SAXSdb — 6qiz

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Subtilisin-chymotrypsin inhibitor-2A

Hordeum vulgare

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 21–84	片段：UNP RESIDUES 21-84	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；25% PEG 3350, 100 MM TRIS-HCL PH 8.5 AND 200 MM LITHIUM SULPHATE, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K	分辨率 1.65 Å R-free 0.220

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6QIZ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CIQ COMPLEX OF TWO FRAGMENTS OF CI2, RESIDUES 1-40 AND 41-64 提交 1995-10-02	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 21–59（39 aa）片段：RESIDUES 1 - 40, 41 - 64 链 B 60–83（24 aa）片段：RESIDUES 1 - 40, 41 - 64	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1CIQ COMPLEX OF TWO FRAGMENTS OF CI2, RESIDUES 1-40 AND 41-64 提交 1995-10-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 21–59（39 aa）片段：RESIDUES 1 - 40, 41 - 64 链 B 60–83（24 aa）片段：RESIDUES 1 - 40, 41 - 64	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1CIR COMPLEX OF TWO FRAGMENTS OF CI2 [(1-40)(DOT)(41-64)] 提交 1995-10-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 21–58（38 aa）链 B 60–83（24 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1CIS CONTEXT DEPENDENCE OF PROTEIN SECONDARY STRUCTURE FORMATION. THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE AND STABILITY OF A HYBRID BETWEEN CHYMOTRYPSIN INHIBITOR 2 AND HELIX E FROM SUBTILISIN CARLSBERG 提交 1993-04-23	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–83（63 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1COA THE EFFECT OF CAVITY CREATING MUTATIONS IN THE HYDROPHOBIC CORE OF CHYMOTRYPSIN INHIBITOR 2 提交 1993-05-14	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 I 21–83（63 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1CQ4 CI2 MUTANT WITH TETRAGLUTAMINE (MGQQQQGM) REPLACING MET59 提交 1998-11-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 21–59（39 aa）链 B 60–83（24 aa）	突变：YES 突变：YES	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；DROPS WERE PREPARED BY MIXING 2 MICROLITERS OF PURIFIED DIMER AT 25MG/ML WITH AN EQUAL VOLUME OF BUFFER (30% W/V PEG-400, 1.0 M LITHIUM SULPHATE, AND 1 MM CALCIUM CHLORIDE, IN 0.1 M TRIS-HCL AT PH 7.5), WHICH WAS ALSO USED AS THE WELL BUFFER (1 ML).	分辨率 1.80 Å R-free 0.300
1CQ4 CI2 MUTANT WITH TETRAGLUTAMINE (MGQQQQGM) REPLACING MET59 提交 1998-11-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 21–59（39 aa）链 B 60–83（24 aa）	突变：YES 突变：YES	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；DROPS WERE PREPARED BY MIXING 2 MICROLITERS OF PURIFIED DIMER AT 25MG/ML WITH AN EQUAL VOLUME OF BUFFER (30% W/V PEG-400, 1.0 M LITHIUM SULPHATE, AND 1 MM CALCIUM CHLORIDE, IN 0.1 M TRIS-HCL AT PH 7.5), WHICH WAS ALSO USED AS THE WELL BUFFER (1 ML).	分辨率 1.80 Å R-free 0.300
1CQ4 CI2 MUTANT WITH TETRAGLUTAMINE (MGQQQQGM) REPLACING MET59 提交 1998-11-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 21–59（39 aa）链 B 60–83（24 aa）	突变：YES 突变：YES	SO4 SULFATE ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；DROPS WERE PREPARED BY MIXING 2 MICROLITERS OF PURIFIED DIMER AT 25MG/ML WITH AN EQUAL VOLUME OF BUFFER (30% W/V PEG-400, 1.0 M LITHIUM SULPHATE, AND 1 MM CALCIUM CHLORIDE, IN 0.1 M TRIS-HCL AT PH 7.5), WHICH WAS ALSO USED AS THE WELL BUFFER (1 ML).	分辨率 1.80 Å R-free 0.300
1LW6 Crystal Structure of the Complex of Subtilisin BPN' with Chymotrypsin Inhibitor 2 at 1.5 Angstrom Resolution 提交 2002-05-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 21–83（63 aa）	突变：E45A	CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；PEG 8000, ammonium sulfate, sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.50 Å R-free 0.188
1YPA DIRECT OBSERVATION OF BETTER HYDRATION AT THE N-TERMINUS OF AN ALPHA-HELIX WITH GLYCINE RATHER THAN ALANINE AS N-CAP 提交 1993-01-10	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 I 21–83（63 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1YPB DIRECT OBSERVATION OF BETTER HYDRATION AT THE N-TERMINUS OF AN ALPHA-HELIX WITH GLYCINE RATHER THAN ALANINE AS N-CAP 提交 1993-01-10	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 I 21–83（63 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1YPC DIRECT OBSERVATION OF BETTER HYDRATION AT THE N-TERMINUS OF AN ALPHA-HELIX WITH GLYCINE RATHER THAN ALANINE AS N-CAP 提交 1993-01-10	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 I 21–83（63 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.70 Å
2CI2 CRYSTAL AND MOLECULAR STRUCTURE OF THE SERINE PROTEINASE INHIBITOR CI-2 FROM BARLEY SEEDS 提交 1988-09-05	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 I 5–83（79 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
2SNI STRUCTURAL COMPARISON OF TWO SERINE PROTEINASE-PROTEIN INHIBITOR COMPLEXES. EGLIN-C-SUBTILISIN CARLSBERG AND CI-2-SUBTILISIN NOVO 提交 1988-09-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 1–83（83 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
3CI2 REFINEMENT OF THE THREE-DIMENSIONAL SOLUTION STRUCTURE OF BARLEY SERINE PROTEINASE INHIBITOR 2 AND COMPARISON WITH THE STRUCTURES IN CRYSTALS 提交 1991-09-10	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 18–83（66 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
5FBZ Structure of subtilase SubHal from Bacillus halmapalus - complex with chymotrypsin inhibitor CI2A 提交 2015-12-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 13–84（72 aa）片段：UNP residues 13-84	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Plate-like crystals were grown by hanging drop vapour diffusion with the drop consisting of 2 microliters of 15-20 mg/mL concentration protein, 10 mM sodium cacodylate in HCl buffer, pH 6.5 and 1 microliter of reservoir solution: 20% w/v PEG 4000, 0.1 M HEPES buffer, pH 7.5, 10% v/v isopropanol.	分辨率 1.90 Å R-free 0.181
5FBZ Structure of subtilase SubHal from Bacillus halmapalus - complex with chymotrypsin inhibitor CI2A 提交 2015-12-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 13–84（72 aa）片段：UNP residues 13-84	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Plate-like crystals were grown by hanging drop vapour diffusion with the drop consisting of 2 microliters of 15-20 mg/mL concentration protein, 10 mM sodium cacodylate in HCl buffer, pH 6.5 and 1 microliter of reservoir solution: 20% w/v PEG 4000, 0.1 M HEPES buffer, pH 7.5, 10% v/v isopropanol.	分辨率 1.90 Å R-free 0.181
5FFN Complex of subtilase SubTY from Bacillus sp. TY145 with chymotrypsin inhibitor CI2A 提交 2015-12-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 13–84（72 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；Complex was concentrated to 45 mg/ml in 10 mM Tris, pH 7.0. 1 microliter of protein solution with 1 microliter of a reservoir solution containing 5.5 M sodium formate, 0.2 M imidazole-malate pH 6.5, and 200 mM NDSB 201.	分辨率 1.80 Å R-free 0.188
6QIY CI-2, conformation 1 提交 2019-01-21	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 20–84（65 aa）片段：UNP RESIDUES 20-84	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；1.4 M AMMONIUM SULPHATE AND 100 MM TRIS-HCL PH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K	分辨率 1.50 Å R-free 0.257
7A1H Crystal structure of wild-type CI2 提交 2020-08-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 22–84（63 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 24	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；40 % (NH4)2SO4, 50 mM Tris-Hcl, pH 8.0. Protein concentration app 75 mg/mL.	分辨率 1.90 Å R-free 0.254
7A3M Synergistic stabilization of a double mutant in CI2 from an in-cell library screen 提交 2020-08-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–84（63 aa）	突变：I57V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；40 % (NH4)2SO4, 50 mM Tris-HCl, pH 8.0	分辨率 1.01 Å R-free 0.181
7AOK Crystal structure of CI2 mutant L49I 提交 2020-10-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–84（64 aa）	突变：L49I	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；40 % (NH4)2SO4, 50 mM Tris-HCl, pH 8.0	分辨率 1.87 Å R-free 0.246
7AON Crystal structure of CI2 double mutant L49I,I57V 提交 2020-10-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 21–84（64 aa）	突变：L49I, I57V	SO4 SULFATE ION × 24 GOL GLYCEROL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；40 % (NH4)2SO4, 50 mM Tris-HCl, pH 8.0	分辨率 1.30 Å R-free 0.219

