
链 O 133–353（221 aa）
链 P 133–353（221 aa）
链 Q 133–353（221 aa）
链 R 133–353（221 aa）
链 S 133–353（221 aa）
链 T 133–353（221 aa）
链 Z 133–353（221 aa）
链 b 133–353（221 aa）
链 c 133–353（221 aa）
链 d 133–353（221 aa）
链 e 133–353（221 aa）
链 f 133–353（221 aa）
链 g 133–353（221 aa）
链 h 133–353（221 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；10nm colloidal gold was added to the sample prior to plunge freezing
分辨率 8.80 Å
5UP4 Structure of the HIV-1 Capsid Protein and spacer peptide 1 by Cryo-EM 提交 2017-02-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 B 133–353（221 aa）
链 C 133–353（221 aa）
链 D 133–353（221 aa）
链 E 133–353（221 aa）
链 F 133–353（221 aa）
链 G 133–353（221 aa）
链 H 133–353（221 aa）
链 I 133–353（221 aa）
链 J 133–353（221 aa）
链 K 133–353（221 aa）
链 L 133–353（221 aa）
链 M 133–353（221 aa）
链 N 133–353（221 aa）
链 O 133–353（221 aa）
链 P 133–353（221 aa）
链 Q 133–353（221 aa）
链 R 133–353（221 aa）
链 S 133–353（221 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 9.00 Å
5W4O Structure of the R18A mutant of the HIV-1 capsid protein 提交 2017-06-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa） 片段：residues 133-363
突变：R18A IOD IODIDE ION × 54 CL CHLORIDE ION × 42 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG3350, NaI, Sodium cacodylate, Glycerol
分辨率 2.09 Å R-free 0.246
5W4P Structure of the E28A mutant of the HIV-1 capsid protein 提交 2017-06-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa） 片段：residues 133-363
突变：E28A IOD IODIDE ION × 72 CL CHLORIDE ION × 36 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG3350, NaI, Sodium cacodylate, Glycerol
分辨率 2.19 Å R-free 0.246
5W4Q Structure of the R18A/E28A mutant of the HIV-1 capsid protein 提交 2017-06-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa） 片段：residues 133-363
突变：R18A, E28A IOD IODIDE ION × 42 CL CHLORIDE ION × 42 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG3350, NaI, Sodium cacodylate, Glycerol
分辨率 2.29 Å R-free 0.245
6AXR Structure of the P122A mutant of the HIV-1 capsid protein 提交 2017-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa） 片段：UNP residues 133-363
突变：P122A IOD IODIDE ION × 48 CL CHLORIDE ION × 30 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG3350, NaI, Sodium cacodylate, Glycerol
分辨率 2.30 Å R-free 0.268
6AXS Structure of the V11I/T58A/P122A mutant of the HIV-1 capsid protein 提交 2017-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa） 片段：UNP residues 133-363
突变：V11I, T58A, P122A IOD IODIDE ION × 60 CL CHLORIDE ION × 36 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG3350, NaI, Sodium cacodylate, Glycerol
分辨率 2.40 Å R-free 0.266
6AXT Structure of the T58S/T107I/P122A mutant of the HIV-1 capsid protein 提交 2017-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa） 片段：UNP residues 133-363
突变：T58S, T107I, P122A IOD IODIDE ION × 54 CL CHLORIDE ION × 36 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG3350, NaI, MIB, Glycerol
分辨率 2.40 Å R-free 0.243
6AXV Structure of the T58S/T107I/P122A mutant of the HIV-1 capsid protein in complex with PF-3450074 (PF74) 提交 2017-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa） 片段：UNP residues 133-363
突变：T58S, T107I, P122A IOD IODIDE ION × 30 CL CHLORIDE ION × 54 1B0 N-METHYL-NALPHA-[(2-METHYL-1H-INDOL-3-YL)ACETYL]-N-PHENYL-L-PHENYLALANINAMIDE × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG3350, NaI, Sodium cacosylate, Glycerol
分辨率 2.77 Å R-free 0.279
6AXW Structure of the I124A mutant of the HIV-1 capsid protein 提交 2017-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–362（230 aa） 片段：UNP residues 133-362
突变：I124A IOD IODIDE ION × 54 CL CHLORIDE ION × 60 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG3350, NaI, MIB, Glycerol
分辨率 2.40 Å R-free 0.236
6AXX Structure of the T58A/I124A mutant of the HIV-1 capsid protein 提交 2017-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa） 片段：UNP residues 133-363
突变：T58A, I124A IOD IODIDE ION × 48 CL CHLORIDE ION × 54 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG3350, NaI, MIB, Glycerol
分辨率 2.60 Å R-free 0.246
6AY9 Structure of the native full-length HIV-1 capsid protein in complex with CPSF6 peptide 提交 2017-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 133–363（231 aa） 片段：UNP residues 133-363
未记录 IOD IODIDE ION × 36 CL CHLORIDE ION × 24 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG3350, NaI, Sodium cacodylate, Glycerol
分辨率 2.50 Å R-free 0.273
6B2G P38A mutant of HIV-1 capsid protein 提交 2017-09-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa） 片段：UNP residues 133-363
突变：P38A IOD IODIDE ION × 48 CL CHLORIDE ION × 30 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG3350, NaI, MIB, Glycerol
分辨率 2.41 Å R-free 0.258
6B2H P38A/T216I mutant of the HIV-1 capsid protein 提交 2017-09-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa） 片段：UNP residues 133-363
突变：P38A, T216I IOD IODIDE ION × 36 CL CHLORIDE ION × 36 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG3350, NaI, Sodium cacodylate, Glycerol
