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6tyf

Crystal structure of MTB sigma L transcription initiation complex with 6 nt long RNA primer

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 173.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

Mycobacterium tuberculosis

UniProt A5U8D3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 6 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 1–347 链 B； UniProt 1–347 未记录 DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （P9WGY8） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A0A045J9E2） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A0A045H2R3） ;DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*CP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*GP*GP*GP*T)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(P*GP*TP*GP*TP*CP*AP*GP*TP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*GP*AP*TP*GP*C)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(P*CP*CP*UP*CP*GP*A)-3') ; × 1 RNA polymerase sigma factor × 1 （A0A045IR27） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, and 10% PEG4000 分辨率 3.80 Å R-free 0.300

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6TYF Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6EDT Mycobacterium tuberculosis RNAP open promoter complex with RbpA/CarD and AP3 promoter 提交 2018-08-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
6EE8 Mycobacterium tuberculosis RNAP promoter unwinding intermediate complex with RbpA/CarD and AP3 promoter 提交 2018-08-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.92 Å
6EEC Mycobacterium tuberculosis RNAP promoter unwinding intermediate complex with RbpA/CarD and AP3 promoter captured by Corallopyronin 提交 2018-08-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 C0L methyl [(1E,5R)-5-{(3E)-3-[(2E,4E,8R,9E,12E)-1,8-dihydroxy-2,5,9-trimethyltetradeca-2,4,9,12-tetraen-1-ylidene]-2,4-dioxo-3,4-d ihydro-2H-pyran-6-yl}hex-1-en-1-yl]carbamate × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.55 Å
6M7J Mycobacterium tuberculosis RNAP with RbpA/us fork and Corallopyronin 提交 2018-08-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 C0L methyl [(1E,5R)-5-{(3E)-3-[(2E,4E,8R,9E,12E)-1,8-dihydroxy-2,5,9-trimethyltetradeca-2,4,9,12-tetraen-1-ylidene]-2,4-dioxo-3,4-d ihydro-2H-pyran-6-yl}hex-1-en-1-yl]carbamate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
6TYE Crystal structure of MTB sigma L transcription initiation complex with 5 nt long RNA primer 提交 2019-08-08 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, and 10% PEG4000
分辨率 3.79 Å R-free 0.279
6TYG Crystal structure of MTB sigma L transcription initiation complex with 9 nt long RNA primer 提交 2019-08-08 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, and 10% PEG4000
分辨率 3.50 Å R-free 0.293
6VVX Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription initiation intermediate structure with Sorangicin 提交 2020-02-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 SRN SORANGICIN A × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.39 Å
6VVY Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription open promoter complex with Sorangicin 提交 2020-02-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 SRN SORANGICIN A × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.42 Å
6VVZ Mycobacterium tuberculosis RNAP S456L mutant transcription initiation intermediate structure with Sorangicin 提交 2020-02-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 SRN SORANGICIN A × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.72 Å
6VW0 Mycobacterium tuberculosis RNAP S456L mutant open promoter complex 提交 2020-02-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.59 Å
7KIF Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription open promoter complex with WhiB7 transcription factor 提交 2020-10-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.94 Å
7KIM Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription closed promoter complex with WhiB7 transcription factor 提交 2020-10-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.38 Å
7KIN Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription open promoter complex with WhiB7 promoter 提交 2020-10-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.74 Å
7RWI Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase sigma L holoenzyme open promoter complex containing TNP-2198 提交 2021-08-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 7US (3aM,9S,10bP,14S,15R,16S,17R,18R,19R,20S,21S,25R)-6,18,20-trihydroxy-14-methoxy-7,9,15,17,19,21,25-heptamethyl-1'-[2-(2-methyl-5-nitro-1H-imidazol-1-yl)ethyl]-5,10,26-trioxo-3,5,9,10-tetrahydrospiro[9,4-(epoxypentadecanoimino)furo[2',3':7,8]naphtho[1,2-d]imidazole-2,4'-piperidin]-16-yl acetate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, 10% PEG4000
分辨率 3.70 Å R-free 0.245
7U22 Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase sigma A holoenzyme open promoter complex containing UMN-7 提交 2022-02-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 KYO (9S,14S,15R,16S,17R,18R,19R,20S,21S,25R)-5,6,18,20-tetrahydroxy-14-methoxy-7,9,15,17,19,21,25-heptamethyl-1'-(2-methylpropyl)-10,26-dioxo-1,3,9,10-tetrahydrospiro[9,4-(epoxypentadecanoimino)furo[2',3':7,8]naphtho[1,2-d]imidazole-2,4'-piperidin]-16-yl benzoate × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；296 K；20 mM Tris-HCl, pH 8.2, 200 mM potassium chloride, 20 mM magnesium chloride, 7% (m/v) PEG-3350
分辨率 3.87 Å R-free 0.278
8E74 Mycobacterium tuberculosis RNAP paused elongation complex with NusG transcription factor 提交 2022-08-23 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.94 Å
8E79 Mycobacterium tuberculosis RNAP paused elongation complex with Escherichia coli NusG transcription factor 提交 2022-08-23 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.71 Å
8E82 Mycobacterium tuberculosis RNAP elongation complex with NusG transcription factor 提交 2022-08-25 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.03 Å
8E8M Mycobacterium tuberculosis RNAP paused elongation complex 提交 2022-08-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.13 Å
8E95 Mycobacterium tuberculosis RNAP elongation complex 提交 2022-08-26 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9E7V Off-pathway Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-04 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9E7Y De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex with 7-mer RNA and disordered Beta' Lid element (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-04 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：undecameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
9E85 De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex with 6-mer RNA and closed Beta' clamp (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9E86 De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex with 5-mer RNA and open Beta' clamp (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9E87 De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation pre-RPO promoter complex with open Beta' clamp (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9E88 De novo backtracked transcription elongation complex of Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase on a linear DNA fragment (TEC-Backtracked) 提交 2024-11-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å

