Cyclin-dependent kinase 1
Homo sapiens
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 | 链 A; UniProt 1–297 | 未记录 | G2/mitotic-specific cyclin-B1 × 1 (P14635) Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 2 × 1 (P33552) FB8 4-(2-methyl-3-propan-2-yl-imidazol-4-yl)-~{N}-(4-methylsulfonylphenyl)pyrimidin-2-amine × 1 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;277 K;0.1M MES/IMIDAZOLE BUFFER (PH6.7), 6.5% MPD, 5% PEG4K, 10% PEG1K PROTEIN AT 10-12 MG/ML + 0.5mM Inhibitor | 分辨率 2.65 Å R-free 0.258 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 6GU3 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4Y72 Human CDK1/CyclinB1/CKS2 With Inhibitor 提交 2015-02-13 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:TRIMERIC |
链 A
1–297(297 aa)
|
未记录 | LZ9 {[(2,6-difluorophenyl)carbonyl]amino}-N-(4-fluorophenyl)-1H-pyrazole-3-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 6.7;277 K;Conditions around 0.1M MES/imidazole buffer (pH6.7), 6.5% MPD, 5% PEG4K, 10% PEG1K
Protein at 10-12 mg/ml
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.252 |
| 4YC3 CDK1/CyclinB1/CKS2 Apo 提交 2015-02-19 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 A
1–297(297 aa)
|
未记录 | MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 6.7;277 K;0.1M MES/imidazole buffer (pH6.7), 6.5% MPD, 5% PEG4K, 10% PEG1K
Protein at 10-12 mg/ml
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.260 |
| 4YC6 CDK1/CKS1 提交 2015-02-19 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
1–297(297 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 8.3;277 K;16-18% PEG 10 000, 0.1M imidazole pH 8.2 -8.4
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.267 |
| 4YC6 CDK1/CKS1 提交 2015-02-19 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 C
1–297(297 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 8.3;277 K;16-18% PEG 10 000, 0.1M imidazole pH 8.2 -8.4
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.267 |
| 4YC6 CDK1/CKS1 提交 2015-02-19 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 E
1–297(297 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 8.3;277 K;16-18% PEG 10 000, 0.1M imidazole pH 8.2 -8.4
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.267 |
| 4YC6 CDK1/CKS1 提交 2015-02-19 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 G
1–297(297 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 8.3;277 K;16-18% PEG 10 000, 0.1M imidazole pH 8.2 -8.4
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.267 |
| 5HQ0 Ternary complex of human proteins CDK1, Cyclin B and CKS2, bound to an inhibitor 提交 2016-01-21 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 A
1–297(297 aa)
片段:Fall Armyworm
|
未记录 | LZ9 {[(2,6-difluorophenyl)carbonyl]amino}-N-(4-fluorophenyl)-1H-pyrazole-3-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.7;277 K;0.1 M MES pH6.7, 6.55 MPD, 5% PEG4K, 10% PEG 1K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.252 |
| 5LQF CDK1/CyclinB1/CKS2 in complex with NU6102 提交 2016-08-17 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 A
1–297(297 aa)
|
未记录 | 4SP O6-CYCLOHEXYLMETHOXY-2-(4'-SULPHAMOYLANILINO) PURINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.7;277 K;0.1M MES/IMIDAZOLE BUFFER (PH6.7), 6.5% MPD, 5% PEG4K, 10% PEG1K PROTEIN AT 10-12 MG/ML
|
分辨率 2.06 Å R-free 0.254 |
| 5LQF CDK1/CyclinB1/CKS2 in complex with NU6102 提交 2016-08-17 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 D
1–297(297 aa)
|
未记录 | 4SP O6-CYCLOHEXYLMETHOXY-2-(4'-SULPHAMOYLANILINO) PURINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.7;277 K;0.1M MES/IMIDAZOLE BUFFER (PH6.7), 6.5% MPD, 5% PEG4K, 10% PEG1K PROTEIN AT 10-12 MG/ML
|
分辨率 2.06 Å R-free 0.254 |
| 6GU2 CDK1/CyclinB/Cks2 in complex with Flavopiridol 提交 2018-06-19 | 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 A
1–297(297 aa)
|
未记录 | F9Z 2-(2-chlorophenyl)-8-[(3~{R},4~{R})-1-methyl-3-oxidanyl-piperidin-4-yl]-5,7-bis(oxidanyl)chromen-4-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;277 K;0.1M MES/IMIDAZOLE BUFFER (PH6.7), 6.5% MPD, 5% PEG4K, 10% PEG1K PROTEIN AT 10-12 MG/ML + 0.5mM Inhibitor
