6njl

Architecture and subunit arrangement of native AMPA receptors

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor 1

物种未注明

UniProt P19490

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 14 其他聚合物 6	Glutamate receptor 2 × 2 （P19491） ;A'/C' auxiliary proteins ; × 2 Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit × 2 （Q71RJ2） 11B8 scFv × 2 15F1 Fab light chain × 2 15F1 Fab heavy chain × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GRIA1_RAT
Isoform	P19490-2
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–907； UniProt 1–907 作者链 C； PDB构建体 1–907； UniProt 1–907

Glutamate receptor 2

物种未注明

UniProt P19491

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 14 其他聚合物 6	Glutamate receptor 1 × 2 （P19490） ;A'/C' auxiliary proteins ; × 2 Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit × 2 （Q71RJ2） 11B8 scFv × 2 15F1 Fab light chain × 2 15F1 Fab heavy chain × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GRIA2_RAT
Isoform	P19491-2
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–883； UniProt 1–883 作者链 D； PDB构建体 1–883； UniProt 1–883

Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit

物种未注明

UniProt Q71RJ2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 14 其他聚合物 6	Glutamate receptor 1 × 2 （P19490） Glutamate receptor 2 × 2 （P19491） ;A'/C' auxiliary proteins ; × 2 11B8 scFv × 2 15F1 Fab light chain × 2 15F1 Fab heavy chain × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CCG2_RAT
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–323； UniProt 1–323 作者链 H； PDB构建体 1–323； UniProt 1–323

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6njl
沉积日期 deposition_date	2019-01-03
结构标题 title	Architecture and subunit arrangement of native AMPA receptors
关键词 keywords	AMPA receptor, ligand gated ion channel, neurotransmitter, synapse, MEMBRANE PROTEIN, MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; MEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6njl__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6njl__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6njl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	76.30 Å
Rg（电子密度）	75.22 Å
总 Rg	74.49 Å
原子数	33264
残基数	5018
排除体积	577910 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6njl__assembly_1__model_1`	tetradecameric （14）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Glutamate receptor 1
分子量 formula_weight	101518.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	33264

MPYIFAFFCTGFLGAVVGANFPNNIQIGGLFPNQQSQEHAAFRFALSQLTEPPKLLPQIDIVNISDSFEMTYRFCSQFSKGVYAIFGFYERRTVNMLTSFCGALHVCFITPSFPVDTSNQFVLQLRPELQEALISIIDHYKWQTFVYIYDADRGLSVLQRVLDTAAEKNWQVTAVNILTTTEEGYRMLFQDLEKKKERLVVVDCESERLNAILGQIVKLEKNGIGYHYILANLGFMDIDLNKFKESGANVTGFQLVNYTDTIPARIMQQWRTSDSRDHTRVDWKRPKYTSALTYDGVKVMAEAFQSLRRQRIDISRRGNAGDCLANPAVPWGQGIDIQRALQQVRFEGLTGNVQFNEKGRRTNYTLHVIEMKHDGIRKIGYWNEDDKFVPAATDAQAGGDNSSVQNRTYIVTTILEDPYVMLKKNANQFEGNDRYEGYCVELAAEIAKHVGYSYRLEIVSDGKYGARDPDTKAWNGMVGELVYGRADVAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKPQKSKPGVFSFLDPLAYEIWMCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWHSEEFEEGRDQTTSDQSNEFGIFNSLWFSLGAFMQQGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMVSPIESAEDLAKQTEIAYGTLEAGSTKEFFRRSKIAVFEKMWTYMKSAEPSVFVRTTEEGMIRVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSALGAPVNLAVLKLAEQGALDKLKAKWWYDKGECGSKDSGSKDKTSALSLSNVAGVFYILIGGLGLAMLVALIEFCYKSRSESKRMKGFCLIPQQSINEAIRTSTLPRNSGAGASGGGGSGENGRVVSQDFPKSMQSIPCMSHSSGMPLGATGL

