6c9m

The Human NatA (Naa10/Naa15) amino-terminal acetyltransferase complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 154.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

N-alpha-acetyltransferase 15, NatA auxiliary subunit

Homo sapiens

UniProt Q9BXJ9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–866 未记录 N-alpha-acetyltransferase 10 × 1 (P41227) IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;16% PEG3350, 10% Tascimate, pH 7.5, 2% acetone 分辨率 2.80 Å R-free 0.242
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–866 未记录 N-alpha-acetyltransferase 10 × 1 (P41227) IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;16% PEG3350, 10% Tascimate, pH 7.5, 2% acetone 分辨率 2.80 Å R-free 0.242

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 11 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NAA15_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–866; UniProt 1–866 作者链 C; PDB构建体 1–866; UniProt 1–866

N-alpha-acetyltransferase 10

Homo sapiens

UniProt P41227

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–235 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) N-alpha-acetyltransferase 15, NatA auxiliary subunit × 1 (Q9BXJ9) IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;16% PEG3350, 10% Tascimate, pH 7.5, 2% acetone 分辨率 2.80 Å R-free 0.242
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–235 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) N-alpha-acetyltransferase 15, NatA auxiliary subunit × 1 (Q9BXJ9) IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;16% PEG3350, 10% Tascimate, pH 7.5, 2% acetone 分辨率 2.80 Å R-free 0.242

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 11 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NAA10_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 2–236; UniProt 1–235 作者链 D; PDB构建体 2–236; UniProt 1–235

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6c9m

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6c9m
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6c9m
沉积日期 deposition_date2018-01-26
结构标题 titleThe Human NatA (Naa10/Naa15) amino-terminal acetyltransferase complex
关键词 keywordsNatA, N-terminal acetylation, protein complex, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier45.40
回转半径 Rg (电子) rg_electron45.35
零角强度 I(0) i0695285000.00
分子量 molecular_weight218260.0 kDa
排除体积 excluded_volume273590 ų
包络体积 envelope_volume385070 ų
水化壳体积 shell_volume71570 ų
包络直径 envelope_diameter161.9
壳层 Rg shell_rg49.16
包络 Rg envelope_rg44.68
形状 Rg shape_rg45.35
总 Rg total_rg45.53
总原子数 total_atoms15322
残基数 n_residues1864
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax154.3
Rg (实空间) rg_real45.56
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.90
I(0) (实空间) i0_real6.9530e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4650e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal45.41
I(0) (倒空间) i0_reciprocal695200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8577
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary48.5
偏度 Skewness skewness0.461
峰度 Kurtosis kurtosis-0.260
角度范围 angular_range— – 0.1750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha50490000.0000
实空间数据点数 n_real_points36
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.793; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.792

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd6c9mb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.108 — Acyl-CoA N-acyltransferases (Nat)
超家族 Superfamily superfamilyd.108.1 — Acyl-CoA N-acyltransferases (Nat)
家族 Family familyd.108.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6c9md_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.108 — Acyl-CoA N-acyltransferases (Nat)
超家族 Superfamily superfamilyd.108.1 — Acyl-CoA N-acyltransferases (Nat)
家族 Family familyd.108.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id6c9mB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT)
结构域编号 domain_id6c9mD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)