6t9i

cryo-EM structure of transcription coactivator SAGA

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 209.4 Å Quality: REASONABLE

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription factor SPT20

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–604	未记录	Protein SPT3 × 1 （P06844） Transcription initiation factor TFIID subunit 5 × 1 （P38129） Transcription initiation factor TFIID subunit 6 × 1 （P53040） Transcription initiation factor TFIID subunit 9 × 1 （Q05027） Transcription initiation factor TFIID subunit 10 × 1 （Q12030） Transcriptional coactivator HFI1/ADA1 × 1 （Q12060） Transcription initiation factor TFIID subunit 12 × 1 （Q03761） Transcriptional activator SPT7 × 1 （P35177） SAGA-associated factor 73 × 1 （P53165） Transcription-associated protein 1 × 1 （P38811） unassigned sequence × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；Solution were made from stock solution cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging	分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6T9I	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6T9J SAGA Tra1 module 提交 2019-10-28	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–604（604 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solution were made from stock solution cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging	分辨率 3.40 Å
6T9K SAGA Core module 提交 2019-10-28	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 B 1–604（604 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solution were made from stock solution cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging	分辨率 3.30 Å

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UniProt名称	SPT20_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–604； UniProt 1–604

Protein SPT3

物种未注明

UniProt P06844

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–337	未记录	Transcription factor SPT20 × 1 （P50875） Transcription initiation factor TFIID subunit 5 × 1 （P38129） Transcription initiation factor TFIID subunit 6 × 1 （P53040） Transcription initiation factor TFIID subunit 9 × 1 （Q05027） Transcription initiation factor TFIID subunit 10 × 1 （Q12030） Transcriptional coactivator HFI1/ADA1 × 1 （Q12060） Transcription initiation factor TFIID subunit 12 × 1 （Q03761） Transcriptional activator SPT7 × 1 （P35177） SAGA-associated factor 73 × 1 （P53165） Transcription-associated protein 1 × 1 （P38811） unassigned sequence × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；Solution were made from stock solution cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging	分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6T9I	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6T9K SAGA Core module 提交 2019-10-28	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 C 1–337（337 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solution were made from stock solution cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging	分辨率 3.30 Å

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UniProt名称	SPT3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–337； UniProt 1–337

Transcription initiation factor TFIID subunit 5

物种未注明

UniProt P38129

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–798	未记录	Transcription factor SPT20 × 1 （P50875） Protein SPT3 × 1 （P06844） Transcription initiation factor TFIID subunit 6 × 1 （P53040） Transcription initiation factor TFIID subunit 9 × 1 （Q05027） Transcription initiation factor TFIID subunit 10 × 1 （Q12030） Transcriptional coactivator HFI1/ADA1 × 1 （Q12060） Transcription initiation factor TFIID subunit 12 × 1 （Q03761） Transcriptional activator SPT7 × 1 （P35177） SAGA-associated factor 73 × 1 （P53165） Transcription-associated protein 1 × 1 （P38811） unassigned sequence × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；Solution were made from stock solution cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging	分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6T9I	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2J49 Crystal structure of yeast TAF5 N-terminal domain 提交 2006-08-28	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 147–290（144 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 147-290	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.05 M CACODYLATE PH 6.5,2.4 M NA FORMATE	分辨率 2.30 Å R-free 0.270
6T9K SAGA Core module 提交 2019-10-28	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 D 1–798（798 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solution were made from stock solution cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging	分辨率 3.30 Å

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UniProt名称	TAF5_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–798； UniProt 1–798

Transcription initiation factor TFIID subunit 6

物种未注明

UniProt P53040

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–516	未记录	Transcription factor SPT20 × 1 （P50875） Protein SPT3 × 1 （P06844） Transcription initiation factor TFIID subunit 5 × 1 （P38129） Transcription initiation factor TFIID subunit 9 × 1 （Q05027） Transcription initiation factor TFIID subunit 10 × 1 （Q12030） Transcriptional coactivator HFI1/ADA1 × 1 （Q12060） Transcription initiation factor TFIID subunit 12 × 1 （Q03761） Transcriptional activator SPT7 × 1 （P35177） SAGA-associated factor 73 × 1 （P53165） Transcription-associated protein 1 × 1 （P38811） unassigned sequence × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；Solution were made from stock solution cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging	分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6T9I	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6T9K SAGA Core module 提交 2019-10-28	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 E 1–516（516 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solution were made from stock solution cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging	分辨率 3.30 Å

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UniProt名称	TAF6_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–516； UniProt 1–516

Transcription initiation factor TFIID subunit 9

物种未注明

UniProt Q05027

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–157	未记录	Transcription factor SPT20 × 1 （P50875） Protein SPT3 × 1 （P06844） Transcription initiation factor TFIID subunit 5 × 1 （P38129） Transcription initiation factor TFIID subunit 6 × 1 （P53040） Transcription initiation factor TFIID subunit 10 × 1 （Q12030） Transcriptional coactivator HFI1/ADA1 × 1 （Q12060） Transcription initiation factor TFIID subunit 12 × 1 （Q03761） Transcriptional activator SPT7 × 1 （P35177） SAGA-associated factor 73 × 1 （P53165） Transcription-associated protein 1 × 1 （P38811） unassigned sequence × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；Solution were made from stock solution cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging	分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6T9I	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6T9K SAGA Core module 提交 2019-10-28	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 F 1–157（157 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solution were made from stock solution cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging	分辨率 3.30 Å

