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6tye

Crystal structure of MTB sigma L transcription initiation complex with 5 nt long RNA primer

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 172.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA polymerase sigma factor

Mycobacterium tuberculosis

UniProt A0A045IR27

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 6 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物数一致 链 F； UniProt 1–177 未记录 ;DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*CP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*GP*G)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(P*GP*TP*GP*TP*CP*AP*GP*TP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*GP*AP*TP*GP*C)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(P*CP*UP*CP*GP*A)-3') ; × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A5U8D3） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （P9WGY8） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A0A0E8TXU5） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A0A045H2R3） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, and 10% PEG4000 分辨率 3.79 Å R-free 0.279

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6TYE Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6TYF Crystal structure of MTB sigma L transcription initiation complex with 6 nt long RNA primer 提交 2019-08-08 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 F 1–177（177 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, and 10% PEG4000
分辨率 3.80 Å R-free 0.300
6TYG Crystal structure of MTB sigma L transcription initiation complex with 9 nt long RNA primer 提交 2019-08-08 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 F 1–177（177 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, and 10% PEG4000
分辨率 3.50 Å R-free 0.293
7RWI Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase sigma L holoenzyme open promoter complex containing TNP-2198 提交 2021-08-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 F 1–177（177 aa）
未记录 7US (3aM,9S,10bP,14S,15R,16S,17R,18R,19R,20S,21S,25R)-6,18,20-trihydroxy-14-methoxy-7,9,15,17,19,21,25-heptamethyl-1'-[2-(2-methyl-5-nitro-1H-imidazol-1-yl)ethyl]-5,10,26-trioxo-3,5,9,10-tetrahydrospiro[9,4-(epoxypentadecanoimino)furo[2',3':7,8]naphtho[1,2-d]imidazole-2,4'-piperidin]-16-yl acetate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, 10% PEG4000
分辨率 3.70 Å R-free 0.245

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A045IR27_MYCTX
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 F； PDB构建体 1–177； UniProt 1–177

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

Mycobacterium tuberculosis

UniProt A5U8D3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 6 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 1–347 链 B； UniProt 1–347 未记录 RNA polymerase sigma factor × 1 （A0A045IR27） ;DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*CP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*GP*G)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(P*GP*TP*GP*TP*CP*AP*GP*TP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*GP*AP*TP*GP*C)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(P*CP*UP*CP*GP*A)-3') ; × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （P9WGY8） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A0A0E8TXU5） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A0A045H2R3） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, and 10% PEG4000 分辨率 3.79 Å R-free 0.279

