SAXSdb — 6wuc

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Inner kinetochore subunit MCM16

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 1–181	未记录	Inner kinetochore subunit CTF3 × 1 （Q12748） Inner kinetochore subunit MCM22 × 1 （P47167） Inner kinetochore subunit WIP1 × 1 （Q2V2P8） Inner kinetochore subunit CNN1 × 1 （P43618）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.23 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6WUC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6OUA Cryo-EM structure of the yeast Ctf3 complex 提交 2019-05-04	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 1–181（181 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.18 Å
6QLD Structure of inner kinetochore CCAN-Cenp-A complex 提交 2019-01-31	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric	链 H 4–136（133 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.15 Å
6YPC Crystal structure of the kinetochore subunits H/I/K/T/W penta-complex from S. cerevisiae at 2.9 angstroms 提交 2020-04-15	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 H 137–181（45 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1 M NaH2PO4 and 0.38M K2HPO4 with protein at 5.5 mg/ml	分辨率 2.90 Å R-free 0.283
7L7Q Ctf3c with Ulp2-KIM 提交 2020-12-30	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 1–181（181 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8OVW Cryo-EM structure of CBF1-CCAN bound topologically to centromeric DNA 提交 2023-04-26	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：heptadecameric	链 H 1–181（181 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8OW0 Cryo-EM structure of CBF1-CCAN bound topologically to a centromeric CENP-A nucleosome 提交 2023-04-26	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：25-meric	链 H 1–181（181 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8OW1 Cryo-EM structure of the yeast Inner kinetochore bound to a CENP-A nucleosome. 提交 2023-04-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：42-meric	链 H 1–181（181 aa）链 HH 1–181（181 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CENPH_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 4–184； UniProt 1–181

Inner kinetochore subunit CTF3

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q12748

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 1–733	未记录	Inner kinetochore subunit MCM16 × 1 （Q12262） Inner kinetochore subunit MCM22 × 1 （P47167） Inner kinetochore subunit WIP1 × 1 （Q2V2P8） Inner kinetochore subunit CNN1 × 1 （P43618）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.23 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6WUC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6NUW Yeast Ctf19 complex 提交 2019-02-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 H 1–733（733 aa）链 Y 1–733（733 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.25 Å
6OUA Cryo-EM structure of the yeast Ctf3 complex 提交 2019-05-04	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 1–733（733 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.18 Å
6QLD Structure of inner kinetochore CCAN-Cenp-A complex 提交 2019-01-31	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric	链 I 321–728（408 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.15 Å
6QLE Structure of inner kinetochore CCAN complex 提交 2019-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 I 335–656（322 aa）链 I 690–733（44 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.55 Å
6YPC Crystal structure of the kinetochore subunits H/I/K/T/W penta-complex from S. cerevisiae at 2.9 angstroms 提交 2020-04-15	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 I 1–245（245 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1 M NaH2PO4 and 0.38M K2HPO4 with protein at 5.5 mg/ml	分辨率 2.90 Å R-free 0.283
7L7Q Ctf3c with Ulp2-KIM 提交 2020-12-30	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 1–733（733 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8OVW Cryo-EM structure of CBF1-CCAN bound topologically to centromeric DNA 提交 2023-04-26	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：heptadecameric	链 I 1–733（733 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8OW0 Cryo-EM structure of CBF1-CCAN bound topologically to a centromeric CENP-A nucleosome 提交 2023-04-26	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：25-meric	链 I 1–733（733 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8OW1 Cryo-EM structure of the yeast Inner kinetochore bound to a CENP-A nucleosome. 提交 2023-04-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：42-meric	链 I 1–733（733 aa）链 II 1–733（733 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CENPI_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 4–736； UniProt 1–733

Inner kinetochore subunit MCM22

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P47167

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 K； UniProt 1–239	未记录	Inner kinetochore subunit MCM16 × 1 （Q12262） Inner kinetochore subunit CTF3 × 1 （Q12748） Inner kinetochore subunit WIP1 × 1 （Q2V2P8） Inner kinetochore subunit CNN1 × 1 （P43618）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.23 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6WUC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6OUA Cryo-EM structure of the yeast Ctf3 complex 提交 2019-05-04	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 K 1–239（239 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.18 Å
6QLD Structure of inner kinetochore CCAN-Cenp-A complex 提交 2019-01-31	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric	链 K 7–128（122 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.15 Å
6QLE Structure of inner kinetochore CCAN complex 提交 2019-01-31	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 K 1–133（133 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.55 Å
6YPC Crystal structure of the kinetochore subunits H/I/K/T/W penta-complex from S. cerevisiae at 2.9 angstroms 提交 2020-04-15	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 K 131–239（109 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1 M NaH2PO4 and 0.38M K2HPO4 with protein at 5.5 mg/ml	分辨率 2.90 Å R-free 0.283
7L7Q Ctf3c with Ulp2-KIM 提交 2020-12-30	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 K 1–239（239 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8OVW Cryo-EM structure of CBF1-CCAN bound topologically to centromeric DNA 提交 2023-04-26	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：heptadecameric	链 K 1–239（239 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8OW0 Cryo-EM structure of CBF1-CCAN bound topologically to a centromeric CENP-A nucleosome 提交 2023-04-26	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：25-meric	链 K 1–239（239 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8OW1 Cryo-EM structure of the yeast Inner kinetochore bound to a CENP-A nucleosome. 提交 2023-04-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：42-meric	链 K 1–239（239 aa）链 KK 1–239（239 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CENPK_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 4–242； UniProt 1–239