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UniProt名称	TAF9_YEAST
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–157； UniProt 1–157

Transcription initiation factor TFIID subunit 10

物种未注明

UniProt Q12030

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 1–206	未记录	Transcription factor SPT20 × 1 （P50875） Protein SPT3 × 1 （P06844） Transcription initiation factor TFIID subunit 5 × 1 （P38129） Transcription initiation factor TFIID subunit 6 × 1 （P53040） Transcription initiation factor TFIID subunit 9 × 1 （Q05027） Transcriptional coactivator HFI1/ADA1 × 1 （Q12060） Transcription initiation factor TFIID subunit 12 × 1 （Q03761） Transcriptional activator SPT7 × 1 （P35177） SAGA-associated factor 73 × 1 （P53165） Transcription-associated protein 1 × 1 （P38811） unassigned sequence × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；Solution were made from stock solution cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging	分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6T9I	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6T9K SAGA Core module 提交 2019-10-28	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 G 1–206（206 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solution were made from stock solution cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging	分辨率 3.30 Å

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UniProt名称	TAF10_YEAST
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–206； UniProt 1–206

Transcriptional coactivator HFI1/ADA1

物种未注明

UniProt Q12060

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 1–488	未记录	Transcription factor SPT20 × 1 （P50875） Protein SPT3 × 1 （P06844） Transcription initiation factor TFIID subunit 5 × 1 （P38129） Transcription initiation factor TFIID subunit 6 × 1 （P53040） Transcription initiation factor TFIID subunit 9 × 1 （Q05027） Transcription initiation factor TFIID subunit 10 × 1 （Q12030） Transcription initiation factor TFIID subunit 12 × 1 （Q03761） Transcriptional activator SPT7 × 1 （P35177） SAGA-associated factor 73 × 1 （P53165） Transcription-associated protein 1 × 1 （P38811） unassigned sequence × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；Solution were made from stock solution cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging	分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6T9I	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6T9K SAGA Core module 提交 2019-10-28	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 H 1–488（488 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solution were made from stock solution cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging	分辨率 3.30 Å

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UniProt名称	HFI1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–488； UniProt 1–488

Transcription initiation factor TFIID subunit 12

物种未注明

UniProt Q03761

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 1–539	未记录	Transcription factor SPT20 × 1 （P50875） Protein SPT3 × 1 （P06844） Transcription initiation factor TFIID subunit 5 × 1 （P38129） Transcription initiation factor TFIID subunit 6 × 1 （P53040） Transcription initiation factor TFIID subunit 9 × 1 （Q05027） Transcription initiation factor TFIID subunit 10 × 1 （Q12030） Transcriptional coactivator HFI1/ADA1 × 1 （Q12060） Transcriptional activator SPT7 × 1 （P35177） SAGA-associated factor 73 × 1 （P53165） Transcription-associated protein 1 × 1 （P38811） unassigned sequence × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；Solution were made from stock solution cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging	分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6T9I	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6T9J SAGA Tra1 module 提交 2019-10-28	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 1–539（539 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solution were made from stock solution cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging	分辨率 3.40 Å
6T9K SAGA Core module 提交 2019-10-28	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 I 1–539（539 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solution were made from stock solution cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging	分辨率 3.30 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	TAF12_YEAST
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–539； UniProt 1–539

Transcriptional activator SPT7

物种未注明

UniProt P35177

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 K； UniProt 1–1332	未记录	Transcription factor SPT20 × 1 （P50875） Protein SPT3 × 1 （P06844） Transcription initiation factor TFIID subunit 5 × 1 （P38129） Transcription initiation factor TFIID subunit 6 × 1 （P53040） Transcription initiation factor TFIID subunit 9 × 1 （Q05027） Transcription initiation factor TFIID subunit 10 × 1 （Q12030） Transcriptional coactivator HFI1/ADA1 × 1 （Q12060） Transcription initiation factor TFIID subunit 12 × 1 （Q03761） SAGA-associated factor 73 × 1 （P53165） Transcription-associated protein 1 × 1 （P38811） unassigned sequence × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；Solution were made from stock solution cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging	分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6T9I	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6T9K SAGA Core module 提交 2019-10-28	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 K 1–1332（1332 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solution were made from stock solution cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging	分辨率 3.30 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	SPT7_YEAST
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–1332； UniProt 1–1332