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6TYE Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6EDT Mycobacterium tuberculosis RNAP open promoter complex with RbpA/CarD and AP3 promoter 提交 2018-08-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
6EE8 Mycobacterium tuberculosis RNAP promoter unwinding intermediate complex with RbpA/CarD and AP3 promoter 提交 2018-08-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.92 Å
6EEC Mycobacterium tuberculosis RNAP promoter unwinding intermediate complex with RbpA/CarD and AP3 promoter captured by Corallopyronin 提交 2018-08-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 C0L methyl [(1E,5R)-5-{(3E)-3-[(2E,4E,8R,9E,12E)-1,8-dihydroxy-2,5,9-trimethyltetradeca-2,4,9,12-tetraen-1-ylidene]-2,4-dioxo-3,4-d ihydro-2H-pyran-6-yl}hex-1-en-1-yl]carbamate × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.55 Å
6M7J Mycobacterium tuberculosis RNAP with RbpA/us fork and Corallopyronin 提交 2018-08-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 C0L methyl [(1E,5R)-5-{(3E)-3-[(2E,4E,8R,9E,12E)-1,8-dihydroxy-2,5,9-trimethyltetradeca-2,4,9,12-tetraen-1-ylidene]-2,4-dioxo-3,4-d ihydro-2H-pyran-6-yl}hex-1-en-1-yl]carbamate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
6TYF Crystal structure of MTB sigma L transcription initiation complex with 6 nt long RNA primer 提交 2019-08-08 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, and 10% PEG4000
分辨率 3.80 Å R-free 0.300
6TYG Crystal structure of MTB sigma L transcription initiation complex with 9 nt long RNA primer 提交 2019-08-08 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, and 10% PEG4000
分辨率 3.50 Å R-free 0.293
6VVX Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription initiation intermediate structure with Sorangicin 提交 2020-02-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 SRN SORANGICIN A × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.39 Å
6VVY Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription open promoter complex with Sorangicin 提交 2020-02-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 SRN SORANGICIN A × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.42 Å
6VVZ Mycobacterium tuberculosis RNAP S456L mutant transcription initiation intermediate structure with Sorangicin 提交 2020-02-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 SRN SORANGICIN A × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.72 Å
6VW0 Mycobacterium tuberculosis RNAP S456L mutant open promoter complex 提交 2020-02-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.59 Å
7KIF Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription open promoter complex with WhiB7 transcription factor 提交 2020-10-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.94 Å
7KIM Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription closed promoter complex with WhiB7 transcription factor 提交 2020-10-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.38 Å
7KIN Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription open promoter complex with WhiB7 promoter 提交 2020-10-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.74 Å
7RWI Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase sigma L holoenzyme open promoter complex containing TNP-2198 提交 2021-08-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 7US (3aM,9S,10bP,14S,15R,16S,17R,18R,19R,20S,21S,25R)-6,18,20-trihydroxy-14-methoxy-7,9,15,17,19,21,25-heptamethyl-1'-[2-(2-methyl-5-nitro-1H-imidazol-1-yl)ethyl]-5,10,26-trioxo-3,5,9,10-tetrahydrospiro[9,4-(epoxypentadecanoimino)furo[2',3':7,8]naphtho[1,2-d]imidazole-2,4'-piperidin]-16-yl acetate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, 10% PEG4000
分辨率 3.70 Å R-free 0.245
7U22 Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase sigma A holoenzyme open promoter complex containing UMN-7 提交 2022-02-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 KYO (9S,14S,15R,16S,17R,18R,19R,20S,21S,25R)-5,6,18,20-tetrahydroxy-14-methoxy-7,9,15,17,19,21,25-heptamethyl-1'-(2-methylpropyl)-10,26-dioxo-1,3,9,10-tetrahydrospiro[9,4-(epoxypentadecanoimino)furo[2',3':7,8]naphtho[1,2-d]imidazole-2,4'-piperidin]-16-yl benzoate × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；296 K；20 mM Tris-HCl, pH 8.2, 200 mM potassium chloride, 20 mM magnesium chloride, 7% (m/v) PEG-3350
分辨率 3.87 Å R-free 0.278
8E74 Mycobacterium tuberculosis RNAP paused elongation complex with NusG transcription factor 提交 2022-08-23 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.94 Å
8E79 Mycobacterium tuberculosis RNAP paused elongation complex with Escherichia coli NusG transcription factor 提交 2022-08-23 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.71 Å
8E82 Mycobacterium tuberculosis RNAP elongation complex with NusG transcription factor 提交 2022-08-25 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.03 Å
8E8M Mycobacterium tuberculosis RNAP paused elongation complex 提交 2022-08-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.13 Å
8E95 Mycobacterium tuberculosis RNAP elongation complex 提交 2022-08-26 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9E7V Off-pathway Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-04 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9E7Y De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex with 7-mer RNA and disordered Beta' Lid element (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-04 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：undecameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
9E85 De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex with 6-mer RNA and closed Beta' clamp (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9E86 De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex with 5-mer RNA and open Beta' clamp (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9E87 De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation pre-RPO promoter complex with open Beta' clamp (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9E88 De novo backtracked transcription elongation complex of Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase on a linear DNA fragment (TEC-Backtracked) 提交 2024-11-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å

共 26 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPOA_MYCTA
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–347； UniProt 1–347 作者链 B； PDB构建体 1–347； UniProt 1–347

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

Mycobacterium tuberculosis

UniProt P9WGY8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 6 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物数一致 链 C； UniProt 1–1178 未记录 RNA polymerase sigma factor × 1 （A0A045IR27） ;DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*CP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*GP*G)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(P*GP*TP*GP*TP*CP*AP*GP*TP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*GP*AP*TP*GP*C)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(P*CP*UP*CP*GP*A)-3') ; × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A5U8D3） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A0A0E8TXU5） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A0A045H2R3） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, and 10% PEG4000 分辨率 3.79 Å R-free 0.279

