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6USM
Structure of nuclease domain of human parvovirus B19 non-structural protein 1 in complex with zinc
提交 2019-10-28
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聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
其他组合
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
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链 A
27–392(366 aa)
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未记录
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ZN ZINC ION × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.6;293 K;1.2 M LiSo4 and sodium acetate tri-hydrate buffer of pH4.6
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分辨率 3.37 Å
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7JHG
Cryo-EM structure of ATP-bound fully inactive AMPK in complex with Dorsomorphin (Compound C) and Fab-nanobody
提交 2020-07-20
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构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
其他组合
异源复合物;蛋白 × 7
PDB 声明:heptameric
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链 M
26–392(367 aa)
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未记录
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TAK 6-[4-(2-piperidin-1-ylethoxy)phenyl]-3-pyridin-4-ylpyrazolo[1,5-a]pyrimidine × 1
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.47 Å
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7JHH
Cryo-EM structure of ATP-bound fully inactive AMPK in complex with Fab and nanobody
提交 2020-07-20
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构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
其他组合
异源复合物;蛋白 × 7
PDB 声明:heptameric
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链 M
26–392(367 aa)
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未记录
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ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.92 Å
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8DEI
Structure of the Cac1 KER domain
提交 2022-06-20
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构建体不同
聚集状态不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
信息不足
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
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链 A
27–392(366 aa)
片段:KER domain, residues 136-225
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未记录
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未记录非水小分子
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;288 K;0.1 M Phosphate/citrate pH 4.2 and 30 % PEG 300
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分辨率 2.81 Å
R-free 0.282
|
|
8DEI
Structure of the Cac1 KER domain
提交 2022-06-20
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 2
信息不足
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
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链 B
27–392(366 aa)
片段:KER domain, residues 136-225
|
未记录
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PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;288 K;0.1 M Phosphate/citrate pH 4.2 and 30 % PEG 300
|
分辨率 2.81 Å
R-free 0.282
|
|
8DEI
Structure of the Cac1 KER domain
提交 2022-06-20
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 3
信息不足
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
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链 C
27–392(366 aa)
片段:KER domain, residues 136-225
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未记录
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PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2
PO4 PHOSPHATE ION × 1
GOL GLYCEROL × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;288 K;0.1 M Phosphate/citrate pH 4.2 and 30 % PEG 300
|
分辨率 2.81 Å
R-free 0.282
|
|
8DEI
Structure of the Cac1 KER domain
提交 2022-06-20
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 4
信息不足
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
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链 D
27–392(366 aa)
片段:KER domain, residues 136-225
|
未记录
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PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;288 K;0.1 M Phosphate/citrate pH 4.2 and 30 % PEG 300
|
分辨率 2.81 Å
R-free 0.282
|
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8E0P
Crystal structure of mouse APCDD1 in fusion with engineered MBP
提交 2022-08-09
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
信息不足
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
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链 A
29–392(364 aa)
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突变:D84A, K85A, E174A, N175A, A217H, K221H, K241A, A314V, I319V, E361A, K364A, D365A
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NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3
PLM PALMITIC ACID × 1
GOL GLYCEROL × 1
CL CHLORIDE ION × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7;293 K;0.2 M ammonium citrate, pH 7.0, 20% PEG3350, 4% NDSB-256, 5% glycerol
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分辨率 2.33 Å
R-free 0.239
|
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8E0P
Crystal structure of mouse APCDD1 in fusion with engineered MBP
提交 2022-08-09
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 2
信息不足
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 B
29–392(364 aa)
|
突变:D84A, K85A, E174A, N175A, A217H, K221H, K241A, A314V, I319V, E361A, K364A, D365A
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NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3
GOL GLYCEROL × 2
CL CHLORIDE ION × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7;293 K;0.2 M ammonium citrate, pH 7.0, 20% PEG3350, 4% NDSB-256, 5% glycerol
|
分辨率 2.33 Å
R-free 0.239
|
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8E0P
Crystal structure of mouse APCDD1 in fusion with engineered MBP
提交 2022-08-09