SAGA-associated factor 73

物种未注明

UniProt P53165

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 Q； UniProt 1–657	未记录	Transcription factor SPT20 × 1 （P50875） Protein SPT3 × 1 （P06844） Transcription initiation factor TFIID subunit 5 × 1 （P38129） Transcription initiation factor TFIID subunit 6 × 1 （P53040） Transcription initiation factor TFIID subunit 9 × 1 （Q05027） Transcription initiation factor TFIID subunit 10 × 1 （Q12030） Transcriptional coactivator HFI1/ADA1 × 1 （Q12060） Transcription initiation factor TFIID subunit 12 × 1 （Q03761） Transcriptional activator SPT7 × 1 （P35177） Transcription-associated protein 1 × 1 （P38811） unassigned sequence × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；Solution were made from stock solution cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging	分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6T9I	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2LO3 Solution structure of Sgf73(59-102) zinc finger domain 提交 2012-01-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 59–102（44 aa）片段：UNP residues 59-102	未记录	ZN ZINC ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.175；压力 ambient NMR样品组成 0.2 mM [U-98% 15N] sgf73, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.05 mM TCEP, 10 % D2O, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-99% 13C; U-98% 15N] sgf73, 20 mM sodium phosphate, 75 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 10 % D2O, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.2 mM [U-98% 15N] sgf73, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.05 mM TCEP, 100 % D2O, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
3M99 Structure of the Ubp8-Sgf11-Sgf73-Sus1 SAGA DUB module 提交 2010-03-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–104（104 aa）片段：UNP RESIDUES: 1-104	未记录	ZN ZINC ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；277 K；0.2M ammonium citrate, 18% PEG 3,350, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.300
3MHH Structure of the SAGA Ubp8/Sgf11/Sus1/Sgf73 DUB module 提交 2010-04-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–96（96 aa）片段：residues 1-96	未记录	ZN ZINC ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；0.1 M Na Citrate (5.2), 16% (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.45 Å R-free 0.273
3MHS Structure of the SAGA Ubp8/Sgf11/Sus1/Sgf73 DUB module bound to ubiquitin aldehyde 提交 2010-04-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 E 1–96（96 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 1 ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M Hepes pH 6.5, 10% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.89 Å R-free 0.208
4FIP Structure of the SAGA Ubp8(S144N)/Sgf11(1-72, Delta-ZnF)/Sus1/Sgf73 DUB module 提交 2012-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 D 1–96（96 aa）片段：UNP Residues 1-96 链 H 1–96（96 aa）片段：UNP Residues 1-96	未记录	ZN ZINC ION × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；14% PEG3350, 0.18-0.22 M Tri-ammonium citrate, 8-14% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.69 Å R-free 0.264
4FJC Structure of the SAGA Ubp8/Sgf11(1-72, Delta-ZnF)/Sus1/Sgf73 DUB module 提交 2012-06-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 D 1–96（96 aa）片段：UNP Residues 1-96 链 H 1–96（96 aa）片段：UNP Residues 1-96	未记录	ZN ZINC ION × 14 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；14% PEG3350, 0.18-0.22 M tri-ammonium citrate, 8-14% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.83 Å R-free 0.276
4FK5 Structure of the SAGA Ubp8(S144N)/Sgf11/Sus1/Sgf73 DUB module 提交 2012-06-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–96（96 aa）片段：UNP Residues 1-96	未记录	ZN ZINC ION × 8 GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；291 K；sodium citrate pH 5.2, 16% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.03 Å R-free 0.212
4W4U Structure of yeast SAGA DUBm with Sgf73 Y57A mutant at 2.8 angstroms resolution 提交 2014-08-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–96（96 aa）	突变：Y57A	ZN ZINC ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；100mM Bis Tris,18% PEG3350, 100mM Ammonium Sulfate	分辨率 2.80 Å R-free 0.241
4W4U Structure of yeast SAGA DUBm with Sgf73 Y57A mutant at 2.8 angstroms resolution 提交 2014-08-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 H 1–96（96 aa）	突变：Y57A	ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；100mM Bis Tris,18% PEG3350, 100mM Ammonium Sulfate	分辨率 2.80 Å R-free 0.241
4WA6 Structure of yeast SAGA DUBm with Sgf73 N59D mutant at 2.36 angstroms resolution 提交 2014-08-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–96（96 aa）	突变：N59D	ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；100mM Bis Tris, 18% PEG3350, 100mM Ammonium Sulfate	分辨率 2.36 Å R-free 0.244
4WA6 Structure of yeast SAGA DUBm with Sgf73 N59D mutant at 2.36 angstroms resolution 提交 2014-08-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 H 1–96（96 aa）	突变：N59D	ZN ZINC ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；100mM Bis Tris, 18% PEG3350, 100mM Ammonium Sulfate	分辨率 2.36 Å R-free 0.244
4WA6 Structure of yeast SAGA DUBm with Sgf73 N59D mutant at 2.36 angstroms resolution 提交 2014-08-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 E 1–96（96 aa）链 H 1–96（96 aa）	突变：N59D 突变：N59D	ZN ZINC ION × 15	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；100mM Bis Tris, 18% PEG3350, 100mM Ammonium Sulfate	分辨率 2.36 Å R-free 0.244
4ZUX SAGA DUB module Ubp8/Sgf11/Sus1/Sgf73 bound to ubiqitinated nucleosome 提交 2015-05-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric	链 Y 1–104（104 aa）链 d 1–104（104 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；50 mM Tris-acetate pH 7.4, 50 mM sodium acetate, 5 mM Mg-acetate, 5% sucrose and 5% 2-propanol	分辨率 3.82 Å R-free 0.256
4ZUX SAGA DUB module Ubp8/Sgf11/Sus1/Sgf73 bound to ubiqitinated nucleosome 提交 2015-05-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric	链 i 1–104（104 aa）链 n 1–104（104 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；50 mM Tris-acetate pH 7.4, 50 mM sodium acetate, 5 mM Mg-acetate, 5% sucrose and 5% 2-propanol	分辨率 3.82 Å R-free 0.256
6AQR SAGA DUB module Ubp8(C146A)/Sgf11/Sus1/Sgf73 bound to monoubiquitin 提交 2017-08-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 E 1–96（96 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M HEPES pH 7.0 17% PEG3350 0.1 M ammonium sulfate	分辨率 2.10 Å R-free 0.249
6T9K SAGA Core module 提交 2019-10-28	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 Q 1–657（657 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solution were made from stock solution cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging	分辨率 3.30 Å
6T9L SAGA DUB module bound to a ubiqitinated nucleosome 提交 2019-10-28	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric	链 N 1–657（657 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solution were made from stock solution cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging	分辨率 3.60 Å