Inner kinetochore subunit WIP1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q2V2P8

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 W； UniProt 1–89	未记录	Inner kinetochore subunit MCM16 × 1 （Q12262） Inner kinetochore subunit CTF3 × 1 （Q12748） Inner kinetochore subunit MCM22 × 1 （P47167） Inner kinetochore subunit CNN1 × 1 （P43618）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.23 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6WUC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6YPC Crystal structure of the kinetochore subunits H/I/K/T/W penta-complex from S. cerevisiae at 2.9 angstroms 提交 2020-04-15	实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 W 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1 M NaH2PO4 and 0.38M K2HPO4 with protein at 5.5 mg/ml	分辨率 2.90 Å R-free 0.283
8OVW Cryo-EM structure of CBF1-CCAN bound topologically to centromeric DNA 提交 2023-04-26	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：heptadecameric	链 W 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8OW0 Cryo-EM structure of CBF1-CCAN bound topologically to a centromeric CENP-A nucleosome 提交 2023-04-26	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：25-meric	链 W 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8OW1 Cryo-EM structure of the yeast Inner kinetochore bound to a CENP-A nucleosome. 提交 2023-04-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：42-meric	链 W 1–89（89 aa）链 WW 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CENPW_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 W； PDB构建体 4–92； UniProt 1–89

Inner kinetochore subunit CNN1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P43618

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 T； UniProt 1–361	未记录	Inner kinetochore subunit MCM16 × 1 （Q12262） Inner kinetochore subunit CTF3 × 1 （Q12748） Inner kinetochore subunit MCM22 × 1 （P47167） Inner kinetochore subunit WIP1 × 1 （Q2V2P8）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.23 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6WUC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4GEQ Crystal structure of the Spc24-Spc25/Cnn1 binding interface 提交 2012-08-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 60–84（25 aa）片段：Cnn1p N-terminal motif, residues 60-84	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293.15 K；15% PEG6000, 5% glycerol; Drop volume: 0.2ul; Protein proportion: 50%; Protein concentration: 6 mg/ml, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 2.01 Å R-free 0.258
4GEQ Crystal structure of the Spc24-Spc25/Cnn1 binding interface 提交 2012-08-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 60–84（25 aa）片段：Cnn1p N-terminal motif, residues 60-84	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293.15 K；15% PEG6000, 5% glycerol; Drop volume: 0.2ul; Protein proportion: 50%; Protein concentration: 6 mg/ml, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 2.01 Å R-free 0.258
6YPC Crystal structure of the kinetochore subunits H/I/K/T/W penta-complex from S. cerevisiae at 2.9 angstroms 提交 2020-04-15	实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 T 1–361（361 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1 M NaH2PO4 and 0.38M K2HPO4 with protein at 5.5 mg/ml	分辨率 2.90 Å R-free 0.283
8OVW Cryo-EM structure of CBF1-CCAN bound topologically to centromeric DNA 提交 2023-04-26	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：heptadecameric	链 T 1–361（361 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8OW0 Cryo-EM structure of CBF1-CCAN bound topologically to a centromeric CENP-A nucleosome 提交 2023-04-26	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：25-meric	链 T 1–361（361 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8OW1 Cryo-EM structure of the yeast Inner kinetochore bound to a CENP-A nucleosome. 提交 2023-04-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：42-meric	链 T 1–361（361 aa）链 TT 1–361（361 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CENPT_YEAST
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 T； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6wuc
沉积日期 deposition_date	2020-05-04
结构标题 title	The yeast Ctf3 complex with Cnn1-Wip1
关键词 keywords	kinetochore, cell cycle, chromosome segregation, CCAN; CELL CYCLE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.46 Å
零角强度 I(0) i0	293643000.00
分子量 molecular_weight	146090.0 kDa
排除体积 excluded_volume	184970 Å³
包络体积 envelope_volume	253680 Å³
水化壳体积 shell_volume	47196 Å³
包络直径 envelope_diameter	148.6 Å
壳层 Rg shell_rg	48.02 Å
包络 Rg envelope_rg	46.06 Å
形状 Rg shape_rg	46.48 Å
总 Rg total_rg	46.44 Å
总原子数 total_atoms	10284
残基数 n_residues	1266
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	143.0 Å
Rg (实空间) rg_real	46.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.23 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9360e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.3220e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.13 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	293500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7654
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.424
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.806
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	43010000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.729; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.755; Smooth: 0.002

