6fiz

Crystal Structure of CNG mimicking NaK-EAPP mutant (T67A) cocrystallized with K+

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 120.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Potassium channel protein,Cyclic nucleotide-gated olfactory channel,Potassium channel protein

Bacillus cereus (strain ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711)

UniProt Q16280

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 339–344 链 B; UniProt 339–344 链 C; UniProt 339–344 链 D; UniProt 339–344 未记录 GLY GLYCINE × 10 K POTASSIUM ION × 3 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;277 K;40-44% MPD 100 mM MES pH 6.5 25mM Glycine 分辨率 2.63 Å R-free 0.269
2 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 339–344 链 F; UniProt 339–344 链 G; UniProt 339–344 链 H; UniProt 339–344 未记录 GLY GLYCINE × 12 K POTASSIUM ION × 3 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;277 K;40-44% MPD 100 mM MES pH 6.5 25mM Glycine 分辨率 2.63 Å R-free 0.269
3 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 339–344 链 J; UniProt 339–344 链 K; UniProt 339–344 链 L; UniProt 339–344 未记录 GLY GLYCINE × 17 K POTASSIUM ION × 3 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;277 K;40-44% MPD 100 mM MES pH 6.5 25mM Glycine 分辨率 2.63 Å R-free 0.269
4 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 M; UniProt 339–344 链 N; UniProt 339–344 链 O; UniProt 339–344 链 P; UniProt 339–344 未记录 GLY GLYCINE × 21 K POTASSIUM ION × 3 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;277 K;40-44% MPD 100 mM MES pH 6.5 25mM Glycine 分辨率 2.63 Å R-free 0.269

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CNGA2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 47–52; UniProt 339–344 作者链 B; PDB构建体 47–52; UniProt 339–344 作者链 C; PDB构建体 47–52; UniProt 339–344 作者链 D; PDB构建体 47–52; UniProt 339–344 作者链 E; PDB构建体 47–52; UniProt 339–344 作者链 F; PDB构建体 47–52; UniProt 339–344 作者链 G; PDB构建体 47–52; UniProt 339–344 作者链 H; PDB构建体 47–52; UniProt 339–344 作者链 I; PDB构建体 47–52; UniProt 339–344 作者链 J; PDB构建体 47–52; UniProt 339–344 作者链 K; PDB构建体 47–52; UniProt 339–344 作者链 L; PDB构建体 47–52; UniProt 339–344 作者链 M; PDB构建体 47–52; UniProt 339–344 作者链 N; PDB构建体 47–52; UniProt 339–344 作者链 O; PDB构建体 47–52; UniProt 339–344 作者链 P; PDB构建体 47–52; UniProt 339–344

Potassium channel protein,Cyclic nucleotide-gated olfactory channel,Potassium channel protein

Bacillus cereus (strain ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711)

UniProt Q81HW2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 20–64 链 A; UniProt 72–110 链 B; UniProt 20–64 链 B; UniProt 72–110 链 C; UniProt 20–64 链 C; UniProt 72–110 链 D; UniProt 20–64 链 D; UniProt 72–110 未记录 GLY GLYCINE × 10 K POTASSIUM ION × 3 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;277 K;40-44% MPD 100 mM MES pH 6.5 25mM Glycine 分辨率 2.63 Å R-free 0.269
2 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 20–64 链 E; UniProt 72–110 链 F; UniProt 20–64 链 F; UniProt 72–110 链 G; UniProt 20–64 链 G; UniProt 72–110 链 H; UniProt 20–64 链 H; UniProt 72–110 未记录 GLY GLYCINE × 12 K POTASSIUM ION × 3 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;277 K;40-44% MPD 100 mM MES pH 6.5 25mM Glycine 分辨率 2.63 Å R-free 0.269
3 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 20–64 链 I; UniProt 72–110 链 J; UniProt 20–64 链 J; UniProt 72–110 链 K; UniProt 20–64 链 K; UniProt 72–110 链 L; UniProt 20–64 链 L; UniProt 72–110 未记录 GLY GLYCINE × 17 K POTASSIUM ION × 3 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;277 K;40-44% MPD 100 mM MES pH 6.5 25mM Glycine 分辨率 2.63 Å R-free 0.269
4 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 M; UniProt 20–64 链 M; UniProt 72–110 链 N; UniProt 20–64 链 N; UniProt 72–110 链 O; UniProt 20–64 链 O; UniProt 72–110 链 P; UniProt 20–64 链 P; UniProt 72–110 未记录 GLY GLYCINE × 21 K POTASSIUM ION × 3 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;277 K;40-44% MPD 100 mM MES pH 6.5 25mM Glycine 分辨率 2.63 Å R-free 0.269

