6vqa

Mammalian V-ATPase from rat brain soluble V1 region rotational state 2 with SidK and ADP (from focused refinement)

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATPase H+-transporting V1 subunit A

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	V-type proton ATPase subunit B, brain isoform × 3 （P62815） ATPase H+-transporting V1 subunit D × 1 （Q6P503） V-type proton ATPase subunit E 1 × 3 （Q6PCU2） V-type proton ATPase subunit G × 3 （Q8R2H0） Effector protein SidK × 3 （Q5ZWW6） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	D4A133_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–617； UniProt 1–617 作者链 B； PDB构建体 1–617； UniProt 1–617 作者链 C； PDB构建体 1–617； UniProt 1–617

V-type proton ATPase subunit B, brain isoform

物种未注明

UniProt P62815

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	ATPase H+-transporting V1 subunit A × 3 （D4A133） ATPase H+-transporting V1 subunit D × 1 （Q6P503） V-type proton ATPase subunit E 1 × 3 （Q6PCU2） V-type proton ATPase subunit G × 3 （Q8R2H0） Effector protein SidK × 3 （Q5ZWW6） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	VATB2_RAT
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–511； UniProt 1–511 作者链 E； PDB构建体 1–511； UniProt 1–511 作者链 F； PDB构建体 1–511； UniProt 1–511

ATPase H+-transporting V1 subunit D

物种未注明

UniProt Q6P503

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	ATPase H+-transporting V1 subunit A × 3 （D4A133） V-type proton ATPase subunit B, brain isoform × 3 （P62815） V-type proton ATPase subunit E 1 × 3 （Q6PCU2） V-type proton ATPase subunit G × 3 （Q8R2H0） Effector protein SidK × 3 （Q5ZWW6） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	Q6P503_RAT
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–247； UniProt 1–247

V-type proton ATPase subunit E 1

物种未注明

UniProt Q6PCU2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	ATPase H+-transporting V1 subunit A × 3 （D4A133） V-type proton ATPase subunit B, brain isoform × 3 （P62815） ATPase H+-transporting V1 subunit D × 1 （Q6P503） V-type proton ATPase subunit G × 3 （Q8R2H0） Effector protein SidK × 3 （Q5ZWW6） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	VATE1_RAT
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–226； UniProt 1–226 作者链 J； PDB构建体 1–226； UniProt 1–226 作者链 K； PDB构建体 1–226； UniProt 1–226

V-type proton ATPase subunit G

物种未注明

UniProt Q8R2H0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	ATPase H+-transporting V1 subunit A × 3 （D4A133） V-type proton ATPase subunit B, brain isoform × 3 （P62815） ATPase H+-transporting V1 subunit D × 1 （Q6P503） V-type proton ATPase subunit E 1 × 3 （Q6PCU2） Effector protein SidK × 3 （Q5ZWW6） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	Q8R2H0_RAT
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–118； UniProt 1–118 作者链 N； PDB构建体 1–118； UniProt 1–118 作者链 O； PDB构建体 1–118； UniProt 1–118

Effector protein SidK

Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513)

UniProt Q5ZWW6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	ATPase H+-transporting V1 subunit A × 3 （D4A133） V-type proton ATPase subunit B, brain isoform × 3 （P62815） ATPase H+-transporting V1 subunit D × 1 （Q6P503） V-type proton ATPase subunit E 1 × 3 （Q6PCU2） V-type proton ATPase subunit G × 3 （Q8R2H0） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	Q5ZWW6_LEGPH
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 Q； PDB构建体 2–279； UniProt 1–278 作者链 R； PDB构建体 2–279； UniProt 1–278 作者链 S； PDB构建体 2–279； UniProt 1–278

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6vqa
沉积日期 deposition_date	2020-02-04
结构标题 title	Mammalian V-ATPase from rat brain soluble V1 region rotational state 2 with SidK and ADP (from focused refinement)
关键词 keywords	membrane protein complex, rotary atpase, PROTON TRANSPORT; PROTON TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6vqa__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6vqa__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6vqa__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	51.70 Å
Rg（电子密度）	51.24 Å
总 Rg	51.52 Å
原子数	36114
残基数	4578
排除体积	646080 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6vqa__assembly_1__model_1`	hexadecameric （16）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ATPase H+-transporting V1 subunit A
分子量 formula_weight	68341.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	36114

MDFSKLPKIRDEDKESTFGYVHGVSGPVVTACDMAGAAMYELVRVGHSELVGEIIRLEGDMATIQVYEETSGVSVGDPVLRTGKPLSVELGPGIMGAIFDGIQRPLSDISSQTQSIYIPRGVNVSALSRDIKWEFIPSKNLRVGSHITGGDIYGIVNENSLIKHKIMLPPRSRGSVTYIAPPGNYDASDVVLELEFEGVKEKLSMVQVWPVRQVRPVTEKLPANHPLLTGQRVLDALFPCVQGGTTAIPGAFGCGKTVISQSLSKYSNSDVIIYVGCGERGNEMSEVLRDFPELTMEVDGKVESIMKRTALVANTSNMPVAAREASIYTGITLSEYFRDMGYHVSMMADSTSRWAEALREISGRLAEMPADSGYPAYLGARLASFYERAGRVKCLGNPEREGSVSIVGAVSPPGGDFSDPVTSATLGIVQVFWGLDKKLAQRKHFPSVNWLISYSKYMRALDEYYDKHFTEFVPLRTKAKEILQEEEDLAEIVQLVGKASLAETDKITLEVAKLIKDDFLQQNGYTPYDRFCPFYKTVGMLSNMISFYDMARRAVETTAQSDNKITWSIIREHMGEILYKLSSMKFKDPVKDGEAKIKADYAQLLEDMQNAFRSLED

