6tyf

Crystal structure of MTB sigma L transcription initiation complex with 6 nt long RNA primer

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

Mycobacterium tuberculosis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 6 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （P9WGY8） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A0A045J9E2） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A0A045H2R3） ;DNA (5'-D(GPCPAPTPCPCPGPTPGPAPAPTPCPGPAPGPGPGPT)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(PGPTPGPTPCPAPGPTPAPGPCPTPGPTPCPAPCPGPGPAPTPGPC)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(PCPCPUPCPGPA)-3') ; × 1 RNA polymerase sigma factor × 1 （A0A045IR27）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOA_MYCTA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–347； UniProt 1–347 作者链 B； PDB构建体 1–347； UniProt 1–347

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

Mycobacterium tuberculosis

UniProt P9WGY8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 6 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A5U8D3） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A0A045J9E2） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A0A045H2R3） ;DNA (5'-D(GPCPAPTPCPCPGPTPGPAPAPTPCPGPAPGPGPGPT)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(PGPTPGPTPCPAPGPTPAPGPCPTPGPTPCPAPCPGPGPAPTPGPC)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(PCPCPUPCPGPA)-3') ; × 1 RNA polymerase sigma factor × 1 （A0A045IR27）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPOB_MYCTO
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–1178； UniProt 1–1178

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

Mycobacterium tuberculosis

UniProt A0A045J9E2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 6 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A5U8D3） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （P9WGY8） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A0A045H2R3） ;DNA (5'-D(GPCPAPTPCPCPGPTPGPAPAPTPCPGPAPGPGPGPT)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(PGPTPGPTPCPAPGPTPAPGPCPTPGPTPCPAPCPGPGPAPTPGPC)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(PCPCPUPCPGPA)-3') ; × 1 RNA polymerase sigma factor × 1 （A0A045IR27）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A0A045J9E2_MYCTX
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–1316； UniProt 1–1316

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

Mycobacterium tuberculosis

UniProt A0A045H2R3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 6 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A5U8D3） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （P9WGY8） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A0A045J9E2） ;DNA (5'-D(GPCPAPTPCPCPGPTPGPAPAPTPCPGPAPGPGPGPT)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(PGPTPGPTPCPAPGPTPAPGPCPTPGPTPCPAPCPGPGPAPTPGPC)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(PCPCPUPCPGPA)-3') ; × 1 RNA polymerase sigma factor × 1 （A0A045IR27）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A0A045H2R3_MYCTX
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–110； UniProt 1–110

RNA polymerase sigma factor

Mycobacterium tuberculosis

UniProt A0A045IR27

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 6 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A5U8D3） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （P9WGY8） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A0A045J9E2） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A0A045H2R3） ;DNA (5'-D(GPCPAPTPCPCPGPTPGPAPAPTPCPGPAPGPGPGPT)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(PGPTPGPTPCPAPGPTPAPGPCPTPGPTPCPAPCPGPGPAPTPGPC)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(PCPCPUPCPGPA)-3') ; × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A0A045IR27_MYCTX
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–177； UniProt 1–177

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6tyf
沉积日期 deposition_date	2019-08-08
结构标题 title	Crystal structure of MTB sigma L transcription initiation complex with 6 nt long RNA primer
关键词 keywords	transcription, tuberculosis, initiation, sigma finger displacement; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6tyf__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6tyf__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6tyf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	46.62 Å
Rg（电子密度）	46.35 Å
总 Rg	46.55 Å
原子数	25308
残基数	3136
排除体积	439480 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6tyf__assembly_1__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
分子量 formula_weight	37745.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	25308

MLISQRPTLSEDVLTDNRSQFVIEPLEPGFGYTLGNSLRRTLLSSIPGAAVTSIRIDGVLHEFTTVPGVKEDVTEIILNLKSLVVSSEEDEPVTMYLRKQGPGEVTAGDIVPPAGVTVHNPGMHIATLNDKGKLEVELVVERGRGYVPAVQNRASGAEIGRIPVDSIYSPVLKVTYKVDATRVEQRTDFDKLILDVETKNSISPRDALASAGKTLVELFGLARELNVEAEGIEIGPSPAEADHIASFALPIDDLDLTVRSYNCLKREGVHTVGELVARTESDLLDIRNFGQKSIDEVKIKLHQLGLSLKDSPPSFDPSEVAGYDVATGTWSTEGAYDEQDYAETEQL

