6w3i

Crystal structure of a FAM46C mutant in complex with Plk4

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 102.8 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Terminal nucleotidyltransferase 5C

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 14–358	突变：E166Q,F193D,H206D	Serine/threonine-protein kinase PLK4 × 1 （O00444）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；25% v/v pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH), 0.05 M ammonium sulfate, 0.05 M Bis-Tris, pH 6.0	分辨率 3.80 Å R-free 0.261

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6W3I	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6W36 Crystal structure of FAM46C 提交 2020-03-09	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 14–358（345 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIQUID DIFFUSION；pH 5.5；293 K；1 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 1% PEG3350	分辨率 2.85 Å R-free 0.259
6W38 Crystal structure of the FAM46C/Plk4 complex 提交 2020-03-09	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 14–358（345 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 SMALL TUBES；pH 10；293 K；0.2 M Tris, pH 10	分辨率 4.48 Å R-free 0.295
6W3J Crystal structure of the FAM46C/Plk4/Cep192 complex 提交 2020-03-09	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 14–358（345 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 SMALL TUBES；pH 10；293 K；0.2 M Tris, pH 10	分辨率 4.38 Å R-free 0.314
8EQB FAM46C/BCCIPalpha/Nanobody complex 提交 2022-10-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 B 15–214（200 aa）链 E 15–214（200 aa）链 H 15–214（200 aa）链 K 15–214（200 aa）	突变：E166Q 突变：E166Q 突变：E166Q 突变：E166Q	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 6.50 Å

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UniProt名称	TET5C_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–345； UniProt 14–358

Serine/threonine-protein kinase PLK4

Homo sapiens

UniProt O00444

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 585–807	片段：UNP residues 585-807	Terminal nucleotidyltransferase 5C × 1 （Q5VWP2）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；25% v/v pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH), 0.05 M ammonium sulfate, 0.05 M Bis-Tris, pH 6.0	分辨率 3.80 Å R-free 0.261