分辨率 2.60 Å R-free 0.241
6B2I E45A mutant of the HIV-1 capsid protein 提交 2017-09-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa） 片段：UNP residues 133-363
突变：E45A IOD IODIDE ION × 18 CL CHLORIDE ION × 72 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG3350, NaI, Sodium cacodylate, Glycerol
分辨率 2.50 Å R-free 0.250
6B2J E45A mutant of HIV-1 capsid protein (other crystal form) 提交 2017-09-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa） 片段：UNP residues 133-363
突变：E45A IOD IODIDE ION × 60 CL CHLORIDE ION × 24 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG3350, NaI, MIB, Glycerol
分辨率 2.21 Å R-free 0.223
6B2K E45A/R132T mutant of HIV-1 capsid protein 提交 2017-09-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa） 片段：UNP residues 133-363
突变：E45A, R132T IOD IODIDE ION × 48 CL CHLORIDE ION × 42 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG3350, NaI, Sodium cacodylate, Glycerol
分辨率 2.00 Å R-free 0.218
6ERM HIV Hexamer with ligand 提交 2017-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–351（219 aa）
未记录 AZT 3'-AZIDO-3'-DEOXYTHYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；277 K；PEG4K
分辨率 2.00 Å R-free 0.235
6ERN HIV Hexamer with ligand 提交 2017-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 139–351（213 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；277 K；PEG4K
分辨率 2.36 Å R-free 0.237
6MQA Structure of HIV-1 CA P207S 提交 2018-10-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa） 片段：UNP residues 133-363
突变：P207S IOD IODIDE ION × 18 CL CHLORIDE ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；15% PEG3350, 0.1 M sodium iodide, 0.1 M Bis-Tris propane
分辨率 3.20 Å R-free 0.219
6MQO Structure of HIV-1 CA G208R 提交 2018-10-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa） 片段：UNP residues 133-363
突变：G208R IOD IODIDE ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 6.5；293 K；15% PEG3350, 0.1 M sodium iodide, Bis-Tris propane, pH 6.5
分辨率 3.20 Å R-free 0.271
6MQP Structure of HIV-1 CA T210K 提交 2018-10-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa） 片段：UNP residues 133-363
突变：T210K IOD IODIDE ION × 12 CL CHLORIDE ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 5.8；293 K；15% PEG3350, 0.1 M sodium iodide, 0.1 M sodium cacodylate
分辨率 3.30 Å R-free 0.240
6OBH Structure of HIV-1 CA 1/2-hexamer 提交 2019-03-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 133–363（231 aa） 片段：UNP residues 133-363
链 E 133–363（231 aa） 片段：UNP residues 133-363
突变：E45C, T54C, W184A, M185A 突变：E45C, T54C, W184A, M185A NA SODIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 8；293 K；0.1 M PCB buffer, pH 8 (sodium propionate, sodium cacodylate, Bis-Tris propane), 25% w/v PEG1500
分辨率 2.96 Å R-free 0.265
6OMT HIV-1 capsid hexamer R18D mutant 提交 2019-04-19 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
突变：A14C, E45C, W184A, M185A, R18D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；293.15 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 8% PEG8000
分辨率 2.05 Å R-free 0.221
6PU1 Cysteine stabilized hexameric HIV-1 CA in complex with SEC24C peptide 提交 2019-07-16 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 133–363（231 aa）
突变：A14C, E45C, W184A, M185A IOD IODIDE ION × 18 CL CHLORIDE ION × 18 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；12% PEG3350, 24% glycerol, 0.35 M NaI, 50 mM sodium cacodylate pH 6.5
分辨率 2.28 Å R-free 0.272
6R6Q HIV capsid hexamer with IP5 ligand 提交 2019-03-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–351（219 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；293 K；PEG 6K, 0.1M NaCl
分辨率 2.73 Å R-free 0.289
6R8C HIV capsid hexamer with IP5 ligand 提交 2019-04-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–351（219 aa）
未记录 5MY MYO-INOSITOL-(1,3,4,5,6)-PENTAKISPHOSPHATE × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；270 K；PEG 6K, 1M NaCl
分辨率 1.92 Å R-free 0.234
6V2F Crystal structure of the HIV capsid hexamer bound to the small molecule long-acting inhibitor, GS-6207 提交 2019-11-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
未记录 QNG Lenacapavir × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.7；298 K；12% PEG 3350, 0.2 M sodium thiocyanate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.7
分辨率 2.00 Å R-free 0.251
6V2F Crystal structure of the HIV capsid hexamer bound to the small molecule long-acting inhibitor, GS-6207 提交 2019-11-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 133–363（231 aa）
链 D 133–363（231 aa）
未记录 QNG Lenacapavir × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.7；298 K；12% PEG 3350, 0.2 M sodium thiocyanate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.7
分辨率 2.00 Å R-free 0.251
6V2F Crystal structure of the HIV capsid hexamer bound to the small molecule long-acting inhibitor, GS-6207 提交 2019-11-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 133–363（231 aa）