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1773
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit beta
分子量 formula_weight	130018.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MLEGCILADSRQSKTAASPSPSRPQSSSNNSVPGAPNRVSFAKLREPLEVPGLLDVQTDSFEWLIGSPRWRESAAERGDVNPVGGLEEVLYELSPIEDFSGSMSLSFSDPRFDDVKAPVDECKDKDMTYAAPLFVTAEFINNNTGEIKSQTVFMGDFPMMTEKGTFIINGTERVVVSQLVRSPGVYFDETIDKSTDKTLHSVKVIPSRGAWLEFDVDKRDTVGVRIDRKRRQPVTVLLKALGWTSEQIVERFGFSEIMRSTLEKDNTVGTDEALLDIYRKLRPGEPPTKESAQTLLENLFFKEKRYDLARVGRYKVNKKLGLHVGEPITSSTLTEEDVVATIEYLVRLHEGQTTMTVPGGVEVPVETDDIDHFGNRRLRTVGELIQNQIRVGMSRMERVVRERMTTQDVEAITPQTLINIRPVVAAIKEFFGTSQLSQFMDQNNPLSGLTHKRRLSALGPGGLSRERAGLEVRDVHPSHYGRMCPIETPEGPNIGLIGSLSVYARVNPFGFIETPYRKVVDGVVSDEIVYLTADEEDRHVVAQANSPIDADGRFVEPRVLVRRKAGEVEYVPSSEVDYMDVSPRQMVSVATAMIPFLEHDDANRALMGANMQRQAVPLVRSEAPLVGTGMELRAAIDAGDVVVAEESGVIEEVSADYITVMHDNGTRRTYRMRKFARSNHGTCANQCPIVDAGDRVEAGQVIADGPCTDDGEMALGKNLLVAIMPWEGHNYEDAIILSNRLVEEDVLTSIHIEEHEIDARDTKLGAEEITRDIPNISDEVLADLDERGIVRIGAEVRDGDILVGKVTPKGETELTPEERLLRAIFGEKAREVRDTSLKVPHGESGKVIGIRVFSREDEDELPAGVNELVRVYVAQKRKISDGDKLAGRHGNKGVIGKILPVEDMPFLADGTPVDIILNTHGVPRRMNIGQILETHLGWCAHSGWKVDAAKGVPDWAARLPDELLEAQPNAIVSTPVFDGAQEAELQGLLSCTLPNRDGDVLVDADGKAMLFDGRSGEPFPYPVTVGYMYIMKLHHLVDDKIHARSTGPYSMITQQPLGGKAQFGGQRFGEMECWAMQAYGAAYTLQELLTIKSDDTVGRVKVYEAIVKGENIPEPGIPESFKVLLKELQSLCLNVEVLSSDGAAIELREGEDEDLERAAANLGINLSRNESASVEDLA