共 26 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPOA_MYCTA
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–347； UniProt 1–347 作者链 B； PDB构建体 1–347； UniProt 1–347

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

Mycobacterium tuberculosis

UniProt P9WGY8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 6 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物数一致 链 C； UniProt 1–1178 未记录 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A5U8D3） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A0A045J9E2） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A0A045H2R3） ;DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*CP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*GP*GP*GP*T)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(P*GP*TP*GP*TP*CP*AP*GP*TP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*GP*AP*TP*GP*C)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(P*CP*CP*UP*CP*GP*A)-3') ; × 1 RNA polymerase sigma factor × 1 （A0A045IR27） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, and 10% PEG4000 分辨率 3.80 Å R-free 0.300

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6TYF Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6TYE Crystal structure of MTB sigma L transcription initiation complex with 5 nt long RNA primer 提交 2019-08-08 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 C 1–1178（1178 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, and 10% PEG4000
分辨率 3.79 Å R-free 0.279
6TYG Crystal structure of MTB sigma L transcription initiation complex with 9 nt long RNA primer 提交 2019-08-08 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 C 1–1178（1178 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, and 10% PEG4000
分辨率 3.50 Å R-free 0.293
7RWI Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase sigma L holoenzyme open promoter complex containing TNP-2198 提交 2021-08-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 C 1–1178（1178 aa）
未记录 7US (3aM,9S,10bP,14S,15R,16S,17R,18R,19R,20S,21S,25R)-6,18,20-trihydroxy-14-methoxy-7,9,15,17,19,21,25-heptamethyl-1'-[2-(2-methyl-5-nitro-1H-imidazol-1-yl)ethyl]-5,10,26-trioxo-3,5,9,10-tetrahydrospiro[9,4-(epoxypentadecanoimino)furo[2',3':7,8]naphtho[1,2-d]imidazole-2,4'-piperidin]-16-yl acetate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, 10% PEG4000
分辨率 3.70 Å R-free 0.245
7U22 Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase sigma A holoenzyme open promoter complex containing UMN-7 提交 2022-02-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 C 1–1178（1178 aa）
未记录 KYO (9S,14S,15R,16S,17R,18R,19R,20S,21S,25R)-5,6,18,20-tetrahydroxy-14-methoxy-7,9,15,17,19,21,25-heptamethyl-1'-(2-methylpropyl)-10,26-dioxo-1,3,9,10-tetrahydrospiro[9,4-(epoxypentadecanoimino)furo[2',3':7,8]naphtho[1,2-d]imidazole-2,4'-piperidin]-16-yl benzoate × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；296 K；20 mM Tris-HCl, pH 8.2, 200 mM potassium chloride, 20 mM magnesium chloride, 7% (m/v) PEG-3350
分辨率 3.87 Å R-free 0.278
7ZF2 Protomeric substructure from an octameric assembly of M. tuberculosis RNA polymerase in complex with sigma-b initiation factor 提交 2022-03-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 7–1178（1172 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.86 Å
9E84 De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex with 6-mer RNA and disordered Sigma-A region 4 domain (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric
链 C 1–1178（1178 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPOB_MYCTO
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–1178； UniProt 1–1178