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 3
信息不足
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 C
29–392(364 aa)
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突变:D84A, K85A, E174A, N175A, A217H, K221H, K241A, A314V, I319V, E361A, K364A, D365A
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NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3
PLM PALMITIC ACID × 1
GOL GLYCEROL × 1
DMX 3-[BENZYL(DIMETHYL)AMMONIO]PROPANE-1-SULFONATE × 2
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7;293 K;0.2 M ammonium citrate, pH 7.0, 20% PEG3350, 4% NDSB-256, 5% glycerol
|
分辨率 2.33 Å
R-free 0.239
|
|
8E0P
Crystal structure of mouse APCDD1 in fusion with engineered MBP
提交 2022-08-09
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 4
信息不足
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 D
29–392(364 aa)
|
突变:D84A, K85A, E174A, N175A, A217H, K221H, K241A, A314V, I319V, E361A, K364A, D365A
|
NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3
GOL GLYCEROL × 1
CL CHLORIDE ION × 1
DMX 3-[BENZYL(DIMETHYL)AMMONIO]PROPANE-1-SULFONATE × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7;293 K;0.2 M ammonium citrate, pH 7.0, 20% PEG3350, 4% NDSB-256, 5% glycerol
|
分辨率 2.33 Å
R-free 0.239
|
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8IIY
Crystal structure of MBP fused GAS41 YEATS domain in complex with H3K14ac peptide
提交 2023-02-24
|
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
信息不足
异源复合物;蛋白 × 3
PDB 声明:trimeric
|
链 A
27–392(366 aa)
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突变:D108A, K109A, E198A, N199A, K265A
|
GOL GLYCEROL × 2
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;100 mM Tris buffer (pH 8.5) containing 20% (w/v) PEG monomethyl ether 2000, 200 mM trimethylamine N-oxide
|
分辨率 2.15 Å
R-free 0.247
|
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8IIZ
Crystal structure of MBP fused GAS41 YEATS domain in complex with H3K27ac peptide
提交 2023-02-24
|
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
信息不足
异源复合物;蛋白 × 3
PDB 声明:trimeric
|
链 A
27–392(366 aa)
|
突变:D108A, K109A, E198A, N199A, K265A
|
GOL GLYCEROL × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;100 mM Tris buffer (pH 8.5) containing 20% (w/v) PEG monomethyl ether 2000, 200 mM trimethylamine N-oxide
|
分辨率 2.10 Å
R-free 0.301
|
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8SQB
The cryo-EM structure of the EcBAM/EspP(beta7-12) complex
提交 2023-05-04
|
构建体不同
聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 6
PDB 声明:hexameric
|
链 F
26–392(367 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å
|
|
9B83
Cryo-EM structure of human ADAR1 in complex with dsRNA derived from human GLI1 gene
提交 2024-03-28
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
信息不足
同源多聚体;蛋白 × 2
PDB 声明:trimeric
|
链 A
27–392(366 aa)
链 B
27–392(366 aa)
|
未记录
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IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2
ZN ZINC ION × 4
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.01 Å
|
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9B84
Cryo-EM structure of human ADAR1 in complex with dsRNA derived from HT2C gene
提交 2024-03-28
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
信息不足
同源多聚体;蛋白 × 2
PDB 声明:trimeric
|
链 A
27–392(366 aa)
链 B
27–392(366 aa)
|
未记录
|
IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2
ZN ZINC ION × 4
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å
|
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9B89
Cryo-EM structure of human ADAR1 in complex with dsRNA derived from HT2C gene in the pre-editing state
提交 2024-03-29
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
信息不足
同源多聚体;蛋白 × 2
PDB 声明:trimeric
|
链 A
27–392(366 aa)
链 B
27–392(366 aa)
|
未记录
|
IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2
ZN ZINC ION × 4
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.87 Å
|
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9BDT
Apolipoprotein B 100 bound to LDL receptor and legobody
提交 2024-04-12
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
信息不足
异源复合物;蛋白 × 7
PDB 声明:heptameric
|
链 B
27–384(358 aa)
|
未记录
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NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4
CA CALCIUM ION × 7
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.40 Å
|
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9COO
Nanobody 4 bound to Apolipoprotein B 100
提交 2024-07-17
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
信息不足
异源复合物;蛋白 × 6
PDB 声明:hexameric
|
链 B
27–384(358 aa)
|
未记录
|
NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3
CA CALCIUM ION × 3
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.73 Å
|
|
9IVP
24-mer DARPin-apoferritin scaffold in complex with the maltose binding protein
提交 2024-07-24
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:48-meric
|
链 AA
27–392(366 aa)
链 B
27–392(366 aa)
链 CA
27–392(366 aa)
链 D
27–392(366 aa)
链 EA
27–392(366 aa)
链 F
27–392(366 aa)
链 GA
27–392(366 aa)
链 H
27–392(366 aa)
链 IA
27–392(366 aa)
链 J
27–392(366 aa)
链 KA
27–392(366 aa)
链 L
27–392(366 aa)
链 MA
27–392(366 aa)
链 N
27–392(366 aa)
链 OA
27–392(366 aa)
链 P
27–392(366 aa)
链 QA
27–392(366 aa)
链 R
27–392(366 aa)
链 SA
27–392(366 aa)
链 T
27–392(366 aa)
链 UA
27–392(366 aa)
链 W
27–392(366 aa)
链 WA
27–392(366 aa)
链 Y
27–392(366 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å
|
|
9ZVM
Dimer structure of Thlaspi arvense plastid biotin carboxylase
提交 2025-12-30
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
信息不足
同源多聚体;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
|
链 C
27–392(366 aa)
链 D
27–392(366 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8;50mM HEPES pH 8.0, 4mM MgCl2, 5% glycerol, 0.5mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.85 Å
|