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6W3I	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2N19 STIL binding to the Polo-box domain 3 of PLK4 regulates centriole duplication 提交 2015-03-24	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；293.15 K；离子强度（mmCIF原始值）0.03；压力 ambient NMR样品组成 0.6-1.2 M [U-13C; U-15N; U-2H] PLK4-PB3, 20 mM MOPS, 30 mM sodium chloride, 2 mM TCEP, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.6-1.2 M [U-2H,15N,methyl13C/rest-12C-ILV]-PB3 PLK4-PB3, 20 mM MOPS, 30 mM sodium chloride, 2 mM TCEP, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 1200 mM [U-2H,15N,13C,methyl13C/1H-ILV]-PB3 PLK4-PB3, 20 mM MOPS, 30 mM sodium chloride, 2 mM TCEP, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 600 mM [U-2H, U-15N] PLK4-PB3, 20 mM MOPS, 30 mM sodium chloride, 2 mM TCEP, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
3COK Crystal structure of PLK4 kinase 提交 2008-03-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–275（274 aa）片段：Protein kinase domain: Residues 2-275	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；294 K；100mM Sodium citrate pH 6.0, 16% PEG 4000, 200mM Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K	分辨率 2.25 Å R-free 0.261
3COK Crystal structure of PLK4 kinase 提交 2008-03-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–275（274 aa）片段：Protein kinase domain: Residues 2-275	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；294 K；100mM Sodium citrate pH 6.0, 16% PEG 4000, 200mM Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K	分辨率 2.25 Å R-free 0.261
4JXF Crystal Structure of PLK4 Kinase with an inhibitor: 400631 ((1R,2S)-2-{3-[(E)-2-{4-[(DIMETHYLAMINO)METHYL]PHENYL}ETHENYL]-2H-INDAZOL-6-YL}-5'-METHOXYSPIRO[CYCLOPROPANE-1,3'-INDOL]-2'(1'H)-ONE) 提交 2013-03-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 4–269（266 aa）片段：PLK4 kinase	未记录	631 (1R,2S)-2-{3-[(E)-2-{4-[(dimethylamino)methyl]phenyl}ethenyl]-2H-indazol-6-yl}-5'-methoxyspiro[cyclopropane-1,3'-indol]-2'(1'H)-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；23% PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 7.5 0.16 M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.268
4N7V Crystal structure of human Plk4 cryptic polo box (CPB) in complex with a Cep152 N-terminal fragment 提交 2013-10-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 580–808（229 aa）片段：UNP residues 580-808 链 B 580–808（229 aa）片段：UNP residues 580-808	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295.15 K；22% PEG 4000, 3% Iso-propanol, 0.1M Tris-HCl, 0.2M Lithium Sulfate , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.15K	分辨率 2.76 Å R-free 0.288
4N7Z Crystal structure of human Plk4 cryptic polo box (CPB) in complex with a Cep192 N-terminal fragment 提交 2013-10-16	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 580–808（229 aa）片段：UNP residues 580-808	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295.15 K；20% PEG 1500, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.15K	分辨率 2.85 Å R-free 0.260
4N9J Crystal structure of the cryptic polo box domain of human Plk4 提交 2013-10-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 581–808（228 aa）片段：cryptic polo box, UNP residues 580-808 链 B 581–808（228 aa）片段：cryptic polo box, UNP residues 580-808	未记录	CL CHLORIDE ION × 6 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；295 K；100 mM Bis-Tris (pH 5.5), 2.0 M ammonium sulfate, 1% (v/v) methanol , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.60 Å R-free 0.249
4YUR Crystal Structure of Plk4 Kinase Domain Bound to Centrinone 提交 2015-03-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–275（274 aa）片段：UNP residues 2-275	未记录	4J7 2-({2-fluoro-4-[(2-fluoro-3-nitrobenzyl)sulfonyl]phenyl}sulfanyl)-5-methoxy-N-(3-methyl-1H-pyrazol-5-yl)-6-(morpholin-4-yl)pyrimidin-4-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；297 K；0.1 M HEPES, 0.2 M MgCl2, 30% PEG 400	分辨率 2.65 Å R-free 0.270
4YYP Crystal structure of human PLK4-PB3 in complex with STIL-CC 提交 2015-03-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 884–970（87 aa）片段：residues 884-970	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；Thin needles grew in precipitant solution containing 100 mM Hepes, pH 7.0, 20 mM MgCl2 and 22% Poly(acrylic acid sodium salt) 5100. After extensive optimization and seeding plate-like crystals were grown in a drop consisting of 50% PLK4-PB3/STIL-CC complex solution, 33.3% precipitant solution (100 mM phosphate/citrate pH 4.2, 40% (v/v) Ethanol, 5% (w/v) PEG 1000) and 16.7% of seed stock solution.	分辨率 2.60 Å R-free 0.254
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 B 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 10 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 S 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 T 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 11 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 U 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 V 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 12 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 W 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 X 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 13 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 Y 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 Z 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 14 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 1 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 2 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 15 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 3 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 4 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 16 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 5 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 6 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 17 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 7 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 8 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 18 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 9 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 a 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 19 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 b 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 c 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 D 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 20 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 d 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 e 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 21 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 f 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 g 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 22 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 h 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 i 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 23 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 j 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 k 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 