共 13 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SGF73_YEAST
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 Q； PDB构建体 1–657； UniProt 1–657

Transcription-associated protein 1

物种未注明

UniProt P38811

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 T； UniProt 1–3744	未记录	Transcription factor SPT20 × 1 （P50875） Protein SPT3 × 1 （P06844） Transcription initiation factor TFIID subunit 5 × 1 （P38129） Transcription initiation factor TFIID subunit 6 × 1 （P53040） Transcription initiation factor TFIID subunit 9 × 1 （Q05027） Transcription initiation factor TFIID subunit 10 × 1 （Q12030） Transcriptional coactivator HFI1/ADA1 × 1 （Q12060） Transcription initiation factor TFIID subunit 12 × 1 （Q03761） Transcriptional activator SPT7 × 1 （P35177） SAGA-associated factor 73 × 1 （P53165） unassigned sequence × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；Solution were made from stock solution cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging	分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6T9I	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5OJS Cryo-EM structure of the SAGA and NuA4 coactivator subunit Tra1 提交 2017-07-24	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 T 1–3744（3744 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Two subsequent applications of protein were required to achieve the desired particle density on grids. Each application was followed by 20 sec waiting time, with a short 0.5 sec blotting after first application and 5 sec blotting after the second.	分辨率 3.70 Å
5Y81 NuA4 TEEAA sub-complex 提交 2017-08-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–2627（2627 aa）片段：UNP residues 1-2627 链 B 2630–3744（1115 aa）片段：UNP residues 2630-3744	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.70 Å
6IG9 Tra1 subunit from Saccharomyces cerevisiae SAGA complex 提交 2018-09-25	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 T 1–3744（3744 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.5；20mM HEPES pH 8.5 150mM Nacl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 4 seconds and wait for 30 seconds before plunging	分辨率 4.60 Å
6T9J SAGA Tra1 module 提交 2019-10-28	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 T 1–3744（3744 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solution were made from stock solution cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging	分辨率 3.40 Å
7VVY TRA module of NuA4 提交 2021-11-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 L 1–3744（3744 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.10 Å
7VVZ NuA4 bound to the nucleosome 提交 2021-11-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric	链 L 1–3744（3744 aa）	未记录	CMC CARBOXYMETHYL COENZYME A × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP* ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 8.80 Å
7YFN Core module of the NuA4 complex in S. cerevisiae 提交 2022-07-08	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 T 1–3744（3744 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
7YFP The NuA4 histone acetyltransferase complex from S. cerevisiae 提交 2022-07-08	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 T 1–3744（3744 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
8ESC Structure of the Yeast NuA4 Histone Acetyltransferase Complex 提交 2022-10-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 Z 1–3744（3744 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRA1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	11
链与序列区间	作者链 T； PDB构建体 1–3744； UniProt 1–3744

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6t9i
沉积日期 deposition_date	2019-10-28
结构标题 title	cryo-EM structure of transcription coactivator SAGA
关键词 keywords	Coactivator, Transcription, Histone acetyltransferase, Histone deubiquitinase, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	78.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	78.95 Å
零角强度 I(0) i0	6236990000.00
分子量 molecular_weight	692530.0 kDa
排除体积 excluded_volume	876140 Å³
包络体积 envelope_volume	1413500 Å³
水化壳体积 shell_volume	152050 Å³
包络直径 envelope_diameter	276.0 Å
壳层 Rg shell_rg	71.69 Å
包络 Rg envelope_rg	78.39 Å
形状 Rg shape_rg	78.94 Å
总 Rg total_rg	78.88 Å
总原子数 total_atoms	48821
残基数 n_residues	6047
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	209.4 Å
Rg (实空间) rg_real	74.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.85 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.0400e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0680e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	76.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6211000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6725
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	83.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.260
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.693
角度范围 angular_range	— – 0.1000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.1348
最高正则化参数 α highest_alpha	383800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	21
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.980; Stabil: 0.979; Sysdev: 0.002; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Transcription factor SPT20
分子量 formula_weight	67880.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	48821

MSANSPTGNDPHVFGIPVNATPSNMGSPGSPVNVPPPMNPAVANVNHPVMRTNSNSNANEGTRTLTREQIQQLQQRQRLLLQQRLLEQQRKQQALQNYEAQFYQMLMTLNKRPKRLYNFVEDADSILKKYEQYLHSFEFHIYENNYKICAPANSRLQQQQKQPELTSDGLILTKNNETLKEFLEYVARGRIPDAIMEVLRDCNIQFYEGNLILQVYDHTNTVDVTPKENKPNLNSSSSPSNNNSTQDNSKIQQPSEPNSGVANTGANTANKKASFKRPRVYRTLLKPNDLTTYYDMMSYADNARFSDSIYQQFESEILTLTKRNLSLSVPLNPYEHRDMLEETAFSEPHWDSEKKSFIHEHRAESTREGTKGVVGHIEERDEFPQHSSNYEQLMLIMNERTTTITNSTFAVSLTKNAMEIASSSSNGVRGASSSTSNSASNTRNNSLANGNQVALAAAAAAAAVGSTMGNDNNQFSRLKFIEQWRINKEKRKQQALSANINPTPFNARISMTAPLTPQQQLLQRQQQALEQQQNGGAMKNANKRSGNNATSNNNNNNNNLDKPKVKRPRKNAKKSESGTPAPKKKRMTKKKQSASSTPSSTTMS

