6dwf

Crystal structure of complex of BBKI mutant, L55R with Bovine Trypsin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 189.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cationic trypsin

物种未注明

UniProt P00760

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 24–246 片段:residues 24-246 Kunitz-type inihibitor × 1 (Q6VEQ7) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;1.6M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium Citrate at pH 4.2 分辨率 1.94 Å R-free 0.223
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 24–246 片段:residues 24-246 Kunitz-type inihibitor × 1 (Q6VEQ7) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;1.6M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium Citrate at pH 4.2 分辨率 1.94 Å R-free 0.223
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 24–246 片段:residues 24-246 Kunitz-type inihibitor × 1 (Q6VEQ7) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;1.6M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium Citrate at pH 4.2 分辨率 1.94 Å R-free 0.223
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 24–246 片段:residues 24-246 Kunitz-type inihibitor × 1 (Q6VEQ7) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;1.6M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium Citrate at pH 4.2 分辨率 1.94 Å R-free 0.223
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 24–246 片段:residues 24-246 Kunitz-type inihibitor × 1 (Q6VEQ7) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;1.6M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium Citrate at pH 4.2 分辨率 1.94 Å R-free 0.223
6 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 24–246 片段:residues 24-246 Kunitz-type inihibitor × 1 (Q6VEQ7) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;1.6M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium Citrate at pH 4.2 分辨率 1.94 Å R-free 0.223

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 608 个其他 PDB 条目、765 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRY1_BOVIN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–223; UniProt 24–246 作者链 B; PDB构建体 1–223; UniProt 24–246 作者链 C; PDB构建体 1–223; UniProt 24–246 作者链 D; PDB构建体 1–223; UniProt 24–246 作者链 E; PDB构建体 1–223; UniProt 24–246 作者链 F; PDB构建体 1–223; UniProt 24–246

Kunitz-type inihibitor

Bauhinia bauhinioides

UniProt Q6VEQ7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 19–181 片段:residues 19-181 突变:L55R Cationic trypsin × 1 (P00760) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;1.6M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium Citrate at pH 4.2 分辨率 1.94 Å R-free 0.223
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 19–181 片段:residues 19-181 突变:L55R Cationic trypsin × 1 (P00760) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;1.6M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium Citrate at pH 4.2 分辨率 1.94 Å R-free 0.223
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 19–181 片段:residues 19-181 突变:L55R Cationic trypsin × 1 (P00760) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;1.6M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium Citrate at pH 4.2 分辨率 1.94 Å R-free 0.223
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 J; UniProt 19–181 片段:residues 19-181 突变:L55R Cationic trypsin × 1 (P00760) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;1.6M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium Citrate at pH 4.2 分辨率 1.94 Å R-free 0.223
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 K; UniProt 19–181 片段:residues 19-181 突变:L55R Cationic trypsin × 1 (P00760) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;1.6M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium Citrate at pH 4.2 分辨率 1.94 Å R-free 0.223
6 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 L; UniProt 19–181 片段:residues 19-181 突变:L55R Cationic trypsin × 1 (P00760) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;1.6M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium Citrate at pH 4.2 分辨率 1.94 Å R-free 0.223

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 13 个其他 PDB 条目、75 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q6VEQ7_BAUBA
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 7–169; UniProt 19–181 作者链 H; PDB构建体 7–169; UniProt 19–181 作者链 I; PDB构建体 7–169; UniProt 19–181 作者链 J; PDB构建体 7–169; UniProt 19–181 作者链 K; PDB构建体 7–169; UniProt 19–181 作者链 L; PDB构建体 7–169; UniProt 19–181

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6dwf

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6dwf
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6dwf
沉积日期 deposition_date2018-06-26
结构标题 titleCrystal structure of complex of BBKI mutant, L55R with Bovine Trypsin
关键词 keywordsHYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier58.00
回转半径 Rg (电子) rg_electron58.90
零角强度 I(0) i0891940000.00
分子量 molecular_weight246920.0 kDa
排除体积 excluded_volume308120 ų
包络体积 envelope_volume436450 ų
水化壳体积 shell_volume68000 ų
包络直径 envelope_diameter207.1
壳层 Rg shell_rg52.73
包络 Rg envelope_rg57.88
形状 Rg shape_rg58.88
总 Rg total_rg58.77
总原子数 total_atoms17352
残基数 n_residues2298
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax189.9
Rg (实空间) rg_real58.68
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.80
I(0) (实空间) i0_real8.9190e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.8630e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal57.39
I(0) (倒空间) i0_reciprocal890100000.0000
解质量估计 total_estimate0.7890
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary49.2
偏度 Skewness skewness0.522
峰度 Kurtosis kurtosis-0.489
角度范围 angular_range— – 0.1350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha29900000.0000
实空间数据点数 n_real_points28
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.819; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.757; Smooth: 0.041

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd6dwfa_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.2 — Eukaryotic proteases
结构域编号 domain_idd6dwfb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.2 — Eukaryotic proteases
结构域编号 domain_idd6dwfc_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.2 — Eukaryotic proteases
结构域编号 domain_idd6dwfd_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.2 — Eukaryotic proteases
结构域编号 domain_idd6dwfe_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.2 — Eukaryotic proteases
结构域编号 domain_idd6dwff_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.2 — Eukaryotic proteases

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id6dwfA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id6dwfB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id6dwfC02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id6dwfD02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id6dwfE02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id6dwfF02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id6dwfG00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture80 — Trefoil
拓扑 Topology topology10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50
结构域编号 domain_id6dwfH00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture80 — Trefoil
拓扑 Topology topology10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50
结构域编号 domain_id6dwfI00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture80 — Trefoil
拓扑 Topology topology10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50
结构域编号 domain_id6dwfJ00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture80 — Trefoil
拓扑 Topology topology10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50
结构域编号 domain_id6dwfK00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture80 — Trefoil
拓扑 Topology topology10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50
结构域编号 domain_id6dwfL00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture80 — Trefoil
拓扑 Topology topology10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)