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 44 个其他 PDB 条目、79 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q81HW2_BACCR
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–46; UniProt 20–64 作者链 A; PDB构建体 53–91; UniProt 72–110 作者链 B; PDB构建体 2–46; UniProt 20–64 作者链 B; PDB构建体 53–91; UniProt 72–110 作者链 C; PDB构建体 2–46; UniProt 20–64 作者链 C; PDB构建体 53–91; UniProt 72–110 作者链 D; PDB构建体 2–46; UniProt 20–64 作者链 D; PDB构建体 53–91; UniProt 72–110 作者链 E; PDB构建体 2–46; UniProt 20–64 作者链 E; PDB构建体 53–91; UniProt 72–110 作者链 F; PDB构建体 2–46; UniProt 20–64 作者链 F; PDB构建体 53–91; UniProt 72–110 作者链 G; PDB构建体 2–46; UniProt 20–64 作者链 G; PDB构建体 53–91; UniProt 72–110 作者链 H; PDB构建体 2–46; UniProt 20–64 作者链 H; PDB构建体 53–91; UniProt 72–110 作者链 I; PDB构建体 2–46; UniProt 20–64 作者链 I; PDB构建体 53–91; UniProt 72–110 作者链 J; PDB构建体 2–46; UniProt 20–64 作者链 J; PDB构建体 53–91; UniProt 72–110 作者链 K; PDB构建体 2–46; UniProt 20–64 作者链 K; PDB构建体 53–91; UniProt 72–110 作者链 L; PDB构建体 2–46; UniProt 20–64 作者链 L; PDB构建体 53–91; UniProt 72–110 作者链 M; PDB构建体 2–46; UniProt 20–64 作者链 M; PDB构建体 53–91; UniProt 72–110 作者链 N; PDB构建体 2–46; UniProt 20–64 作者链 N; PDB构建体 53–91; UniProt 72–110 作者链 O; PDB构建体 2–46; UniProt 20–64 作者链 O; PDB构建体 53–91; UniProt 72–110 作者链 P; PDB构建体 2–46; UniProt 20–64 作者链 P; PDB构建体 53–91; UniProt 72–110

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6fiz

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6fiz
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6fiz
沉积日期 deposition_date2018-01-19
结构标题 titleCrystal Structure of CNG mimicking NaK-EAPP mutant (T67A) cocrystallized with K+
关键词 keywordsCNG mimick, ion channel, transport channel, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier39.68
回转半径 Rg (电子) rg_electron38.94
零角强度 I(0) i0290803000.00
分子量 molecular_weight165720.0 kDa
排除体积 excluded_volume218460 ų
包络体积 envelope_volume284780 ų
水化壳体积 shell_volume59192 ų
包络直径 envelope_diameter128.9
壳层 Rg shell_rg46.43
包络 Rg envelope_rg38.14
形状 Rg shape_rg38.93
总 Rg total_rg39.48
总原子数 total_atoms11740
残基数 n_residues1462
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax120.0
Rg (实空间) rg_real39.35
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.04
I(0) (实空间) i0_real2.9080e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.9580e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal39.56
I(0) (倒空间) i0_reciprocal290900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8969
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary60.0
偏度 Skewness skewness-0.046
峰度 Kurtosis kurtosis-0.695
角度范围 angular_range— – 0.2000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha89310000.0000
实空间数据点数 n_real_points41
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.912; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.934

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id6fizA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70
结构域编号 domain_id6fizB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70
结构域编号 domain_id6fizC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70
结构域编号 domain_id6fizD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70
结构域编号 domain_id6fizE00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70
结构域编号 domain_id6fizF00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70
结构域编号 domain_id6fizG00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70
结构域编号 domain_id6fizH00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70
结构域编号 domain_id6fizI00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70
结构域编号 domain_id6fizJ00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70
结构域编号 domain_id6fizK00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70
结构域编号 domain_id6fizL00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70
结构域编号 domain_id6fizM00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70
结构域编号 domain_id6fizN00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70
结构域编号 domain_id6fizO00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70
结构域编号 domain_id6fizP00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)