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein SPT3
分子量 formula_weight	38864.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MMDKHKYRVEIQQMMFVSGEINDPPVETTSLIEDIVRGQVIEILLQSNKTAHLRGSRSILPEDVIFLIRHDKAKVNRLRTYLSWKDLRKNAKDQDASAGVASGTGNPGAGGEDDLKKAGGGEKDEKDGGNMMKVKKSQIKLPWELQFMFNEHPLENNDDNDDMDEDEREANIVTLKRLKMADDRTRNMTKEEYVHWSDCRQASFTFRKNKRFKDWSGISQLTEGKPHDDVIDILGFLTFEIVCSLTETALKIKQREQVLQTQKDKSQQSSQDNTNFEFASSTLHRKKRLFDGPENVINPLKPRHIEEAWRVLQTIDMRHRALTNFKGGRLSSKPIIM

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Transcription initiation factor TFIID subunit 5
分子量 formula_weight	89081.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MSQKQSTNQNQNGTHQPQPVKNQRTNNAAGANSGQQPQQQSQGQSQQQGRSNGPFSASDLNRIVLEYLNKKGYHRTEAMLRAESGRTLTPQNKQSPANTKTGKFPEQSSIPPNPGKTAKPISNPTNLSSKRDAEGGIVSSGRLEGLNAPENYIRAYSMLKNWVDSSLEIYKPELSYIMYPIFIYLFLNLVAKNPVYARRFFDRFSPDFKDFHGSEINRLFSVNSIDHIKENEVASAFQSHKYRITMSKTTLNLLLYFLNENESIGGSLIISVINQHLDPNIVESVTAREKLADGIKVLSDSENGNGKQNLEMNSVPVKLGPFPKDEEFVKEIETELKIKDDQEKQLNQQTAGDNYSGANNRTLLQEYKAMNNEKFKDNTGDDDKDKIKDKIAKDEEKKESELKVDGEKKDSNLSSPARDILPLPPKTALDLKLEIQKVKESRDAIKLDNLQLALPSVCMYTFQNTNKDMSCLDFSDDCRIAAAGFQDSYIKIWSLDGSSLNNPNIALNNNDKDEDPTCKTLVGHSGTVYSTSFSPDNKYLLSGSEDKTVRLWSMDTHTALVSYKGHNHPVWDVSFSPLGHYFATASHDQTARLWSCDHIYPLRIFAGHLNDVDCVSFHPNGCYVFTGSSDKTCRMWDVSTGDSVRLFLGHTAPVISIAVCPDGRWLSTGSEDGIINVWDIGTGKRLKQMRGHGKNAIYSLSYSKEGNVLISGGADHTVRVWDLKKATTEPSAEPDEPFIGYLGDVTASINQDIKEYGRRRTVIPTSDLVASFYTKKTPVFKVKFSRSNLALAGGAFRP

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Transcription initiation factor TFIID subunit 6
分子量 formula_weight	57964.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MSTQQQSYTIWSPQDTVKDVAESLGLENINDDVLKALAMDVEYRILEIIEQAVKFKRHSKRDVLTTDDVSKALRVLNVEPLYGYYDGSEVNKAVSFSKVNTSGGQSVYYLDEEEVDFDRLINEPLPQVPRLPTFTTHWLAVEGVQPAIIQNPNLNDIRVSQPPFIRGAIVTALNDNSLQTPVTSTTASASVTDTGASQHLSNVKPGQNTEVKPLVKHVLSKELQIYFNKVISTLTAKSQADEAAQHMKQAALTSLRTDSGLHQLVPYFIQFIAEQITQNLSDLQLLTTILEMIYSLLSNTSIFLDPYIHSLMPSILTLLLAKKLGGSPKDDSPQEIHEFLERTNALRDFAASLLDYVLKKFPQAYKSLKPRVTRTLLKTFLDINRVFGTYYGCLKGVSVLEGESIRFFLGNLNNWARLVFNESGITLDNIEEHLNDDSNPTRTKFTKEETQILVDTVISALLVLKKDLPDLYEGKGEKVTDEDKEKLLERCGVTIGFHILKRDDAKELISAIFFGE

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Transcription initiation factor TFIID subunit 9
分子量 formula_weight	17334.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MNGGGKNVLNKNSVGSVSEVGPDSTQEETPRDVRLLHLLLASQSIHQYEDQVPLQLMDFAHRYTQGVLKDALVYNDYAGSGNSAGSGLGVEDIRLAIAARTQYQFKPTAPKELMLQLAAERNKKALPQVMGTWGVRLPPEKYCLTAKEWDLEDPKSM

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Transcription initiation factor TFIID subunit 10
分子量 formula_weight	23042.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MDFEEDYDAEFDDNQEGQLETPFPSVAGADDGDNDNDDSVAENMKKKQKREAVVDDGSENAFGIPEFTRKDKTLEEILEMMDSTPPIIPDAVIDYYLTKNGFNVADVRVKRLLALATQKFVSDIAKDAYEYSRIRSSVAVSNANNSQARARQLLQGQQQPGVQQISQQQHQQNEKTTASKVVLTVNDLSSAVAEYGLNIGRPDFYR

