6c2y

Human GRK2 in complex with Gbetagamma subunits and CCG257142

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 145.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-adrenergic receptor kinase 1

Homo sapiens

UniProt P25098

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–689 突变:S670A Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62871) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63212) EJS (4R,5R,6S)-4-[4-fluoro-3-({[3-(methoxymethyl)-1,2,4-oxadiazol-5-yl]methyl}carbamoyl)phenyl]-N-(2H-indazol-5-yl)-6-methyl-2-oxohexahydropyrimidine-5-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;277 K;50 mM MES pH 6.0, 800 mM NaCl, 8% PEG 3350 分辨率 2.74 Å R-free 0.292

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 19 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ARBK1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–689; UniProt 1–689

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

Bos taurus

UniProt P62871

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–340 未记录 Beta-adrenergic receptor kinase 1 × 1 (P25098) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63212) EJS (4R,5R,6S)-4-[4-fluoro-3-({[3-(methoxymethyl)-1,2,4-oxadiazol-5-yl]methyl}carbamoyl)phenyl]-N-(2H-indazol-5-yl)-6-methyl-2-oxohexahydropyrimidine-5-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;277 K;50 mM MES pH 6.0, 800 mM NaCl, 8% PEG 3350 分辨率 2.74 Å R-free 0.292

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 72 个其他 PDB 条目、73 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBB1_BOVIN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–340; UniProt 1–340

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

Bos taurus

UniProt P63212

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–71 突变:C68S Beta-adrenergic receptor kinase 1 × 1 (P25098) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62871) EJS (4R,5R,6S)-4-[4-fluoro-3-({[3-(methoxymethyl)-1,2,4-oxadiazol-5-yl]methyl}carbamoyl)phenyl]-N-(2H-indazol-5-yl)-6-methyl-2-oxohexahydropyrimidine-5-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;277 K;50 mM MES pH 6.0, 800 mM NaCl, 8% PEG 3350 分辨率 2.74 Å R-free 0.292

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 215 个其他 PDB 条目、216 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBG2_BOVIN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 7–77; UniProt 1–71

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6c2y

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6c2y
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6c2y
沉积日期 deposition_date2018-01-09
结构标题 titleHuman GRK2 in complex with Gbetagamma subunits and CCG257142
关键词 keywordsTRANSFERASE-Signaling Protein complex; TRANSFERASE/Signaling Protein
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier42.23
回转半径 Rg (电子) rg_electron42.29
零角强度 I(0) i0206541000.00
分子量 molecular_weight115620.0 kDa
排除体积 excluded_volume144050 ų
包络体积 envelope_volume199650 ų
水化壳体积 shell_volume41843 ų
包络直径 envelope_diameter147.8
壳层 Rg shell_rg44.12
包络 Rg envelope_rg41.53
形状 Rg shape_rg42.28
总 Rg total_rg42.43
总原子数 total_atoms8117
残基数 n_residues1010
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax145.6
Rg (实空间) rg_real42.57
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.64
I(0) (实空间) i0_real2.0650e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.8410e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal42.23
I(0) (倒空间) i0_reciprocal206500000.0000
解质量估计 total_estimate0.8041
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary31.5
偏度 Skewness skewness0.435
峰度 Kurtosis kurtosis-0.673
角度范围 angular_range— – 0.1850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha22230000.0000
实空间数据点数 n_real_points38
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.669; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.658; Smooth: 0.782

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_idd6c2ya1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.91 — Regulator of G-protein signaling, RGS
超家族 Superfamily superfamilya.91.1 — Regulator of G-protein signaling, RGS
家族 Family familya.91.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6c2ya2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit
结构域编号 domain_idd6c2ya3
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.55.1 — PH domain-like
家族 Family familyb.55.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6c2yb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamilyb.69.4 — WD40 repeat-like
家族 Family familyb.69.4.1 — WD40-repeat
结构域编号 domain_idd6c2yg_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.137 — Non-globular all-alpha subunits of globular proteins
超家族 Superfamily superfamilya.137.3 — Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain
家族 Family familya.137.3.1 — Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id6c2yA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1270
结构域编号 domain_id6c2yA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology167 — Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2
结构域编号 domain_id6c2yA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id6c2yA04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
结构域编号 domain_id6c2yA05
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)
结构域编号 domain_id6c2yB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
结构域编号 domain_id6c2yG00
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology260 — G Protein Gi Gamma 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)