6glb

Crystal structure of JAK3 in complex with Compound 20 (FM484)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 92.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein kinase JAK3

Homo sapiens

UniProt P52333

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 812–1103 未记录 F48 3-[5-(3-cyclohexyl-3,5,8,10-tetrazatricyclo[7.3.0.0^{2,6}]dodeca-1(9),2(6),4,7,11-pentaen-4-yl)furan-2-yl]propanenitrile × 1 PHU 1-phenylurea × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;277.15 K;24-30% PEG 3350, 0.1 M MES, pH 5.5-6.0 and 0.1-0.2 M MgCl2 分辨率 2.00 Å R-free 0.290
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 812–1103 未记录 F48 3-[5-(3-cyclohexyl-3,5,8,10-tetrazatricyclo[7.3.0.0^{2,6}]dodeca-1(9),2(6),4,7,11-pentaen-4-yl)furan-2-yl]propanenitrile × 1 PHU 1-phenylurea × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;277.15 K;24-30% PEG 3350, 0.1 M MES, pH 5.5-6.0 and 0.1-0.2 M MgCl2 分辨率 2.00 Å R-free 0.290

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 41 个其他 PDB 条目、69 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 JAK3_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–294; UniProt 812–1103 作者链 B; PDB构建体 3–294; UniProt 812–1103

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6glb

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6glb
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6glb
沉积日期 deposition_date2018-05-23
结构标题 titleCrystal structure of JAK3 in complex with Compound 20 (FM484)
关键词 keywords;KINASE, JAK3, COVALENT INHIBITOR, REVERSIBLE COVALENT INHIBITOR, INDUCED POCKET, ARGININE POCKET, STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM, SGC, TRANSFERASE ;; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.12
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.15
零角强度 I(0) i071635800.00
分子量 molecular_weight66382.0 kDa
排除体积 excluded_volume83225 ų
包络体积 envelope_volume101700 ų
水化壳体积 shell_volume31549 ų
包络直径 envelope_diameter96.0
壳层 Rg shell_rg34.09
包络 Rg envelope_rg27.01
形状 Rg shape_rg27.14
总 Rg total_rg27.91
总原子数 total_atoms4674
残基数 n_residues576
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax92.9
Rg (实空间) rg_real28.07
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.45
I(0) (实空间) i0_real7.1640e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.6270e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.09
I(0) (倒空间) i0_reciprocal71640000.0000
解质量估计 total_estimate0.8971
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks0
主峰位置 r_peak_primary
偏度 Skewness skewness0.267
峰度 Kurtosis kurtosis-0.483
角度范围 angular_range— – 0.2800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha15580000.0000
实空间数据点数 n_real_points57
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.895; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.989

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd6glba_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6glbb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id6glbA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id6glbA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
结构域编号 domain_id6glbB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id6glbB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)