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Transcriptional coactivator HFI1/ADA1
分子量 formula_weight	54530.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MSAIQSPAPKPLQPTYPAASPASTNAYMKPGLIGSPAVSNHTEPNNGNNETAEPQGPNQRIDLGAMIEELTSLLGKESWTKYAQIISLFILGKLSRKELSNELELVFSPSAASLEKSNTNHHHSLVRLHNQLLLGIFANSLRENPLGRNGNESSWGFGNGSNNPNNKLKRINKHNSQIEVYKKIVMSLPLNDRNRLKMITKEAGKRGFIFCSVFQARLNNIPKIPIVTNPESLKRVKSNNLKTPLEWSQDIMNGFNVPLASESHSLPDTDSFYLRMVGIAREHGLVGTVDARCVELISLALDQYLKNIIEFTIDTVRYRRKKYSDYYDLNESGLYKSVSEMAADKRDAKIKQLDDDKNEDECADEAKSINNGNNSSKDDIGDISMSSITKAGEAVNEELHENRTISLTNEDIYDSLSIFPNLVEPSGSYYALTNLGLVNDDELVDMKSNIDDLPDFLNEKPTFTPLDERNVGTRHELNWLIKGILTED

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Transcription initiation factor TFIID subunit 12
分子量 formula_weight	61144.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MSSNPENSGVNANNNTGTGNADAITGAQQNMVLQPRQLQEMAAKFRTLLTEARNVGETTPRGKELMFQAAKIKQVYDALTLNRRRQQAAQAYNNTSNSNSSNPASIPTENVPNSSQQQQQQQQQTRNNSNKFSNMIKQVLTPEENQEYEKLWQNFQVRHTSIKEKETYLKQNIDRLEQEINKQTDEGPKQQLQEKKIELLNDWKVLKIEYTKLFNNYQNSKKTFYVECARHNPALHKFLQESTQQQRVQQQRVQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQRQGQNQRKISSSNSTEIPSVTGPDALKSQQQQQNTITATNNPRGNVNTSQTEQSKAKVTNVNATASMLNNISSSKSAIFKQTEPAIPISENISTKTPAPVAYRSNRPTITGGSAMNASALNTPATTKLPPYEMDTQRVMSKRKLRELVKTVGIDEGDGETVIDGDVEELLLDLADDFVTNVTAFSCRLAKHRKSDNLEARDIQLHLERNWNIRIPGYSADEIRSTRKWNPSQNYNQKLQSITSDKVAAAKNNGNNVASLNTKK

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	Transcriptional activator SPT7
分子量 formula_weight	152813.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MTERIPIKNYQRTNAKALLKLTEKLFNKNFFDLYLTSQQLVVLEYLLSISSEEDKLKAWDYFLKGNIALNVEKSFPLTQEEEHHGAVSPAVDTRSDDVSSQTIKDNNNTNTNTSISNENHVENEIEDKGDNAIANEDNFVNNDESDNVEEDLFKLDLEDLKQQISGTRFIGNLSLKIRYVLWQCAIDYIYCDRNEFGDENDTEYTLLDVEEKEEEEIGKNEKPQNKEGISKFAEDEDYDDEDENYDEDSTDVKNVDDPPKNLDSISSSNIEIDDERRLVLNISISKETLSKLKTNNVEEIMGNWNKIYHSFEYDKETMIKRLKLEESDKMIEKGKKKRSRSDLEAATDEQDRENTNDEPDTNQKLPTPEGSTFSDTGNKRPKQSNLDLTVNLGIENLSLKHLLSSIQQKKSQLGISDYELKHLIMDVRKNRSKWTSDERIGQEELYEACEKVVLELRNYTEHSTPFLNKVSKREAPNYHQIIKKSMDLNTVLKKLKSFQYDSKQEFVDDIMLIWKNCLTYNSDPSHFLRGHAIAMQKKSLQLIRMIPNITIRNRADLEKEIEDMEKDKDYELDEEEEVAGSGRKGLNMGAHMLAKENGKVSEKDSSKTVKDEAPTNDDKLTSVIPEGEKEKDKTASSTVTVHENVNKNEIKENGKNEEQDMVEESSKTEDSSKDADAAKKDTEDGLQDKTAENKEAGENNEEEEDDDDEDEDEDMVDSQSYLLEKDDDRDDLEISVWKTVTAKVRAEICLKRTEYFKNGKLNSDSEAFLKNPQRMKRFDQLFLEYKEQKALESYRQKIEQNSIMKNGFGTVLKQEDDDQLQFHNDHSLNGNEAFEKQPNDIELDDTRFLQEYDISNAIPDIVYEGVNTKTLDKMEDASVDRMLQNGINKQSRFLANKDLGLTPKMNQNITLIQQIRHICHKISLIRMLQSPLSAQNSRSNPNAFLNNHIYNYTIIDDSLDIDPVSQLPTHDYKNNRELIWKFMHKNISKVAMANGFETAHPSAINMLTEIAGDYLSNLIKTLKLHHETNSLNRGTNVEMLQTTLLENGINRPDDLFSYVESEFGKKTKKLQDIKQKLESFLRALLRPTLQELSERNFEDESQSFFTGDFASELTGEDFFGFRELGLEKEFGVLSSSVPLQLLTTQFQTVDGETKVQAKKIQPEESDSIVYKKITKGMLDAGSFWNTLLPLLQKDYERSKAYIAKQSKSSANDKTSMTSTEDNSFALLEEDQFVSKKTATKARLPPTGKISTTYKKKPIASAFILPEEDLENDVKADPTTTVNAKVGAENDGDSSLFLRTPQPLDPLDMDDAFDDTNMGSNSSFSLSLPRLNQ

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	SAGA-associated factor 73
分子量 formula_weight	72976.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q

