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6nit

Human Argonaute2-miR-122 bound to a target RNA with four central mismatches (bu4)

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein argonaute-2

Homo sapiens

UniProt Q9UKV8

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 单体 蛋白 1 RNA 2 ;RNA (5'-R(P*UP*GP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*GP*AP*CP*AP*AP*UP*GP*GP*UP*GP*UP*UP*U)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(P*AP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*UP*CP*CP*AP*AP*CP*AP*CP*UP*CP*CP*AP*AP*A)-3') ; × 1 与全部聚合物一致
2 蛋白–RNA 单体 蛋白 1 RNA 2 ;RNA (5'-R(P*UP*GP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*GP*AP*CP*AP*AP*UP*GP*GP*UP*GP*UP*UP*U)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(P*AP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*UP*CP*CP*AP*AP*CP*AP*CP*UP*CP*CP*AP*AP*A)-3') ; × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
3luc 3luc 3luc 3lud 3lud 3lud 3lug 3lug 3lug 3luh 3luh 3luh

共 39 个 assembly，这里只显示前 12 个

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体
9bez 9bf0 9bf2

共 3 个 assembly

异源或核酸复合物
10be 11gi 11gj 11gk 4f3t 4ola 4olb 4w5n 4w5o 4w5q 4w5r 4w5t

共 55 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AGO2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–859； UniProt 1–859 作者链 B； PDB构建体 1–859； UniProt 1–859

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6nit
沉积日期 deposition_date2018-12-31
结构标题 titleHuman Argonaute2-miR-122 bound to a target RNA with four central mismatches (bu4)
关键词 keywordsRNA-binding protein, microRNA, target directed microRNA decay, HYDROLASE, RNA BINDING PROTEIN, rna binding protein-rna complex; rna binding protein/rna
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6nit__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6nit__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6nit__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）31.24 Å
Rg（电子密度）31.22 Å
总 Rg31.78 Å
原子数7176
残基数837
排除体积125340 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 6nit__assembly_1__model_1 trimeric （3） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 6nit__assembly_2__model_1 trimeric （3） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id6nitA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology260 — paz domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — paz domain
结构域编号 domain_id6nitA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2300 — Response regulator
结构域编号 domain_id6nitA04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H
结构域编号 domain_id6nitB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology260 — paz domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — paz domain
结构域编号 domain_id6nitB03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2300 — Response regulator
结构域编号 domain_id6nitB04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H
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7. 引用文献 (1)