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

Mycobacterium tuberculosis

UniProt A0A045J9E2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 6 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物数一致 链 D； UniProt 1–1316 未记录 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A5U8D3） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （P9WGY8） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A0A045H2R3） ;DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*CP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*GP*GP*GP*T)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(P*GP*TP*GP*TP*CP*AP*GP*TP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*GP*AP*TP*GP*C)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(P*CP*CP*UP*CP*GP*A)-3') ; × 1 RNA polymerase sigma factor × 1 （A0A045IR27） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, and 10% PEG4000 分辨率 3.80 Å R-free 0.300

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6TYF Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6BZO Mtb RNAP Holo/RbpA/Fidaxomicin/upstream fork DNA 提交 2017-12-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 D 1–1316（1316 aa）
未记录 FI8 Fidaxomicin × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.38 Å
6C04 Mtb RNAP Holo/RbpA/double fork DNA -closed clamp 提交 2017-12-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：undecameric
链 D 1–1316（1316 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.27 Å
6C05 Mycobacterium tuberculosis RNAP Holo/RbpA in relaxed state 提交 2017-12-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 D 1–1316（1316 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.15 Å
6C06 Mycobacterium tuberculosis RNAP Holo/RbpA/Fidaxomicin 提交 2017-12-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 D 1–1316（1316 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 FI8 Fidaxomicin × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.15 Å
6TYG Crystal structure of MTB sigma L transcription initiation complex with 9 nt long RNA primer 提交 2019-08-08 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 D 1–1316（1316 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, and 10% PEG4000
分辨率 3.50 Å R-free 0.293
7KIF Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription open promoter complex with WhiB7 transcription factor 提交 2020-10-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 1–1316（1316 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.94 Å
7KIM Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription closed promoter complex with WhiB7 transcription factor 提交 2020-10-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 1–1316（1316 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.38 Å
7KIN Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription open promoter complex with WhiB7 promoter 提交 2020-10-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 1–1316（1316 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.74 Å
7RWI Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase sigma L holoenzyme open promoter complex containing TNP-2198 提交 2021-08-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 D 1–1316（1316 aa）
未记录 7US (3aM,9S,10bP,14S,15R,16S,17R,18R,19R,20S,21S,25R)-6,18,20-trihydroxy-14-methoxy-7,9,15,17,19,21,25-heptamethyl-1'-[2-(2-methyl-5-nitro-1H-imidazol-1-yl)ethyl]-5,10,26-trioxo-3,5,9,10-tetrahydrospiro[9,4-(epoxypentadecanoimino)furo[2',3':7,8]naphtho[1,2-d]imidazole-2,4'-piperidin]-16-yl acetate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, 10% PEG4000
分辨率 3.70 Å R-free 0.245
7U22 Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase sigma A holoenzyme open promoter complex containing UMN-7 提交 2022-02-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 D 1–1316（1316 aa）
未记录 KYO (9S,14S,15R,16S,17R,18R,19R,20S,21S,25R)-5,6,18,20-tetrahydroxy-14-methoxy-7,9,15,17,19,21,25-heptamethyl-1'-(2-methylpropyl)-10,26-dioxo-1,3,9,10-tetrahydrospiro[9,4-(epoxypentadecanoimino)furo[2',3':7,8]naphtho[1,2-d]imidazole-2,4'-piperidin]-16-yl benzoate × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；296 K；20 mM Tris-HCl, pH 8.2, 200 mM potassium chloride, 20 mM magnesium chloride, 7% (m/v) PEG-3350
分辨率 3.87 Å R-free 0.278
8E74 Mycobacterium tuberculosis RNAP paused elongation complex with NusG transcription factor 提交 2022-08-23 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 D 1–1316（1316 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.94 Å
8E79 Mycobacterium tuberculosis RNAP paused elongation complex with Escherichia coli NusG transcription factor 提交 2022-08-23 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 D 1–1316（1316 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.71 Å
8E82 Mycobacterium tuberculosis RNAP elongation complex with NusG transcription factor 提交 2022-08-25 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 D 1–1316（1316 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.03 Å
8E8M Mycobacterium tuberculosis RNAP paused elongation complex 提交 2022-08-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 D 1–1316（1316 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.13 Å
8E95 Mycobacterium tuberculosis RNAP elongation complex 提交 2022-08-26 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 D 1–1316（1316 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å