24 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 l 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 m 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 25 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 n 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 o 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 26 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 p 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 q 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 27 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 r 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 s 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 28 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 t 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 u 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 29 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 v 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 w 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 F 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 30 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 x 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 y 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 H 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 J 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 K 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 L 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 M 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 N 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 O 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 P 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 Q 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 R 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHZ PB3 Domain of Human PLK4 in Complex with Coiled-Coil Domain of STIL 提交 2016-07-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；150nl Protein solution (41.87 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 50 nl mother liquor (100mM MES pH 6.0, 191.7 mM Zn acetate, 10% Isopropanol)	分辨率 2.51 Å R-free 0.282
5LHZ PB3 Domain of Human PLK4 in Complex with Coiled-Coil Domain of STIL 提交 2016-07-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；150nl Protein solution (41.87 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 50 nl mother liquor (100mM MES pH 6.0, 191.7 mM Zn acetate, 10% Isopropanol)	分辨率 2.51 Å R-free 0.282
5LHZ PB3 Domain of Human PLK4 in Complex with Coiled-Coil Domain of STIL 提交 2016-07-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；150nl Protein solution (41.87 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 50 nl mother liquor (100mM MES pH 6.0, 191.7 mM Zn acetate, 10% Isopropanol)	分辨率 2.51 Å R-free 0.282
6N45 Crystal structure of the cryptic polo box domain of human activated Plk4 variant 1 提交 2018-11-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 581–808（228 aa）链 B 581–808（228 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；4.3M Ammonium Acetate 0.1M BisTris propane pH 8.0	分辨率 2.64 Å R-free 0.314
6N46 Crystal structure of the cryptic polo box domain of a human activated Plk4 提交 2018-11-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 581–808（228 aa）链 B 581–808（228 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；281 K；22.5% (w/v) PEG2000 3% (w/v) dextran sulfate sodium salt 0.1M bicine (pH 8.5) 24 uM nonaethylene glycol monododecyl ether (C12E9) 8% (w/v) glycerol	分辨率 3.71 Å R-free 0.309
6N46 Crystal structure of the cryptic polo box domain of a human activated Plk4 提交 2018-11-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 581–808（228 aa）链 D 581–808（228 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；281 K；22.5% (w/v) PEG2000 3% (w/v) dextran sulfate sodium salt 0.1M bicine (pH 8.5) 24 uM nonaethylene glycol monododecyl ether (C12E9) 8% (w/v) glycerol	分辨率 3.71 Å R-free 0.309
6N46 Crystal structure of the cryptic polo box domain of a human activated Plk4 提交 2018-11-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 581–808（228 aa）链 F 581–808（228 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；281 K；22.5% (w/v) PEG2000 3% (w/v) dextran sulfate sodium salt 0.1M bicine (pH 8.5) 24 uM nonaethylene glycol monododecyl ether (C12E9) 8% (w/v) glycerol	分辨率 3.71 Å R-free 0.309
6N46 Crystal structure of the cryptic polo box domain of a human activated Plk4 提交 2018-11-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 581–808（228 aa）链 H 581–808（228 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；281 K；22.5% (w/v) PEG2000 3% (w/v) dextran sulfate sodium salt 0.1M bicine (pH 8.5) 24 uM nonaethylene glycol monododecyl ether (C12E9) 8% (w/v) glycerol	分辨率 3.71 Å R-free 0.309
6W38 Crystal structure of the FAM46C/Plk4 complex 提交 2020-03-09	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 585–807（223 aa）片段：UNP residues 585-807	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 SMALL TUBES；pH 10；293 K；0.2 M Tris, pH 10	分辨率 4.48 Å R-free 0.295
6W3J Crystal structure of the FAM46C/Plk4/Cep192 complex 提交 2020-03-09	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 585–807（223 aa）片段：UNP residues 585-807	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 SMALL TUBES；pH 10；293 K；0.2 M Tris, pH 10	分辨率 4.38 Å R-free 0.314
8XPG The Crystal Structure of polo box domain of Plk4 from Biortus. 提交 2024-01-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 581–808（228 aa）链 B 581–808（228 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.00M Ammonium sulfate, 100mM TRIS, pH7.0, 200mM Lithium sulfate	分辨率 2.70 Å R-free 0.260
9O63 Crystal structure of PLK4 and RP1664 complex 提交 2025-04-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–275（274 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 A1CAD 5-cyclopropyl-N~2~-[2,6-difluoro-4-(methanesulfonyl)phenyl]-N~2~-methyl-6-(1-methyl-1H-imidazol-4-yl)-N~4~-(5-methyl-1H-pyrazol-3-yl)pyrimidine-2,4-diamine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；9 - 14% PEG4K, 0.1 M Na Cit; pH 5.4 - 5.5, 0.2 M (NH4)2SO4	分辨率 2.26 Å R-free 0.264
9Y9B PLK4 in complex with Compound 6 (3-hydroxy-N-(3-(pyridin-2-yl)-1H-pyrazol-4-yl)-8-azabicyclo[3.2.1]octane-8-carboxamide) 提交 2025-09-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–275（274 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 A1CTX (1R,3r,5S)-3-hydroxy-N-[3-(pyridin-2-yl)-1H-pyrazol-4-yl]-8-azabicyclo[3.2.1]octane-8-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris pH 8.5, 16% ethanol , 5 mM DTT	分辨率 2.70 Å R-free 0.335
9Y9N PLK4 in complex with Compound 25 ((R)-7-hydroxy-N-(3-(1-(2,2,2-trifluoroethyl)-1H-pyrazolo[4,3-c]pyridin-6-yl)-1H-pyrazol-4-yl)-7-(trifluoromethyl)-4-azaspiro[2.5]octane-4-carboxamide) 提交 2025-09-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 4–269（266 aa）	未记录	A1CTV (7R)-7-hydroxy-N-{(5P)-5-[1-(2,2,2-trifluoroethyl)-1H-pyrazolo[4,3-c]pyridin-6-yl]-1H-pyrazol-4-yl}-7-(trifluoromethyl)-4-azaspiro[2.5]octane-4-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；1.4 M sodium phosphate monobasic monohydrate/potassium phosphate dibasic pH 5.6	分辨率 1.81 Å R-free 0.237