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6TYE Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6TYF Crystal structure of MTB sigma L transcription initiation complex with 6 nt long RNA primer 提交 2019-08-08 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 C 1–1178（1178 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, and 10% PEG4000
分辨率 3.80 Å R-free 0.300
6TYG Crystal structure of MTB sigma L transcription initiation complex with 9 nt long RNA primer 提交 2019-08-08 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 C 1–1178（1178 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, and 10% PEG4000
分辨率 3.50 Å R-free 0.293
7RWI Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase sigma L holoenzyme open promoter complex containing TNP-2198 提交 2021-08-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 C 1–1178（1178 aa）
未记录 7US (3aM,9S,10bP,14S,15R,16S,17R,18R,19R,20S,21S,25R)-6,18,20-trihydroxy-14-methoxy-7,9,15,17,19,21,25-heptamethyl-1'-[2-(2-methyl-5-nitro-1H-imidazol-1-yl)ethyl]-5,10,26-trioxo-3,5,9,10-tetrahydrospiro[9,4-(epoxypentadecanoimino)furo[2',3':7,8]naphtho[1,2-d]imidazole-2,4'-piperidin]-16-yl acetate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, 10% PEG4000
分辨率 3.70 Å R-free 0.245
7U22 Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase sigma A holoenzyme open promoter complex containing UMN-7 提交 2022-02-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 C 1–1178（1178 aa）
未记录 KYO (9S,14S,15R,16S,17R,18R,19R,20S,21S,25R)-5,6,18,20-tetrahydroxy-14-methoxy-7,9,15,17,19,21,25-heptamethyl-1'-(2-methylpropyl)-10,26-dioxo-1,3,9,10-tetrahydrospiro[9,4-(epoxypentadecanoimino)furo[2',3':7,8]naphtho[1,2-d]imidazole-2,4'-piperidin]-16-yl benzoate × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；296 K；20 mM Tris-HCl, pH 8.2, 200 mM potassium chloride, 20 mM magnesium chloride, 7% (m/v) PEG-3350
分辨率 3.87 Å R-free 0.278
7ZF2 Protomeric substructure from an octameric assembly of M. tuberculosis RNA polymerase in complex with sigma-b initiation factor 提交 2022-03-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 7–1178（1172 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.86 Å
9E84 De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex with 6-mer RNA and disordered Sigma-A region 4 domain (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric
链 C 1–1178（1178 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPOB_MYCTO
Isoform —
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–1178； UniProt 1–1178

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

Mycobacterium tuberculosis

UniProt A0A0E8TXU5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 6 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物数一致 链 D； UniProt 1–1316 未记录 RNA polymerase sigma factor × 1 （A0A045IR27） ;DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*CP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*GP*G)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(P*GP*TP*GP*TP*CP*AP*GP*TP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*GP*AP*TP*GP*C)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(P*CP*UP*CP*GP*A)-3') ; × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A5U8D3） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （P9WGY8） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A0A045H2R3） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, and 10% PEG4000 分辨率 3.79 Å R-free 0.279

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A0E8TXU5_MYCTX
Isoform —
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 D； PDB构建体 1–1316； UniProt 1–1316

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

Mycobacterium tuberculosis

UniProt A0A045H2R3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 6 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物数一致 链 E； UniProt 1–110 未记录 RNA polymerase sigma factor × 1 （A0A045IR27） ;DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*CP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*GP*G)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(P*GP*TP*GP*TP*CP*AP*GP*TP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*GP*AP*TP*GP*C)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(P*CP*UP*CP*GP*A)-3') ; × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A5U8D3） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （P9WGY8） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A0A0E8TXU5） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, and 10% PEG4000 分辨率 3.79 Å R-free 0.279