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit B, brain isoform
分子量 formula_weight	56611.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

MALRAMRGIVNGAAPELPVPTGGPMAGAREQALAVSRNYLSQPRLTYKTVSGVNGPLVILDHVKFPRYAEIVHLTLPDGTKRSGQVLEVSGSKAVVQVFEGTSGIDAKKTSCEFTGDILRTPVSEDMLGRVFNGSGKPIDRGPVVLAEDFLDIMGQPINPQCRIYPEEMIQTGISAIDGMNSIARGQKIPIFSAAGLPHNEIAAQICRQAGLVKKSKDVVDYSEENFAIVFAAMGVNMETARFFKSDFEENGSMDNVCLFLNLANDPTIERIITPRLALTTAEFLAYQCEKHVLVILTDMSSYAEALREVSAAREEVPGRRGFPGYMYTDLATIYERAGRVEGRNGSITQIPILTMPNDDITHPIPDLTGYITEGQIYVDRQLHNRQIYPPINVLPSLSRLMKSAIGEGMTRKDHADVSNQLYACYAIGKDVQAMKAVVGEEALTSDDLLYLEFLQKFEKNFITQGPYENRTVYETLDIGWQLLRIFPKEMLKRIPQSTLSEFYPRDSAKH

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	ATPase H+-transporting V1 subunit D
分子量 formula_weight	28359.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MSGKDRIEIFPSRMAQTIMKARLKGAQTGRNLLKKKSDALTLRFRQILKKIIETKMLMGEVMREAAFSLAEAKFTAGDFSTTVIQNVNKAQVKIRAKKDNVAGVTLPVFEHYHEGTDSYELTGLARGGEQLAKLKRNYAKAVELLVELASLQTSFVTLDEAIKITNRRVNAIEHVIIPRIERTLAYIITELDEREREEFYRLKKIQEKKKIIKEKSEKDLERRRAAGEVMEPANLLAEEKDEDLLFE

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit E 1
分子量 formula_weight	26167.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J,K

MALSDADVQKQIKHMMAFIEQEANEKAEEIDAKAEEEFNIEKGRLVQTQRLKIMEYYEKKEKQIEQQKKIQMSNLMNQARLKVLRARDDLITDLLNEAKQRLSKVVKDTTRYQVLLDGLVLQGLYQLLEPRMIVRCRKQDFPLVKAAVQKAIPMYKIATKKDVDVQIDLEAYLPEDIAGGVEIYNGDRKIKVSNTLESRLDLIAQQMMPEVRGALFGANANRKFLD

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit G
分子量 formula_weight	13690.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N,O

MASQSQGIQQLLQAEKRAAEKVADARKRKARRLKQAKEEAQMEVEQYRREREQEFQSKQQAAMGSQGNLSAEVEQATRRQVQGMQSSQQRNRERVLTQLLGMVCDVRPQVHPNYRITV

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Effector protein SidK
分子量 formula_weight	34693.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q,R,S

GMSFIKVGIKMGGLTSEQYHSQVVGKIGYIARCMQTIDPENNLKKIREDYQDVLIWAEKNYRFEEILEASKSGKCPNDLDALSRRSLILQELLRLVSSISPFKMKLDLIESQYEKMKQHVNLWKSDYHVKLNQLNQLTDYLKNAAPTPKNNFLRAMTSVLQMQIAQYGITEDNEGINQLFKLGLHLLAMANEKIDEQYHLFKGYVKDQPEESPFEGILPAEDQKILVKTMIDYAMPKLSSKVLQDKLSALSSSDVLTKTLLDSIDRIVKENEKLNALSKDYKDHDGDYKDHDIDYKDDDDK

来源 Source

来源生物 organism	Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	272624
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id	6vqaA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6vqaA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain

结构域编号 domain_id	6vqaB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6vqaB03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain

结构域编号 domain_id	6vqaC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6vqaC03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain

结构域编号 domain_id	6vqaD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12240 —

结构域编号 domain_id	6vqaE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12240 —

结构域编号 domain_id	6vqaF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12240 —

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	74789

Mammalian V-ATPase from rat brain soluble V1 region rotational state 2 with SidK and ADP (from focused refinement)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATPase H+-transporting V1 subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

V-type proton ATPase subunit B, brain isoform

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ATPase H+-transporting V1 subunit D

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

V-type proton ATPase subunit E 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

V-type proton ATPase subunit G

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Effector protein SidK

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6vqa__assembly_1__model_1

6vqa__assembly_1__model_1 | I(q)

6vqa__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

CATH v4.4 (9 domains)

7. 引用文献 (1)