6vnd

Quaternary Complex of human dihydroorotate dehydrogenase (DHODH) with flavin mononucleotide (FMN), orotic acid and AG-636

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 62.2 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

Homo sapiens

UniProt Q02127

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 29–395 未记录 R4P 1-methyl-5-(2'-methyl[1,1'-biphenyl]-4-yl)-1H-benzotriazole-7-carboxylic acid × 1 DET UNDECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE × 2 DDQ DECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE × 2 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 3 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 ORO OROTIC ACID × 1 ACT ACETATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.8;293 K;2.5 M ammonium sulfate, 30% glycerol, 0.1 M sodium acetate, pH 4.8 分辨率 1.97 Å R-free 0.190

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 104 个其他 PDB 条目、106 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PYRD_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–368; UniProt 29–395

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6vnd

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6vnd
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6vnd
沉积日期 deposition_date2020-01-29
结构标题 titleQuaternary Complex of human dihydroorotate dehydrogenase (DHODH) with flavin mononucleotide (FMN), orotic acid and AG-636
关键词 keywordsDHODH, OXIDOREDUCTASE, FMN binding, Inhibitor, Mitochondria inner membrane, OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex; OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.47
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.26
零角强度 I(0) i029112000.00
分子量 molecular_weight42125.0 kDa
排除体积 excluded_volume53134 ų
包络体积 envelope_volume59288 ų
水化壳体积 shell_volume24402 ų
包络直径 envelope_diameter61.5
壳层 Rg shell_rg26.92
包络 Rg envelope_rg19.65
形状 Rg shape_rg19.23
总 Rg total_rg20.32
总原子数 total_atoms2963
残基数 n_residues365
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax62.2
Rg (实空间) rg_real20.34
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.09
I(0) (实空间) i0_real2.8180e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.5580e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.33
I(0) (倒空间) i0_reciprocal29110000.0000
解质量估计 total_estimate0.7149
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary26.7
偏度 Skewness skewness0.092
峰度 Kurtosis kurtosis-0.416
角度范围 angular_range— – 0.3900 −1
当前正则化参数 α current_alpha8.9490
最高正则化参数 α highest_alpha8442000.0000
实空间数据点数 n_real_points71
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.907; Stabil: 0.922; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.970; Smooth: 0.858

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd6vnda_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.4 — FMN-linked oxidoreductases
家族 Family familyc.1.4.1 — FMN-linked oxidoreductases

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id6vndA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — Aldolase class I

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)