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Glutamate receptor 2
分子量 formula_weight	98783.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MQKIMHISVLLSPVLWGLIFGVSSNSIQIGGLFPRGADQEYSAFRVGMVQFSTSEFRLTPHIDNLEVANSFAVTNAFCSQFSRGVYAIFGFYDKKSVNTITSFCGTLHVSFITPSFPTDGTHPFVIQMRPDLKGALLSLIEYYQWDKFAYLYDSDRGLSTLQAVLDSAAEKKWQVTAINVGNINNDKKDETYRSLFQDLELKKERRVILDCERDKVNDIVDQVITIGKHVKGYHYIIANLGFTDGDLLKIQFGGANVSGFQIVDYDDSLVSKFIERWSTLEEKEYPGAHTATIKYTSALTYDAVQVMTEAFRNLRKQRIEISRRGNAGDCLANPAVPWGQGVEIERALKQVQVEGLSGNIKFDQNGKRINYTINIMELKTNGPRKIGYWSEVDKMVVTLTELPSGNDTSGLENKTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKPQKSKPGVFSFLDPLAYEIWMCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWHTEEFEDGRETQSSESTNEFGIFNSLWFSLGAFMRQGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMVSPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGAAVNLAVLKLAEQGALDKLKNKWWYDKGECGAKDSGSKEKTSALSLSNVAGVFYILVGGLGLAMLVALIEFCYKSRAEAKRMKVAKNPQNINPSSSQNSQNFATYKEGYNVYGIESVKI

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;A'/C' auxiliary proteins ;
分子量 formula_weight	13039.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,G

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit
分子量 formula_weight	35938.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,H

MGLFDRGVQMLLTTVGAFAAFSLMTIAVGTDYWLYSRGVCKTKSVSENETSKKNEEVMTHSGLWRTCCLEGNFKGLCKQIDHFPEDADYEADTAEYFLRAVRASSIFPILSVILLFMGGLCIAASEFYKTRHNIILSAGIFFVSAGLSNIIGIIVYISANAGDPSKSDSKKNSYSYGWSFYFGALSFIIAEMVGVLAVHMFIDRHKQLRATARATDYLQASAITRIPSYRYRYQRRSRSSSRSTEPSHSRDASPVGVKGFNTLPSTEISMYTLSRDPLKAATTPTATYNSDRDNSFLQVHNCIQKDSKDSLHANTANRRTTPV

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	11B8 scFv
分子量 formula_weight	27511.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,L

EVKLLESGGGLVQPGGSLKLSCAASGFDFSEYWMSWVRQAPGKGLEWIGEINPDSSSIDYTPSLKDKIIISRDNAKKTLYLQLSKVRSEDTALYYCARPRGNYVVMDYWGQGTSVTVSSSGGGGSGGGGSGGGGNIVLTQSPASLAVSLGQRATISCRASESVDSYGSSFVHWYQQKPGQPPKLLIFLASKLESGVPARFSGSGSRTDFTLTIDPVEADDAATYYCQQTNEDPYTFGGGTKLEIKRASNWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	15F1 Fab light chain
分子量 formula_weight	25111.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,M

MEIQMTQTTSSLSASLGDRVTISCRASQDISNYLSWYQQKPDGTVKLLIYYTSRLHSGVPSRFSGSGSGIDYSLTINNLEQEDFATYFCQQGNTLPLTFGAGTKLELKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNECSNWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	15F1 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	27975.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,N

MVSAIVLYVLLAAAAHSAFAMQAQLKESGPGLVAPSQSLSITCTVSGFSLTNYGVHWVRQPPGKGLEWLGVIWAGGSTNYNSALMSRVSISKDNSKSQVFLKMNSLQTDDTVMYYCAREDYDYDWHFDVWGAGTTVTVSSAKTTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSTWPSETVTCNVAHPASSTKVDKKLEVLFQGPGSGSADTITIRGYVRDNR

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 8 Entity 8 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	{[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid
分子量 formula_weight	409.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

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分辨率 resolution	6.700 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	6.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	130000

Architecture and subunit arrangement of native AMPA receptors

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Glutamate receptor 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6njl__assembly_1__model_1

6njl__assembly_1__model_1 | I(q)

6njl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 8 Entity 8 branched

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

7. 引用文献 (1)