6j3b

Crystal structure of human DHODH in complex with inhibitor 1289

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 62.0 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

Homo sapiens

UniProt Q02127

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 30–395 未记录 SO4 SULFATE ION × 6 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 ORO OROTIC ACID × 1 B5O (6R)-1-[3,5-bis(fluoranyl)-4-[2-fluoranyl-5-(hydroxymethyl)phenyl]phenyl]-6-propan-2-yl-6,7-dihydro-5H-benzotriazol-4-one × 1 LDA LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 ACT ACETATE ION × 6 CL CHLORIDE ION × 3 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;HEPES pH4.6, 2M AMMONIUM SULPHATE, 30% Glycerol 分辨率 1.60 Å R-free 0.176

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 104 个其他 PDB 条目、106 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PYRD_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–366; UniProt 30–395

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6j3b

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6j3b
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6j3b
沉积日期 deposition_date2019-01-04
结构标题 titleCrystal structure of human DHODH in complex with inhibitor 1289
关键词 keywordsDHODH, Inhibitor, Complex, OXIDOREDUCTASE, OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex; OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.65
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.23
零角强度 I(0) i031749200.00
分子量 molecular_weight42172.0 kDa
排除体积 excluded_volume52384 ų
包络体积 envelope_volume58953 ų
水化壳体积 shell_volume24312 ų
包络直径 envelope_diameter61.8
壳层 Rg shell_rg26.92
包络 Rg envelope_rg19.64
形状 Rg shape_rg19.18
总 Rg total_rg20.32
总原子数 total_atoms5855
残基数 n_residues366
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax62.0
Rg (实空间) rg_real20.47
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.25
I(0) (实空间) i0_real3.1750e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.9880e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.51
I(0) (倒空间) i0_reciprocal31750000.0000
解质量估计 total_estimate0.9019
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.9
偏度 Skewness skewness0.052
峰度 Kurtosis kurtosis-0.491
角度范围 angular_range— – 0.3850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha8769000.0000
实空间数据点数 n_real_points70
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.918; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.969; Smooth: 0.999

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd6j3ba_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.4 — FMN-linked oxidoreductases
家族 Family familyc.1.4.1 — FMN-linked oxidoreductases

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id6j3bA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — Aldolase class I

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)