Bacillus halodurans
| Assembly | 物理组成 | 蛋白状态 | 分子拷贝数 | 共同组分 | 数据核对 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 其他组合 | 单体 | 蛋白 1 DNA 1 RNA 2 | ;RNA (5'-R(*AP*CP*AP*U)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(P*CP*G)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*GP*T)-3') ; × 1 MAGNESIUM ION × 2 POTASSIUM ION × 2 IODIDE ION × 4 GLYCEROL × 6 TRIETHYLENE GLYCOL × 1 1,2-ETHANEDIOL × 1 water × 4 | 与全部聚合物一致 |
| UniProt名称 | RNH1_BACHD |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 5–142； UniProt 59–196 |
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| 条目编号 entry_id | 6dop |
| 沉积日期 deposition_date | 2018-06-09 |
| 结构标题 title | Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 2 mM Mg2+ and 200 mM K+ for 120 s at 21 C (dataset 1) |
| 关键词 keywords | ;protein-RNA-DNA complex, double helix, RNA hydrolysis, in crystallo catalysis, metal dependent catalysis, monovalent cations, divalent cations, HYDROLASE, hydrolase-dna-rna complex ;; hydrolase/dna/rna |
| 实验方法 method | X-RAY DIFFRACTION |
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Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)
| Rg（Guinier） | 16.34 Å |
| Rg（电子密度） | 15.24 Å |
| 总 Rg | 16.26 Å |
| 原子数 | 2308 |
| 残基数 | 146 |
| 排除体积 | 24359 ų |
| 最大 q | 0.500 Å⁻¹ |
| 结构域编号 domain_id | 6dopA00 |
| 类 Class class | 3 — Alpha Beta |
| 架构 Architecture architecture | 30 — 2-Layer Sandwich |
| 拓扑 Topology topology | 420 — Nucleotidyltransferase; domain 5 |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H |