共 15 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A045J9E2_MYCTX
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 D； PDB构建体 1–1316； UniProt 1–1316

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

Mycobacterium tuberculosis

UniProt A0A045H2R3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 6 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物数一致 链 E； UniProt 1–110 未记录 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A5U8D3） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （P9WGY8） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A0A045J9E2） ;DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*CP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*GP*GP*GP*T)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(P*GP*TP*GP*TP*CP*AP*GP*TP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*GP*AP*TP*GP*C)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(P*CP*CP*UP*CP*GP*A)-3') ; × 1 RNA polymerase sigma factor × 1 （A0A045IR27） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, and 10% PEG4000 分辨率 3.80 Å R-free 0.300

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6TYF Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6TYE Crystal structure of MTB sigma L transcription initiation complex with 5 nt long RNA primer 提交 2019-08-08 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 E 1–110（110 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, and 10% PEG4000
分辨率 3.79 Å R-free 0.279
6TYG Crystal structure of MTB sigma L transcription initiation complex with 9 nt long RNA primer 提交 2019-08-08 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 E 1–110（110 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, and 10% PEG4000
分辨率 3.50 Å R-free 0.293
7RWI Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase sigma L holoenzyme open promoter complex containing TNP-2198 提交 2021-08-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 E 1–110（110 aa）
未记录 7US (3aM,9S,10bP,14S,15R,16S,17R,18R,19R,20S,21S,25R)-6,18,20-trihydroxy-14-methoxy-7,9,15,17,19,21,25-heptamethyl-1'-[2-(2-methyl-5-nitro-1H-imidazol-1-yl)ethyl]-5,10,26-trioxo-3,5,9,10-tetrahydrospiro[9,4-(epoxypentadecanoimino)furo[2',3':7,8]naphtho[1,2-d]imidazole-2,4'-piperidin]-16-yl acetate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, 10% PEG4000
分辨率 3.70 Å R-free 0.245
7U22 Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase sigma A holoenzyme open promoter complex containing UMN-7 提交 2022-02-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 E 1–110（110 aa）
未记录 KYO (9S,14S,15R,16S,17R,18R,19R,20S,21S,25R)-5,6,18,20-tetrahydroxy-14-methoxy-7,9,15,17,19,21,25-heptamethyl-1'-(2-methylpropyl)-10,26-dioxo-1,3,9,10-tetrahydrospiro[9,4-(epoxypentadecanoimino)furo[2',3':7,8]naphtho[1,2-d]imidazole-2,4'-piperidin]-16-yl benzoate × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；296 K；20 mM Tris-HCl, pH 8.2, 200 mM potassium chloride, 20 mM magnesium chloride, 7% (m/v) PEG-3350
分辨率 3.87 Å R-free 0.278
9E7V Off-pathway Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-04 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 E 1–110（110 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9E7Y De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex with 7-mer RNA and disordered Beta' Lid element (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-04 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：undecameric
链 E 1–110（110 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
9E84 De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex with 6-mer RNA and disordered Sigma-A region 4 domain (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric
链 E 1–110（110 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9E85 De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex with 6-mer RNA and closed Beta' clamp (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric
链 E 1–110（110 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9E86 De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex with 5-mer RNA and open Beta' clamp (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric
链 E 1–110（110 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9E87 De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation pre-RPO promoter complex with open Beta' clamp (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 E 1–110（110 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9E88 De novo backtracked transcription elongation complex of Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase on a linear DNA fragment (TEC-Backtracked) 提交 2024-11-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 E 1–110（110 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9JI2 Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis transcription activation complex with unphosphated PhoP 提交 2024-09-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 E 1–110（110 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.38 Å
9JI3 Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis transcription activation complex with two PhoP molecules 提交 2024-09-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 E 1–110（110 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.36 Å
9JI4 Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis transcription activation complex with four PhoP molecules 提交 2024-09-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric
链 E 1–110（110 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
9JI5 Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis transcription activation complex with six PhoP molecules 提交 2024-09-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric
链 E 1–110（110 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å