链 F 133–363（231 aa）
未记录 QNG Lenacapavir × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.7；298 K；12% PEG 3350, 0.2 M sodium thiocyanate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.7
分辨率 2.00 Å R-free 0.251
6VKV Co-crystal structure of GS-6207 bound to HIV-1 capsid hexamer 提交 2020-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A QNG Lenacapavir × 6 IOD IODIDE ION × 12 CL CHLORIDE ION × 24 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；0.125-0.35M Sodium Iodide, 3-12% Peg 3350, 6% glycerol, 0.1M sodium cacodylate pH 6.5
分辨率 2.22 Å R-free 0.269
6VKV Co-crystal structure of GS-6207 bound to HIV-1 capsid hexamer 提交 2020-01-22 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 133–363（231 aa）
突变：A14C, E45C, W184A, M185A QNG Lenacapavir × 6 IOD IODIDE ION × 6 CL CHLORIDE ION × 36 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；0.125-0.35M Sodium Iodide, 3-12% Peg 3350, 6% glycerol, 0.1M sodium cacodylate pH 6.5
分辨率 2.22 Å R-free 0.269
6VWS Hexamer of Helical HIV capsid by RASTR method 提交 2020-02-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–352（220 aa）
链 B 133–352（220 aa）
链 C 133–352（220 aa）
链 D 133–352（220 aa）
链 M 133–352（220 aa）
链 N 133–352（220 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；1M NaCl, 50mM Tris pH 8.0
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.08 Å
7MKC N74D mutant of the HIV-1 capsid protein in complex with PF-3450074 (PF74) 提交 2021-04-23 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
突变：N74D 1B0 N-METHYL-NALPHA-[(2-METHYL-1H-INDOL-3-YL)ACETYL]-N-PHENYL-L-PHENYLALANINAMIDE × 6 IOD IODIDE ION × 36 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG 3350, NaI, Sodium Cacodylate, Glycerol
分辨率 2.65 Å R-free 0.242
7MN0 N74D mutant of the HIV-1 capsid protein 提交 2021-04-30 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
突变：N74D IOD IODIDE ION × 36 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG 3350, NaI, Sodium Cacodylate, Glycerol
分辨率 2.90 Å R-free 0.274
7N9U CA-targeting nanobody is a tool for studying HIV-1 capsid lattice interactions 提交 2021-06-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 133–354（222 aa） 片段：UNP residues 133-354
链 B 133–354（222 aa） 片段：UNP residues 133-354
链 C 133–354（222 aa） 片段：UNP residues 133-354
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；295 K；0.1 M Bis-Tris propane:HCl, pH 7.0, 1.4 M sodium malonate, pH 7.0
分辨率 3.19 Å R-free 0.258
7N9V CA-targeting nanobody is a tool for studying HIV-1 capsid lattice interactions 提交 2021-06-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 133–354（222 aa） 片段：UNP residues 133-354
链 C 133–354（222 aa） 片段：UNP residues 133-354
链 D 133–354（222 aa） 片段：UNP residues 133-354
链 G 133–354（222 aa） 片段：UNP residues 133-354
链 I 133–354（222 aa） 片段：UNP residues 133-354
链 K 133–354（222 aa） 片段：UNP residues 133-354
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；297 K；potassium nitrate, pH 6.9, 20% PEG3350
分辨率 3.45 Å R-free 0.258
7N9X CA-targeting nanobody is a tool for studying HIV-1 capsid lattice interactions 提交 2021-06-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 AAA 133–354（222 aa） 片段：UNP residues 133-354
链 BBB 133–354（222 aa） 片段：UNP residues 133-354
链 CCC 133–354（222 aa） 片段：UNP residues 133-354
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；295 K；100 mM Bis-Tris propane, pH 6.8, 15% PEG3350, 200 mM sodium
分辨率 3.51 Å R-free 0.270
7OVQ Immature HIV-1 matrix structure 提交 2021-06-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric
链 A 2–116（115 aa）
链 B 2–116（115 aa）
链 C 2–116（115 aa）
链 D 2–116（115 aa）
链 E 2–116（115 aa）
链 F 2–116（115 aa）
链 I 2–116（115 aa）
链 K 2–116（115 aa）
链 M 2–116（115 aa）
链 O 2–116（115 aa）
链 P 2–116（115 aa）
链 Q 2–116（115 aa）
链 R 2–116（115 aa）
链 S 2–116（115 aa）
链 X 2–116（115 aa）
链 Y 2–116（115 aa）
链 Z 2–116（115 aa）
链 b 2–116（115 aa）
链 c 2–116（115 aa）
链 d 2–116（115 aa）
链 f 2–116（115 aa）
链 h 2–116（115 aa）
链 l 2–116（115 aa）
链 m 2–116（115 aa）
未记录 MYR MYRISTIC ACID × 24 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.20 Å
7OVR Mature HIV-1 matrix structure 提交 2021-06-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric
链 A 2–116（115 aa）
链 B 2–116（115 aa）
链 C 2–116（115 aa）
链 D 2–116（115 aa）
链 E 2–116（115 aa）
链 F 2–116（115 aa）
链 H 2–116（115 aa）
链 I 2–116（115 aa）
链 J 2–116（115 aa）
链 O 2–116（115 aa）
链 P 2–116（115 aa）
链 Q 2–116（115 aa）
链 R 2–116（115 aa）
链 S 2–116（115 aa）
链 U 2–116（115 aa）
链 W 2–116（115 aa）
链 Y 2–116（115 aa）
链 b 2–116（115 aa）
链 c 2–116（115 aa）
链 d 2–116（115 aa）
链 e 2–116（115 aa）
链 f 2–116（115 aa）
链 j 2–116（115 aa）
链 l 2–116（115 aa）
未记录 MYR MYRISTIC ACID × 24 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 24 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.00 Å
7RHM Structure of Q67H/N74D mutant of disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer 提交 2021-07-17 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 133–363（231 aa）
