6tgc

CryoEM structure of the ternary DOCK2-ELMO1-RAC1 complex.

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 255.5 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dedicator of cytokinesis protein 2

Homo sapiens

UniProt Q92608

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–1830 链 D; UniProt 1–1830 未记录 Engulfment and cell motility protein 1 × 2 (Q92556) Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 × 2 (P63000) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DOCK2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–1830; UniProt 1–1830 作者链 D; PDB构建体 1–1830; UniProt 1–1830

Engulfment and cell motility protein 1

Homo sapiens

UniProt Q92556

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–727 链 E; UniProt 1–727 未记录 Dedicator of cytokinesis protein 2 × 2 (Q92608) Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 × 2 (P63000) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 17 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ELMO1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–727; UniProt 1–727 作者链 E; PDB构建体 1–727; UniProt 1–727

Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1

Homo sapiens

UniProt P63000

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–192 链 F; UniProt 1–192 未记录 Dedicator of cytokinesis protein 2 × 2 (Q92608) Engulfment and cell motility protein 1 × 2 (Q92556) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 74 个其他 PDB 条目、102 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RAC1_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–192; UniProt 1–192 作者链 F; PDB构建体 1–192; UniProt 1–192

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6tgc

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6tgc
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6tgc
沉积日期 deposition_date2019-11-15
结构标题 titleCryoEM structure of the ternary DOCK2-ELMO1-RAC1 complex.
关键词 keywordsguanine nucleotide exchange factor, cytoskeleton, actin, cryoEM, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier92.11
回转半径 Rg (电子) rg_electron93.70
零角强度 I(0) i03114750000.00
分子量 molecular_weight471450.0 kDa
排除体积 excluded_volume587990 ų
包络体积 envelope_volume1211400 ų
水化壳体积 shell_volume116650 ų
包络直径 envelope_diameter335.3
壳层 Rg shell_rg74.76
包络 Rg envelope_rg91.73
形状 Rg shape_rg93.75
总 Rg total_rg93.27
总原子数 total_atoms33282
残基数 n_residues4614
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax255.5
Rg (实空间) rg_real87.63
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.15
I(0) (实空间) i0_real2.9940e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.9250e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal86.18
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3058000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9102
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary90.2
偏度 Skewness skewness0.411
峰度 Kurtosis kurtosis-0.649
角度范围 angular_range— – 0.0850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.8772
最高正则化参数 α highest_alpha99780000.0000
实空间数据点数 n_real_points18
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.980; Stabil: 0.975; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.970; Smooth: 0.001

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)