MRSGDAEIKGIKPKVIEEYSLSQGSGPSNDSWKSLMSSAKDTPLQYDHMNRESLKKYFNPNAQLIEDPLDKPIQYRVCEKCGKPLALTAIVDHLENHCAGASGKSSTDPRDESTRETIRNGVESTGRNNNDDDNSNDNNNDDDDDDDNDDNEDDDDADDDDDNSNGANYKKNDSSFNPLKRSTSMESANTPNMDTKRSKTGTPQTFSSSIKKQKKVKQRNPTEKHLIDFNKQCGVELPEGGYCARSLTCKSHSMGAKRAVSGRSKPYDVLLADYHREHQTKIGAAAEKRAKQQELQKLQKQIQKEQKKHTQQQKQGQRSKQRNVNGGKSAKNGGKSTVHNGNNINEIGHVNLTPEEETTQVLNGVSRSFPLPLESTVLSSVRYRTKYFRMREMFASSFSVKPGYTSPGYGAIHSRVGCLDLDRTTDYKFRVRTPQPINHLTNQNLNPKQIQRLQQQRALQAQLLSQQQQQQQQQQQHHSPQAQAQASTQQPTQGMVPNHFPGGATNSSFNANVSSKQIQQQQQQQQHKSQDTGLTPLEIQSQQQKLRQQQLQQQKFEAAASYLANATKLMQESNQDSHLSGTHNNNSSKNGNNNLMTMKASISSPNTSVNSIQSPPSVNSVNGSGQGVSTGINVSGNNGRIEVGIGNSVNPYNGRIN

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	Transcription-associated protein 1
分子量 formula_weight	433677.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T