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6TYE Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6TYF Crystal structure of MTB sigma L transcription initiation complex with 6 nt long RNA primer 提交 2019-08-08 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 E 1–110（110 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, and 10% PEG4000
分辨率 3.80 Å R-free 0.300
6TYG Crystal structure of MTB sigma L transcription initiation complex with 9 nt long RNA primer 提交 2019-08-08 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 E 1–110（110 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, and 10% PEG4000
分辨率 3.50 Å R-free 0.293
7RWI Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase sigma L holoenzyme open promoter complex containing TNP-2198 提交 2021-08-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 E 1–110（110 aa）
未记录 7US (3aM,9S,10bP,14S,15R,16S,17R,18R,19R,20S,21S,25R)-6,18,20-trihydroxy-14-methoxy-7,9,15,17,19,21,25-heptamethyl-1'-[2-(2-methyl-5-nitro-1H-imidazol-1-yl)ethyl]-5,10,26-trioxo-3,5,9,10-tetrahydrospiro[9,4-(epoxypentadecanoimino)furo[2',3':7,8]naphtho[1,2-d]imidazole-2,4'-piperidin]-16-yl acetate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, 10% PEG4000
分辨率 3.70 Å R-free 0.245
7U22 Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase sigma A holoenzyme open promoter complex containing UMN-7 提交 2022-02-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 E 1–110（110 aa）
未记录 KYO (9S,14S,15R,16S,17R,18R,19R,20S,21S,25R)-5,6,18,20-tetrahydroxy-14-methoxy-7,9,15,17,19,21,25-heptamethyl-1'-(2-methylpropyl)-10,26-dioxo-1,3,9,10-tetrahydrospiro[9,4-(epoxypentadecanoimino)furo[2',3':7,8]naphtho[1,2-d]imidazole-2,4'-piperidin]-16-yl benzoate × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；296 K；20 mM Tris-HCl, pH 8.2, 200 mM potassium chloride, 20 mM magnesium chloride, 7% (m/v) PEG-3350
分辨率 3.87 Å R-free 0.278
9E7V Off-pathway Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-04 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 E 1–110（110 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9E7Y De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex with 7-mer RNA and disordered Beta' Lid element (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-04 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：undecameric
链 E 1–110（110 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
9E84 De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex with 6-mer RNA and disordered Sigma-A region 4 domain (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric
链 E 1–110（110 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9E85 De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex with 6-mer RNA and closed Beta' clamp (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric
链 E 1–110（110 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9E86 De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex with 5-mer RNA and open Beta' clamp (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric
链 E 1–110（110 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9E87 De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation pre-RPO promoter complex with open Beta' clamp (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 E 1–110（110 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9E88 De novo backtracked transcription elongation complex of Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase on a linear DNA fragment (TEC-Backtracked) 提交 2024-11-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 E 1–110（110 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9JI2 Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis transcription activation complex with unphosphated PhoP 提交 2024-09-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 E 1–110（110 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.38 Å
9JI3 Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis transcription activation complex with two PhoP molecules 提交 2024-09-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 E 1–110（110 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.36 Å
9JI4 Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis transcription activation complex with four PhoP molecules 提交 2024-09-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric
链 E 1–110（110 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
9JI5 Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis transcription activation complex with six PhoP molecules 提交 2024-09-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric
链 E 1–110（110 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å

共 15 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A045H2R3_MYCTX
Isoform —
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 E； PDB构建体 1–110； UniProt 1–110

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6tye

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6tye
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6tye
沉积日期 deposition_date2019-08-08
结构标题 titleCrystal structure of MTB sigma L transcription initiation complex with 5 nt long RNA primer
关键词 keywordstranscription, tuberculosis, initiation, sigma finger displacement; TRANSCRIPTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier46.61 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron46.31 Å
零角强度 I(0) i01940370000.00
分子量 molecular_weight353060.0 kDa
排除体积 excluded_volume436940 ų
包络体积 envelope_volume610010 ų
水化壳体积 shell_volume104600 ų
包络直径 envelope_diameter182.6 Å
壳层 Rg shell_rg54.16 Å
包络 Rg envelope_rg46.39 Å
形状 Rg shape_rg46.33 Å
总 Rg total_rg46.52 Å
总原子数 total_atoms49194
残基数 n_residues3122
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax172.3 Å
Rg (实空间) rg_real46.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.53 Å
I(0) (实空间) i0_real1.9400e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.6930e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal46.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1941000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8218
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary55.7 Å
偏度 Skewness skewness0.410
峰度 Kurtosis kurtosis0.103
角度范围 angular_range— – 0.1700 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha504500000.0000
实空间数据点数 n_real_points35
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.569; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.979
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id6tyeA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — RNA polymerase, RBP11-like subunit
结构域编号 domain_id6tyeA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology120 — RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily12 — DNA-directed RNA polymerase, insert domain
结构域编号 domain_id6tyeB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — RNA polymerase, RBP11-like subunit
结构域编号 domain_id6tyeB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology120 — RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily12 — DNA-directed RNA polymerase, insert domain
结构域编号 domain_id6tyeD01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology274 — Enzyme I; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 — RNA polymerase Rpb1, domain 3
结构域编号 domain_id6tyeD02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology132 — Topoisomerase I; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — RNA polymerase Rpb1 funnel domain
▶

8. 引用文献 (3)

▶

9. 文件与曲线 (10)