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Inner kinetochore subunit MCM16
分子量 formula_weight	21438.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H
原子数 atom_count	10284

SNAMTNSSEKQWERIQQLEKEHVEVYRELLITLDRLYLIRKHNHAVILSHTQQRLLEIRHQLQINLEKTALLIRLLEKPDNTNVLFTKLQNLLEESNSLDYELLQSLGAQSSLHKQLIESRAERDELMSKLIELSSKFPKPTIPPDDSDTAGKQVEVEKENETIQELMIALQIHSGYTNISYTI

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Inner kinetochore subunit CTF3
分子量 formula_weight	84617.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

SNAMSLILDDIILSLTNANERTPPQALKTTLSLLYEKSKQYGLSSPQLQALVRLLCETSIIDTVTKVYIVENCFLPDGYLTKELLLEIINHLGTPTVFSRYRIQTPPVLQSALCKWLVHVYFLFPVHSEREHNISSSIWLHLWQFSFLQKWITPLVIWQATTPVDVKPWKLSIIKRCAMHPGYRDAPGSATLILQRFQCLVGASSQITESIITINCNRKTLKSHRNLKLDAHFLSILKRILSRAHPANFPADTVQNTIDMYLSEIHQLGADSIYPLRLQSLPEYVPSDSTVSLWDVTSLEQLAQNWPQLHIPNDVDYMMKPSLNSNVLLPRKVMSRDSLKHLYSSIILIKNSRDESSSPYEWCIWQLKRCFAHQIETPQEVIPIIISVSSMDNKLSSRIIQTFCNLKYLKLDELTLKKVCGGILPLWKPELISGTREFFVKFMASIFMWSTRDGHDNNCTFSETCFYVLQMITNWVLDDKLIALGLTLLHDMQSLLTLDKIFNNATSNRFSTMAFISSLDILTQLSKQTKSDYAIQYLIVGPDIMNKVFSSDDPLLLSAACRYLVATKNKLMQYPSTNKFVRMQNQYIMDLTNYLYRNKVLSSKSLFGVSPDFFKQILENLYIPTADFKNAKFFTITGIPALSYICIIILRRLETAENTKIKFTSGIINEETFNNFFRVHHDEIGQHGWIKGVNNIHDLRVKILMHLSNTANPYRDIAAFLFTYLKSLSKYSVQNS

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Inner kinetochore subunit MCM22
分子量 formula_weight	27874.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

SNAMDVEKDVLDVYIKNLENQIGNKRYFLKQAQGAIDEITKRSLDTEGKPVNSEVFTELLRKPMFFSERADPIGFSLTSNFLSLRAQSSSEWLSLMNDQSVDQKAMLLLQNNINSDLKELLRKLQHQMTIMDSKKQDHAHIRTRKARNKELWDSLADFLKGYLVPNLDDNDESIDSLTNEVMLLMKRLIEHDLNLTLNDFSSKTIPIYRLLLRANIITVIEGSTNPGTKYIKLIDFNETSLT

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Inner kinetochore subunit WIP1
分子量 formula_weight	10527.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	W

SNAMDTEALANYLLRQLSLDAEENKLEDLLQRQNEDQESSQEYNKKLLLACGFQAILRKILLDARTRATAEGLREVYPYHIEAATQAFLDSQ

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Inner kinetochore subunit CNN1
分子量 formula_weight	41359.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T

MSTPRKAAGNNENTEVSEIRTPFRERALEEQRLKDEVLIRNTPGYRKLLSASTKSHDILNKDPNEVRSFLQDLSQVLARKSQGNDTTTNKTQARNLIDELAYEESQPEENELLRSRSEKLTDNNIGNETQPDYTSLSQTVFAKLQERDKGLKSRKIDPIIIQDVPTTGHEDELTVHSPDKANSISMEVLRTSPSIGMDQVDEPPVRDPVPISITQQEEPLSEDLPSDDKEETEEAENEDYSFENTSDENLDDIGNDPIRLNVPAVRRSSIKPLQIMDLKHLTRQFLNENRIILPKQTWSTIQEESLNIMDFLKQKIGTLQKQELVDSFIDMGIINNVDDMFELAHELLPLELQSRIESYLF

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.23 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	109996

fit	/app/data/saxs_computation/wu/6wuc/6wuc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wu/6wuc/6wuc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wu/6wuc/6wuc.dat

The yeast Ctf3 complex with Cnn1-Wip1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Inner kinetochore subunit MCM16

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Inner kinetochore subunit CTF3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Inner kinetochore subunit MCM22

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Inner kinetochore subunit WIP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Inner kinetochore subunit CNN1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)