突变：A14C, E45C, Q67H, N74D, W184A, M185A, IOD IODIDE ION × 24 CL CHLORIDE ION × 30 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.35M NaI, 3% peg 3350, 6% glycerol, 0.1M sodium cacodylate trihydrate pH 6.5
分辨率 2.16 Å R-free 0.260
7RJ2 Co-crystal structure of lenacapavir bound to Q67H/N74D mutant of disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer 提交 2021-07-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 133–363（231 aa）
突变：A14C, E45C, Q67H, N74D, W184A, M185A QNG Lenacapavir × 6 CL CHLORIDE ION × 24 IOD IODIDE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.425M NaI, 6% peg 3350, 6% glycerol, 0.1M sodium cacodylate trihydrate pH 6.5
分辨率 2.32 Å R-free 0.246
7RJ4 Co-crystal structure of lenacapavir bound to N74D mutant of disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer 提交 2021-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
突变：A14C, E45C, N74D, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, N74D, W184A, M185A QNG Lenacapavir × 6 CL CHLORIDE ION × 36 IOD IODIDE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.05M NaI, 3% peg 3350, 6% glycerol, 0.1M sodium cacodylate trihydrate pH 6.5
分辨率 3.32 Å R-free 0.331
7RJ4 Co-crystal structure of lenacapavir bound to N74D mutant of disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer 提交 2021-07-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 133–363（231 aa）
突变：A14C, E45C, N74D, W184A, M185A QNG Lenacapavir × 6 CL CHLORIDE ION × 36 IOD IODIDE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.05M NaI, 3% peg 3350, 6% glycerol, 0.1M sodium cacodylate trihydrate pH 6.5
分辨率 3.32 Å R-free 0.331
7RMJ Disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer in complex with capsid inhibitor (S)-N-(1-(3-(4-chloro-3-(methylsulfonamido)-1-(2,2,2-trifluoroethyl)-1H-indazol-7-yl)-6-(3-methyl-3-(methylsulfonyl)but-1-yn-1-yl)pyridin-2-yl)-2-(3,5-difluorophenyl)ethyl)-2-(3-(trifluoromethyl)-4,5,6,7-tetrahydro-1H-indazol-1-yl)acetamide 提交 2021-07-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 61F N-[(1S)-1-(3-{4-chloro-3-[(methanesulfonyl)amino]-1-(2,2,2-trifluoroethyl)-1H-indazol-7-yl}-6-[3-(methanesulfonyl)-3-methylbut-1-yn-1-yl]pyridin-2-yl)-2-(3,5-difluorophenyl)ethyl]-2-[3-(trifluoromethyl)-4,5,6,7-tetrahydro-1H-indazol-1-yl]acetamide × 6 IOD IODIDE ION × 9 CL CHLORIDE ION × 30 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.125M NaI, 4.5% Peg 3350, 6% glycerol, 0.1M sodium cacodylate pH 6.5
分辨率 2.27 Å R-free 0.248
7RMJ Disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer in complex with capsid inhibitor (S)-N-(1-(3-(4-chloro-3-(methylsulfonamido)-1-(2,2,2-trifluoroethyl)-1H-indazol-7-yl)-6-(3-methyl-3-(methylsulfonyl)but-1-yn-1-yl)pyridin-2-yl)-2-(3,5-difluorophenyl)ethyl)-2-(3-(trifluoromethyl)-4,5,6,7-tetrahydro-1H-indazol-1-yl)acetamide 提交 2021-07-27 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 133–363（231 aa）
突变：A14C, E45C, W184A, M185A 61F N-[(1S)-1-(3-{4-chloro-3-[(methanesulfonyl)amino]-1-(2,2,2-trifluoroethyl)-1H-indazol-7-yl}-6-[3-(methanesulfonyl)-3-methylbut-1-yn-1-yl]pyridin-2-yl)-2-(3,5-difluorophenyl)ethyl]-2-[3-(trifluoromethyl)-4,5,6,7-tetrahydro-1H-indazol-1-yl]acetamide × 6 IOD IODIDE ION × 12 CL CHLORIDE ION × 42 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.125M NaI, 4.5% Peg 3350, 6% glycerol, 0.1M sodium cacodylate pH 6.5
分辨率 2.27 Å R-free 0.248
7RMM Structure of N74D mutant of disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer 提交 2021-07-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
突变：A14C, E45C, N74D, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, N74D, W184A, M185A IOD IODIDE ION × 12 CL CHLORIDE ION × 36 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.2M NaI, 5% peg 3350, 6% glycerol, 0.1M sodium cacodylate trihydrate pH 6.5
分辨率 1.97 Å R-free 0.246
7RMM Structure of N74D mutant of disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer 提交 2021-07-27 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 133–363（231 aa）
突变：A14C, E45C, N74D, W184A, M185A IOD IODIDE ION × 12 CL CHLORIDE ION × 30 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.2M NaI, 5% peg 3350, 6% glycerol, 0.1M sodium cacodylate trihydrate pH 6.5
分辨率 1.97 Å R-free 0.246
7T13 Hexameric HIV-1 (M-group) CA Q50Y mutant 提交 2021-12-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
链 C 133–363（231 aa）
链 D 133–363（231 aa）
链 E 133–363（231 aa）
链 F 133–363（231 aa）
突变：A14C, E45C, Q50Y, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, Q50Y, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, Q50Y, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, Q50Y, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, Q50Y, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, Q50Y, W184A, M185A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；290 K；Crystallant: 19% (v/v) PEG 550MME, 100 mM TRIS (pH 8.0), 150 mM KSCN, 10 mM ATP, 3% (v/v) 3,5-hexanediol. Crystals grew in 2 ul protein (13 mg/ml) + 2 ul crystallant. Cryoprotected in 20% (v/v) MPD