共 15 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A045H2R3_MYCTX
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 E； PDB构建体 1–110； UniProt 1–110

RNA polymerase sigma factor

Mycobacterium tuberculosis

UniProt A0A045IR27

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 6 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物数一致 链 F； UniProt 1–177 未记录 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A5U8D3） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （P9WGY8） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A0A045J9E2） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A0A045H2R3） ;DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*CP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*GP*GP*GP*T)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(P*GP*TP*GP*TP*CP*AP*GP*TP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*GP*AP*TP*GP*C)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(P*CP*CP*UP*CP*GP*A)-3') ; × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, and 10% PEG4000 分辨率 3.80 Å R-free 0.300

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6TYF Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6TYE Crystal structure of MTB sigma L transcription initiation complex with 5 nt long RNA primer 提交 2019-08-08 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 F 1–177（177 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, and 10% PEG4000
分辨率 3.79 Å R-free 0.279
6TYG Crystal structure of MTB sigma L transcription initiation complex with 9 nt long RNA primer 提交 2019-08-08 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 F 1–177（177 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, and 10% PEG4000
分辨率 3.50 Å R-free 0.293
7RWI Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase sigma L holoenzyme open promoter complex containing TNP-2198 提交 2021-08-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 F 1–177（177 aa）
未记录 7US (3aM,9S,10bP,14S,15R,16S,17R,18R,19R,20S,21S,25R)-6,18,20-trihydroxy-14-methoxy-7,9,15,17,19,21,25-heptamethyl-1'-[2-(2-methyl-5-nitro-1H-imidazol-1-yl)ethyl]-5,10,26-trioxo-3,5,9,10-tetrahydrospiro[9,4-(epoxypentadecanoimino)furo[2',3':7,8]naphtho[1,2-d]imidazole-2,4'-piperidin]-16-yl acetate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, 10% PEG4000
分辨率 3.70 Å R-free 0.245

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A045IR27_MYCTX
Isoform —
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 F； PDB构建体 1–177； UniProt 1–177

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6tyf

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6tyf
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6tyf
沉积日期 deposition_date2019-08-08
结构标题 titleCrystal structure of MTB sigma L transcription initiation complex with 6 nt long RNA primer
关键词 keywordstranscription, tuberculosis, initiation, sigma finger displacement; TRANSCRIPTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier46.62 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron46.35 Å
零角强度 I(0) i01970960000.00
分子量 molecular_weight355330.0 kDa
排除体积 excluded_volume439480 ų
包络体积 envelope_volume612610 ų
水化壳体积 shell_volume104870 ų
包络直径 envelope_diameter183.7 Å
壳层 Rg shell_rg54.26 Å
包络 Rg envelope_rg46.51 Å
形状 Rg shape_rg46.37 Å
总 Rg total_rg46.55 Å
总原子数 total_atoms25308
残基数 n_residues3136
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax173.4 Å
Rg (实空间) rg_real46.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.60 Å
I(0) (实空间) i0_real1.9710e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.8000e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal46.62 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1971000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8194
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary56.1 Å
偏度 Skewness skewness0.410
峰度 Kurtosis kurtosis0.100
角度范围 angular_range— – 0.1700 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha527700000.0000
实空间数据点数 n_real_points35
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.557; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.982
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id6tyfA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — RNA polymerase, RBP11-like subunit
结构域编号 domain_id6tyfA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology120 — RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily12 — DNA-directed RNA polymerase, insert domain
结构域编号 domain_id6tyfB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — RNA polymerase, RBP11-like subunit
结构域编号 domain_id6tyfB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology120 — RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily12 — DNA-directed RNA polymerase, insert domain
结构域编号 domain_id6tyfD01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology274 — Enzyme I; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 — RNA polymerase Rpb1, domain 3
结构域编号 domain_id6tyfD02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology132 — Topoisomerase I; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — RNA polymerase Rpb1 funnel domain
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8. 引用文献 (3)

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9. 文件与曲线 (10)