MSLTEQIEQFASRFRDDDATLQSRYSTLSELYDIMELLNSPEDYHFFLQAVIPLLLNQLKEVPISYDAHSPEQKLRNSMLDIFNRCLMNQTFQPYAMEVLEFLLSVLPKENEENGILCMKVLTTLFKSFKSILQDKLDSFIRIIIQIYKNTPNLINQTFYEAGKAEQGDLDSPKEPQADELLDEFSKNDEEKDFPSKQSSTEPRFENSTSSNGLRSSMFSFKILSECPITMVTLYSSYKQLTSTSLPEFTPLIMNLLNIQIKQQQEAREQAESRGEHFTSISTEIINRPAYCDFILAQIKATSFLAYVFIRGYAPEFLQDYVNFVPDLIIRLLQDCPSELSSARKELLHATRHILSTNYKKLFLPKLDYLFDERILIGNGFTMHETLRPLAYSTVADFIHNIRSELQLSEIEKTIKIYTGYLLDESLALTVQIMSAKLLLNLVERILKLGKENPQEAPRAKKLLMIIIDSYMNRFKTLNRQYDTIMKYYGRYETHKKEKAEKLKNSIQDNDKESEEFMRKVLEPSDDDHLMPQPKKEDINDSPDVEMTESDKVVKNDVEMFDIKNYAPILLLPTPTNDPIKDAFYLYRTLMSFLKTIIHDLKVFNPPPNEYTVANPKLWASVSRVFSYEEVIVFKDLFHECIIGLKFFKDHNEKLSPETTKKHFDISMPSLPVSATKDARELMDYLAFMFMQMDNATFNEIIEQELPFVYERMLEDSGLLHVAQSFLTSEITSPNFAGILLRFLKGKLKDLGNVDFNTSNVLIRLFKLSFMSVNLFPNINEVVLLPHLNDLILNSLKYSTTAEEPLVYFYLIRTLFRSIGGGRFENLYRSIKPILQVLLQSLNQMILTARLPHERELYVELCITVPVRLSVLAPYLPFLMKPLVFALQQYPDLVSQGLRTLELCIDNLTAEYFDPIIEPVIDDVSKALFNLLQPQPFNHAISHNVVRILGKLGGRNRQFLKPPTDLTEKTELDIDAIADFKINGMPEDVPLSVTPGIQSALNILQSYKSDIHYRKSAYKYLTCVLLLMTKSSAEFPTNYTELLKTAVNSIKLERIGIEKNFDLEPTVNKRDYSNQENLFLRLLESVFYATSIKELKDDAMDLLNNLLDHFCLLQVNTTLLNKRNYNGTFNIDLKNPNFMLDSSLILDAIPFALSYYIPEVREVGVLAYKRIYEKSCLIYGEELALSHSFIPELAKQFIHLCYDETYYNKRGGVLGIKVLIDNVKSSSVFLKKYQYNLANGLLFVLKDTQSEAPSAITDSAEKLLIDLLSITFADVKEEDLGNKVLENTLTDIVCELSNANPKVRNACQKSLHTISNLTGIPIVKLMDHSKQFLLSPIFAKPLRALPFTMQIGNVDAITFCLSLPNTFLTFNEELFRLLQESIVLADAEDESLSTNIQKTTEYSTSEQLVQLRIACIKLLAIALKNEEFATAQQGNIRIRILAVFFKTMLKTSPEIINTTYEALKGSLAENSKLPKELLQNGLKPLLMNLSDHQKLTVPGLDALSKLLELLIAYFKVEIGRKLLDHLTAWCRVEVLDTLFGQDLAEQMPTKIIVSIINIFHLLPPQADMFLNDLLLKVMLLERKLRLQLDSPFRTPLARYLNRFHNPVTEYFKKNMTLRQLVLFMCNIVQRPEAKELAEDFEKELDNFYDFYISNIPKNQVRVVSFFTNMVDLFNTMVITNGDEWLKKKGNMILKLKDMLNLTLKTIKENSFYIDHLQLNQSIAKFQALYLRFTELSERDQNPLLLDFIDFSFSNGIKASYSLKKFIFHNIIASSNKEKQNNFINDATLFVLSDKCLDARIFVLKNVINSTLIYEVATSGSLKSYLVEDKKPKWLELLHNKIWKNSNAILAYDVLDHHDLFRFELLQLSAIFIKADPEIIAEIKKDIIKFCWNFIKLEDTLIKQSAYLVTSYFISKFDFPIKVVTQVFVALLRSSHVEARYLVKQSLDVLTPVLHERMNAAGTPDTWINWVKRVMVENSSSQNNILYQFLISHPDLFFNSRDLFISNIIHHMNKITFMSNSNSDSHTLAIDLASLILYWENKTLEITNVNNTKTDSDGDVVMSDSKSDINPVEADTTAIIVDANNNSPISLHLREACTAFLIRYVCASNHRAIETELGLRAINILSELISDKHWTNVNVKLVYFEKFLIFQDLDSENILYYCMNALDVLYVFFKNKTKEWIMENLPTIQNLLEKCIKSDHHDVQEALQKVLQVIMKAIKAQGVSVIIEEESPGKTFIQMLTSVITQDLQETSSVTAGVTLAWVLFMNFPDNIVPLLTPLMKTFSKLCKDHLSISQPKDAMALEEARITTKLLEKVLYILSLKVSLLGDSRRPFLSTVALLIDHSMDQNFLRKIVNMSRSWIFNTEIFPTVKEKAAILTKMLAFEIRGEPSLSKLFYEIVLKLFDQEHFNNTEITVRMEQPFLVGTRVEDIGIRKRFMTILDNSLERDIKERLYYVIRDQNWEFIADYPWLNQALQLLYGSFNREKELSLKNIYCLSPPSILQEYLPENAEMVTEVNDLELSNFVKGHIASMQGLCRIISSDFIDSLIEIFYQDPKAIHRAWVTLFPQVYKSIPKNEKYGFVRSIITLLSKPYHTRQISSRTNVINMLLDSISKIESLELPPHLVKYLAISYNAWYQSINILESIQSNTSIDNTKIIEANEDALLELYVNLQEEDMFYGLWRRRAKYTETNIGLSYEQIGLWDKAQQLYEVAQVKARSGALPYSQSEYALWEDNWIQCAEKLQHWDVLTELAKHEGFTDLLLECGWRVADWNSDRDALEQSVKSVMDVPTPRRQMFKTFLALQNFAESRKGDQEVRKLCDEGIQLSLIKWVSLPIRYTPAHKWLLHGFQQYMEFLEATQIYANLHTTTVQNLDSKAQEIKRILQAWRDRLPNTWDDVNMWNDLVTWRQHAFQVINNAYLPLIPALQQSNSNSNINTHAYRGYHEIAWVINRFAHVARKHNMPDVCISQLARIYTLPNIEIQEAFLKLREQAKCHYQNMNELTTGLDVISNTNLVYFGTVQKAEFFTLKGMFLSKLRAYEEANQAFATAVQIDLNLAKAWAQWGFFNDRRLSEEPNNISFASNAISCYLQAAGLYKNSKIRELLCRILWLISIDDASGMLTNAFDSFRGEIPVWYWITFIPQLLTSLSHKEANMVRHILIRIAKSYPQALHFQLRTTKEDFAVIQRQTMAVMGDKPDTNDRNGRRQPWEYLQELNNILKTAYPLLALSLESLVAQINDRFKSTTDEDLFRLINVLLIDGTLNYNRLPFPRKNPKLPENTEKNLVKFSTTLLAPYIRPKFNADFIDNKPDYETYIKRLRYWRRRLENKLDRASKKENLEVLCPHLSNFHHQKFEDIEIPGQYLLNKDNNVHFIKIARFLPTVDFVRGTHSSYRRLMIRGHDGSVHSFAVQYPAVRHSRREERMFQLYRLFNKSLSKNVETRRRSIQFNLPIAIPLSPQVRIMNDSVSFTTLHEIHNEFCKKKGFDPDDIQDFMADKLNAAHDDALPAPDMTILKVEIFNSIQTMFVPSNVLKDHFTSLFTQFEDFWLFRKQFASQYSSFVFMSYMMMINNRTPHKIHVDKTSGNVFTLEMLPSRFPYERVKPLLKNHDLSLPPDSPIFHNNEPVPFRLTPNIQSLIGDSALEGIFAVNLFTISRALIEPDNELNTYLALFIRDEIISWFSNLHRPIIENPQLREMVQTNVDLIIRKVAQLGHLNSTPTVTTQFILDCIGSAVSPRNLARTDVNFMPWF

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	unassigned sequence
分子量 formula_weight	11035.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U

AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	27602

fit	/app/data/saxs_computation/t9/6t9i/6t9i.fit
pddf	/app/data/pr_computation/t9/6t9i/6t9i.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/t9/6t9i/6t9i.dat

cryo-EM structure of transcription coactivator SAGA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription factor SPT20

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein SPT3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Transcription initiation factor TFIID subunit 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Transcription initiation factor TFIID subunit 6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Transcription initiation factor TFIID subunit 9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Transcription initiation factor TFIID subunit 10

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Transcriptional coactivator HFI1/ADA1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Transcription initiation factor TFIID subunit 12

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Transcriptional activator SPT7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAGA-associated factor 73

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Transcription-associated protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

实体 9 Entity 9 polymer

聚合物 Polymer

实体 10 Entity 10 polymer

聚合物 Polymer

实体 11 Entity 11 polymer

聚合物 Polymer

实体 12 Entity 12 polymer

聚合物 Polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)