分辨率 3.15 Å R-free 0.239
7URT T=1 particle HIV-1 CA G60A/G61P/M66A 提交 2022-04-22 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric
链 A 133–363（231 aa）
突变：G60A/G61P/M66a IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 120 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge-freezing
分辨率 2.39 Å
7URT T=1 particle HIV-1 CA G60A/G61P/M66A 提交 2022-04-22 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 133–363（231 aa）
突变：G60A/G61P/M66a IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge-freezing
分辨率 2.39 Å
7URT T=1 particle HIV-1 CA G60A/G61P/M66A 提交 2022-04-22 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 133–363（231 aa）
突变：G60A/G61P/M66a IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 10 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge-freezing
分辨率 2.39 Å
7URT T=1 particle HIV-1 CA G60A/G61P/M66A 提交 2022-04-22 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
突变：G60A/G61P/M66a IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge-freezing
分辨率 2.39 Å
7URT T=1 particle HIV-1 CA G60A/G61P/M66A 提交 2022-04-22 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 133–363（231 aa）
突变：G60A/G61P/M66a IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge-freezing
分辨率 2.39 Å
8CKV HIV-1 mature capsid hexamer from CA-IP6 CLPs 提交 2023-02-16 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.89 Å
8CKW HIV-1 mature capsid pentamer from CA-IP6 CLPs 提交 2023-02-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
链 C 133–363（231 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.12 Å
8CKX HIV-1 mature capsid hexamer next to pentamer (type I) from CA-IP6 CLPs 提交 2023-02-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
链 C 133–363（231 aa）
链 D 133–363（231 aa）
链 E 133–363（231 aa）
链 F 133–363（231 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.97 Å
8CKY HIV-1 mature capsid hexamer from CA-IP6 CLPs, bound to Nup153 peptide 提交 2023-02-16 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 133–363（231 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
8CKZ HIV-1 mature capsid pentamer from CA-IP6 CLPs bound to Nup153 peptide 提交 2023-02-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
链 C 133–363（231 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.07 Å
8CL0 HIV-1 mature capsid hexamer next to pentamer (type I) from CA-IP6 CLPs bound to Nup153 peptide. 提交 2023-02-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
链 C 133–363（231 aa）
链 D 133–363（231 aa）
链 E 133–363（231 aa）
链 F 133–363（231 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.12 Å
8CL1 HIV-1 mature capsid hexamer from CA-IP6 CLPs, bound to CPSF6 peptide. 提交 2023-02-16 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 133–363（231 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.35 Å
8CL2 HIV-1 mature capsid pentamer from CA-IP6 CLPs bound to CPSF6 peptide 提交 2023-02-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
链 C 133–363（231 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.45 Å
8CL3 HIV-1 mature capsid hexamer from CA-IP6 CLPs, bound to Sec24C peptide. 提交 2023-02-16 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 133–363（231 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.14 Å
8CL4 HIV-1 mature capsid pentamer from CA-IP6 CLPs bound to Sec24C peptide 提交 2023-02-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
链 C 133–363（231 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.14 Å
8D3B Hexameric HIV-1 (M-group) Q50Y/R120 mutant 提交 2022-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
链 C 133–363（231 aa）
链 D 133–363（231 aa）
链 E 133–363（231 aa）
链 F 133–363（231 aa）
突变：Q50Y, R120(insertion), A14C, E45C, W185A, M186A 突变：Q50Y, R120(insertion), A14C, E45C, W185A, M186A 突变：Q50Y, R120(insertion), A14C, E45C, W185A, M186A 突变：Q50Y, R120(insertion), A14C, E45C, W185A, M186A 突变：Q50Y, R120(insertion), A14C, E45C, W185A, M186A 突变：Q50Y, R120(insertion), A14C, E45C, W185A, M186A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；290 K；20% PEG550MME, 0.1M TRIS (pH 8.0), 0.15M KSCN, 10mM ATP, 3% EtOH
分辨率 3.30 Å R-free 0.275
8EEP T=1 particle HIV-1 CA G60A/G61P 提交 2022-09-07 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric
链 A 133–363（231 aa）
突变：G60A, G61P IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 120 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge-freezing
分辨率 2.20 Å
8EEP T=1 particle HIV-1 CA G60A/G61P 提交 2022-09-07 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 133–363（231 aa）
突变：G60A, G61P IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge-freezing
分辨率 2.20 Å
8EEP T=1 particle HIV-1 CA G60A/G61P 提交 2022-09-07 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 133–363（231 aa）