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1773
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;
分子量 formula_weight	146969.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MLDVNFFDELRIGLATAEDIRQWSYGEVKKPETINYRTLKPEKDGLFCEKIFGPTRDWECYCGKYKRVRFKGIICERCGVEVTRAKVRRERMGHIELAAPVTHIWYFKGVPSRLGYLLDLAPKDLEKIIYFAAYVITSVDEEMRHNELSTLEAEMAVERKAVEDQRDGELEARAQKLEADLAELEAEGAKADARRKVRDGGEREMRQIRDRAQRELDRLEDIWSTFTKLAPKQLIVDENLYRELVDRYGEYFTGAMGAESIQKLIENFDIDAEAESLRDVIRNGKGQKKLRALKRLKVVAAFQQSGNSPMGMVLDAVPVIPPELRPMVQLDGGRFATSDLNDLYRRVINRNNRLKRLIDLGAPEIIVNNEKRMLQESVDALFDNGRRGRPVTGPGNRPLKSLSDLLKGKQGRFRQNLLGKRVDYSGRSVIVVGPQLKLHQCGLPKLMALELFKPFVMKRLVDLNHAQNIKSAKRMVERQRPQVWDVLEEVIAEHPVLLNRAPTLHRLGIQAFEPMLVEGKAIQLHPLVCEAFNADFDGDQMAVHLPLSAEAQAEARILMLSSNNILSPASGRPLAMPRLDMVTGLYYLTTEVPGDTGEYQPASGDHPETGVYSSPAEAIMAADRGVLSVRAKIKVRLTQLRPPVEIEAELFGHSGWQPGDAWMAETTLGRVMFNELLPLGYPFVNKQMHKKVQAAIINDLAERYPMIVVAQTVDKLKDAGFYWATRSGVTVSMADVLVPPRKKEILDHYEERADKVEKQFQRGALNHDERNEALVEIWKEATDEVGQALREHYPDDNPIITIVDSGATGNFTQTRTLAGMKGLVTNPKGEFIPRPVKSSFREGLTVLEYFINTHGARKGLADTALRTADSGYLTRRLVDVSQDVIVREHDCQTERGIVVELAERAPDGTLIRDPYIETSAYARTLGTDAVDEAGNVIVERGQDLGDPEIDALLAAGITQVKVRSVLTCATSTGVCATCYGRSMATGKLVDIGEAVGIVAAQSIGEPGTQLTMRTFHQGGVGEDITGGLPRVQELFEARVPRGKAPIADVTGRVRLEDGERFYKITIVPDDGGEEVVYDKISKRQRLRVFKHEDGSERVLSDGDHVEVGQQLMEGSADPHEVLRVQGPREVQIHLVREVQEVYRAQGVSIHDKHIEVIVRQMLRRVTIIDSGSTEFLPGSLIDRAEFEAENRRVVAEGGEPAAGRPVLMGITKASLATDSWLSAASFQETTRVLTDAAINCRSDKLNGLKENVIIGKLIPAGTGINRYRNIAVQPTEEARAAAYTIPSYEDQYYSPDFGAATGAAVPLDDYGYSDYR

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1773
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit omega
分子量 formula_weight	11851.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MSISQSDASLAAVPAVDQFDPSSGASGGYDTPLGITNPPIDELLDRVSSKYALVIYAAKRARQINDYYNQLGEGILEYVGPLVEPGLQEKPLSIALREIHADLLEHTEGE

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1773
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPCPAPTPCPCPGPTPGPAPAPTPCPGPAPGPGPGP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	5885.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G

GCATCCGTGAATCGAGGGT

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PGPTPGPTPCPAPGPTPAPGPCPTPGPTPCPAPCPGPGPAPTPGP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	8373.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	H

CGTGTCAGTAGCTGTCACGGATGCAGG

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PCPCPUPCPGPA)-3') ;
分子量 formula_weight	1851.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	I

CCUCGA

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	RNA polymerase sigma factor
分子量 formula_weight	19563.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MARVSGAAAAEAALMRALYDEHAAVLWRYALRLTGDAAQAEDVVQETLLRAWQHPEVIGDTARPARAWLFTVARNMIIDERRSARFRNVVGSTDQSGTPEQSTPDEVNAALDRLLIADALAQLSAEHRAVIQRSYYRGWSTAQIATDLGIAEGTVKSRLHYAVRALRLTLQELGVTR

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1773
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	6tyfA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase, RBP11-like subunit

结构域编号 domain_id	6tyfA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	120 — RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12 — DNA-directed RNA polymerase, insert domain

结构域编号 domain_id	6tyfB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase, RBP11-like subunit

结构域编号 domain_id	6tyfB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	120 — RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12 — DNA-directed RNA polymerase, insert domain

结构域编号 domain_id	6tyfD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	274 — Enzyme I; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — RNA polymerase Rpb1, domain 3

结构域编号 domain_id	6tyfD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	132 — Topoisomerase I; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — RNA polymerase Rpb1 funnel domain

▶

晶胞边长 a length_a	126.431 Å
晶胞边长 b length_b	161.781 Å
晶胞边长 c length_c	213.916 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	3.800 Å
最低分辨率 resolution_low	49.260 Å
R 因子 r_factor	0.2577
R_work r_work	0.2560
R_free r_free	0.2999

Crystal structure of MTB sigma L transcription initiation complex with 6 nt long RNA primer

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RNA polymerase sigma factor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6tyf__assembly_1__model_1

6tyf__assembly_1__model_1 | I(q)

6tyf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (3)