共 19 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ICI2_HORVU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–64； UniProt 21–84

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6qiz
沉积日期 deposition_date	2019-01-21
结构标题 title	CI-2, conformation 2
关键词 keywords	CHYMOTRYPSIN INHIBITOR 2, hydrolase inhibitor, PLANT PROTEIN; PLANT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.24 Å
零角强度 I(0) i0	1042680.00
分子量 molecular_weight	7286.0 kDa
排除体积 excluded_volume	9377 Å³
包络体积 envelope_volume	13659 Å³
水化壳体积 shell_volume	7886 Å³
包络直径 envelope_diameter	60.9 Å
壳层 Rg shell_rg	20.39 Å
包络 Rg envelope_rg	16.67 Å
形状 Rg shape_rg	17.22 Å
总 Rg total_rg	18.07 Å
总原子数 total_atoms	513
残基数 n_residues	64
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	60.7 Å
Rg (实空间) rg_real	17.91 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0430e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2000e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.89 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1043000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7653
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	59.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.448
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.285
角度范围 angular_range	— – 0.4500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	72620.0000
实空间数据点数 n_real_points	76
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.742; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.720; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d6qiza_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.40 — CI-2 family of serine protease inhibitors
超家族 Superfamily superfamily	d.40.1 — CI-2 family of serine protease inhibitors
家族 Family family	d.40.1.1 — CI-2 family of serine protease inhibitors

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	68.550 Å
晶胞边长 b length_b	68.550 Å
晶胞边长 c length_c	53.099 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 6 2 2
空间群编号 int_tables_number	177
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.650 Å
最低分辨率 resolution_low	39.580 Å
R 因子 r_factor	0.1860
R_work r_work	0.1840
R_free r_free	0.2200

描述 description	Subtilisin-chymotrypsin inhibitor-2A
分子量 formula_weight	7296.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	626

CI-2, conformation 2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Subtilisin-chymotrypsin inhibitor-2A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Hordeum vulgare
通用名 common_name	Barley
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4513
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	97

fit	/app/data/saxs_computation/qi/6qiz/6qiz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qi/6qiz/6qiz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qi/6qiz/6qiz.dat