突变：G60A, G61P IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 10 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge-freezing
分辨率 2.20 Å
8EEP T=1 particle HIV-1 CA G60A/G61P 提交 2022-09-07 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
突变：G60A, G61P IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge-freezing
分辨率 2.20 Å
8EEP T=1 particle HIV-1 CA G60A/G61P 提交 2022-09-07 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 133–363（231 aa）
突变：G60A, G61P IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge-freezing
分辨率 2.20 Å
8EET T=1 particle HIV-1 CA M66A 提交 2022-09-07 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric
链 A 133–363（231 aa）
突变：M66A IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 120 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge-freezing
分辨率 3.10 Å
8EET T=1 particle HIV-1 CA M66A 提交 2022-09-07 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 133–363（231 aa）
突变：M66A IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge-freezing
分辨率 3.10 Å
8EET T=1 particle HIV-1 CA M66A 提交 2022-09-07 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 133–363（231 aa）
突变：M66A IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 10 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge-freezing
分辨率 3.10 Å
8EET T=1 particle HIV-1 CA M66A 提交 2022-09-07 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
突变：M66A IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge-freezing
分辨率 3.10 Å
8EET T=1 particle HIV-1 CA M66A 提交 2022-09-07 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 133–363（231 aa）
突变：M66A IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge-freezing
分辨率 3.10 Å
8FIU Potent long-acting inhibitors targeting HIV-1 capsid based on a versatile quinazolin-4-one scaffold 提交 2022-12-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 15 Y05 N-[(1S)-1-{(3P)-3-{4-chloro-3-[(methanesulfonyl)amino]-1-methyl-1H-indazol-7-yl}-7-[(2R,6S)-2,6-dimethylmorpholin-4-yl]-4-oxo-3,4-dihydroquinazolin-2-yl}-2-(3,5-difluorophenyl)ethyl]-2-[(3bS,4aR)-3-(difluoromethyl)-5,5-difluoro-3b,4,4a,5-tetrahydro-1H-cyclopropa[3,4]cyclopenta[1,2-c]pyrazol-1-yl]acetamide × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；294 K；100 mM bicine, pH 9.0 and 14% (w/v) PEG3350
分辨率 1.56 Å R-free 0.194
8FIU Potent long-acting inhibitors targeting HIV-1 capsid based on a versatile quinazolin-4-one scaffold 提交 2022-12-16 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 133–363（231 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 Y05 N-[(1S)-1-{(3P)-3-{4-chloro-3-[(methanesulfonyl)amino]-1-methyl-1H-indazol-7-yl}-7-[(2R,6S)-2,6-dimethylmorpholin-4-yl]-4-oxo-3,4-dihydroquinazolin-2-yl}-2-(3,5-difluorophenyl)ethyl]-2-[(3bS,4aR)-3-(difluoromethyl)-5,5-difluoro-3b,4,4a,5-tetrahydro-1H-cyclopropa[3,4]cyclopenta[1,2-c]pyrazol-1-yl]acetamide × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；294 K；100 mM bicine, pH 9.0 and 14% (w/v) PEG3350
分辨率 1.56 Å R-free 0.194
8G6K HIV-1 CA lattice bound to IP6; from capsid-like particles 提交 2023-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
链 C 133–363（231 aa）
链 D 133–363（231 aa）
链 E 133–363（231 aa）
链 F 133–363（231 aa）
链 G 133–363（231 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8G6K HIV-1 CA lattice bound to IP6; from capsid-like particles 提交 2023-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
链 C 133–363（231 aa）
链 D 133–363（231 aa）
链 E 133–363（231 aa）
链 F 133–363（231 aa）
链 G 133–363（231 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8G6K HIV-1 CA lattice bound to IP6; from capsid-like particles 提交 2023-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
链 C 133–363（231 aa）
链 D 133–363（231 aa）
链 E 133–363（231 aa）
链 F 133–363（231 aa）
链 G 133–363（231 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8G6L HIV-1 capsid lattice bound to IP6, pH 6.2 提交 2023-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
链 C 133–363（231 aa）
链 D 133–363（231 aa）
链 E 133–363（231 aa）
链 F 133–363（231 aa）
链 G 133–363（231 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8G6L HIV-1 capsid lattice bound to IP6, pH 6.2 提交 2023-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
链 C 133–363（231 aa）
链 D 133–363（231 aa）
链 E 133–363（231 aa）
链 F 133–363（231 aa）
链 G 133–363（231 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8G6L HIV-1 capsid lattice bound to IP6, pH 6.2 提交 2023-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
链 C 133–363（231 aa）
链 D 133–363（231 aa）
链 E 133–363（231 aa）
链 F 133–363（231 aa）
链 G 133–363（231 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8G6M HIV-1 CA lattice bound to IP6, pH 7.4 提交 2023-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
链 C 133–363（231 aa）
链 D 133–363（231 aa）
链 E 133–363（231 aa）
链 F 133–363（231 aa）
链 G 133–363（231 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8G6M HIV-1 CA lattice bound to IP6, pH 7.4 提交 2023-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