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.239 |
| 6GU4 CDK1/CyclinB/Cks2 in complex with CGP74514A 提交 2018-06-19 | 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 A
1–297(297 aa)
|
未记录 | FC8 ~{N}2-[(1~{R},2~{S})-2-azanylcyclohexyl]-~{N}6-(3-chlorophenyl)-9-ethyl-purine-2,6-diamine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;277 K;0.1M MES/IMIDAZOLE BUFFER (PH6.7), 6.5% MPD, 5% PEG4K, 10% PEG1K PROTEIN AT 10-12 MG/ML + 0.5mM Inhibitor
|
分辨率 2.73 Å R-free 0.253 |
| 6GU6 CDK1/Cks2 in complex with Dinaciclib 提交 2018-06-19 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
1–297(297 aa)
|
未记录 | 1QK 3-[({3-ethyl-5-[(2S)-2-(2-hydroxyethyl)piperidin-1-yl]pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-7-yl}amino)methyl]-1-hydroxypyridinium × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;277 K;CONDITIONS AROUND 0.1M BIS-TRIS(PH6.5), 0.2M SODIUM NITRATE 20% PEG3350, PROTEIN AT 10-12 MG/ML, 0.5Mm INHIBITOR
|
分辨率 2.33 Å R-free 0.246 |
| 6GU7 CDK1/Cks2 in complex with AZD5438 提交 2018-06-19 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
1–297(297 aa)
|
未记录 | FB8 4-(2-methyl-3-propan-2-yl-imidazol-4-yl)-~{N}-(4-methylsulfonylphenyl)pyrimidin-2-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;277 K;CONDITIONS AROUND 0.1M TRIS/BICINE (PH8.5), 10% PEG8K, 20% ETHYLENE GLYCOL PROTEIN AT 10-12 MG/ML, 0.5mM INHIBITOR
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.274 |
| 6GU7 CDK1/Cks2 in complex with AZD5438 提交 2018-06-19 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 C
1–297(297 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;277 K;CONDITIONS AROUND 0.1M TRIS/BICINE (PH8.5), 10% PEG8K, 20% ETHYLENE GLYCOL PROTEIN AT 10-12 MG/ML, 0.5mM INHIBITOR
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.274 |
| 6GU7 CDK1/Cks2 in complex with AZD5438 提交 2018-06-19 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 E
1–297(297 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;277 K;CONDITIONS AROUND 0.1M TRIS/BICINE (PH8.5), 10% PEG8K, 20% ETHYLENE GLYCOL PROTEIN AT 10-12 MG/ML, 0.5mM INHIBITOR
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.274 |
| 6GU7 CDK1/Cks2 in complex with AZD5438 提交 2018-06-19 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 G
1–297(297 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;277 K;CONDITIONS AROUND 0.1M TRIS/BICINE (PH8.5), 10% PEG8K, 20% ETHYLENE GLYCOL PROTEIN AT 10-12 MG/ML, 0.5mM INHIBITOR
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.274 |
| 6TWN Crystal structure of Talin1 R7R8 in complex with CDK1 (206-223) 提交 2020-01-13 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 D
207–223(17 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.6;277 K;0.1M Na citrate pH 5.6, 20% Isopropanol and 20% PEG4K
|
分辨率 2.28 Å R-free 0.262 |
| 6TWN Crystal structure of Talin1 R7R8 in complex with CDK1 (206-223) 提交 2020-01-13 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 C
207–223(17 aa)
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.6;277 K;0.1M Na citrate pH 5.6, 20% Isopropanol and 20% PEG4K
|
分辨率 2.28 Å R-free 0.262 |
| 7NJ0 CryoEM structure of the human Separase-Cdk1-cyclin B1-Cks1 complex 提交 2021-02-14 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 B
1–297(297 aa)
|
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) | PO4 PHOSPHATE ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 9SKQ Cryo-EM structure of CAK-CDK1-cyclin B1 提交 2025-09-02 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric |
链 A
1–297(297 aa)
|
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) | ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
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查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | CDK1_HUMAN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A; PDB构建体 6–302; UniProt 1–297 |