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	PLK4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–223； UniProt 585–807

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6w3i
沉积日期 deposition_date	2020-03-09
结构标题 title	Crystal structure of a FAM46C mutant in complex with Plk4
关键词 keywords	RNA polymerase, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.32 Å
零角强度 I(0) i0	59480600.00
分子量 molecular_weight	61563.0 kDa
排除体积 excluded_volume	77726 Å³
包络体积 envelope_volume	104250 Å³
水化壳体积 shell_volume	31332 Å³
包络直径 envelope_diameter	108.2 Å
壳层 Rg shell_rg	34.42 Å
包络 Rg envelope_rg	29.28 Å
形状 Rg shape_rg	29.31 Å
总 Rg total_rg	29.86 Å
总原子数 total_atoms	4342
残基数 n_residues	539
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	102.8 Å
Rg (实空间) rg_real	29.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.93 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.9480e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.2120e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.74 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	59480000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8543
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.538
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.077
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10870000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.739; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.924; Smooth: 0.971

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Terminal nucleotidyltransferase 5C
分子量 formula_weight	39768.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.19
突变 mutation	E166Q,F193D,H206D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4342

FSVLNWDQVSRLHEVLTEVVPIHGRGNFPTLEITLKDIVQTVRSRLEEAGIKVHDVRLNGSAAGHVLVKDNGLGCKDLDLIFHVALPTEAEFQLVRDVVLCSLLNFLPEGVNKLKISPVTLKEAYVQKLVKVCTDTDRWSLISLSNKNGKNVQLKFVDSIRRQFEFSVDSFQIILDSLLDFYDCSNNPISEHDHPTVIGESMYGDFEEAFDHLQNRLIATKNPEEIRGGGLLKYSNLLVRDFRPTDQEEIKTLERYMCSRFFIDFPDILEQQRKLETYLQNHFAEEERSKYDYLMILRRVVNESTVCLMGHERRQTLNLISLLALRVLAEQNIIPSATNVTCYYQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Serine/threonine-protein kinase PLK4
分子量 formula_weight	25869.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.21
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

RTLRSITSPLVAHRLKPIRQKTKKAVVSILDSEEVCVELVKEYASQEYVKEVLQISSDGNTITIYYPNGGRGFPLADRPPSPTDNISRYSFDNLPEKYWRKYQYASRFVQLVRSKSPKITYFTRYAKCILMENSPGADFEVWFYDGVKIHKTEDFIQVIEKTGKSYTLKSESEVNSLKEEIKMYMDHANEGHRICLALESIISEEERKTRSAPFFPIIIGRKP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6w3iB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1120 — Arylsulfatase, C-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	6w3iB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1120 — Arylsulfatase, C-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	130 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	142.291 Å
晶胞边长 b length_b	142.291 Å
晶胞边长 c length_c	147.884 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.802 Å
最低分辨率 resolution_low	47.334 Å
R 因子 r_factor	0.2218
R_work r_work	0.2173
R_free r_free	0.2614

fit	/app/data/saxs_computation/w3/6w3i/6w3i.fit
pddf	/app/data/pr_computation/w3/6w3i/6w3i.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/w3/6w3i/6w3i.dat

Crystal structure of a FAM46C mutant in complex with Plk4

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Terminal nucleotidyltransferase 5C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Serine/threonine-protein kinase PLK4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)