链 C 133–363（231 aa）
链 D 133–363（231 aa）
链 E 133–363（231 aa）
链 F 133–363（231 aa）
链 G 133–363（231 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8G6M HIV-1 CA lattice bound to IP6, pH 7.4 提交 2023-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
链 C 133–363（231 aa）
链 D 133–363（231 aa）
链 E 133–363（231 aa）
链 F 133–363（231 aa）
链 G 133–363（231 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8G6N HIV-1 capsid lattice bound to dNTPs 提交 2023-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
链 C 133–363（231 aa）
链 D 133–363（231 aa）
链 E 133–363（231 aa）
链 F 133–363（231 aa）
链 G 133–363（231 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8G6N HIV-1 capsid lattice bound to dNTPs 提交 2023-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
链 C 133–363（231 aa）
链 D 133–363（231 aa）
链 E 133–363（231 aa）
链 F 133–363（231 aa）
链 G 133–363（231 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8G6N HIV-1 capsid lattice bound to dNTPs 提交 2023-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
链 C 133–363（231 aa）
链 D 133–363（231 aa）
链 E 133–363（231 aa）
链 F 133–363（231 aa）
链 G 133–363（231 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8G6O HIV-1 capsid lattice bound to IP6 and Lenacapavir 提交 2023-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 25 PDB 声明：25-meric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
链 C 133–363（231 aa）
链 D 133–363（231 aa）
链 E 133–363（231 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8G6O HIV-1 capsid lattice bound to IP6 and Lenacapavir 提交 2023-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
链 C 133–363（231 aa）
链 D 133–363（231 aa）
链 E 133–363（231 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8G6O HIV-1 capsid lattice bound to IP6 and Lenacapavir 提交 2023-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
链 C 133–363（231 aa）
链 D 133–363（231 aa）
链 E 133–363（231 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8TQP HIV-CA Disulfide linked Hexamer bound to Quinazolin-4-one Scaffold inhibitor 提交 2023-08-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
链 C 133–363（231 aa）
链 D 133–363（231 aa）
链 E 133–363（231 aa）
链 F 133–363（231 aa）
突变：A14C, E45C, W184A, M184A 突变：A14C, E45C, W184A, M184A 突变：A14C, E45C, W184A, M184A 突变：A14C, E45C, W184A, M184A 突变：A14C, E45C, W184A, M184A 突变：A14C, E45C, W184A, M184A K3L 2-[4-(4-aminobenzene-1-sulfonyl)-2-oxopiperazin-1-yl]-N-{(1R)-2-(3,5-difluorophenyl)-1-[3-(4-methoxyphenyl)-4-oxo-3,4-dihydroquinazolin-2-yl]ethyl}acetamide × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；PACT E4
分辨率 2.90 Å R-free 0.247
8TQP HIV-CA Disulfide linked Hexamer bound to Quinazolin-4-one Scaffold inhibitor 提交 2023-08-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 G 133–363（231 aa）
链 H 133–363（231 aa）
链 I 133–363（231 aa）
链 J 133–363（231 aa）
链 K 133–363（231 aa）
链 L 133–363（231 aa）
突变：A14C, E45C, W184A, M184A 突变：A14C, E45C, W184A, M184A 突变：A14C, E45C, W184A, M184A 突变：A14C, E45C, W184A, M184A 突变：A14C, E45C, W184A, M184A 突变：A14C, E45C, W184A, M184A K3L 2-[4-(4-aminobenzene-1-sulfonyl)-2-oxopiperazin-1-yl]-N-{(1R)-2-(3,5-difluorophenyl)-1-[3-(4-methoxyphenyl)-4-oxo-3,4-dihydroquinazolin-2-yl]ethyl}acetamide × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；PACT E4
分辨率 2.90 Å R-free 0.247
9PGS HIV Capsid Hexamer bound to Compound 6 提交 2025-07-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
链 C 133–363（231 aa）
链 D 133–363（231 aa）
链 E 133–363（231 aa）
链 F 133–363（231 aa）
突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A A1CH4 3,5-difluoro-Nalpha-[(5-hydroxy-1H-indol-3-yl)acetyl]-N-(4-methoxyphenyl)-N-methyl-L-phenylalaninamide × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；30% PEG 8000, 0.1M sodium malonate
分辨率 2.40 Å R-free 0.261
9PGS HIV Capsid Hexamer bound to Compound 6 提交 2025-07-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 G 133–363（231 aa）
链 H 133–363（231 aa）
链 I 133–363（231 aa）
链 J 133–363（231 aa）
链 K 133–363（231 aa）
链 L 133–363（231 aa）
突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A A1CH4 3,5-difluoro-Nalpha-[(5-hydroxy-1H-indol-3-yl)acetyl]-N-(4-methoxyphenyl)-N-methyl-L-phenylalaninamide × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；30% PEG 8000, 0.1M sodium malonate
分辨率 2.40 Å R-free 0.261
9PGT HIV Capsid Hexamer bound to Compound 12 提交 2025-07-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
链 C 133–363（231 aa）
链 D 133–363（231 aa）
链 E 133–363（231 aa）
链 F 133–363（231 aa）
未记录 A1CH5 N-[(1S)-1-[3-(4-chlorophenyl)pyridin-2-yl]-2-(3,5-difluorophenyl)ethyl]-2-(5-hydroxy-1H-indol-3-yl)acetamide × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；12% PEG 8K, 0.1M sodium malonate
分辨率 2.20 Å R-free 0.247
9PGT HIV Capsid Hexamer bound to Compound 12 提交 2025-07-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 G 133–363（231 aa）
链 H 133–363（231 aa）
链 I 133–363（231 aa）
链 J 133–363（231 aa）
