SAXSdb — 6me7

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Soluble cytochrome b562,Melatonin receptor type 1B,Rubredoxin

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1	N-[2-(5-methoxy-2-phenyl-1H-indol-3-yl)ethyl]acetamide × 1 ZINC ION × 1	与蛋白数一致
2	信息不足	单体	蛋白 1	N-[2-(5-methoxy-2-phenyl-1H-indol-3-yl)ethyl]acetamide × 1 (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RUBR_CLOPA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 308–360； UniProt 1–53 作者链 B； PDB构建体 308–360； UniProt 1–53

Soluble cytochrome b562,Melatonin receptor type 1B,Rubredoxin

Homo sapiens

UniProt P0ABE7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1	N-[2-(5-methoxy-2-phenyl-1H-indol-3-yl)ethyl]acetamide × 1 ZINC ION × 1	与蛋白数一致
2	信息不足	单体	蛋白 1	N-[2-(5-methoxy-2-phenyl-1H-indol-3-yl)ethyl]acetamide × 1 (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C562_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–106； UniProt 23–128 作者链 B； PDB构建体 1–106； UniProt 23–128

Soluble cytochrome b562,Melatonin receptor type 1B,Rubredoxin

Homo sapiens

UniProt P49286

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1	N-[2-(5-methoxy-2-phenyl-1H-indol-3-yl)ethyl]acetamide × 1 ZINC ION × 1	与蛋白数一致
2	信息不足	单体	蛋白 1	N-[2-(5-methoxy-2-phenyl-1H-indol-3-yl)ethyl]acetamide × 1 (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MTR1B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 111–307； UniProt 35–231 作者链 A； PDB构建体 361–460； UniProt 241–340 作者链 B； PDB构建体 111–307； UniProt 35–231 作者链 B； PDB构建体 361–460； UniProt 241–340

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6me7
沉积日期 deposition_date	2018-09-05
结构标题 title	XFEL crystal structure of human melatonin receptor MT2 (H208A) in complex with 2-phenylmelatonin
关键词 keywords	;GPCR, melatonin receptor type 1B (MT2), H208A mutation, membrane protein, 2-phenylmelatonin, XFEL, LCP, BRIL, Rubredoxin, circadian rhythm, jetlag, type 2 diabetes ;; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6me7__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6me7__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6me7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.64 Å
Rg（电子密度）	28.58 Å
总 Rg	29.09 Å
原子数	3367
残基数	448
排除体积	60508 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6me7__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6me7__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Soluble cytochrome b562,Melatonin receptor type 1B,Rubredoxin
分子量 formula_weight	51447.5 kDa
突变 mutation	M2007W, H2102I, R2106L, P37S, D86N, L108F, F129W, N137D, C140L, W246F, A305P
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6188

ADLEDNWETLNDNLKVIEKADNAAQVKDALTKMRAAALDAQKATPPKLEDKSPDSPEMKDFRHGFDILVGQIDDALKLANEGKVKEAQAAAEQLKTTRNAYIQKYLGDGARPSWVAPALSAVLIVTTAVDVVGNLLVILSVLRNRKLRNAGNLFLVSLALANLVVAFYPYPLILVAIFYDGWAFGEEHCKASAFVMGLSVIGSVWNITAIAIDRYLYICHSMAYHRIYRRWHTPLHICLIWLLTVVALLPNFFVGSLEYDPRIYSCTFIQTASTQYTAAVVVIAFLLPIAVVSFCYLRIWVLVLQARMKKYTCTVCGYIYNPEDGDPDNGVNPGTDFKDIPDDWVCPLCGVGKDQFEEVECLKPSDLRSFLTMFVVFVIFAICFAPLNCIGLAVAINPQEMAPQIPEGLFVTSYLLAYFNSCLNPIVYGLLDQNFRREYKRILLALWNPRHCIQDASKGS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	N-[2-(5-methoxy-2-phenyl-1H-indol-3-yl)ethyl]acetamide
分子量 formula_weight	308.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate
分子量 formula_weight	356.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6me7A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c/b562

结构域编号 domain_id	6me7B01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1070 — Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins

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晶胞边长 a length_a	69.230 Å
晶胞边长 b length_b	146.190 Å
晶胞边长 c length_c	77.340 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	105.15 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	21.990 Å
R 因子 r_factor	0.2260
R_work r_work	0.2240
R_free r_free	0.2500

XFEL crystal structure of human melatonin receptor MT2 (H208A) in complex with 2-phenylmelatonin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Soluble cytochrome b562,Melatonin receptor type 1B,Rubredoxin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Soluble cytochrome b562,Melatonin receptor type 1B,Rubredoxin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Soluble cytochrome b562,Melatonin receptor type 1B,Rubredoxin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6me7__assembly_1__model_1

6me7__assembly_1__model_1 | I(q)

6me7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

XFEL crystal structure of human melatonin receptor MT2 (H208A) in complex with 2-phenylmelatonin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Soluble cytochrome b562,Melatonin receptor type 1B,Rubredoxin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Soluble cytochrome b562,Melatonin receptor type 1B,Rubredoxin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Soluble cytochrome b562,Melatonin receptor type 1B,Rubredoxin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6me7__assembly_1__model_1

6me7__assembly_1__model_1 | I(q)

6me7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)