6h14

Crystal structure of TcACHE complexed to 1-(6-oxo-1,2,3,4,6,10b-hexahydropyrido[2,1-a]isoindol-10-yl)-3-(4-(1-(2-((1,2,3,4-tetrahydroacridin-9-yl)amino)ethyl)-1H-1,2,3-triazol-4-yl)pyridin-2-yl)urea

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 125.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acetylcholinesterase

物种未注明

UniProt P04058

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 22–586 链 B; UniProt 22–586 未记录 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 GOL GLYCEROL × 2 FW8 1-[(10~{b}~{S})-6-oxidanylidene-2,3,4,10~{b}-tetrahydro-1~{H}-pyrido[2,1-a]isoindol-10-yl]-3-[4-[1-[2-(1,2,3,4-tetrahydroacridin-9-ylamino)ethyl]-1,2,3-triazol-4-yl]pyridin-2-yl]urea × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;277 K;50 mM Mes pH 6.0, 30% PEG 2000 分辨率 1.86 Å R-free 0.211

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 124 个其他 PDB 条目、125 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACES_TETCF
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–565; UniProt 22–586 作者链 B; PDB构建体 1–565; UniProt 22–586

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6h14

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6h14
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6h14
沉积日期 deposition_date2018-07-10
结构标题 titleCrystal structure of TcACHE complexed to 1-(6-oxo-1,2,3,4,6,10b-hexahydropyrido[2,1-a]isoindol-10-yl)-3-(4-(1-(2-((1,2,3,4-tetrahydroacridin-9-yl)amino)ethyl)-1H-1,2,3-triazol-4-yl)pyridin-2-yl)urea
关键词 keywordscomplex, inhibitor, alzheimer, acetylcholinesterase, multi-target-directed ligands, MTDL, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.53
回转半径 Rg (电子) rg_electron37.33
零角强度 I(0) i0226352000.00
分子量 molecular_weight123480.0 kDa
排除体积 excluded_volume154730 ų
包络体积 envelope_volume191020 ų
水化壳体积 shell_volume43323 ų
包络直径 envelope_diameter128.3
壳层 Rg shell_rg42.34
包络 Rg envelope_rg37.17
形状 Rg shape_rg37.30
总 Rg total_rg37.74
总原子数 total_atoms8711
残基数 n_residues1060
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax125.8
Rg (实空间) rg_real37.80
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.47
I(0) (实空间) i0_real2.2640e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.7440e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.64
I(0) (倒空间) i0_reciprocal226300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8338
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary32.9
偏度 Skewness skewness0.433
峰度 Kurtosis kurtosis-0.608
角度范围 angular_range— – 0.2100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha75900000.0000
实空间数据点数 n_real_points43
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.714; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.890; Smooth: 0.804

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd6h14a_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family familyc.69.1.1 — Acetylcholinesterase-like
结构域编号 domain_idd6h14b_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family familyc.69.1.1 — Acetylcholinesterase-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id6h14A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain
结构域编号 domain_id6h14B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)