链 K 133–363（231 aa）
链 L 133–363（231 aa）
未记录 A1CH5 N-[(1S)-1-[3-(4-chlorophenyl)pyridin-2-yl]-2-(3,5-difluorophenyl)ethyl]-2-(5-hydroxy-1H-indol-3-yl)acetamide × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；12% PEG 8K, 0.1M sodium malonate
分辨率 2.20 Å R-free 0.247
9PGU HIV Capsid Hexamer bound to Compound 40 提交 2025-07-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
链 C 133–363（231 aa）
链 D 133–363（231 aa）
链 E 133–363（231 aa）
链 F 133–363（231 aa）
未记录 A1CH6 (5M)-5-{2-[(1S)-2-(3,5-difluorophenyl)-1-{2-[(3bS,4aR)-5,5-difluoro-3-(trifluoromethyl)-3b,4,4a,5-tetrahydro-1H-cyclopropa[3,4]cyclopenta[1,2-c]pyrazol-1-yl]acetamido}ethyl]pyridin-3-yl}-2-fluorobenzamide × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；7% peg 8000, 0.1M sodium malonate, pH 6.5
分辨率 3.36 Å R-free 0.262
9PGV HIV Capsid Hexamer bound to Compound 24 提交 2025-07-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
链 C 133–363（231 aa）
链 D 133–363（231 aa）
链 E 133–363（231 aa）
链 F 133–363（231 aa）
未记录 A1CH7 N-methyl-N-phenyl-3-(pyridin-3-yl)-N~2~-{[3-(trifluoromethyl)-4,5,6,7-tetrahydro-1H-indazol-1-yl]acetyl}-L-alaninamide × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；12% PEG 8000, 100 mM sodium malonate
分辨率 2.30 Å R-free 0.263
9PGV HIV Capsid Hexamer bound to Compound 24 提交 2025-07-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 G 133–363（231 aa）
链 H 133–363（231 aa）
链 I 133–363（231 aa）
链 J 133–363（231 aa）
链 K 133–363（231 aa）
链 L 133–363（231 aa）
未记录 A1CH7 N-methyl-N-phenyl-3-(pyridin-3-yl)-N~2~-{[3-(trifluoromethyl)-4,5,6,7-tetrahydro-1H-indazol-1-yl]acetyl}-L-alaninamide × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；12% PEG 8000, 100 mM sodium malonate
分辨率 2.30 Å R-free 0.263
9S6W HIV-1 capsid (M-group) - native in complex with JW3-100 提交 2025-08-01 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
未记录 IOD IODIDE ION × 12 CL CHLORIDE ION × 24 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 6 1PG 2-(2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL × 6 A1JL5 (S)-N-(1-(5-((2-amino-2-oxoethyl)thio)-4-(4-(tert-Butyl)phenyl)-4H-1,2,4-triazol-3-yl)-2-(3,5-difluorophenyl)ethyl)-2-(5-hydroxy-1H-indol-3-yl)acetamide × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；9.5-11% PEG 3350 (v/v), 250-350 mM NaI, 100 mM Sodium Cacodylate [pH 6.5]. Crystals grew in 1 uL protein (3 mg/mL) + 1 uL crystallant. Cryoprotected in 20% (v/v) Glycerol.
分辨率 2.07 Å R-free 0.298

共 70 个其他 PDB 条目、103 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B6DRA0_9HIV1
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–231； UniProt 133–363

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6axy

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6axy
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6axy
沉积日期 deposition_date2017-09-07
结构标题 titleStructure of the V11I/T58A/I124A mutant of the HIV-1 capsid protein
关键词 keywordsHIV-1 capsid protein, hexamer, V11I/T58A/I124A mutant, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.81 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.44 Å
零角强度 I(0) i013037300.00
分子量 molecular_weight25156.0 kDa
排除体积 excluded_volume30373 ų
包络体积 envelope_volume39422 ų
水化壳体积 shell_volume15968 ų
包络直径 envelope_diameter81.6 Å
壳层 Rg shell_rg27.35 Å
包络 Rg envelope_rg22.60 Å
形状 Rg shape_rg22.52 Å
总 Rg total_rg22.85 Å
总原子数 total_atoms1696
残基数 n_residues216
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax78.2 Å
Rg (实空间) rg_real22.98 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.73 Å
I(0) (实空间) i0_real1.3040e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9630e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal13040000.0000
解质量估计 total_estimate0.7647
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary19.0 Å
偏度 Skewness skewness0.478
峰度 Kurtosis kurtosis-0.380
角度范围 angular_range— – 0.3500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2738000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.735; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.734; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd6axya1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.73 — Retrovirus capsid protein, N-terminal core domain
超家族 Superfamily superfamilya.73.1 — Retrovirus capsid protein, N-terminal core domain
家族 Family familya.73.1.1 — Retrovirus capsid protein, N-terminal core domain
结构域编号 domain_idd6axya2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.28 — Acyl carrier protein-like
超家族 Superfamily superfamilya.28.3 — Retrovirus capsid dimerization domain-like
家族 Family familya.28.3.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id6axyA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology375 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein
结构域编号 domain_id6axyA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Retrovirus capsid C-terminal domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)